Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXD4
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| HOXD4, HHO.C13, HOX-5.1, HOX4, HOX4B, Hox-4.2, homeobox D4 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 142981 MGI: 96208 HomoloGene: 7773 GeneCards: HOXD4
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро • нуклеоплазма • міжклітинні контакти
|
---|
Біологічний процес |
• transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • multicellular organism development • transcription by RNA polymerase II • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • skeletal system development • anterior/posterior pattern specification • embryonic skeletal system morphogenesis
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 2: 176.15 – 176.15 Mb
| Хр. 2: 74.54 – 74.56 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
HOXD4 (англ. Homeobox D4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 255 амінокислот, а молекулярна маса — 27 885[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MVMSSYMVNS | | KYVDPKFPPC | | EEYLQGGYLG | | EQGADYYGGG | | AQGADFQPPG |
LYPRPDFGEQ | | PFGGSGPGPG | | SALPARGHGQ | | EPGGPGGHYA | | APGEPCPAPP |
APPPAPLPGA | | RAYSQSDPKQ | | PPSGTALKQP | | AVVYPWMKKV | | HVNSVNPNYT |
GGEPKRSRTA | | YTRQQVLELE | | KEFHFNRYLT | | RRRRIEIAHT | | LCLSERQIKI |
WFQNRRMKWK | | KDHKLPNTKG | | RSSSSSSSSS | | CSSSVAPSQH | | LQPMAKDHHT |
DLTTL |
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | |
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|