Каппа-варіант SARS-CoV-2
| Каппа-варіант SARS-CoV-2 | |
| Офіційна назва | англ. Kappa[1][1] |
|---|---|
| Названо на честь | каппа |
| Дата відкриття (винаходу) | жовтень 2020[1] |
| Місце відкриття | Індія[1] |
 | |
| Підтримується Вікіпроєктом | WikiProject COVID-19d і Вікіпедія:Проєкт:Індія |
 | |
 Каппа-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі | |
Каппа-варіант — це варіант SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVID-19. Це одна з трьох підліній лінії Панго B.1.617. Каппа-варіант SARS-CoV-2 також відомий як лінія B.1.617.1 і вперше був виявлений в Індії в грудні 2020 року. До кінця березня 2021 року підваріант каппа становив більше половини захворюваностей, які були зафіксовані з Індії. 1 квітня 2021 року Служба охорони здоров’я Англії назвала його варіантом, що під наглядом (VUI-21APR-01).
-
Амінокислотні мутації варіанту Каппа SARS-CoV-2 нанесені на карту геному SARS-CoV-2 з акцентом на спайку.
| Ген | Нуклеотид | Амінокислота [2] [3] |
|---|---|---|
| ORF1ab | C3457T | - |
| C4957T | T1567I | |
| A11201G | T3646A | |
| G17523T | M5753I | |
| A20396G | K6711R | |
| P314L | ||
| G1129C | ||
| M1352I | ||
| K2310R | ||
| S2312A | ||
| Спайк | T21895C | - |
| T21895C | E154K | |
| T22917G | L452R | |
| G23012C | E484Q | |
| D614G | ||
| C23604G | P681R | |
| Q1071H | ||
| Н | G28881T | R203M |
| D377Y | ||
| М | I82S | |
| ORF3a | C25469T | S26L |
| ORF1a | T1567I | |
| T3646A | ||
| ORF7a | T27638C | V82A |
| Джерело: covariants.org [3] та PHE Technical Briefing 9 [2] | ||
Каппа-варіант має три помітні зміни в амінокислотних послідовностях, усі з яких містяться в коді білка спайка вірусу.[4]
Три помітні заміни: L452R, E484Q, P681R.[5]
- L452R. Заміна в положенні 452, заміна лейцину на аргінін. Цей обмін забезпечує більш високу спорідненість білка-шипа до рецептора ACE2 разом із зниженням здатності імунної системи розпізнавати.[6][7]
- E484Q. Заміна в позиції 484, заміна глутамінової кислоти на глутамін. Ця зміна надає варіанту сильніший потенціал зв’язування з ангіотензин-перетворювальним ферментом 2, а також кращу здатність уникати імунної системи хазяїна.[8] [9]
- P681R. Заміна в положенні 681, заміна проліну на аргінін.[10][8]
Європейський центр з профілактики та контролю захворювань (ECDC) також перераховує четверту мутацію, що цікавить:[11]
- D614G. Це заміна в позиції 614, заміна аспарагінової кислоти на гліцин.[12] Інші варіанти, які мають мутацію D614G, включають варіанти бета і дельта, і мутація пов’язана з підвищеною інфекційністю.[13][14]
Дві інші мутації, які можна знайти ближче до обох кінців області спайка, - це T95I і Q1071H.[4]
Варіант Каппа вперше був ідентифікований в Індії в грудні 2020 року.[15]
Станом на 11 травня 2021 року щотижневі епідеміологічні оновлення ВООЗ повідомляли про 34 країни з виявленням субваріанта[16], однак до 25 травня 2021 року кількість країн зросла до 41.[17][18] Станом на 19 2021 Велика Британія виявила загалом 418 підтверджених випадків захворювання SARS-CoV-2 Каппа. 6 червня 2021 року група з 60 випадків, виявлених в австралійському місті Мельбурн, була пов’язана з варіантом Каппа.[19] За даними GISAID у липні 2021 року, Індія надала більше генетичних зразків варіанту Каппа, ніж будь-яка інша країна.[20]
У технічному брифінгу з охорони здоров’я Англії від 22 квітня 2021 року повідомлялося, що в Англії було виявлено 119 випадків цього підваріанта з концентрацією випадків в районі Лондона та регіонах Північного Заходу та Сходу Англії. Із 119 випадків 94 мали встановлений зв’язок із подорожами, 22 випадки все ще перебувають у розслідуванні, але решта 3 випадків не мають жодного відомого зв’язку з подорожами.
2 червня The Guardian повідомила, що принаймні 1 з 10 випадків спалаху в австралійському штаті Вікторія були викликані контактом з незнайомими людьми, і що передача через громаду була пов’язана з кластерами варіанту Каппа. Проте експерт з інфекційних захворювань, професор Грег Дор, сказав, що варіант Каппа поводиться «так само, як ми бачили раніше» по відношенню до інших варіантів в Австралії.[21]
Ефективність вакцини
Вакцини ефективні проти варіанту Каппа, хоча і в меншій мірі, ніж проти вихідного штаму.
Дослідження, проведене Оксфордським університетом у червні 2021 року, показало, що вакцина Oxford-AstraZeneca та вакцина Pfizer-BioNTech були ефективними проти варіантів Kappa та Delta, що свідчить про те, що поточні вакцини забезпечують захист від цих варіантів, хоча й з незначним зниженням нейтралізації.[22]
Коваксин також був визнаний ефективним проти варіанту Каппа (B.1.617.1), як і для інших варіантів.[23]
Вакцина Moderna від COVID-19 також виявилася ефективною проти варіанту Каппа, хоча й із зменшенням нейтралізації в 3,3-3,4 рази.[24]
- Штами SARS-CoV-2: Cluster 5, Альфа, Бета, Гамма, Дельта, Епсилон, Зета, Тета, Ета, Йота, Лямбда, М'ю, Омікрон
- ↑ а б в г https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
- ↑ а б SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 9 (PDF) (Звіт) (англ.). London. Public Health England. 22 квітня 2021. Процитовано 9 червня 2021. Шаблон:OGL-attribution
- ↑ а б Dedicated 21A/S:154K Nextstrain build. covariants.org. 8 червня 2021. Архів оригіналу за 9 жовтня 2021. Процитовано 11 червня 2021.
- ↑ а б Spike Variants: Kappa variant, aka B.1.617.1. covdb.stanford.edu. Stanford University Coronavirus Antiviral & Resistance Database. 1 липня 2021. Архів оригіналу за 30 червня 2021. Процитовано 3 липня 2021.
- ↑ Nuki, Paul; Newey, Sarah (16 квітня 2021). Arrival of India's 'double mutation' adds to variant woes, but threat posed remains unclear. The Telegraph (брит.). ISSN 0307-1235. Архів оригіналу за 21 червня 2021. Процитовано 7 червня 2021.
- ↑ Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (April 2021). Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016. Cell Reports Medicine. 2 (4): 100255. doi:10.1016/j.xcrm.2021.100255. PMC 8020059. PMID 33842902.
- ↑ Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (6 квітня 2021). Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California. JAMA. 325 (13): 1324—1326. doi:10.1001/jama.2021.1612. PMC 7879386. PMID 33571356.
- ↑ а б Haseltine, William. An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead?. Forbes (англ.). Архів оригіналу за 30 квітня 2021. Процитовано 7 червня 2021.
- ↑ Harvey, WT; Carabelli, AM; Jackson, B; Gupta, RK; Thomson, EC; Harrison, EM та ін. (2021). SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape. Nat Rev Microbiol. 19 (7): 409—424. doi:10.1038/s41579-021-00573-0. PMC 8167834. PMID 34075212.
For example, recently detected viruses of lineage B.1.617.1 were anticipated to show altered antigenicity due to the presence of the substitutions L452R and E484Q, which have been described as affecting antibody recognition.
- ↑ SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. cdc.org. Centers for Disease Control and Prevention. 11 лютого 2020. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 7 червня 2021.
- ↑ SARS-CoV-2 variants of concern as of 3 June 2021. European Centre for Disease Prevention and Control. 3 червня 2021. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- ↑ Dr. Sanchari Sinha Dutta, Ph.D (15 березня 2021). D614G Mutation in SARS-CoV-2 Spike Protein. News Medical. Архів оригіналу за 17 квітня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- ↑ Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner та ін. (20 серпня 2020). Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell. 182 (4): 812—827. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. PMC 7332439. PMID 32697968.
- ↑ SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. cdc.gov. 4 червня 2021. Архів оригіналу за 24 червня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
These variants share one specific mutation called D614G... ...There is evidence that variants with this mutation spread more quickly than viruses without this mutation.
- ↑ Weekly epidemiological update on COVID-19 - 27 April 2021 (PDF). World Health Organization. 27 квітня 2021. Архів оригіналу (PDF) за 23 червня 2021. Процитовано 6 червня 2021.
- ↑ Weekly epidemiological update on COVID-19 - 11 May 2021 (PDF). World Health Organization. 11 травня 2021. с. 4. Архів оригіналу (PDF) за 27 серпня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- ↑ Weekly epidemiological update on COVID-19 - 25 May 2021 (PDF). World Health Organization. 25 травня 2021. с. 10. Архів оригіналу (PDF) за 27 серпня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- ↑ B.1.617 Covid variant, first found in India, now in 53 countries: WHO. Business Standard. India. 27 травня 2021. Архів оригіналу за 25 жовтня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
According to it, B.1.617.1 is found in 41 countries...
- ↑ Taylor, Josh (6 червня 2021). Where did Australia's first cases of the Covid Delta variant come from and how infectious is it?. The Guardian. Melbourne. Архів оригіналу за 20 грудня 2021. Процитовано 8 червня 2021.
- ↑ Baro, Dimple (11 липня 2021). All you need to know about the COVID-19 Kappa variant. EastMojo. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- ↑ Davey, Melissa (2 червня 2021). Experts dispute Victoria claim that Kappa variant is more infectious than previous Covid outbreaks. The Guardian. Victoria. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 9 червня 2021.
- ↑ Coronavirus: AstraZeneca, Pfizer vaccines effective against Delta, Kappa variants, shows study. Архів оригіналу за 17 грудня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- ↑ Covaxin neutralises double mutant strain of SARS-CoV-2: ICMR study. 21 квітня 2021. Архів оригіналу за 26 жовтня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- ↑ Small studies indicate Moderna COVID-19 vaccine may be effective against Delta, Kappa and Eta variants. July 2021. Архів оригіналу за 28 жовтня 2021. Процитовано 5 лютого 2022.
- ↑ GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. Архів оригіналу за 23 червня 2021. Процитовано 13 вересня 2021.
