המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים

המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים

עקרון מנחה: "בְּאֵין תַּחְבֻּלוֹת יִפָּל עָם וּתְשׁוּעָה בְּרֹב יוֹעֵץ" (ספר משלי, פרק י"א, פסוק י"ד) (מוטו קודם: "בתחבולות תעשה לך מלחמה")
מידע כללי
מדינה	ישראל ישראל
תחום שיפוט	ישראל
משרד אחראי	משרד ראש הממשלה
תאריך הקמה	13 בדצמבר 1949 (כגוף לתיאום בין שירותי המודיעין והביטחון בישראל) ‏8 בפברואר 1951 (כרשות עצמאית לביון)
ראש	ראש המוסד, דוד ברנע
מטה מרכזי	רמת השרון
עובדים	7,000 (הערכה)[1]
www.mossad.gov.il

המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, הידוע יותר בשמו המקוצר: המוסד, הוא ארגון במערכת הביטחון הישראלית ואחד מהגופים החברים בקהילת המודיעין הישראלית. המוסד הוא ארגון הביון של ישראל, הממונה על איסוף מידע מסוג מודיעין אנושי ומשימות הפקת מודיעין חשאיות מחוץ לגבולות המדינה, דיפלומטיה חשאית, תפקידים מיוחדים וסיכול יעדים אזרחיים וצבאיים של האויב (למוסד מיוחסות התנקשויות בשורה של מחבלים בכירים בארגוני טרור שנלחמים נגד ישראל ופעולות נגד תוכנית הגרעין האיראנית). בניגוד לצה"ל ולשירות הביטחון הכללי – יעדיו, מבנהו וסמכויותיו של המוסד אינם מוסדרים בחוק יסוד, בחקיקה ראשית או משנית. פעילותו כפופה לנהלים שלא פורסמו מעולם. המוסד כפוף למשרד ראש הממשלה.

"המוסד" מופקד מטעם מדינת ישראל על איסוף מידע וביצוע פעולות חשאיות מיוחדות מחוץ לגבולות המדינה. הוא מבצע זאת על ידי הפעלת סוכנים, איסוף מידע אלקטרוני, שמירה על קשרי מודיעין ודיפלומטיה. על המוסד הוטלו לאורך השנים תפקידים מיוחדים, עזרה לקהילות יהודיות ברחבי העולם בעת מצוקה (כדוגמת העלאת יהודי אתיופיה), מצוד אחר פושעים נאצים,^[2] ועל פי פרסומים זרים, הפסקת פעילותם של ראשי ארגוני טרור בכירים, וטרוריסטים שרצחו חפים מפשע, באמצעות הריגתם. בנוסף עוסק "המוסד" במחקר מודיעיני.

אתר האינטרנט של "המוסד" מציג את תפקידיו הבאים:

• איסוף חשאי של מידע מחוץ לגבולות המדינה.
• סיכול פיתוח נשק בלתי קונבנציונלי על ידי מדינות עוינות והצטיידותן בו.
• סיכול פעילות חבלנית במטרות ישראליות ויהודיות בחו"ל.
• פיתוח קשרים חשאיים מיוחדים, מדיניים ואחרים, מחוץ למדינה ואחזקתם.
• העלאת יהודים ממקומות שהעלייה מהן אינה מתאפשרת באמצעות מוסדות העלייה המקובלים של מדינת ישראל.
• הפקת מודיעין אסטרטגי, מדיני ואופרטיבי.
• ביצוע מבצעים מיוחדים מחוץ לגבולות מדינת ישראל.

— אודות הארגון, באתר האינטרנט של המוסד

בשנת 2004 המליצה "הוועדה לחקירת מערך המודיעין בעקבות המלחמה בעיראק", אשר הוקמה במסגרת ועדת החוץ והביטחון של הכנסת, לשנות את יעדיו של המוסד מגוף שעיקר עיסוקו בסיכול ריגול, לגוף אשר יוביל את המחקר המודיעיני בישראל בתחום המדיני-אסטרטגי (כולל מודיעין טכנולוגי), לצד מאמצי איסוף ומחקר גם לצורכי סיכול.^[3]

"המוסד" הוא הגוף העיקרי בקהילת המודיעין הישראלית העוסק בהפעלת סוכנים מחוץ לגבולות ישראל, אך בתקופות שונות הופעלו סוכנים גם על ידי גופי מודיעין נוספים:

• אגף המודיעין בצה"ל (אמ"ן) – הפעיל את הרשת במצרים שנחשפה בפרשת העסק הביש, ולאחר מכן את אלי כהן. הפעלתו של כהן הועברה למוסד חודשים ספורים לפני תפיסתו, כחלק מהפסקת הפעילות של אמ"ן בנושאים אלו. עם זאת, אמ"ן עדיין מפעיל סוכני ביון מקרב אוכלוסיות שנמצאות בשטחים שבשליטת ישראל. לדוגמה, התושבים בדרום לבנון בעת שישראל שהתה שם באמצעות יחידה 504.
• שירות הביטחון הכללי (השב"כ) – פעל במהלך מלחמת לבנון הראשונה נגד ארגוני הטרור הלבנוניים, ובראשם חזבאללה.
• הלק"מ – הלשכה לקשרי מדע במשרד ראש הממשלה, הייתה אחראית על איסוף מודיעין טכנולוגי ומדעי. ידועה בעיקר בעקבות הפעלתה את ג'ונתן פולארד.
• נתיב – גוף מודיעין שהיה אחראי על מתן סיוע והגנה ליהודי ברית המועצות.

המוסד מחולק לאגפים המורכבים מיחידות ומחטיבות. מלבד האגפים המנהלתיים מרוכזת רוב העבודה באגפים המבצעיים. בתקופת כהונתו של מאיר דגן נערכה רפורמה בארגון המוסד והוא חולק לשתי מנהלות. המנהלה המבצעית שכוללת את כל האגפים והיחידות המבצעיות (קיסריה, נביעות, צומת, תבל, אגף המודיעין ויחידות טכנולוגיות), ומנהלת המטה בה כלולות היחידות שעוסקות בתכנון, משאבי אנוש, לוגיסטיקה ועוד.^[4]

האגפים המבצעיים במוסד הם:

שם האגף	שם עבר	תפקיד	הערות
האגפים המבצעיים
תבל	"קיסרות" ו"קוסמוס"	מופקד על הקשרים המודיעיניים והדיפלומטיים. האגף מקיים קשרי עבודה קבועים עם גופי מודיעין מקבילים של מדינות אחרות. שיתופי פעולה אלו כוללים בדרך כלל החלפת ידיעות ותיאום איסוף. בנוסף, אחראי האגף על טיפוח קשרים דיפלומטיים עם מדינות שאין להן באופן רשמי יחסים דיפלומטיים עם ישראל.	בין מפקדי האגף: יעקב כרוז, דייב קמחי, נחום אדמוני, אפרים הלוי, אהרון שרף, נחיק נבות, יורם הסל, יצחק ברזילי, דוד מידן, חיים תומר, דייוויד זילברג.
צומת	"מלוכה"	מפעיל את קציני האיסוף ואת רשת הסוכנים של המוסד ברחבי העולם.	בין מפקדי האגף: מרדכי אלמוג, שמואל טולידאנו, רחביה ורדי, יקותיאל אדם,[5] מיכאל כהנוב, אבי דגן, יחיעם מרט, אילן מזרחי, נפתלי גרנות, יוסי כהן ודוד ברנע.
קיסריה	"מפרץ"	אגף המבצעים המיוחדים של המוסד. הוא כולל יחידות לוחמות, בהן יחידת החיסולים "כידון".[6]	בין מפקדי האגף: יצחק שמיר, יוסף יריב (מפקד 188 ולאחר האיחוד מפקד קיסריה), צבי אהרוני, מייק הררי, שבתי שביט, שלמה גל,[7] נחמיה מאירי,[8] משה (קוקלה) לוין, חגי הדס, אהוד לביא, חגי גילן.
נביעות	"קשת"	אחראי על השגת מודיעין באמצעים אלקטרוניים, בכלל זה על ידי הטמנת אמצעי ציתות והאזנה, וכן פריצה על ידי מנעולנים מומחים ופורצי כספות.[9] היחידה הייתה בעבר חלק מאגף צומת. וב-1971, בתקופתו של צבי זמיר כראש המוסד הופרדה.	בין מפקדי האגף:צבי מלחין,[10] שמואל גורן[11] בני זאבי, מיכאל כהנוב, תמיר פרדו, רם בן ברק.
צפרירים	"ביצור"	אגף העוסק בהגנה על יהודים באשר הם בהעלאתם לישראל, ואבטחת הקהילות היהודיות בעולם.	בין מפקדי האגף: שמואל טולידאנו, אהרון שרף, שלמה גל, אפרים הלוי.[12]
אגפי טכנולוגיה
טכנולוגיה		יחידת עילית טכנולוגית, העובדת בצמידות עם הגורמים המבצעיים במוסד ותפקידה לפתח אמצעים טכנולוגיים מתקדמים המשפרים את יכולתו המבצעית של המוסד ולספק מענה טכנולוגי לצרכיו.[13]	בין ראשי האגף: יעקב רכבי (ראש האגף הראשון), חגי איטקין
סייבר		אחראי על פעילות הארגון במרחב הקיברנטי.	הוקם ב-2021 עם תחילת כהונתו של דדי ברנע כראש המוסד.
אגפי מודיעין ומטה
מנהלת המטה		בה כלולות היחידות שעוסקות בתכנון, משאבי אנוש, לוגיסטיקה ועוד.[4]
מנהלת המודיעין	אגף המחקר וקודם לכן יחידת "מאחז"	אחראית על גיבוש תמונת המודיעין האסטרטגית ברמה הלאומית ומודיעין לכל מבצעי המוסד. המנהלה כוללת את חטיבת המחקר, שמבצעת הערכה מדינית ומחקר ארוך טווח על יעדי המוסד.	בין ראשי האגף: דוד ארבל (ראש יחידת מאחז), יצחק אורון, אורי חן, אורי נאמן, עוזי ארד, אילן מזרחי, אמנון סופרין, חיים תומר, זהר פלטי.
מערכת איראן		אחראית על האסטרטגיה של המוסד בהתמודדות עם האיום האיראני.

• כידון – על פי דיווחים בעיתון הבריטי דיילי טלגרף, יחידה זו, שבסיסה בנגב, מונה כ-40 לוחמים ולוחמות, דוברי שפות זרות, המתמחים בשיטות הריגה שונות,^[14] ואחראים לפעולות הריגת אויביה של מדינת ישראל במדינות חוץ.^[15] לפי ספרם של דן רביב ויוסי מלמן "מלחמות הצללים" (Spies Against Armageddon), לוחמי היחידה מילאו "תפקיד נועז" במבצע לתקיפת הכור הגרעיני בסוריה.^[16]

• יחידת צלצל – יחידה ��נועדה לסכל טרור באמצעים כלכליים ופעלה לחיסול התשתיות הפיננסיות של ארגוני הטרור.^[17] בראש היחידה עמד ד"ר אודי לוי.

ליברטאד היא קרן הון סיכון לחדשנות טכנולוגית של "המוסד", שהוקמה ביוני 2017 להשקעה בחברות סטארט-אפ אזרחיות שלהן טכנולוגיה רלוונטית למוסד.

מיקום מתקני המוסד, ובהם המטה הראשי, היה חסוי במשך שנים רבות, כמו גם זהות מפקדיו ואנשיו. לפי פרסומים בעיתונות שכן בעבר מטה המוסד בבית הדר דפנה בשדרות שאול המלך בתל אביב,^[18] והועבר משם לאזור מחלף גלילות, סמוך למחנות גלילות.^[19]

סמל המוסד, אותו עיצב שלמה כהן-אברבנאל, הוא מנורת בית המקדש כפי שהיא מופיעה בשער טיטוס, וסיסמתו – ”באין תחבולות יפול עם, ותשועה ברוב יועץ” (ספר משלי, פרק י"א, פסוק י"ד). פסוק תנ"כי נוסף הנקשר למוסד, והיה ססמתו בעבר: ”כי בתחבולות תעשה לך מלחמה” (ספר משלי, פרק כ"ד, פסוק ו').

ב־13 בדצמבר 1949 הטיל ראש הממשלה דוד בן-גוריון על ראובן שילוח, יועץ לתפקידים מיוחדים במשרד החוץ ובעברו איש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, להקים את "המוסד לריכוז ותיאום פעולות המודיעין" ולעמוד בראשו,^[20] אולם בשנה הראשונה לקיומו שימש המוסד כגוף לתאום בין שירותי המודיעין והביטחון בישראל והיה חסר סמכויות ביצועיות לאיסוף מודיעין מחוץ לארץ. רק ב-8 בפברואר 1951 החליט בן-גוריון על הפיכת המוסד לרשות עצמאית לביון בעלת סמכויות לאיסוף מודיעין מחוץ לישראל, אשר בראשה עמד חיים יערי. יערי היה כפוף לראובן שילוח.^[21] ב־2 במרץ 1951 הנחה בן-גוריון את שילוח להקים במסגרת המוסד גוף מרכזי שיאחד את כל פעילות המודיעין בחו"ל. הנחיה זו היא ראשיתה של יחידת האיסוף של "המוסד".

כמו כן, ביוני 1948 הוקם "שירות מודיעין חיצוני" בתור המחלקה במשרד החוץ בראשותו בן-גוריון מינה את בוריס גוריאל ומטרתו הוגדרה כ"איסוף ידיעות בחו"ל הקשורות בביטחון ישראל". אחד מעובדיו הכפופים לו היה אשר בן נתן. הארגון פורק ב-1951 וסמכויותיו הועברו למוסד.^[22]

בספטמבר 1952, התפטר שילוח מתפקידו והציע לדוד בן-גוריון למנות את איסר הראל במקומו. הראל כיהן בתפקיד זה עד להתפטרותו ב-1963. בנוסף לתפקידו כראש המוסד, המשיך הראל להיות האחראי כלפי ראש הממשלה על פעולותיו של השב"כ, כאשר ראש השב"כ כפוף להנחיותיו. בכפל תפקידים זה זכה איסר לתואר "הממונה על שירותי הביטחון" וכדי להדגיש היררכיה זו נקרא אז המוסד בשם "המוסד המרכזי למודיעין וביטחון". בשנים הראשונות משרדיו שכנו בארבעה בתים בשרונה.^[22]

קרנו של "המוסד" עלתה בעולם כאשר העביר למערב את נאומו הסודי של ניקיטה חרושצ'וב, שנישא ב־24 בפברואר 1956 בוועידה ה־20 של המפלגה הקומוניסטית הסובייטית, ובו הוקיע את פשעי סטלין (אף כי לא המוסד הוא שהשיג את תוכן הנאום; ראו להלן). הייתה זו תפנית חדה במדיניותה של ברית המועצות, כאשר מנהיג המדינה הודה בפשעיו של סטלין ולאחר עשרות שנות תעמולה התנער מן הסטליניזם. על אף שפרטי הנאום היו ידועים בצורה כללית, ראו גורמים במערב חשיבות עליונה בהשגת נוסחו המדויק של הנאום, אך מאמצי ארגוני מודיעין בעולם להשיג את הנאום נכשלו. הנאום במלואו הועבר על ידי העיתונאי ויקטור גרייבסקי לאנשי השב"כ בשגרירות ישראל בוורשה, ומשם הועבר לישראל. העברת הנאום ל־CIA העלתה את קרנו של המוסד בעיני שירותי הביון הזרים, והביאה להכרה העולמית כי המדובר בארגון חשאי המשתווה ואף עולה ביכולותיו על ארגונים ותיקים ומנוסים ממנו.

בשנים 1956–1962 פעל המוסד באמצעות סוכניו להעלאת יהדות צפון-אפריקה במדינות: מרוקו, תוניסיה ואלג'יריה. שליחי המוסד פעלו במקביל להקמתם של ארגוני "המסגרת", שפעלו לאימון צעירים וצעירות מקרב הקהילות היהודיות ככוח המגן של הקהילות. באותן השנים קיבלו מרוקו ותוניסיה את עצמאותן משלטון המנדט הצרפתי, ובאלג'יריה, שהייתה חלק מהטריטוריה הצרפתית מעב�� לים, התחוללה מלחמת העצמאות עקובה מדם נגד שלטון צרפת. לאור המצב הגאו-פוליטי החדש בצפון אפריקה ראה ראש הממשלה דוד בן-גוריון חשיבות ראשונה במעלה בהעלאתן של קהילות ישראל אלו לארץ, ובד בבד אספקת אנשים, אמצעים, ידע והדרכה להגנה על אותן קהילות, שחיו בליבן של אוכלוסיות מוסלמיות עוינות. המשימה הוטלה על המוסד. שליחי המוסד בצפון אפריקה היו לרוב יוצאי "ההגנה" וצה"ל בעלי ניסיון קרבי עשיר. הקמת ארגוני "המסגרת" כללה: מיון וגיוס צעירים ציוֹנים מקרב הקהילות, אימונם בנשק ובלוחמה עירונית, הסלקת אמצעי לחימה ואמצעי קשר, העברת תשדורות בצפנים ועוד.

להישג של המוסד נחשבת גם פרשת יוסל'ה שוחמכר, שהסעירה את הארץ בראשית שנות ה-60. שוחמכר נחטף בינואר 1960 על ידי סבו החרדי, נחמן שטרקס, מידי הוריו החילונים, הוברח לארצות הברית כדי לגדלו כחרדי וכל החיפושים אחריו עלו בתוהו. הפרשה הביאה לקיטוב ולאיבה רבה בין דתיים וחילונים (זכורה "קריאת הקרב" שנקראה אחר חרדים בעוברם ברחוב – "איפה יוסל'ה"). הפרשייה צברה תאוצה עד כדי כך שראש הממשלה הטיל על "המוסד" לאתר את יוסל'ה. "המוסד" הצליח במשימה, וביולי 1962 גילו סוכניו את הילד בשכונה חרדית בניו יורק. הילד שב לחיק הוריו, אירוע שזכה לתגובה נלהבת של דעת הקהל בישראל.

הישג נוסף בעל חשיבות היסטורית הוא גילוי מקום המסתור של א��ולף אייכמן, ראש המחלקה היהודית בגסטפו, איש הביצוע בארגון השמדת יהודי אירופה על ידי הנאצים. אייכמן הצליח להימלט ולהיעלם בתום מלחמת העולם השנייה למשך חמש עשרה שנה. הוא התגלה על ידי המוסד בארגנטינה ונלכד בפעולה מורכבת, בפיקודו האישי בשטח של הראל,^[23] ב־11 במאי 1960. אייכמן הובא לישראל ב־21 במאי 1960 כדי לעמוד לדין במשפט אייכמן הפומבי ההיסטורי, שבו נדון למוות, והוצא להורג בתלייה ב־31 במאי 1962. מאמצים דומים שהשקיע המוסד באיתור יוזף מנגלה, המכוּנה "מלאך המוות", הרופא ממחנה ההשמדה אושוויץ, עלו בתוהו, ומקום הימצאו בברזיל התפרסם רק לאחר מותו.

בחודש יולי 1962 התפרסמה ידיעה על ניסוי טילים שנערך במצרים, ובמצעד של יום מהפכת הקצינים החופשיים ב־23 ביולי הוסעו טילים על גוררות. המצרים טענו כי אלו טילים מייצור עצמי מצרי וכי הטווח שלהם הוא עד "דרומה לביירות". המוסד החל לחקור את עניין היכולת המצרית בתחום הטילים והנשק הלא קונבנציונלי, וטען כי יש ממש בידיעות בדבר פיתוחו של נשק כזה. במקביל החלה להתחולל שורת אירועים: אחד המדענים הגרמנים במצרים נעלם, ואל כמה מן האחרים הגיעו מעטפות נפץ. שני שליחי המוסד, יוסף בן גל, ואדם בשם אוטו יוקליק, שבתחילה היה אחד מן המדענים אך חזר בו, ניסו להשפיע על בתו של אחד המדענים הגרמנים במצרים כי תשכנע את אביה להסתלק ממצרים. שני הסוכנים נעצרו בשווייץ, נשפטו ונדונו לעונשי מאסר קלים, אך משפטם הפנה את תשומת הלב אל המדענים הגרמנים במצרים ולמסע המתנהל נגדם על ידי "המוסד" (מבצע "דמוקלס").

ראש הממשלה בן-גוריון לא קיבל את הערכת "המוסד" כי ישנה סכנה ממשית של פיתוח מערכות נשק מתקדמות במצרים, והתבסס בכך על דו"ח של אמ"ן. איסר הראל טען כי דו"ח זה היה דו"ח מוזמן, שמטרתו לתמוך בעמדת בן-גוריון. הוויכוח בין הראל לבן-גוריון עורר סערה ציבורית בישראל. ב־1 באפריל 1963 התפטר איסר הראל מתפקידו כממונה על שירותי הביטחון. על פי פרסומים נבעה התפטרותו מהתנגדותו להוראה שקיבל מבן-גוריון לחדול מן הפעילות נגד המדענים הגרמנים במצרים. בראייה היסטורית התברר כי עמדתו של דוד בן-גוריון, שהתבססה על דו"ח אמ"ן, הייתה הנכונה, ולא זו של איסר הראל והמוסד: טילים בליסטיים מייצור עצמי לא נמצאו בידי מצרים בשתי המלחמות שהתחוללו לאחר מכן בינה לבין מדינת ישראל, מלחמת ששת הימים בשנת 1967 ומלחמת יום הכיפורים ב־1973.

שני מרגלים ידועים של המוסד שפעלו בארצות ערב בתחילת שנות השישים היו אלי כהן, שהיה בדמשק מינואר 1962 ועד לכידתו בידי הסורים בינואר 1965^[24] והמרגל וולפגנג לוץ שהיה בקהיר ונלכד אף הוא בתקופה זאת. (שניהם התחילו את שליחותם כאנשי אמ"ן, אך ההפעלה של מרגלים עברה לידי המוסד).

הריגתו של הרברט צוקורס הנאצי, רוצח יהודי לטביה, באורוגוואי ב-1965, מיוחסת למוסד.

עד סוף שנות השישים נשען המוסד על יחידה 8200 במעקב אחר התקשורת בין אנשי הפח"ע וקשריהם עם תשתיות לסיוע מבצעי שהקימו בארצות שונות. צבי זמיר קבע שההיענות לבקשות המוסד לא תאמה את צרכיו המבצעיים והחליט להקים במוסד יחידה שהתמחתה בתחום הטכנולוגי – "פרודות", שתעניק מענה לוגיסטי בזמן אמת לצרכים המבצעיים. אמ"ן לא ראה בעין יפה את השינוי המוצע ולא שיתף פעולה. במקביל להקמת "פרודות" הוקמה במוסד פונקציה לתקשורת אלחוטית עם סוכני המוסד, שפעלה במקביל ליחידה 220 של אמ"ן, במטרה להתגבר על עיכובים בהגעת תשדירים מסוכנים מתריעים.^[25]

בסוף שנות ה-60 ותחילת שנות ה-70 ניסה המוסד לפתור את הבעיה הפלסטינית על ידי טרנספר מרצון לפרגוואי. התוכנית נגנזה לאחר שכמה פלסטינים מעזה שהיגרו בשיטה זו ביצעו פיגוע בשגרירות הישראלית בפרגוואי.^[26]

פעילותו הידועה ביותר של המוסד בשנות ה-70 של המאה ה-20 הייתה מבצע זעם האל, שמטרתו הייתה להרוג את חברי ארגון הטרור "ספטמבר השחור", שהיו אחראים במישרין או בעקיפין לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן ב-1972. המבצע נמשך עד סוף שנות ה-70, אז חוסל עלי חסן סלאמה, ראש הארגון. לצד ההצלחות בהריגת המחבלים בלט הכישלון של פרשת לילהאמר שבה הרג המוסד בטעות ערבי שזוהה בטעות כסלאמה.^[27]

בתחילת שנות ה-70 סיפק המוסד מידע רב על התעצמותן הצבאית של מצרים וסוריה, והתריע על כוונתן לצאת למלחמה נגד ישראל. המידע התבסס על מקורות אחדים, שבה בלט את הסוכן המצרי אשרף מרואן, שמסר מידע רב ערך למוסד בשנים 1970–1998. מרואן התריע על מתקפה מצרית סורית כ-24 שעות לפני פרוץ מלחמת יום הכיפורים.^[28]

מאמצע שנות ה-70 פעל "המוסד" בלבנון לשם הידוק הקשרים בין הנוצרים במדינה זו ובין ישראל.^[29]

בארצות הברית, המוסד עזר לסוכנויות ה-FBI וה-CIA להילחם בטרור. בשנות ה-90 של המאה ה-20 איתר המוסד פעיל חזבאללה שניסה לרכוש חומרים להכנת מטעני חבלה. סוכנויות המודיעין של ארצות הברית עקבו אחריו בניסיון לאתר עוד מחברי הרשת, ולבסוף עצרו אותו. עיתון הלוס אנג'לס טיימס ציטט בכיר אמריקאי שאמר כי באוגוסט 2001 קיבלו סוכנויות הביון האמריקאיות התרעה מהמוסד ש-200 מחבלים, המקושרים לאל-קאעידה שבאפגניסטן, הסתננו לארצות הברית ומתכננים "מתקפה גדולה" בקרוב.^[30] כעבור כחודש, אירעו פיגועי 11 בספטמבר שבהם נרצחו אלפי אזרחים, כאשר מחבלים מאל-קאעידה ריסקו מטוסי נוסעים על מגדלי התאומים והפנטגון. ידיעה זו שימשה בסיס לתאוריית קשר על פיגועי 11 בספטמבר שנפוצה בעיקר בקרב מדינות מוסלמיות המאשימה את המוסד במעורבות בפיגועים.

לפי ספרם של דן רביב ויוסי מלמן "מלחמות הצללים" (Spies Against Armageddon), לוחמי המוסד מילאו "תפקיד נועז" במבצע לתקיפת הכור הגרעיני בסוריה, ובפרט בהשגת המודיעין שאפשר את תקיפת הכור והשמדתו.^[31]

המוסד הטה שכם אף הוא למלחמה בטרור ותחת כהונתו של מאיר דגן יוחסה לו הריגת בכירי טרור בחו"ל, בכלל זה הריגת עימאד מורנייה, המפקד הצבאי של חזבאללה, ומחמוד אל-מבחוח, בכיר בחמאס. בנוסף, חלק נכבד בפעילות המוסד בתקופה זו הוקדש לסיכול תוכנית הגרעין האיראנית. על פי העיתונות, פעולותיו של המוסד תחת מאיר דגן נחלו הצלחה וגרמו לעיכובים משמעותיים בתוכנית האיראנית, ודגן עצמו העריך שלאיראן לא יהיה נשק גרעיני לפני 2015.‏^[32] אחד משיאי הפעילות של המוסד נגד איראן היה חשיפת תוכנית הנשק הגרעיני של איראן אחרי שפרץ לארכיון סודי בטהראן והבריח את תכולתו, למעלה מ-100,000 מסמכים וקובצי מחשב, לישראל.

במהלך העשור השני של המאה ה-21 העביר המוסד לסוכנויות הביון והביטחון בארצות הברית ובאירופה מידע מודיעיני והתרעות קונקרטיות על פיגועים שתכנן לבצע דאעש. מידע זה אפשר סיכול עשרות פיגועים.^[33] ביולי 2018 סיכל המוסד, ביחד עם סוכנויות הביון של צרפת, גרמניה ובלגיה, פיגוע טרור ענקי שתכננה איראן נגד גולים איראנים בצרפת.^[34] בעקבות הסיכול נעצרו מספר סוכנים איראנים וצרפת הטילה סנקציות על מספר ארגונים וסוכנים איראניים. באוקטובר 2018 סיכל המוסד פיגוע שתכנן המודיעין האיראני נגד פעילי אופוזיציה בדנמרק. בדצמבר 2019 סייע המוסד בסיכול גל פיגועים באירופה (כולל מתן מודיעין שהביא למעצר 20 מחבלים בדנמרק).^[35]

בשנת 2017 הקים המוסד את "ליברטאד" – קרן להשקעה בחדשנות טכנולוגית בתחומים שמעניינים את המוסד.^[36]

במלחמת חרבות ברזל עסק "המוסד" במאמץ להשבת החטופים. בנוסף עסק "המוסד" בסיכול פיגועים נגד ישראלים ויהודים, בהתמודדות מול חזבאללה ובמתן פתרונות טכנולוגיים ללוחמים בשדה הקרב, בהם מיגון רק"ם, רובוטים ומערכות זיהוי פנים לאיתור מחבלים.^[37]

מטבע הדברים, רוב פעילותו של המוסד חשאית, אבל עם פעולותיו שזכו לפרסום רשמי או לאישוש ברור נמנות:

• מבצע ברן – חטיפתו של קצין צה"ל אלכסנדר ישראל ממדינה במערב אירופה, שם הציע לרגל עבור מצרים (1954). ישראל, שהורדם לאחר החטיפה, מת במהלך הטסתו לישראל, וגופתו הושלכה לים התיכון.^[38]
• חשיפת "הנאום הסודי" של ניקיטה חרושצ'וב (1956) שבו הוא מוקיע את פשעי סטלין.
• העלאת יהודים ממרוקו לישראל בשנים 1956–1964, באמצעות פעילות ארגוני "המסגרת".
• חטיפת אדולף אייכמן, מבכירי המשטר הנאצי בגרמניה, מארגנטינה והבאתו למשפט בישראל (1960).
• פרשת יוסל'ה שוחמכר – יוסל'ה שוחמכר, שהופקד על ידי הוריו אצל סבו החרדי בגלל מצבם הכלכלי, סירב להחזירו להוריו, בשל אורח חייהם החילוני. יוסל'ה הוחבא בישראל ולאחר מכן הוברח אל מחוץ לישראל, עד שאותר על ידי המוסד והוחזר להוריו (1962).
• סיוע למורדים המלוכנים התימנים, שנלחמו נגד צבא מצרים בתקופת מלחמת האזרחים בתימן (1964–1966; ראו גם מבצע רוטב).^[39]
• הריגת פושע המלחמה הלטבי הרברטס צוקורס באורוגוואי (1965).
• מעורבות בהריגת מנהיג האופוזיציה המרוקאי מהדי בן ברכה (1965). מעורבותו של המוסד בפרשה זו גרמה לסערה פוליטית בישראל.
• פעולה חשאית בצרפת, שבמהלכה נהרג איש המוסד ניסים בנימין (1965).
• מבצע יהלום – הבאת מטוס המיג 21 העיראקי עם הטייס העריק מוניר רדפא לישראל (1966).
• תפיסת חוליית אנשי המוסד במערב גרמניה לאחר שפרצו לביתה של סופי מילר, רעייתו של היינריך מילר, מפקד הגסטפו.^[40]
• מבצע זעם האל להריגתם של האחראים לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן (1972–1973).
• מבצע אביב נעורים – סיוע לכוחות צה"ל (סיירת מטכ"ל, שייטת 13 וגדוד 50) לאתר ולחסל מחבלים בכירים באש"ף בלב ביירות (1973).
• מבצע צרבת – סיכול הפלת מטוס אל על בקניה (1976) על ידי חמישה מחבלים מארגון החזית העממית לשחרור פלסטין, באמצעות שני טילי כתף מסוג סטרלה.^[41]
• השגת מידע והפעלת קשרים בקניה שאיפשרו לבצע את מבצע אנטבה (1976).
• הריגת בכיר החזית העממית ודיע חדאד באמצעות רעל ביולוגי בגרמניה המזרחית (1978).
• הריגתו של עלי חסן סלאמה (הנסיך האדום) בחוצות ביירות בזמן שחזר מאירוע משפחתי, בעזרת מכונית תופת בשלט רחוק שנצמדה למכוניתו (1979).^[42]
• חטיפת מרדכי ואנונו ברומא (1986).
• הכנת התשתית בחילוץ יהודי אתיופיה (מבצע משה ומבצע שלמה).^[43]
• מבצעים חשאיים לחילוץ יהודי סוריה^[44] ויהודי תימן.^[45]
• מבצע הצגת תכלית להריגתו של אבו ג'יהאד (ח'ליל אל-וזיר) בעיר תוניס בירת תוניסיה יחד עם לוחמי סיירת מטכ"ל ושייטת 13 (1988).
• הריגת בכיר אש"ף עאטף בסיסו, שהיה מעורב בטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן, בפריז (1992).
• מותם של שני סוכני המוסד בתאונת דרכים בווינה בעת מעקב אחר ד"ר מג'יד עבאספור, סגן שר ההגנה איראני ואיש הקשר של נחום מנבר^[46] (1993).
• הריגת מנהיג הג'יהאד האיסלאמי פתחי שקאקי במלטה (1995)
• מבצע כורש, בו התבצע ניסיון התנקשות כושל בראש הלשכה המדינית של חמאס, ח'אלד משעל בעמאן (1997).
• תפיסת סוכני מוסד במהלך פעילות מבצעית בשווייץ (1998), פעולה שבה ניסו להתקין מכשירי ציתות לדירתו של עבדאללה זֵיין, מגייס הכספים של חזבאללה באירופה, בקפריסין (1998) ובניו זילנד (2004), פעולה שבה ניסו להשיג דרכון ניו זילנדי.^[47]
• השגת מסמכי הגרעין האיראניים וחשיפת תוכנית הנשק הגרעיני של איראן – בינואר ופברואר 2018. המוסד איתר מחסן בטהראן שבו שמרה איראן ארכיון סודי של תוכנית הגרעין האיראנית ותוכניות שלה לפיתוח נשק גרעיני. המסמכים, בדפוס ובמדיה דיגיטלית, אוחסנו במספר כספות גדולות. סוכני המוסד הצליחו לפרוץ למקום, ולקחו עימם חומר מודיעיני רב במשקל כחצי טון.^[48][9]
• במרץ 2020 בעקבות מגפת הקורונה, פעל "המוסד" להביא לישראל ציוד רפואי הכולל מכונות הנשמה, מסכות וציוד מיגון נוסף.^[49]

הפעולות הבאות מיוחסות למוסד, אף על פי שישראל נמנעה מלתת לכך אישור רשמי (ולעיתים אף הכחישה מעורבות) ואין לכך הוכחות:

• הריגת המהנדס ג'רלד בול אשר פיתח תותח על בהזמנת סדאם חוסיין (1990)^[15]
• הריגת מזכ"ל החזבאללה עבאס מוסאווי (ביחד עם צה"ל) בלבנון (1992)
• הריגת בכיר החמאס עז א-דין שייח' ח'ליל בדמשק (2004)^[50]
• הריגת בכיר הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני מחמוד אל-מג'זוב בצידון (2006)^[51]
• הריגת בכיר חזבאללה עימאד מורנייה^[52] בדמשק^[53] (2008)
• הריגת מנהלו של ראש הלשכה המדינית של חמאס ח'אלד משעל, הישאם פאיז אבו ליבדה בסוריה (2008)
• הריגת בכיר החמאס מחמוד אל-מבחוח בדובאי (2010)^[54]
• הריגת מדעני הגרעין האיראניים מג'יד שהריארי, מסעוד עלי מוחמדי ודריוש רזא'אי ופציעתו הקשה של מדען גרעין איראני בטהראן בשנים 2010 ו-2011^[55][56]
• הריגת כמאל רנאג'ה (ניזאר אבו מוג'האד), בכיר בחמאס ויורשו של אל-מבחוח. רנאג'ה חוסל בדמשק ב-27 ביוני 2012^[57]
• הריגת חסאן א-לקיס,^[58] בכיר החזבאללה בלבנון,^[59] ב-3 בדצמבר 2013
• פעילות נגד תוכנית הגרעין האיראנית: שורה של חיסולים, פיצוצים ומבצעי חבלה במתקני הגרעין ובסיסי הטילים של איראן (חלק מהם יוחסו למוסד), בהם גם נהרג בכיר במשמרות המהפכה האסלאמית, חסן טהראני מוקדם,^[60] שהיה מייסד ומנהל תוכנית הטילים האיראנית
• הריגת בכיר חזבאללה מוסטפא בדר א-דין בדמשק ב-12 במאי 2016^[61]
• הריגת מוחמד א-זווארי, מהנדס חמאס בתוניסיה, ב-16 בדצמבר 2016. א-זווארי עזר לחמאס לפתח ולהפעיל כלי טיס בלתי מאוישים ונורה למוות בתוניסיה. החמאס האשים את המוסד בהריגתו.^[62]
• הריגת פאדי אל-בטש, בוגר אוניברסיטה בעזה, אחראי רכש אמצעי לחימה ומהנדס של החמאס במלזיה, ב-21 באפריל 2018.^[63]
• הריגת שני אנשי משמרות המהפכה האיראניים בלוב.^[64]
• 4 באוגוסט 2018: הריגת מדען סורי בכיר, ד"ר עזיז אסבר, שעבד במכון מחקר לפיתוח נשק כימי וטילים ופיקח על מחסני נשק של איראן וחזבאללה בסוריה. משטר אסד וחזבאללה האשימו בהריגתו את המוסד.^[65]
• לפי הניו יורק טיימס, ב-7 באוגוסט 2020 הרג "המוסד" בטהראן, לבקשת ארצות הברית, את הטרוריסט עבדאללה אחמד עבדאללה המכונה אבו מוחמד אל-מסרי, מספר 2 באל-קאעדה.^[66][67]
• ב-27 בנובמבר 2020 נהרג ביריות הגנרל מוחסן פח'רי-זאדה, ראש תוכנית הגרעין האיראנית ומדען בכיר שעסק בפיתוח נשק גרעיני, בעיירה ליד טהראן. איראן האשימה את המוסד הישראלי בהריגתו ואיימה בנקמה.^[68]
• ב-22 במאי 2022 נהרג ביריות בטהרן חסן סיאד ח'דאיי, קולונל בכוח קודס של משמרות המהפכה האסלאמית שתכנן פיגועים וחטיפת ישראלים בחו"ל. איראן האשימה את "המוסד" בהריגתו.^[69]
• באפריל 2024 נהרג בטהרן ראמין יקטהפראסט פעיל משמרות המהפכה שהיה מעורב בתכנון פיגועים נגד מוסדות יהודיים וישראליים בגרמניה.^[70]
• ב17-18 בספטמבר 2024, במהלך מלחמת חרבות ברזל התפוצצו אלפי מכשירי זימונית ומכשירי ווקי טוקי של פעילי חזבאללה וגרמו לעשרות הרוגים ואלפי נפגעים בצעד שפתח הסלמה נרחבת מצד ישראל כנגד ארגון הטרור^[71].

חלק מהפעולות הנ"ל מתוארות בהרחבה בספרם של מיכאל בר-זהר ונסים משעל, המוסד: המבצעים הגדולים, ועל כך כותבים המחברים במבוא לספר:

כמי שניתחו את פעולות המוסד, את שיטותיו ואת מטרות המבצעים הללו, הגענו למסקנה שהמקורות הזרים צודקים והמוסד הוא הגוף היחיד שמסוגל היה להוציא לפועל פעולות כה מתוחכמות וכה נועזות.

— המוסד: המבצעים הגדולים, הוצאת ידיעות אחרונות וספרי חמד, 2010 (מהדורה מעודכנת), עמ' 17

המוניטין של "המוסד" הביא לעיתים לייחוס יכולות מפתיעות לאנשיו. בשנת 2010, בעקבות תקיפות הכרישים בשארם א-שייח', אמר מושל מחוז דרום סיני שאין לפסול את האפשרות שהמוסד שיגר את הכריש, כדי לתקוף תיירים המבלים באזור.^[72] בשנת 2011 הוחזק נשר שעף מכיוון ישראל ונחת בערב הסעודית בידי כוחות הביטחון הסעודיים בחשד שמכשיר הניווט הלווייני שהוצמד לרגלו הוא מכשיר ריגול של המוסד (למעשה מכשיר הניווט הוצמד אל הנשר במסגרת מעקב אחרי התקדמות תוכנית שיקום אוכלוסיית הנשרים בישראל בחי בר כרמל).^[73] בשנת 2013 הועלו בטורקיה חשדות דומים כלפי בז שטובע בישראל.^[74] העיתון וושינגטון פוסט ניסה להסביר את תפוצת תאוריות הקשר האלה לגבי "המוסד" בכך ש"המבצעים החשאיים האמיתיים של ישראל הם פנטסטיים כמעט כמו הפנטזיות האלה."^[75]

יהודה גיל היה קצין איסוף של המוסד, שהיה אחראי על מקור מודיעיני סורי. בשנת 1997 נעצר והועמד לדין על עבירות של ריגול וגנבה בידי עובד ציבור, באשמה שבמהלך שנות ה-90 העביר מידע כוזב ושלשל לכיסו את הכסף שהועבר אליו לשם הפעלת הסוכן. חלק מהידיעות שהעביר, בשנת 1996, גרמו לבהלה מחשש שסוריה תתקוף את ישראל, ואף להיערכות מיוחדת של צה"ל בגבול הצפון. גיל הורשע ונידון ל-5 שנות מאסר.

ישראלי-אוסטרלי בשם בן זיגייר התגייס למוסד בתחילת שנות ה-2000. נטען שזיגייר עבד בחברת קש של המוסד שמכרה ציוד אלקטרוני לאיראן.^[76] ב-2010 נחשד בעבירות ביטחון, נכלא בכלא איילון תחת זהות בדויה שסיפק המוסד, וב-15 בדצמבר נמצא תלוי בתאו. כאשר התפוצצה הפרשה בפברואר 2013, זומנה ועדת העורכים לפגישה עם ראש המוסד תמיר פרדו לצורך בקרת נזקים. בשנה שלאחר מכן פורסם כי איש מוסד נוסף ("האסיר X2", שדבר קיומו נחשף בעקבות פרשת זיגייר) מוחזק בכלא במשך כעשור, לאחר שהורשע בבגידה.^[77]

ביולי 2012, המליצה המשטרה להעמיד לדין את אחד מראשי האגפים במוסד בחשד לאי סדרים כספיים ומנהליים. הבכיר הכחיש את החשדות נגדו אך הוצא לחופשה כפויה על ידי ראש המוסד, תמיר פרדו, עד להחלטה סופית בעניינו.^[78]

באוגוסט 2021 פורסם כי בכיר במוסד מעל בכספי הארגון, ואולץ לפרוש.^[79]

המוסד פרסם בצעד יוצא דופן, ערב יום העצמאות ה-68 של מדינת ישראל, מודעת כתב סתרים לגיוס עובדים לזרוע הסייבר. במודעה שבה מופיע הלוגו של הארגון מצוינים צירופים, חסרי משמעות לכאורה, של אותיות ומספרים שכמה מהם מודגשים. אולם התברר כי מדובר במודעת גיוס באמצעות כתב חידה סודי.^[80] יותר מ-25 אלף אנשים נענו לאתגר שהציב המוסד במודעת הדרושים הייחודית וניסו לפתור את כתב החידה שבמודעה. הרוב נשרו בדרך, אך עשרות הצליחו וגויסו לשירות.^[80]

בראיון נדיר ל"ליידי גלובס" ב-2012 סיפרו לוחמות המוסד על גיוס גברים ונשים למוסד, מבחני המיון, עבודתן במוסד לצד הקמת משפחה, היחס בין זמן ההכנה לפעולות ובין הפעולות עצמן, העבודה בצוותים, האינטליגנציה הרגשית הנדרשת מהן, אופי הפעילות, הימנעות מתהילה ומאומניפוטנטיות, ושיחות עם אויבים.^[81]

פעמים רבות היו צוותים של "המוסד" שותפים לזכייה בפרס ביטחון ישראל:

שנה	שם הזוכה	הערות
1977	צוות מחקר ופיתוח במשרד הביטחון (כולל ד"ר דוד הזלקורן ואנשי המוסד למודיעין ותפקידים מיוחדים כולל איש המוסד אהרון בן אריה)	ציון לשבח על "קידום טכנולוגי מרשים"
1977	יחידת קיסריה בראשות מייק הררי	צל"ש מוועדת הפרס על פעילות מיוחדת[82]
1988	ישראל רובין	על פעילותו במחלקת הדפוס באגף הטכנולוגי של המוסד
2005	צוות חיל המודיעין והמוסד	"פיתוח של מערכת המהווה הישג טכנולוגי מרשים ביותר, אשר ממנו נבעו הישגים בעלי תרומה מכרעת לביטחון הלאומי"[83]
2005	צוות המוסד וחיל המודיעין (בסיוע השב"כ)	"מבצע יוצא דופן ומערכת מתקדמת, המאפשרים הישגים שהם בבחינת קפיצת מדרגה בערכיותם ובתרומתם לביטחון המדינה"
2006	צוות המוסד ורפאל	"מבצע ��ועז יוצא דופן, שנעשה בו שימוש בטכנולוגיות מתוחכמות ייחודיות, המאפשרות השגת הישגים בעלי תרומה מכרעת לביטחון הלאומי של מדינת ישראל"‏[84]
2007	צוות המוסד	"מבצע נועז, יוצא דופן במורכבותו, שנעשה בו שימוש בטכנולוגיות מתוחכמות, אשר אפשר הישגים בעלי תרומה מכרעת לביטחון הלאומי של מדינת ישראל"[85]
2007	צוות של היחידה הטכנולוגית של אגף המודיעין והמוסד	"פיתוח ויישום של מערכת המהווה הישג טכנולוגי יחיד מסוגו"
2008	שמונה לוחמים מהמוסד למודיעין ותפקידים מיוחדים	"מבצע יוצא דופן במורכבותו ובנחישותו שנעשה בו שימוש בטכנולוגיות מתוחכמות ואפשר השגים בעלי תרומה מכרעת למדינת ישראל"
2019	המוסד	חשיפת תוכנית הנשק הגרעיני של איראן[86][87]
2020	פרויקט של "המוסד", רפאל, חיל האוויר ויחידת האיסוף המרכזית באגף המודיעין	"מקנה לצה"ל יכולות ייחודיות, בוצעו פריצות דרך טכנולוגיות והופגנו חזון יוצא דופן, יצירתיות ונחישות".
2020	א' מ"המוסד" על פעילות בתחום הסייבר[88]	פרס מפעל חיים "על תרומה ארוכת שנים לביטחון המדינה ועל יזום פתרונות טכנולוגיים רבים, תוך הפגנת כישרון יוצא דופן, יצירתיות, סקרנות ותעוזה"
2021	פרויקט של חטיבת הספקטרום וההגנה בסייבר באגף התקשוב בצה"ל בשיתוף עם מלמ"ב במשרד הביטחון, מערך הסייבר הלאומי, המוסד, שירות הביטחון הכללי ואגף המודיעין	"הפרויקט בוצע בתעוזה ונחישות גבוהים, התמודד עם פערי ידע טכנולוגיים חסרי תקדים ומאפשר קפיצת מדרגה ביכולות צה"ל"
2021	פרויקט של יחידה 81 באגף המודיעין בשיתוף חיל האוויר, מפא"ת, רפאל, תע"א והמוסד	"הושגה במסגרתו "יכולת מקצועית, ייחודית ומשמעותית של צה"ל. הקניית יכולת זו לצה"ל נבעה מפריצות דרך ופיתוחים ייחודיים וייעודיים תוך הפגנת תעוזה, חזון, נחישות ויצירתיות פרי עמלם ושילובם של הגורמים המעורבים"
2022	יחידה 8200, המוסד, השב"כ, מלמ"ב	פרויקט שמטרתו פיתוח יכולות מעצמתיות, פורצות דרך, בדרכים מגוונות וייחודיות[89]
2022	המוסד, יחידת המו"פ במפא"ת, התעשיות הביטחוניות	פרויקט שמטרתו שמירה על היתרון האיכותי של מדינת ישראל אל מול איומים אסטרטגיים

כמחצית מראשי המוסד צמחו בתוכו, והיתר הם אלופים שפרשו מצה"ל והתמנו לראשות המוסד.

מינוי ראש המוסד למודיעין ותפקידים מיוחדים נעשה על ידי ראש הממשלה באופן אישי, ללא צורך באישור הממשלה או גוף פיקוח אחר (בניגוד לראש המטה הכללי או ראש השב"כ). המינוי נבדק על ידי הוועדה המייעצת למינוי בכירים בשירות המדינה. ראש המוסד מתמנה לתקופה של חמש שנים וראש הממשלה רשאי להאריך את כהונתו בשנה נוספת ללא תנאים כלשהם.^[90]

עד שנת 1996 היה שמו של ראש המוסד חסוי. המוסד טען באותם ימים כי החשאיות מאפשרת לראש המוסד לנוע בעולם באופן חופשי. בעקבות ביקורת ציבורית החליטה הממשלה לחשוף את שמו של ראש המוסד עם כניסת דני יתום לתפקיד.

מספר	דיוקן	שם ותקופת חיים	תחילת כהונה	סיום כהונה
1		ראובן שילוח (1909–1959)	13 בספטמבר 1949	22 בספטמבר 1952
2		איסר הראל (1911–2003)	22 בספטמבר 1952	25 במרץ 1963
3		מאיר עמית (1921–2009)	26 במרץ 1963	1 בספטמבר 1968
4		צבי זמיר (1925–2024)	1 בספטמבר 1968	1 בספטמבר 1974
5		יצחק חופי (1927–2014)	1 בספטמבר 1974	12 בספטמבר 1982
6		נחום אדמוני (1929–)	12 בספטמבר 1982	19 באפריל 1989
7		שבתי שביט (1939–2023)	19 באפריל 1989	1996
8		דני יתום (1945–)	1996	אפריל 1998
9		אפרים הלוי (1934–)	אפריל 1998	10 בספטמבר 2002
10		מאיר דגן (1945–2016)	10 בספטמבר 2002	6 בינואר 2011
11		תמיר פרדו (1953–)	6 בינואר 2011	6 בינואר 2016
12		יוסי כהן (1961–)	6 בינואר 2016	1 ביוני 2021
13		דוד ברנע (1965–)	1 ביוני 2021	מכהן

בעבר נקראו חלק ממלאי התפקיד בשם "המשנה לראש המוסד", ולעיתים כיהנו בו שני אנשים במקביל. בשנים האחרונות, אמון סגן ראש המוסד על מנהלת המבצעים של הארגון.

כשלושה סגני ראש מוסד המשיכו ומונו לראש הארגון ביניהם נמנים תמיר פרדו, יוסי כהן, ודוד ברנע.

שם	תקופת כהונה[91]
איזי דורות	1953–1963
יעקב כרוז ושמואל טולידאנו	1964–1966
דייב קמחי	1966–1971
שלמה כהן אברבנאל	1971–1976
נחום אדמוני	1976–1978
בני זאבי	1978–1982
נחיק נבות	1982–1985
שמואל גורן	1985–1990
אפרים הלוי ועליזה מגן	1990–1995
עליזה מגן	1995–1998
עמירם לוין	1998–2000
אילן מזרחי	2000–2002
תמיר פרדו וחגי הדס	2002–2005
נפתלי גרנות	2005–2007
תמיר פרדו	2007–2009
רם בן ברק	2009–2011
יוסי כהן	2011–2013
נ'	2013–2015
אהוד לביא	2015–2018
דוד ברנע	2019–2021
ה'	2024-2021
ע'	2024-מכהן

בעקבות המבצעים המיוחדים שלו ופעולותיו המתוחכמות והנועזות, המוסד זוכה להילה של ארגון חשאי נועז ומתוחכם בעל יכולות פנטסטיות בישראל וברחבי העולם. כך, למשל, בסרטים הוליוודיים רבים, המוסד מוזכר בנשימה אחת עם סוכנויות ביון משפיעות בעולם, כגון SIS הבריטית (ידועה כ-MI6), ק.ג.ב. הרוסית, או CIA האמריקנית, ולעיתים אף מוצג בעל יכולות גבוהות משל אלו. להלן רשימה (חלקית) של דוגמאות לכך:

• הסרט מינכן של סטיבן ספילברג עוסק במבצע זעם האל והריגת מחבלי ספטמבר השחור, ומנסה להציג את הדילמות מאחורי ההתנקשויות. הסרט זכה לביקורות מעורבות ואמנון ליפקין-שחק, שהיה מעורב במבצע אביב נעורים ואחר כך כיהן כרמטכ"ל, אמר שהסרט מציג את סוכני המוסד כחובבנים, אף על פי שמדובר בלוחמים מקצוענים ומיומנים ביותר שביצעו עבודה חלקה ויעילה בהריגת המחבלים המעורבים בטבח הספורטאים במינכן.
• הסרט "כידון" בבימויו של עמנואל נקש (2013) מבוסס על פרשת הריגתו של מחמוד אל-מבחוח.
• הסרט הישראלי "ללכת על המים".
• הסרט "החוב" משנת 2007, בבימויו של אסף ברנשטיין, והרימייק שלו, "החוב" (2011).
• הסרט הישראלי "המוסד" – סרט קומדיה שיצא לאקרנים בישראל ביוני 2019 ומהווה פרודיה על ארגון המוסד.
• הסרט הישראלי "מבצע חמניה".
• הסרט "מבצע פינאלה" בהפקת נטפליקס, מתאר את מאמצי המודיעין הישראלי בלכידת קצין האס אס אדולף אייכמן.
• הסרט "אתר הצלילה בים האדום" משנת 2019, הסרט מתאר פעילות המוסד בסודאן להעלאת יהודי אתיופיה מסודאן לישראל.
• בסרט השוד האמריקאי "האיש שבפנים" מוזכר המוסד כהתלוצצות בין שני בני ערובה.
• בסרט האמריקאי "הספירה לאחור: ירושלים", נעזרים סוכני ה-FBI במוסד.

• מיני סדרה ישראלית, "רשימת חיסול", שיצר אלון בן דוד ברשת 13, 2019, עוסקת בחמישה סיפורי חיסול של "המוסד" וגופי הביון של מדינת ישראל.
• המוסד מופיע בסדרת הטלוויזיה NCIS ומהווה חלק חשוב בעלילה. העונה השלישית עוסקת בסוכן כפול בשם ארי המופעל על ידי המוסד והחמאס. כמו כן, לצוות של גיבס מצטרפת סוכנת המוסד זיווה דוד, בתו של ראש המוסד אלי דוד. בהתחלה היא משמשת כקצינת קישור של המוסד המסייעת ל-NCIS אך בסוף העונה השביעית היא עוזבת את המוסד ומצטרפת ל-NCIS. זיווה דוד היא אחת הדמויות הראשיות של הסדרה ומשמשת כחלק קבוע מהצוות של גיבס. היא מתוארת כלוחמת מיומנת ביותר. בסדרה מופיעים סוכני מוסד נוספים: מייקל ריבקין, המחסל חוליית טרור ערבית בארצות הברית, ואלי דוד, ראש המוסד ואביה של זיווה. בעונה השמינית מוקדש פרק כפול לביקורו של ראש המוסד ב-NCIS.
• המוסד מהווה חלק מרכזי בעלילת העונה השנייה של הדרמה "תא גורדין".
• סדרת הטלוויזיה "המדרשה" עוסקת בקורס ההכשרה לכאורה של סוכני המוסד.
• סדרת הריגול הבריטית "ספוקס".
• הסדרה האמריקאית "הרשימה השחורה" הסוכנת נוואבי הגיעה מהמוסד כסוכנת FBI כפרופילית
• בסדרה האמריקאית - בריטית "מכת המחץ" מופיעה דמות אורח בתפקיד סוכנת מוסד, שמשיגה לא פעם את הסוכנים של הסוכנות הבריטית.
• בסדרה האמריקאית "פרשיות סמויות" לעיתים מופיע סוכן מוסד, שמסייע לסוכנת ה-CIA אנני ווקר ומחלץ אותה כשאין אף אחד אחר שיכול לעזור לה.
• המיני סדרה "אלי", גם היא בהפקת נטפליקס, המבוסס על סיפור הכשרתו, פעילותו ותפיסתו של המרגל המפורסם ביותר של הארגון (על אף שבמציאות חלק גדול מתקופת פעילותו הייתה תחת חיל המודיעין בצה"ל), אלי כהן.
• סדרת הטלוויזיה "טהרן", ששודרה ב"כאן 11" בשנת 2020, עוסקת בסוכנת של "המוסד" שנשלחה למשימה בטהראן.

• ספריו של מישקה בן-דוד: "דואט בביירות", "מפגש בברלין", "ביקור אחרון במוסקבה" ו"תחנה סופית אלג'יר" וספריו של אילן מורדוף
• הרומן של חיים באר, "חלומותיהם החדשים", עוסק באיש "המוסד" בדימוס, המתכנן את כתיבת הרומן הראשון שלו, ובדרך לכך מעלה זכרונות משירותו ב"מוסד", ואף מנצל את הקשרים שטווה בתקופה זו.
• ספרו של ג'ון לה קארה, "המתופפת הקטנה", הוא מותחן ריגול שיצא לאור בשנת 1983, ומתאר את המצוד שמנהלים סוכני "המוסד" אחר מחבלי אש"ף באירופה. הספר עובד לסרט בשם זהה.
• הספר "המתנדב"; ביוגרפיה של סוכן מוסד נכתב על ידי מייקל רוס וג'ונתן קיין. הספר מספר את סיפורו של מייקל רוס, צעיר שעלה מקנדה התגייס לנחל והתחתן עם בת קיבוץ בצפון ועל ההתנדבות שלו למוסד; על תהליך הגיוס ועל המבצעים שהשתתף בהם.
• סדרת ספריו של דניאל סילבה, העוסקת באיש המוסד גבריאל אלון ודמויות נוספות.
• סדרת הספרים "שליחות חשאית" של דנה אלעזר-הלוי שעוסקת בחבורת ילדים המגויסים למוסד ופועלים ברחבי העולם.
• סדרת הספרים "מרגל להשכרה" מאת יונה ספיר – הסדרה מתמקדת בעיקר בסוכן על, בשם אייל גלבוע על משימותיו בשירות המוסד ולאחריו.
• ספר המתח שירת הברבור מאת טל בר מתאר את סוכן המוסד דניאל גורדון.^[92]
• ספר המתח טפליין מאת ל.יפתח מתאר את של סוכן המוסד נתן, לוחם יחידת כידון של אגף המבצעים "קיסריה".
• רומן הריגול משחק הדממה מאת ערן בן עמי מתאר את סיפורם ינאי לוין, מפקד צוות לוחמים בשייטת 13, ומאיר הררי, ראש המוסד.

• גד שמרון, המוסד והמיתוס, ירושלים: הוצאת כתר, 1996
• יוסי מלמן ודן רביב, תל אביב: מרגלים לא מושלמים, הוצאת מעריב, 1990; ספר חדש ומעודכן: יוסי מלמן, מרגלים לא מושלמים: המבצעים הגדולים של המוסד הישראלי, פרשות הריגול והתקלות שהדהימו את העולם, הוצאת תכלת, 2020
• אפרים הלוי, אדם בצל, הוצאת מטר, 2006
• רונן ברגמן, נקודת האל חזור, הוצאת כנרת זמורה ביתן, 2007
• רונן ברגמן, מדינת ישראל תעשה הכל, הוצאת כנרת זמורה ביתן, 2009
• יוסי מלמן ואיתן הבר, המרגלים, תל אביב: הוצאת ידיעות אחרונות וספרי חמד, 2002
• תומאס גורדון, מרגלי גדעון, הוצאת אור-עם, 1999
• מייקל רוס, המתנדב, ביוגרפיה של סוכן מוסד, (תרגום מאנגלית: עמירה שגב), תל אביב: הוצאת משכל, תשס"ח-2007
• דני יתום, "שותף סוד: מסיירת מטכ"ל ועד המוסד", ידיעות ספרים, 2009
• צבי זמיר, בעיניים פקוחות: ראש המוסד מתריע: האם ישראל מקשיבה?, בהוצאת כנרת זמורה-ביתן דביר, 2011
• יועז הנדל ויעקב כץ, ישראל נגד איראן, מלחמת הצללים, בהוצאת כנרת זמורה-ביתן, 2011
• מיכאל בר-זהר ונסים משעל, המוסד: המבצעים הגדולים, הוצאת ידיעות אחרונות וספרי חמד, תל אביב 2010
• יוסי מלמן ודן רביב, מלחמות הצללים: המוסד וקהילת המודיעין, הוצאת ידיעות ספרים, 2012
• משה זונדר, סיירת מטכ"ל, כתר ספרים, 2000
• אהרון קליין, איש המבצעים, סיפורו של מייק הררי, מפקד היחידה המבצעית של המוסד, כתר ספרים, 2014
• כלילה מגן, חשופים בעלטה: המוסד, השב"כ והתקשורת הישראלית. הוצאת ידיעות ספרים, 2017
• מישקה בן דוד, "דואט בביירות", "מפגש בברלין", "אהבה אסורה בפטרבורג", "תחנה סופית אלג'יר", "ביקור אחרון במוסקבה"
• רונן ברגמן, Rise and Kill First, הוצאת רנדום האוס, 2018
• אפרים לפיד, לוחמי הסתר - המודיעין הישראלי מבט מבפנים, ידיעות ספרים, 2017, עמ' 131–180
• ראובן מרחב, מקום במרחב – כשהאדם נפגש עם נתיבות ההיסטוריה, ידיעות ספרים, 2022
• ניסים משעל ומיכאל בר-זהר, לוחמות המוסד, ידיעות ספרים, 2021^[93][94]

מיזמי קרן ויקימדיה
ציטוטים בוויקיציטוט: המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים
תמונות ומדיה בוויקישיתוף: המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים

• אתר האינטרנט הרשמי של המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים (בעברית ובאנגלית)
• המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית פייסבוק
• המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית אקס (טוויטר)
• המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית אינסטגרם
• המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית LinkedIn
• אתר המ.ל.מ. - המרכז למורשת המודיעין, להנצחת חללי קהילת המודיעין
• יוסי מלמן, את מי נחסל הבוקר, באתר הארץ, 18 בפברואר 2005
• נדב שרגאי, מכירת חיסול, באתר ישראל היום, 5 בפברואר 2010
• ניר מן, האנטנה ששירתה את המוסד בראשית ימיו הופכת לאנדרטה לימים אחרים, באתר הארץ, 26 באוגוסט 2010
• ערן אלדר, דמיון חופשי: הספר שמפרק את מיתוס המוסד, באתר nrg‏, 9 באוגוסט 2012
• אריק בנדר, אנשי המוסד המצטיינים: "יותר טובים מ'סקייפול'", באתר nrg‏, 13 בדצמבר 2012
• אלון בן דוד, מבעד לצללים: האם המוסד מוריד פרופיל?, באתר nana10‏, 14 ביוני 2013; במקור, כתבה מתוך "שישי", חדשות 10
• יוסי מלמן ודן רביב, פרסום בלעדי: המתנקשים; פרק מספרם החדש של יוסי מלמן ודן רביב על מלחמות הצללים של המוסד הישראלי, אתר "israeli life usa",‏ 18 בספטמבר 2012
• מאיר דגן, 'המוסד': החזון והמציאות (עמ' 20–21) ושמעון אביבי, רשות מרכזית למודיעין בחוץ לארץ - הקמת 'המוסד' (עמ' 36–41), בספר: עמוס גלבוע ואפרים לפיד (עורכים), מלאכת מחשבת - 60 שנות מודיעין ישראלי - מבט מבפנים, ידיעות ספרים, 2008
• יובל מלחי, פרק 189: יעלי – לוחמת המוסד, באתר "קטעים בהיסטוריה", 9 במאי 2017
• בעקבות פרסום המחקר על מאמצי המוסד במרדף אחר פושעים נאצים:
  • יוסי חן (חיניץ), המרדף אחרי פושעי מלחמה נאציים: היערכות המטה: "עמל", "מסר" ו"עמל-מסר", פרסום מחלקת היסטוריה של המוסד באתר יד ושם, 2007
  • יוסי חן (חיניץ), נשיאים ורוח וגשם אין: בעקבות פושעי מלחמה נאציים שלא באו על עונשם, פרסום מחלקת היסטוריה של המוסד באתר יד ושם, 2007
  • יוסי חן (חיניץ), חיפוש המחט בערימת השחת: בעקבות "רופא המוות" מאושוויץ - יוזף מנגלה, פרסום מחלקת היסטוריה של המוסד באתר יד ושם, 2007
  • יוסי מלמן, ‏מראש הגסטפו ועד מנגלה: כך כשל המוסד במרדף אחר בכירים נאצים, באתר מעריב אונליין, 25 באפריל 2023
  • תכניות ההתנקשות הדרמטיות והתקלות שבדרך: הנאצים שנמלטו מהמוסד, באתר מעריב אונליין, 6 בספטמבר 2017 - כתבת המשך
  • סער הס, רשימת החיסול נחשפת: הנאצים שחמקו מהמוסד, באתר ynet, 9 בספטמבר 2017
  • עופר אדרת, פושעים נאציים בשירות המוסד, באתר הארץ, 24 במאי 2023
• אמיר שואן, אמירה לם, לוחמות הצללים, באתר "ידיעות אחרונות", 13 בדצמבר 2017
• יוסי מלמן, ‏לסרט על המבצע באיראן יקראו "כהן והנועזים", באתר מעריב אונליין, 5 במאי 2018
• יגאל בן-נון, "איש לח"י שארגן קורס ראשון לאנשי שירות הביטחון המרוקני", האומה (הגיליון החדש), גיליון 221, פברואר 2021, עמודים 43–49
• המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית)
• בראש של המוסד - מי יכול להיות לוחם מוסד?, בערוץ כאן 11, דצמבר 2020
• אופק רימר, מגלים טפח, מגלים טפחיים: הזדמנויות וסיכונים בחשיפות המודיעין של ישראל, עדכן אסטרטגי, כרך 23, גיליון 4, המכון למחקרי ביטחון לאומי, אוקטובר 2020, עמודים 95–100.
• אמיר אורן, על החיפוש של ראשי המוסד לדורותיהם אחר תהילה אישית, מגזין ליברל, 07.07.2021
• 70 שנה למוסד - גיליון מיוחד א', מבט מל"מ 85, דצמבר 2019
• 70 שנה למוסד - גיליון מיוחד ב', מבט מל"מ 86, אפריל 2020
• "הברית הסיגינטית" בין המוסד ל-8200, מודיעין - הלכה ומעשה, גיליון 7: שילוביות ושיתופי פעולה בקהילת המודיעין בישראל, נובמבר 2021, עמודים 32–35
• א', ‏"מסמכים מספרים" את ההיבטים הארגוניים: עוד זווית ראייה על "המוסד" בראשית הדרך, מבט מל"מ 93, פברואר 2023, עמ' 55
• ישראל, המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, דף שער בספרייה הלאומית

קהילת המודיעין הישראלית
יחידות מודיעין בצה"ל	אגף המודיעין • חיל המודיעין• להק המודיעין • מספן המודיעין • מחלקות המודיעין בפיקודים המרחביים
משרד ראש הממשלה	המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים • שירות הביטחון הכללי• המטה לביטחון לאומי
משרד החוץ	המרכז למחקר מדיני
משטרת ישראל	אגף המודיעין במשטרת ישראל
ארגונים לשעבר	נתיב (לשכת הקשר) • הלשכה לקשרי מדע • ש"י • חיל האיסוף הקרבי • משרד המודיעין
ארגונים נוספים	ועדת ראשי השירותים • המרכז למורשת המודיעין