Ha transcurrido dos años desde el ataque del CCG a Anteiku. La atmósfera de todo Tokio ha cambiado drásticamente debido al incremento de la influencia del CCG, los Ghouls continúan siendo un problema ya que han comenzado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista ghoul del Árbol Aogiri, quienes reconocen la amenaza que el CCG significa para ellos, llevando a cabo.

Una nueva escuadra experimental fue creada, conocida como Escuadra Quinx, quienes podrán proporcionar al CCG el impulso necesario para exterminar a los ghouls de una vez por todas. Los Quinx, son humanos que se han sometido a una cirugía para poder utilizar las habilidades de un ghoul. El líder de este grupo, Haise Sasaki, es un mitad ghoul mitad humano, que ha sido entrenado por el afamado investigador de clase especial, Kisho Arima. Sin embargo, hay más en este joven de lo que parece, como recuerdos misteriosos que yacen en su memoria, recordando lentamente la persona que solía ser.