種痘所(しゅとうしょ)とは、日本の江戸時代末期において天然痘の予防及び治療を目的に設立された医療機関。特に1858年に伊東玄朴らによって開設された「お玉ヶ池種痘所」(東京大学医学部発祥の地、前身)が有名である。