Chakotay

Chakotay ist ein Mensch indianischer Herkunft. Er hat uramerikanische Vorfahren aus der Gegend um Arizona und ist ein sehr spiritueller Mensch, der darüber hinaus vegetarisch lebt. (VOY: Arbeiterschaft, Teil I, Die Kooperative)

Kindheit[]

Er wird 2329 in einer Kolonie nahe der cardassianischen Grenze geboren, wo er aufwächst und auch andere Mitgliedern seines Stammes, des Kautschukbaumvolkes, leben. (VOY: Tattoo)

Als Junge kümmert er sich um seinen Großvater, der unter Halluzinationen leidet, welche durch einen Gendefekt ausgelöst sind. Der Gendefekt kann bei Chakotay noch vor seiner Geburt unterdrückt werden, später jedoch wird er von Wesen aktiviert, die versuchen, mit der USS Voyager in Kontakt zu treten. (VOY: Der Fight)

Er regt sich als Kind oft darüber auf, dass sein Stamm sich nicht wie andere Stämme an das 24. Jahrhundert anpasst. Sein Vater, der die alten Traditionen seines Volkes pflegt, ist darüber sehr enttäuscht. Eines Tages begleitet er seinen Vater auf einer Expedition zum Kautschukbaumvolk. Darüber ist er nicht erfreut, da er von seinem Zuhause und seinen Freunden getrennt wurde. (VOY: Tattoo)

Seitdem er sechs Jahre alt ist, interessiert sich Chakotay für Paläontologie. (VOY: Ein kleiner Schritt)

Seine Mutter hat ständig einen verspannten Nacken. Nur Chakotay traut sie eine Massage zu, die es nicht noch verschlimmert. (VOY: Entscheidungen)

Chakotay hat eine Schwester. (VOY: Die Veröffentlichung)

Karriere in der Sternenflotte[]

Mit 15 Jahren tritt er, gefördert von Captain Sulu, aber gegen den Willen seines Vaters Kolopak in die Sternenflottenakademie ein. (VOY: Tattoo)

Chakotay hat auf der Akademie die Angewohnheit, sehr unordentlich zu sein. (VOY: Ein Jahr Hölle, Teil I)

Bei seinem ersten Einsatz dient er auf einem Raumschiff, welches den Erstkontakt mit den Tarkannanern herstellen soll. Er hat dieses Volk gründlich studiert und nervt nun den Captain solange, bis dieser ihn in das diplomatische Team aufnimmt. Als die Delegierten der Tarkannaner an Bord des Schiffes kommen, begrüßt er sie mit der traditionellen Geste für Hallo. Er streckt einen Arm aus, umschließt mit der anderen Hand dessen Handgelenk und lässt nun den Arm kreisen. Er weiß jedoch nicht, dass es für Männer und Frauen unterschiedliche Gesten gibt. Somit hat er der Botschafterin der Tarkannaner einen unsittlichen Antrag gemacht. (VOY: Unschuld)

Er nimmt auch an einer Ausgrabung auf Ktaria VII teil. Als Andenken an diese Mission, nimmt er einen Stein aus einer Grabstätte mit. Später erkannte er, dass es ein heiliger Stein war. Unwissentlich hatte er das Grab entweiht. (VOY: Das Unv­orstell­bare)

Das letzte Mal, dass Chakotay das Sternenflottenhauptquartier besucht, ist der 3. März 2368. Er legt an diesem Tag sein Offizierspatent nieder und beendet somit seine Karriere in der Sternenflotte. (VOY: In Fleisch und Blut)

Beim Maquis[]

Chakotay verlässt die Sternenflotte und schließt sich dem Maquis an, weil er den Platz seines Vaters einnehmen will, der kurz zuvor im Kampf gegen die Cardassianer bei der Verteidigung von Dorvan V stirbt. Durch seine exzellente Führungsstärke steigt er dort rasch auf und erhält bald das Kommando über die SS Val Jean, einen Maquis-Raider, und deren Besatzung. (VOY: Der Fürsorger, Teil I, Tattoo)

Seine Ingenieurin B'Elanna Torres findet seinen Humor während ihrer gemeinsamen Dienstzeit auf der SS Val Jean nicht sehr komisch. (VOY: Die Parallaxe)

Zusammen mit seiner Crew wird er dann 2371 von dem Fürsorger in den Delta-Quadranten verschleppt. (VOY: Der Fürsorger, Teil I)

Delta-Quadrant[]

2371[]

Im Delta-Quadranten müssen er und seine Crew mit der der USS Voyager wegen hoher Verluste an Menschenleben und der Zerstörung des Maquisschiffes durch die Kollision mit der Raumstation des Fürsorgers zusammenarbeiten, um einen Weg zurück in den Alpha-Quadranten zu finden.

Chakotay willigt ein, dass seine Crew auf der Voyager dienen soll, eine andere Wahl hat er kaum. Er selbst wird Erster Offizier auf der Voyager. Er ist unter den neu aufgenommenen Maquis der einzige, der in seiner Vergangenheit nicht nur Sternenflotten- sondern auch Kommandoerfahrung hat. Nachdem B'Elanna Torres Joseph Carey im Maschinenraum angegriffen hat, befiehlt er Tuvok den Vorfall nicht weiter zu verfolgen. Statt einer formellen Untersuchung, will er sich zunächst Torres' Version anhören und dann den Captain informieren. Kurz darauf schlagen Seska und Jarvin ihm vor, zu meutern und das Schiff zu übernehmen. Dieses Ansinnen weist Chakotay jedoch entschieden zurück und droht ihnen mit Arrest, falls sie noch einmal solche Ideen äußern würden. Als er Torres Quartier betritt, wirft sie eine Schüssel in Richtung der Tür, welcher der Commander jedoch ausweichen kann. Dann gibt er ihr den medizinischen Bericht über Carey. Er teilt ihr in lautstark, aber in noch angemessenem Ton mit, dass sie ihm die Arbeit erschwert hat, da Tuvok B'Elanna vors Kriegsgericht bringen und der Maquis meutern will. Er verlangt von ihr, sich zu entschuldigen, da sie die Unterstützung von Carey und den Sternenflotteningenieuren braucht, wenn sie Chefingenieurin sein wird.

Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere, übergibt Chakotay Janeway eine Liste mit Maquis, die gute Offiziere abgeben würden. Auf der Liste steht auch B'Elanna Torres, was Janeway zunächst skeptisch zur Kenntnis nimmt. Bei der Planung der Rettungsaktion für ein vermeintlich in einer Singularität gefangenes Raumschiff, bittet er über Interkom Torres um Vorschläge. Janeway ist nicht davon begeistert, dass Chakotay Carey als ranghöchsten Offizier im Maschinenraum übergangen hat und teilt ihm dies in ihrem Bereitschaftsraum mit. Während Janeway und Torres den Subraumspalt weiten, übernimmt Chakotay das Kommando über das Schiff. (VOY: Die Parallaxe)

Auf der Voyager wird er auch der Vorgesetzte von Thomas Eugene Paris, der während seiner ersten Maquis-Mission gefasst worden ist und jetzt der Voyager als „offizieller Beobachter“ und brillanter Pilot dient. Paris rettet auch auf Ocampa Chakotays Leben, als die Schiffe im Delta-Quadranten ankommen. (VOY: Der Fürsorger, Teil II)

Bald darauf leitet er ein Außenteam, dass vermeintliche Dilithium-Lagerstätten auf einem Planeten untersucht. Nachdem Neelix von einem Vidiianer angegriffen wird, lässt er das Außenteam auf die Krankenstation beamen und assistiert dem Doktor bei der Rettung von Neelix. Während Janeway das Außenteam leitet, welches Neelix' Lungen sucht, kommandiert er die Voyager. Er informiert Janeway darüber, dass der Fremde von der Oberfläche mit einem Raumschiff geflohen ist und nicht mit dem Traktorstrahl aufgehalten werden konnte. (VOY: Trans­plantationen)

Wenig später zeigt er Janeway sein Medizinbündel und hilft ihr bei der Suche nach ihrem Tierischen Berater. Als die Voyager wenig später in einer nukleogenen Lebensform gefangen wird, erkennt er, dass nukleogene Ströme durch das Lebewesen fließen und deutet diese als Zirkulationssystem. Daraufhin schlägt er vor, diese Ströme zu nutzen um zum Ausgang zu gelangen. Dieser Plan ermöglicht es schließlich der Voyager die Lebensform wieder zu verlassen. (VOY: Der mysteriöse Nebel)

Als die Voyager ein Mikrowurmloch entdeckt, überwacht er den Kommunikationsversuch über eine Mikrosonde von der Brücke aus. Während Janeway mit dem Doktor auf der Krankenstation, wegen dessen Problemen mit der Crew, spricht, hat er das Kommando auf der Brücke. Er empfängt auch mit Tuvok und Janeway Telek R'Mor, as dieser an Bord gebeamt wird. Nachdem klar wird, dass der Romulaner aus der Vergangenheit stammt, lehnt er dessen Vorschlag, die Sternenflotte zu warnen, die Voyager auf ihre Mission in den Badlands zu schicken, ab, da sie bereits zu großen Einfluss auf den Delta-Quadranten hatten. (VOY: Das Nadelöhr)

Während Janeway sich mit Neelix über die Baneaner und Numiri unterhält, hat er das Kommando über die Brücke und ruft den Captain hinzu, als sich ein Patrouillenschiff der Numiri nähert. Als wenig später die Numiri die Voyager angreifen, lässt er Torres ein Maquis-Manöver anwenden, um die Patrouillenschiffe der Numiri kampfunfähig zu schießen. (VOY: Die Augen des Toten)

Während sie mit Chakotay die erfolgreiche Abwehr des letzten Angriffs der Vidiianer bespricht, betritt Kes ihren Bereitschaftsraum und bringt ihr Kaffee. Janeway ahnt jedoch nicht, dass es sich hier um eine andere Kes handelt, welche aus der Zukunft stammt und die Voyager sogar an die Vidiianer verrät, damit Kes mit ihrem jüngeren Ich auf ihre Heimatwelt zurückkehren kann. Kes verschüttet daher absichtlich Kaffee, damit sie an sensible Daten gelangen kann. Während das Schiff durch ein Feld von Subraumvakuolen fliegt, fühlt sich Tuvok nicht wohl und sieht ein Schiff auf Abfangkurs, dass nicht vorhanden ist. Daher bittet er Chakotay um Ablösung, die dieser gewährt. Nachdem die Vidiianer versuchen das Schiff zu entern, lässt Tuvok Deck 3 evakuieren. Mit den interenen Sensoren findet er die Ursache einer Transmission zu den Vidiianern im hydroponischen Garten und erkennt, dass sich Kes dort zweimal aufhält. Im Kampf mit den Vidiianern lehnt er es ab, deren Schiff zu beschießen, um die Voyager nicht zu beschädigen. Mit Kim kann er die Greifarme des vidiianischen Schiffs zerstören. (VOY: Voller Wut)

Nachdem die Sensoren der Voyager auf einem Planeten Element 247 entdecken, leitet Chakotay das Außenteam, welches Proben dieses Elements sammeln soll. Dabei entdecken sie eine große Anzahl an Leichen. Chakotay empfiehlt daraufhin die Totenruhe zu wahren und die Leichname nicht zu scannen, sondern nur visuell zu analysieren. Nachdem sich eine Subraumvakuole bildet, lässt er dennoch scannen. Durch diese Vakuole kann Harry Kim nicht mit dem restlichen Außenteam hochgebeamt werden. Stattdessen wird der Körper von Ptera materialisiert, welche vom Doktor wiederbelebt werden kann. Nachdem Torres eine Möglichkeit findet, Kim mithilfe von Ptera zurückzuholen, weist er sie in den Gebrauch eines Subraumtransponders ein. (VOY: Das Unv­orstell­bare)

Als sich kurze Zeit später ein Raumschiff von Sikaris nähert und einen Notruf aussendet, ruft er Janeway auf die Brücke. Später ist er auch bei der Lagebesprechung wegen der sikarianischen Trajektortechnologie anwesend und weist auf die Möglichkeit hin, dass man die Trajektormatrix nach 30.000 Lichtjahren rekonfigurieren könnte, um nach Hause zu gelangen. Nachdem Janeway klar wird, dass Gathorel Labin nie vorhatte, ihnen die Trajektortechnologie zu überlassen, befiehlt sie Chakotay die Besatzung auf das Schiff zurückbeamen zu lassen. Chakotay informiert sie darüber, dass es Stunden dauern wird, da ihre Besatzungsmitglieder über beide Hemisphären von Sikaris verstreut sind. (VOY: Das oberste Gesetz)

Zur Suche von Nahrungsmitteln führt Chakotay ein Außenteam auf einen Planeten. Nachdem Joe Carey ihm eine Kaylo zeigt, weist Neelix die beiden darauf hin, dass die Frucht giftig ist. Daraufhin gibt er Chakotay eine Leola-Wurzel zum probieren. Der Geschmack sagt Chakotay nicht zu. Nachdem die Voyager ein fremdes Raumschiff im Orbit entdeckt, erkundigt sich Janeway bei Chakotay, ob sie auf dem Planeten Besuch bekommen haben. Chakotay kann jedoch keine Lebenszeichen feststellen und lässt das Außenteam sich sammeln. Jedoch kann Seska nicht gefunden werden. Daraufhin macht sich Chakotay auf die Suche nach ihr, während der Rest des Außenteams aufs Schiff gebeamt wird. Er findet Seska schließlich in einer Höhle, in der Nähe der Kazon. Sie werden von zwei Kazon überrascht. Sie können die Kazon betäuben, jedoch wird auch Chakotay von diesen niedergeschossen. Seska lässt sie daraufhin raufbeamen.

Nach seiner Verletzung erholt sich Chakotay in seinem Quartier. Dabei wird er von Seska mit Pilzsuppe bewirtet. Jedoch verzichtet er auf diese, als er erfährt, dass sie die Zutaten aus Neelix Küche gestohlen hat und streicht für alle Beteiligten, auch sich selbst zwei Tage lang die Replikatorrationen.

Als kurze Zeit später ein Kazon-Schiff einen Notruf aussendet, führt Chakotay das Außenteam an. Sie entdecken, dass jemand Föderationstechnologie an die Kazon weitergegeben hat. Nachdem sie den einzigen Überlebenden auf die Krankenstation gebracht haben, bespricht Chakotay die Situation mit Janeway und Tuvok. Tuvok verdächtigt Seska, die Technologie übergeben zu haben, woraufhin Chakotay betont, dass ihre Schuld nicht bewiesen ist. Es wird beschlossen, dass ein Außenteam die Technologie bergen soll. Chakotay beordert Seska nicht ins Außenteam, woraufhin sie ihm wutentbrannt entgegnet, dass er ihr damit vor der Mannschaft das Misstrauen ausgesprochen habe. Seska widersetzt sich dem Verbot und begibt sich auf das Kazon-Schiff. Nachdem sie beim Versuch, die Konsole zu bergen verletzt und auf die Krankenstation gebeamt wird, begibt sich Chakotay umgehend dorthin.

Da die Transmission in den Maschinenraum zurückverfolgt werden kann, wird Lieutenant Carey von ihm, Janeway und Chakotay befragt. Er wird bis zum Ende der Untersuchung in seinem Quartier bleiben. Als Janeway Careys hervorragende Personalakte hervorhebt und Seskas feindliche Einstellung zur Föderation dem gegenüberstellt, wirft Chakotay ein, dass er selbst der Föderation auch die letzten Jahre feindlich gegenüber gestanden hat.

Nachdem der Doktor feststellt, dass Seska alle bajoranischen Blutfaktoren fehlen und ihre Physiologie cardassianisch zu sein scheint, will Chakotay vor einer offiziellen Beschuldigung, mit Seska sprechen. Diese erklärt ihre physiologischen Besonderheiten mit der Orkett'schen Krankheit. Sie sei durch die Knochenmarkspende einer Cardassianerin gerettet worden. Außerdem beteuert sie ihre Gefühle für Chakotay. Er deutet an, dass Tuvok alle Spuren verfolgen wird, um den Verräter zu finden. Nach dem Verlassen der Krankenstation, meint er zu Tuvok, dass sie nur noch hoffen können, dass jemand den Köder schnappt.

Während der Wartezeit spielt er mit Tuvok Gin-Rommé. Nachdem der Täter auf die Materialdatenbank mit Seskas Sicherheitscode zugreift, ist sich Chakotay noch nicht sicher und verfolgt den Sicherheitscode zur Konsole auf der Krankenstation zurück und entlarvt so Seska als Verräterin. Daraufhin konfrontiert er sie mit dieser Information. Seskas offenbart sich als cardassianische Agentin und bezeichnet ihn als Narren, ehe sie sich auf ein Kazon-Schiff beamt. Chakotay spricht mit Tuvok im Kasino und fragt ihn, ob er nachlässig war. Tuvok meint, dass seine Wachsamkeit immer angemessen war und Seska auch ihn getäuscht hat. Chakotay ist mit dieser Antwort zufrieden und erläutert Tuvok, dass geteiltes Leid, halbes Leid ist. (VOY: Der Verrat)

Nachdem Harry Kim verschwindet, recherchieren Chakotay und Tuvok, was Harry zuletzt gemacht hat. Chakotay findet heraus, dass Harry Holodeckzeit gebucht hatte und er seither nicht mehr gesehen wurde. Da das Holodeck nicht gescannt werden kann, begibt er sich mit Tuvok dorthin. Sie begegnen dem Hologramm Freya, welches sie zu König Hrothgar führt. Sie können den König überzeugen, die Nachtwache übernehmen zu dürfen. Ihre Analyse bringt Tuvok zu dem Gedanken, dass Harry möglicherweise in Energie umgewandelt wurde. Einige Momente später scannen er und Tuvok ein Objekt mit einem Durchmesser von einem Meter, Grendel. Als Grendel erscheint, verschwinden auch Chakotay und Tuvok. Nachdem der Doktor die Proben Grendel auf dem Holodeck übergeben hat, werden Chakotay und die beiden anderen Offiziere wieder freigelassen.(VOY: Helden und Dämonen)

Auf einer Außenmission mit Tuvok in einem Shuttle, werden die beiden von einer fremden energetischen Lebensform angegriffen und verletzt. Als die USS Voyager sie entdeckt, werden die beiden auf die Krankenstation der Voyager gebeamt. Dort stellt der Doktor fest, dass Chakotay die gesamte bioneurale Energie entzogen wurde und Chakotay hirntot sei. Seine neurale Energie schwebt jedoch über seinem Körper und es gelingt ihm jeweils ein Mitglied der Crew zu kontrollieren. Nachdem er erkennt, dass die Komar, die das Shuttle angriffen, die Kontrolle über die Voyager übernehmen wollen, übernimmt er den Körper von B'Elanna Torres und stößt mit seiner Kommandoautorisation den Warpkern ab. Wenig später besetzt er Neelix und kann so die Steine am Medizinrad neu anordnen, um der Crew einen Fluchtweg aus dem Nebel aufzuzeigen. Nachdem die Flucht gelungen ist, kann der Doktor das Bewusstsein von Chakotay wieder in dessen Körper integrieren. Als er wieder zu sich kommt, berichtet Chakotay den Offizieren, von seinen Erlebnissen. So sah er sich nach dem Angriff der Komar über seinem Körper schweben und erkannte allmählich, dass er andere Personen kontrollieren konnte. Bei dieser Gelegenheit entschuldigt er sich insbesondere bei Tuvok, da er dessen Körper missbrauchte. (VOY: Bewußtseins­verlust)

Chakotay isst gern Maissalat, weshalb Neelix lernt diesen zuzubereiten. Nachdem ein Außenteam in einem Höhlensystem auf einem Planeten verschwindet, will Chakotay auf den Planeten beamen, um dieses zu suchen. Später erörtert er mit Janeway, Tuvok und Kim Rettungsmöglichkeiten. Nachdem sie einen Weg gefunden haben, durch das vidiianische Kraftfeld zu gelangen, meldet sich Chakotay freiwillig, um runterzubeamen. Vom Doktor wird er äußerlich zum Vidiianer gemacht. Er dringt in die Anlage der Vidiianer ein, und gelangt zu Paris. Als die beiden den Gefangenentrakt verlassen wollen, kann er einen Vidiianer damit täuschen, dass sein Gesicht gerade transplantiert wurde. Daraufhin suchen sie nach Torres und Peter Durst. Die beiden erreichen Torres gerade, als sie von Sulan entdeckt wurden und sichern den Versuch der menschlichen B'Elanna das Kraftfeld zu deaktivieren. Dadurch können alle zurück auf das Schiff gebeamt werden. (VOY: Von Angesicht zu Angesicht)

Nachdem Dr. Ma'Bor Jetrel Captain Janeway überzeugt hat, eine Probe aus der Metreonwolke um Rinax zu entnehmen, lässt sie Chakotay Kurs auf den Mond setzen. (VOY: Dr. Jetrels Experiment)

Als das Holodeck eine Fehlfunktion aufweist, meldet er Janeway, dass Tuvok sich bereits daraum kümmert. Bei der anschließenden Besprechung, schlägt er vor, kritische Systeme wieder aufisolineare Schaltkreise umzustellen. Nachdem Janeway diesem Vorschlag zugestimmt hat, kommt Tuvok auf das Verhalten von Crewman Dalby zu sprechen. Chakotay weist darauf hin, dass Dalby die Protokolle und Verfahrensweisen der Sternenflotte nicht gewohnt ist und daher diese Konflikte entstanden. Eine Vorladung vor einen Disziplinarausschuss hält er für keine adäquate Maßnahme, um Dalbys Verhalten zu bessern. Stattdessen stimmt er Janeways Vorschlag, einen Crashkurs bzw. praktisches Training in Sternenflottenarbeitsweise für die ehemaligen Maquismitglieder abzuhalten, zu. Nachdem sich Chell, Mariah Henley, Gerron und Kenneth Dalby eigenmächtig vom Trainingsprogramm entfernt haben, sucht er sie im Kasino auf, und erklärt ihnen sehr direkt, dass sie das Training wieder aufnehmen sollen. Dabei schlägt er Dalby nieder, und bekundet, dies weiter tun zu wollen, bis sie das Trainingsprogramm fortsetzen. (VOY: Erfahrungs­werte)

Nachdem das Schiff ein Auto von der Erde des 20. Jahrhunderts und in der Nähe einen Planeten entdeckt, fragt er Janeway, ob es wirklich nötig ist, auf dem Planeten zu landen. Janeways Einwand, dass jemand das Auto quer durch die Galaxie befördert hat und dies eine Möglichkeit zur Heimreise sein könnte, überzeugt ihn jedoch. Chakotay gehört auch dem Außenteam an, welches die Quelle eines SOS-Notsignals auf einem fremden Planeten sucht. Dort entdecken sie eine Vielzahl von Menschen in Stasiskammern. Nachdem bei der anschließenden Besprechung, beschlossen wird, die Menschen aufzuwecken, empfiehlt Chakotay, dass nur menschliche Besatzungsmitglieder dabei anwesend sind. Dem stimmt Janeway zu. Nachdem das Außenteam von Fred Noonan als Geiseln genommen wird, nimmt er dessen Ultimatum entgegen. Anschließend begibt er sich mit Tuvok und einem Sicherheitsteam zum Frachtraum. Nachdem das Außenteam runtergebeamt wurde, wird es in einen Kampf verwickelt. Jedoch gelingt es Janeway die Feinde zu umgehen und zu stellen. Anschließend kommt es zu Verhandlungen mit den Angreifern, welche sich als die Nachfahren der Menschen aus den Stasiskammern entpuppen. Chakotay nimmt auch an den weiteren Gesprächen mit diesen Menschen teil. So kann der Konflikt beigelegt werden und sie besuchen die Städte dieser Menschen. Als diese anbieten, Jeden von der Voyager, der es wünscht aufzunehmen, bespricht er das mit dem Captain. Er selbst möchte auch nach Hause, jedoch hat der Captain Zweifel. Sie weist darauf hin, dass sie hundert Personen zum Betrieb des Schiffes benötigen. Falls mehr sich zum Bleiben entschließen, strandet die gesamte Besatzung auf diesem Planeten. Er und Janeway machen sich Sorgen und spekulieren darüber, welche Besatzungsmitglieder auf dem Planeten bleiben werden. Als sie jedoch gemeinsam den Frachtraum betreten, in dem sich alle versammeln sollten, die das Schiff verlassen möchten, ist dieser leer. Anschließend gehen sie auf die Brücke und die Voyager hebt von der Planetenoberfläche ab. (VOY: Die 37er)

Als er zwei Besatzungsmitglieder im Turbolift beim Küssen ertappt, bezeichnet er dies als indiskrete Verbrüderung. Er meldet dies dem Captain, der dagegen jedoch nichts unternehmen will. Als die Voyager wenig später auf eine Lebensform trifft, die in einem Schwarm lebt, vermutet Chakotay, dass diese Nährstoffe aus dem Weltraum durch ihre extrem poröse Außenhaut absorbieren können. Weil diese Lebensform damit beginnt das Schiff anzuziehen, informiert er Janeway permanent über den Status des Schiffes. Er bespricht mit Janeway auch Kes' Situation. Dabei kommen sie auch auf das Problem der Fortpflanzung im Allgemeinen zu sprechen. Sie sind sich einig, dass sie niemandem verbieten können, ein Kind zu bekommen. Nachdem die Voyager auf einen Schwarm von Lebensformen trifft, erkennt Chakotay, dass sich die kleineren Lebensformen an das Schiff anlagern, wie an die größere Lebensform. Er vermutet, dass der Plasmaausstoß des großen Wesens eine Art Imponiergehabe gegenüber dem Raumschiff, als Konkurrenten war. Nachdem ein Rammstoß die Kreatur nicht zum Abzug bewegt, will Chakotay sich zurückziehen und ein Unterwerfungsritual durchführen. Dies führt zur Ablösung der kleinen Kreaturen vom Schiff und es kann seine Reise fortsetzen. (VOY: Elogium)

Während Kes ihren zweiten Geburtstag feiert, trifft die Voyager auf eine Raumverzerrung, die das Schiff allmählich vollkommen neu strukturiert. Janeway befiehlt daraufhin alle auf ihre Stationen. Er fährt mit dem Captain und Paris im Turbolift auf die Brücke. Durch die Anomalie, landen sie jedoch zunächst auf Deck 4 und dann im Maschinenraum. Letztlich treffen sie Torres, Neelix, Kes und Kim vor dem Holodeck wieder und halten eine Lagebesprechung ab. Chakotay will weiter versuchen zu Fuß auf die Brücke zu gelangen. Dabei will er sich ein Bild von der aktuellen Situation des Schiffes machen. Währenddessen unterhalten sie sich. Neelix erkundigt sich über Eifersucht. Als sie auf Tuvok treffen, entfernt sich Neelix einige Meter und verschwindet. Tuvok und Chakotay gehen indessen weiter zur Brücke. Jedoch gelangen sie beide wieder auf das Holodeck. Dort besprechen die Offiziere die Lage. Er lässt Torres ihren Vorschlag einen Schockimpuls im Maschinenraum auszulösen, um den Ring zu sprengen, durchführen. Während dieses Versuchs, versucht er mit Janeway zu sprechen. Diese kann sich jedoch nicht artikulieren. Nachdem Torres' Versuch gescheitert ist, lässt er sich von Tuvok überzeugen nichts zu tun. Bevor die Anomalie sie erreicht, setzt sich Chakotay an einen Tisch und meditiert. Torres setzt sich zu ihm und ergreift eine seiner Hände. Nachdem die Anomalie das Schiff wieder verlassen hat, erhält Chakotay die Berichte, dass es keine Verluste unter der Besatzung gibt. (VOY: Die Raum­verzerrung)

Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie Captain Janeway hat, wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains.

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Captain Janeway überlässt Chakotay ein Shuttle, damit das Pakra, ein Gedenkritual für seinen Vater durchführen kann. Dabei wird er jedoch von einem Schiff der Kazon-Ogla angegriffen, da er dessen Raum verletzt hat. Im Kampf kann er dieses zerstören, beamt jedoch den Piloten Kar im letzten Moment an Bord. Nachdem dieser wieder zu Bewusstsein kommt, informiert er ihn, dass er auf der Voyager, umgehend ein Kazon-Schiff suchen wird. Kar weist dies jedoch zurück. Sekunden später, nähert sich jedoch ein Kazon-Schiff, welches Chakotay über Kars Anwesenheit informiert. Sein Shuttle, wird daraufhin mit einem Traktorstrahl in das Schiff gezogen. Kar bittet Chakotay in diesem Moment getötet zu werden, was Chakotay jedoch ablehnt. Nach ihrer Gefangennahme, verlangt Chakotay den Maje Razik zu sprechen. Als dieser kommt, spricht er mit ihm. Razik erklärt ihm, dass er nicht willkommen bei Ihnen ist und kündigt seine Exekution für heute abend an. Anschließend will er Chakotay für eine Machtdemonstration nutzen. Er spricht zu den jungen Kazon. Als Rasik ihnen jedoch eine Waffe hinhält und fragt, wer bereit sei, Chakotay zu töten, greifen sie alle danach. Daraufhin reicht er Chakotay die Waffe. Er soll Kar töten und dann freigelassen werden. Jedoch nimmt er die Waffe und flieht mit Kar auf seinem Shuttle. Jedoch werden sie von dem Kazon-Schiff zu einem Planeten verfolgt. Bevor die Kazon das Shuttle zerstören, beamt sich Chakotay mit Kar auf die Oberfläche des Mondes Tarok. Dort streiten sie zunächst, ehe sie sich auf die Suche nach einem Unterschlupf begeben. Kar warnt ihn vor Waffen, die auf der Oberfläche versteckt sind. Sie begeben sich in eine Höhle, die Chakotay untersucht. Er sendet auch ein Peilsignal aus und legt sich scheinbar schlafen. Jedoch bleibt er tatsächlich wach. Am Morgen spricht er mit Kar. Es stellt sich heraus, dass er zu keiner anderen Sekte gehen kann und auf der Voyager bleiben, möchte er auch nicht. Chakotay schlägt vor, dass er sich stattdessen seinen Namen verdient indem er ihn tötet und er dann auf dem Schiff wiederbelebt wird. Chakotay informiert daraufhin Janeway, dass ein junger Kazon droht ihn zu töten. Nachdem die Kazon und kurze Zeit später auch das Außenteam eintreffen, meint Kar, dass Chakotay nicht sein Feind ist und erschießt Razik. Daraufhin wird er von Haliz wieder in die Sekte aufgenommen. Zuletzt warnt er die Föderation ihr Territorium zu verletzen. Chakotay antwortet, dass er es verstanden hat. Daraufhin wird das Außenteam zurück aufs Schiff gebeamt und Chakotay führt sein Ritual zu Ende. In sein Gebet schließt er auch Jar Karden ein. (VOY: Der Namenlose)

Nachdem Harry Kim aus seinem Shuttle innerhalb einer Anomalie gerettet werden konnte, teilt Chakotay ihm mit, dass es scheint, als sei er in einem Zeitstrom gefangen gewesen. (VOY: Der Zeitstrom)

Bei der Suche nach einem Planeten mit Nahrungsvorräten, wird der Höllenplanet entdeckt. Diese Entdeckung meldet er Janeway und informiert sie, dass man nicht weiß, ob auf diesem Klasse-M-Planeten Nahrung gefunden werden kann. Kurze Zeit später informiert er sie, dass ein Aufenthalt für Humanoide nur kurze Zeit möglich ist. Nachdem das Shuttle mit Paris und Neelix abgestürzt ist, hält er Janeway über die Rettungsmission auf dem Laufenden. Als ein fremdes Schiff die Voyager angreift, befiehlt er alle auf die Kampfstationen. Nachdem Captain Janeway befohlen hat, an dem fremden Schiff vorbeizufliegen, steuert er das Schiff. (VOY: Der Höllen­planet)

Nachdem Captain Janeway vom Doktor einer intensiven Untersuchung, wegen Halluzinationen untersucht wird, übernimmt er das Kommando auf der Brücke. Als die Bothaner sie kontaktieren, verhandelt er mit dem Botha. Diese stellen sich als Falle heraus. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen gegen drei angreifende Schiffe der Botha. Der Kampf verläuft schlecht, jedoch kommt der Captain auf die Brücke. Daraufhin tritt der Fremde näher an den Monitor heran. Jeder auf der Brücke sieht einen anderen, ihm nahe stehenden Menschen auf dem Schirm und viele Besatzungsmitglieder werden paralysiert. Chakotay fährt daraufhin mit dem Turbolift zum Maschinenraum, wird jedoch ebenfalls paralysiert. (VOY: Rätselhafte Visionen)

Chakotay leitet ein Außenteam, dass auf einem Planeten Polyferranitablagerungen untersucht. Diese werden zur Wartung der Warpgondeln benötigt. Jedoch erweisen sich die Vorkommen als unbrauchbar, da sie mit Acelyten verunreinigt sind. Daraufhin lässt Chakotay die Ausrüstung zusammenpacken. Allerdings entdeckt Tuvok in diesem Moment etwas ungewöhnliches. Chakotay erkennt in der Zeichnung, die Tuvok gefunden hat, etwas wieder, dass er bei einer Expedition mit seinem Vater auf der Erde gesehen hat. Er berichtet daraufhin Janeway von der Expedition und dem Mythos von den "Geistern des Himmels". Da von diesem Planeten eine Warpspur in ein anderes Sonnensystem führt, folgt man dieser. Dort entdeckt man auch Ferranit. Chakotay soll mit einem Außenteam runterbeamen und das Ferranit abbauen. Da ein Beamen nicht möglich ist, fliegt man mit einem Shuttle runter. Während des Fluges sieht Chakotay im Fenster eine Reflektion, die wie ein Vogel aussieht. Nachdem sie auf dem Planeten gelandet sind, suchen sie das Ferranitvorkommen. Nachdem sie es entdeckt haben, wird Neelix von einem Vogel angegriffen und schwer am Auge verletzt. Daher lässt Chakotay ihn direkt auf die Krankenstation beamen. Mit dem Außenteam entdeckt er inzwischen eine scheinbar verlassene Siedlung. Dort suchen sie nach den Bewohnern. Diese finden sie zunächst nicht und da ein Sturm losbricht, fliehen sie zurück zum Shuttle. Chakotay wird jedoch von einem umstürzenden Baum begraben und bleibt liegen. Als er wieder zu sich kommt, bemerkt er das Fehlen seines Kommunikators und scannt die Umgebung. Er entdeckt eine Höhle und betritt sie. Dort trifft er auf mehrere Fremde. Einer der Fremden, fragt ihn woher er seine Tätowierung habe. Chakotay erklärt ihnen, dass er es zu Ehren seiner Vorfahren trägt. Er ist ein Nachfahre der Erben. Der Andere berichtet von den Reisen seines Volkes zur Erde. Chakotay berichtet, dass sie ihre Handlungsweisen seit ihrem letzten Besuch verändert haben. Er kann den Fremden überzeugen, den Zyklon, welcher zwischenzeitlich die Voyager umschlossen hat, aufzulösen. Dann unterhält er sich mit dem Fremden, über seinen Vater. (VOY: Tattoo)

Nachdem die Voyager die Phalanx des zweiten Fürsorgers entdeckt hat, wird sie von dieser angegriffen. Chakotay lässt daher die Schilde aktivieren. Nachdem Tanis die Kommunikation abgebrochen hat, fragt er Kes, ob es Berichte über Ocampa gibt, die die Heimatwelt verlassen haben oder verschleppt wurden. DIes verneint sie jedoch. Er ist bei den Verhandlungen mit Tanis anwesend und verlässt mit Janeway den Raum, als dieser mit Kes allein sprechen möchte. Dieses Gespräch führt zu einem gemeinsamen Essen von Tanis mit den Führungsoffizieren. Dabei erkundigt er sich, ob sich Suspiria in ihrem Raum-Zeit-Kontinuum aufhält. Diese Frage, kann Tanis jedoch nicht beantworten. Nachdem Suspiria die Maschinenraumcrew, Tuvoks Sicherheitsteam und Janeway angegriffen und handlungsunfähig gemacht hat, destabilisiert sie die Molkeularstruktur des Schiffes. Chakotay gibt daraufhin Roten Alarm und ruft den Captain, der nicht antwortet. Ferner lässt er Energie zur strukturellen Integrität umleiten. (VOY: Suspiria)

Während Chakotay mit B'Elanna auf dem Holodeck Hoverball spielt, empfängt das Schiff ein Sternenflottensignal. Als man diesem folgt, wird das Schiff von den Kazon-Nistrim angegriffen und ein Transportermodul gestohlen. Chakotay erkennt, dass Seska eine weitere Falle für sie vorbereitet hat. Daraufhin versucht er eine Schwachstelle bei Seska zu entdecken. Gemeinsam mit Torres plant er den Gegenschlag. Vor der nächsten Einsatzbesprechung der Führungsoffiziere, entwendet er jedoch ein Shuttle und versucht eigenmächtig das Transportermodul zu zerstören. Ihm gelingt es das Kazon-Schiff zu erreichen. Er beamt sich an Bord und zersört den Transporter mit seinem Handphaser. Anschließend wird er von den Kazon gefangen genommen. Er wird von Seska verhört, die die Kommandocodes der Voyager haben will. Er weigert sich jedoch die Codes herauszugeben. Nachdem er gegen drei gefangen genommene Majes der Kazon ausgetauscht werden kann, wird er von Janeway befragt. Er meint, dass es ein persönlicher Rachefeldzug war und dass es das Richtige war. Janeway weist darauf hin, dass sie die Disziplin aufrecht erhalten muss und er ihr damit die Arbeit erschwert hat. (VOY: Das Signal)

Als Janeway mit einem Außenteam auf einem Planeten dringend benötigtes Tellerium erwerben möchte, hat er das Kommando auf dem Schiff. Nachdem nur Neelix zurückkehrt und die anderen gefangen genommen werden, beschließt er in einen Orbit um den Planeten einzutreten. Er nimmt Kontakt mit den Mokra auf, welche erstaunlicherweise versprechen, bei der Suche nach den Vermissten zu helfen. Chakotay lässt daraufhin trotzdem den gesamten Planeten permanent scannen. Wenig später verhandelt er mit Augris, dem dritten Magistrat der Mokra, der meint, dass sich die Voyager einen schlechten Ruf erworben hat. Zwar verspricht Augris, nach ihren Leuten suchen zu lassen, aber Chakotay traut ihm nicht und lässt Neelix, nochmals seine Kontaktleute aufsuchen. Anschließend berät er sich mit den Offizieren, wie sie das Außenteam aus dem Gefängnis der Mokra befreien können. Harry Kim präsentiert ihm einen Plan. Es gelingt ihnen die Schilde der Mokra zu durchdringen. Ehe sie jedoch das Rettungsteam beamen können, werden sie von der Oberfläche aus angegriffen. Als es Captain Janeway gelingt einen Riss in den Schilden der Mokra zu erzeugen, beamt Chakotay das Rettungsteam durch diesen Riss auf den Planeten. Nachdem die Mokra das Schiff angreifen, lässt er die Schilde verstärken. Da das Schiff immer schwerere Schäden erleidet, lässt er Kim nochmals nach dem Außenteam scannen. Anschließend versteckt er das Schiff über dem Nordpol des Planeten und wenig später gelingt es die Vermissten an Bord zu beamen. (VOY: Die Resistance)

Als B'Elanna durch die Automatische Einheit 3947 entführt wird, registriert er auf der Brücke die Aktivierung des Transporters. Anschließend versucht er das fremde Schiff zu analysieren. Seine Analyse bleibt jedoch ergebnislos, da die Sensoren der Voyager die Schilde des Raumschiffs der Androiden nicht durchdringen können. Als die Voyager durch das Pralor-Raumschiff angegriffen wird, meldet er Schäden. DIe Kämpfe werden durch die Einwilligung Torres' den Automatischen Einheiten zu helfen, unterbrochen. Während Torres arbeitet, plant er zusammen mit den anderen Führungsoffizieren die Befreiung von B'Elanna. Bei der Durchführung der erfolgreichen Rettungsaktion übernimmt er das Steuer des Schiffs. (VOY: Prototyp)

Nachdem die USS Voyager bei einem Angriff der Kazon schwere Schäden erleidet und drei Besatzungsmitglieder getötet werden, schlägt er dem Captain vor, Verhandlungen mit den Kazon aufzunehmen. Er meint, dass sie es sich nicht leisten können, so weiterzumachen wie bisher. Wenig später hält er die Trauerrede für Kurt Bendera. Anschließend spricht er mit Janeway über eine mögliche Allianz mit den Kazon. Bei einer anschließenden Besprechung der Führungsoffiziere, ist er vom Vorschlag mit den Nistrim und Seska zu verhandeln, nicht begeistert. Daher übernimmt Janeway es selbst, Seska zu kontakten. Nachdem diese Verhandlungen vorerst scheitern und Neelix Kontakt zu den Trabe herstellt. Mit diesen, schließen sie eine Allianz, was die Kazon zu Verhandlungen auf Sobras bewegt. Während dieser Verhandlungen hat er das Kommando auf der Voyager und überwacht die Kazon-Schiffe sowie die Oberfläche des Planeten. Als ein Anschlag auf die Konferenz verübt wird, lässt er das Außenteam hochbeamen und die Voyager verlässt den Planeten schnellstmöglich. (VOY: Allianzen)

Als Paris, Kim und Torres die Entwicklung eines Warp-10-Antriebs gelingt, beglückwünscht er die drei. Beim Testflug von Paris arbeitet er auf der Brücke. Nachdem Tom Paris in eine andere Spezies transformiert wird und Janeway entführt, hat Chakotay das Kommando auf der Brücke und dirigiert Tuvoks Sicherheitsteam zur Shuttlerampe. Anschließend lässt er das Shuttle verfolgen. Nachdem dieses aufgespürt wurde, informiert ihn der Doktor über die medizinischen Hintergründe von Paris' Transformation. Wenig später leitet er das Außenteam, dass die beiden aufs Schiff zurückbringt. Dort entdecken sie auch, dass es drei Nachkommen der transformierten Janeway und Paris gibt. Daraufhin fragt er Tuvok rhetorisch, dass er nicht weiß, wie er das in das Logbuch eintragen soll. (VOY: Die Schwelle)

Nachdem Frank Darwin ermordet wird, bespricht er mit Tuvok und Janeway das weitere Vorgehen. Als Torres sie informiert, dass Lon Suder zum Tatzeitpunkt der einzige im Maschinenraum war, kommt ihm der Verdacht, dass dieser der Täter sein könnte. Suder war seiner Meinung nach, beim Maquis zu gründlich beim Töten von Cardassianern. Als der an den Folgen einer Gedankenverschmelzung mit Lon Suder leidende Tuvok, diesen angreift und zu einer Gedankenverschmelzung zwingt, wird der Vulkanier bewusstlos. Suder ruft daraufhin Chakotay zu Hilfe. (VOY: Gewalt)

Nachdem man ein Trümmerfeld entdeckt, untersucht man die Ursache und findet heraus, dass eine cardassianische Sonde, ATR-4107, aus dem Alpha-Quadranten einen Planeten zu vernichten droht. Chakotay und B'Elanna informieren daraufhin die anderen Führungsoffiziere, dass sie die Sonde im Alpha-Quadranten gestartet hatten. Er weist auch Tom Paris zurecht, als dieser verspätet erscheint. Nachdem ein erster Versuch die Sonde zu stoppen gescheitert ist, berechnet er, dass es 51 Minuten dauert bis die Sonde Rakosa erreicht. Als Janeway den Flugkörper angreifen will, weist er darauf hin, dass dies wohl wirkungslos sein wird. Janeway entgegenet, dass die Voyager mit Torpedos vom Typ 6 ausgestattet ist, die es zum Startzeitpunkt von Dreadnought nicht gab. Jedoch ist der Angriff ergebnislos. Infolgedessen leitet er auf Janeways Befehl die Evakuierung der Voyager. Auch er selbst verlässt das Schiff. (VOY: Der Flugkörper)

Kurze Zeit später entdeckt die Voyager einen Kometen mit einer eigenartigen Flugbahn. Chakotay vermag es nicht zu analysieren. Dieser stellt sich als Gefängnis des Qs Quinn heraus. Dieser flieht vor dem Kontinuum, daer Selbstmord begehen möchte. Q versucht ihn aufzuhalten. Daraufhin teleportiert er sich und die Voyager in den Urknall. Chakotay meldet daraufhin Janeway das Vorhandensein von Baryonpartikeln. Nachdem Q sie überall aufspürt, sprechen sie sich aus. Janeway macht den Kompromissvorschlag, dass sie eine Anhörung abhält, auf der beide ihre Argumente präsentieren können. Nachdem Janeway, als Vorsitzende dieser Anhörung, zugunsten Quinns entschieden hat, wird dieser von Q in einen Menschen transformiert. Chakotay bespricht mit Janeway einen möglich Einsatzort für Quinn. Jedoch tötet dieser sich zuvor selbst. (VOY: Todes­sehnsucht)

Da Tom Paris wiederholt zu spät zum Dienst erscheint, ermahnt ihn Chakotay in Zukunft pünktlich zu erscheinen. Bald nach dieser Ermahnung, trifft die Voyager auf ein vidiianisches Schiff mit einer erkrankten Person. Während diese auf der Krankenstation behandelt wird, berichtet Chakotay dem Captain, dass ihr Ziel eine entfernte vidiianische Kolonie war. Außerdem spricht er mit dem Captain über das Verhalten von Tom Paris in der letzten Zeit. Er bittet um ihren Rat, da Paris gewissermaßen, ihr persönliches Besserungsprojekt gewesen sei. Jedoch lässt ihm der Captain freie Hand in dieser Angelegenheit. Er bespricht die Situation mit Paris, und bietet ihm an über seine Probleme zu sprechen. Paris meint, dass Chakotay sein Problem ist und geht daraufhin. Nachdem Paris wieder einmal zu spät zum Dienst erscheint, suspendiert ihn Chakotay vom Dienst. Daraufhin attackiert Paris Chakotay und wird von Tuvok in den Arrest gesteckt. (VOY: Lebens­anzeichen)

Nachdem Tom Paris die Voyager verlässt, sieht Chakotay die Sendung von Neelix über den Abschied von Tom. Nachdem Paris das Schiff verlassen hat, fragt er Janeway nach Ersatzkandidaten. Nachdem Neelix einem Verräter auf dem Schiff auf die Spur kommt, bespricht er die Situation mit Neelix, Tuvok und Janeway. Er ist enttäuscht, als sie ihm mitteilen, dass Pairs' Verhalten nur Teil eines Planes war, einen Verräter an Bord des Schiffes zu entlarven. (VOY: Der Verräter)

Er wartet mit den anderen Führungsoffizieren auf der Brücke auf die Geburt von Samantha Wildmans Baby. Er meint, dass er so nervös ist, als wäre es sein eigenes Kind. Janeway fügt daraufhin hinzu, dass es gewissermaßen ihrer aller Kind ist. Nachdem die Voyager in einem Nebel erheblich beschädigt wird und Harry Kim versucht den Antiprotonenbeschuss des Warpkerns aufzuhalten, übernimmt Chakotay Kims Station. Wenig später versucht er die Hülle zu magnetisieren um das Schiff zu stabilisieren. Nachdem man erkennt, dass die Voyager verdoppelt wurde, fragt er, wie sie genug Energie für einen solchen Ausstoß mobilisieren können. Wenig später werden sie von Vidiianern angegriffen, weshalb Janeway die geenterte Voyager durch Selbstzerstörung vernichtet. (VOY: Die Verdoppelung)

Vor den ersten Verhandlungen mit den Drayanern, informiert er Janeway über Neelix' Informationen über die Drayaner. Anschließend empfängt er die drayanische Delegation im Transporterraum und führt sie mit dem Captain durch das Schiff. Nachdem die Voyager plötzlich zum Abflug aufgefordert wird, kann Tuvoks Shuttle nicht erreicht werden. Nachdem sich Janeway entschließt, entgegen den Forderungen der Drayaner, zu einem Mond zu fliegen, um das vermisste Shuttle zu bergen, übernimmt er das Kommando auf der Voyager. (VOY: Unschuld)

Nachdem die Voyager die Heimatwelt der Kohl erreicht, erkennt Chakotay, dass der gesamte Planet vereist ist. Nachdem Harry einen Notruf empfängt, fragt er erneut nach Lebenszeichen auf dem Planeten. Jedoch kann Harry immer noch keine orten und meint, dass es ein automatisches Notsignal sein muss. Nachdem man mehrere Überlebende in Stasiskapseln entdeckt, besprechen die Führungsoffiziere was zu tun ist. Chakotay schlägt vor, die Überlebenden sofort aus den Kapseln zu holen. Dem widerspricht jedoch der Doktor, da dies zu schweren Hirnschäden bei den Insassen führen würde. Er stimmt Tuvoks Vorschlag in die Kapseln zu gehen, um mit den Fremden Kontakt aufzunehmen zu. Nachdem die Boten, Harry und B'Elanna von der Illusion eines Clowns gefangen genommen werden, nimmt er an einer Besprechung der Führungsoffiziere teil. (VOY: Das Ultimatum)

Als Tuvok und Neelix nach einer Außenmission auf das Schiff zurückgebeamt werden, werden ihre Muster zu einer neuen Person, Tuvix, vereinigt. Anschließend suchen Torres und der Doktor nach einer Möglichkeit die beiden wieder zu trennen. Bei einer Besprechung der Führungsoffiziere empfiehlt Chakotay eine Holodecksimulation um den Unfall nachzustellen. Nachdem eine Rückverwandlung von Tuvix nicht möglich zu sein scheint, übernimmt er wieder den Dienst. Chakotay unterhält sich mit Tuvix an der Taktischen Konsole. Nach einigen Wochen spielt er mit Paris und Tuvix Pool im Chez Sandrine auf dem Holodeck. Dabei gewinnt allerdings Tuvix. (VOY: Tuvix)

Nachdem Captain Janeway und Chakotay auf einem Planeten mit einer tödlichen Krankheit infiziert werden, welche auf dem Planeten jedoch nicht zum Ausbruch kommt, müssen die beiden zurückgelassen werden, da es dem Doktor, trotz 17-tägiger Arbeit nicht möglich ist ein Heilmittel zu finden. Er sieht nur die Möglichkeit, mit den Vidiianern in Kontakt zu treten. Dies lehnen Janeway und Chakotay jedoch als zu riskant ab.Die beiden richten sich auf dem Planeten ein. Chakotay beginnt etwas im Wald zu bauen, von dem er Janeway zunächst nicht berichtet. Sie entdecken im Wald auch einen Primaten, der sie beobachtet. Allmählich kommt er zu dem Schluss, dass sie wohl kein Heilmittel finden können. Er will das Beste aus der Situation machen. Der Captain will jedoch weitersuchen. Später baut er auch Kopfbretter für das Bett, damit Janeway im Bett lesen kann. Als ein Plasmasturm über den Planeten zieht, bringt er den Captain ins Haus zurück. Nach dem Ende des Sturms, beginnt er mit Holz das Haus auszubauen. Allmählich kommen sich Janeway und Chakotay näher. Chakotay plant bereits ein Boot zu bauen, mit dem sie den Fluss entlang fahren könnten. Jedoch meldet sich Tuvok und informiert sie, dass sie ein Heilmittel gefunden haben und in 30 Stunden auf dem Planeten eintreffen werden. Daher packen Janeway und Chakotay ihre Ausrüstung zusammen und kehren aufs Schiff zurück. Dort macht er einen Check der Systeme und sie fliegen weiter in Richtung Erde. (VOY: Entscheidungen)

Nachdem man einen Notruf von Seska auffängt, in dem sie Chakotay um Hilfe bittet, da Culluh sie versoßen habe, als er sah, dass das Baby nicht von ihm ist. Er diskutiert mit Janeway, ob sie auf den Notruf reagieren sollen oder nicht. Chakotay soll darüber nachdenken und ihr seine Entscheidung mitteilen. Daraufhin befragt Chakotay mithilfe des Akoonah seinen Vater, der ihm den Rat gibt, dass ihr Stamm die Kinder aufnahm, die durch weiße Eroberer vor Jahrhunderten gewaltsam gezeugt wurden. Eines davon war ihr Vorfahre Ce Acatl. Aufgrund dieser Erfahrung entschließt sich Chakotay dem Kind zu helfen. Die Führungsoffiziere stimmen dem Plan zu und Chakotay bedankt sich dafür. Kurze Zeit später entdeckt er ein Kazon-Shuttle. Als der Pilot auf die Krankenstation gebeamt wird, erkennt Chakotay ihn als Teirna. Er hat ihn damals gefoltert. Von ihm erfährt er, dass Seska tot ist. Er verhört ihn. Teirna behauptet, dass Seska getötet wurde und er nur knapp entkommen ist. Da Torres' und Kims Untersuchung des Shuttles diese Geschichte zu bestätigen scheint, hält er an der geplanten Mission fest. Wegen der fortgesetzten Angriffe der Kazon, stellt er Teirna zur Rede, der jedoch meint nichts zu wissen. Nachdem das Schiff den Kurs ändert wird es von acht Trägerschiffen angegriffen. Durch einen Selbstmordanschlag von Teirna, fallen die holografischen Projektoren des Schiffes aus. Nachdem Paris mit einem Shuttle startet, um Hilfe von den Talaxianern zu holen, übernimmt er das Steuer. Die Voyager wird durch die Übermacht der Kazon geentert und die Besatzung gefangen genommen. Anschließend betritt Seska die Brücke, und präsentiert ihm seinen Sohn. Chakotay meint, dass er nie die Verachtung erfahren soll, die er für seine Mutter hegt. Er wird mit dem Rest der Crew auf dem Hanon-Planeten ausgesetzt. (VOY: Der Kampf ums Dasein, Teil I)

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Auf dem Planeten sucht man zunächst einen guten Lagerplatz. Bei der Suche trägt Chakotay Naomi Wildman, da Samantha Wildman sich nicht überanstrengen soll. Nachdem Hogan in einer Höhle vom hanonianischen Höhlenreptil gefressen wird, baut Chakotay aus den Überresten der Uniform einen solaren Destillierapparat, mit dem sie Wasser gewinnen können. Auch versucht er ein Lagerfeuer zu entzünden, was ihm jedoch nicht gelingt. Janeway vermutet, dass es am Holz des Planeten liegt. Daher benutzt Chakotay einige abgeschnittene Haare, zum Feueranzünden. Nachdem Kes und Neelix von Eingeborenen entführt werden, begibt er sich unbewaffnet zu diesen und verhandelt über die Freilassung der beiden. Schließlich können sie das Lager der Eingeborenen verlassen, werden von diesen jedoch verfolgt. Tuvok und andere Besatzungsmitglieder geben ihnen Feuerschutz mit Pfeilen und Steinwürfen. Sie müssen vor den Eingeborenen in eine Höhle fliehen. Dort treffen sie auf das hanonianische Höhlenreptil. Dieses frisst ein Besatzungsmitglied, während die anderen fliehen können. Chakotay und Tuvok bringen mit Speeren die Höhlendecke zum Einsturz, sodass die Kreatur ihnen nicht folgen kann. Er spricht mit Janeway und Tuvok über das weitere Vorgehen gegenüber den Wilden. In diesem Moment bricht ein Vulkan aus und sie müssen fliehen. Da eine Einheimische von Lava eingeschlossen wird, begibt sich Chakotay zu ihr und trägt sie aus der Gefahrenzone. Daher verhalten sich die Eingeborenen freundlich und zeigen ihnen einen Weg. Nach der Rückkehr auf die Voyager besucht er die Krankenstation und nimmt Abschied von Seska. (VOY: Der Kampf ums Dasein, Teil II)

Nachdem Tuvok auf der Brücke eine traumatische Erinnerung durchlebt und zusammenbricht, wird er vom Doktor behandelt. Als er sich am folgenden Tag wieder zum Dienst meldet, unterhält sich Chakotay mit ihm. Sie begeben sich zum Maschinenraum, wo Kim und Torres berichten, dass sie keinen Hinweis auf etwas gefunden haben, dass Tuvok oder das Schiff beeinflusst haben könnte. Tuvok erleidet dort einen erneuten Anfall und wird auf die Krankenstation gebracht. (VOY: Tuvoks Flashback)

Als Tom Paris und Harry Kim auf Akritiri nach einem Bombenanschlag vermisst werden, informiert er Janeway, dass sie von Botschafter Liria gerufen werden. Dieser berichtet, dass ihre Offiziere als Terroristen verurteilt wurden und die Voyager beschlagnahmt wird. Kurz darauf nähern sich zwei akritirianische Schiffe. Chakotay übernimmt die Conn und fliegt die Voyager in eine sichere Position. Dort angekommen, bespricht er zunächst mit den Führungsoffizieren die Situation. (VOY: Das Hoch­sicherheits­gefängnis)

Als ein Shuttle mit Paris und Torres von einer unbekannte Spezies angegriffen wird, nimmt er an einer anschließenden Lagebesprechung teil. Er meint, dass ein Umfliegen des Territoriums der Spezies etwa 15 Monate dauern würde. Als Janeway den Entschluss fasst das Territorium der Fremden zu durchfliegen, äußert er die Vermutung, dass diese nicht genügend Schiffe besitzt um die gesamte Grenze zu sichern. Nachdem Janeway entscheidet, das Territorium der Fremden zu durchfliegen entwickelt er gemeinsam mit Kim ein Verfahren um das Gitter zu überschreiten. Ihrer Analyse zufolge könnten sie innerhalb von vier Tagen das Territorium durchqueren. Dabei wird die Voyager jedoch angegriffen. Kurz darauf entern mehrere Mitglieder des Schwarms die Brücke. Jedoch können diese überwältigt werden. Chakotay erschießt dabei einen Eindringling persönlich. Unterdessen gelingt es Kim die fremden Schiffe an der Hülle mit einer bestimmten Phasermodulation zu zerstören. Daraufhin ziehen sich die übrigen zurück und die Voyager kann das Territorium des Schwarms wieder verlassen. (VOY: Der Schwarm)

Als die Voyager auf einen Planeten mit einer Prä-Warp-Zivilisation trifft und dort die Energiesignatur eines Replikators aus dem Alpha-Quadranten registriert, geht er mit Tom Paris auf eine Außenmission um dies aufzuklären. Auf dem Planeten entdecken sie, dass zwei Ferengi, Arridor und Kol, sich als Götter ausgeben und die Bewohner ihrem Willen unterwerfen. Da die Föderation Gastgeber der Konferenz war, versucht man die beiden Ferengi von dem Planeten zu entfernen. Er tauscht seine Stiefel bei einem Barden gegen die Rezitation der letzten Strophe des Liedes ein und erfährt so, dass die Weisen den Planeten verlassen werden. Dies versuchen sie zu nutzen, um die Ferengi vom Planeten entfernen zu können. Neelix und die Ferengi werden dabei jedoch auf einen Scheiterhaufen gestellt und sollen geopfert werden. In dieser Not verraten die Ferengi den Standort des Dämpfungsfeldgenerators, sodass Chakotay und Paris diesen deaktivieren können. Nachdem die Ferengi entkommen sind und ihr Shuttle entwenden, versucht er den Traktorstrahl einsatzbereit zu machen. Jedoch kann er nicht verhindern, dass die Ferengi in das Wurmloch fliegen und es dabei destabilisieren, sodass die Voyager ihnen nicht folgen kann. (VOY: Das Wurmloch)

Nachdem B'Elanna den Dienstbeginn verschläft und nicht über das Komsystem erreicht werden kann, weckt er sie persönlich. Auf dem Weg zum Maschinenraum weist er sie darauf hin, dass es schon das zweite Mal ist. B'Elanna gelobt Besserung und berichtet ihm von seltsam intensiven Träumen. Beim Empfang für die Enaraner unterhält er sich mit Neelix. Am nächsten Tag berichtet Torres ihm von ihrem Traum. Da es ihr so vorkommt, als würden die Träume eine zusammenhängende Geschichte entwickeln, will er mit Janeway sprechen. (VOY: Das Erinnern)

Als Kes durch ein Kraftfeld in einem Schrein der Nechani verletzt wird, will Janeway ihr helfen, indem sie ein Ritual durchläuft. Chakotay fragt sie daraufhin, was sie sich davon erwartet, da sie nie ein religiöser Mensch war. Sie berichtet, dass alle Rituale einen mentalen oder Ausdauertest beinhalten. Während Janeway das Ritual durchläuft ist Chakotay auf der Krankenstation und wird vom Doktor fortlaufend über Janeways physischen Zustand informiert. Er erwägt zeitweise Janeway hochzubeamen, jedoch meinen Tuvok und der Doktor, dass keine Gefahr besteht. Nachdem Janeway zurückgekehrt ist, kehrt er auf die Brücke zurück. Nachdem Janeway ihn kontaktiert, lässt er den Doktor Kes zum beamen vorbereiten. Anschließend beamt er mit ihr und Neelix herunter. Er und Neelix äußern ihre Bedenken, jedoch bringt Janeway Kes in das Kraftfeld, woraufhin sie geheilt wird. (VOY: Das Ritual)

Als das Föderationszeitschiff Aeon die Voyager zerstören will, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Durch den Angriff strandet die Voyager bei der Erde des 20. Jahrhunderts. Er begibt sich mit einem Außenteam auf den Planeten, um das Zeitschiff zu finden. Mit Janeway entdeckt er Captain Braxton von der Aeon. Dieser beschimpft sie daraufhin, weil die Menschheit durch eine temporale Explosion vernichtet werden wird. Er informiert sie darüber, dass Henry Starling sein Zeitschiff gestohlen hat und beim Versuch ins 29. Jahrhundert zu reisen die temporale Explosion auslösen wird, die zu Braxton Auftrag führt, die Voyager zu zerstören. Um diese Katastrophe zu verhindern, dringt er mit Janeway bei Chronowerx ein. Er entdeckt ein Kraftfeld, dass das Zeitschiff schützt. Allerdings werden sie von Starling und H. Dunbar gestellt. Eine Rettungsmission gelingt, Kim lässt sie an Bord der Voyager beamen. Dabei verhindert Chakotay durch das Werfen eines Stuhles, dass Dunbar auf Janeway schießt. Anschließend versucht man das Zeitschiff an Bord zu beamen. Jedoch nutzt Starling den Transporterstrahl als Zugangsweg um Daten aus dem Hauptcomputer der Voyager zu stehlen. Nachdem Torres die Verbindung getrennt hat, meldet Chakotay die Schäden. (VOY: Vor dem Ende der Zukunft, Teil I)

Bei einer anschließenden Besprechung der Führungsoffiziere, meldet er, dass Starling 20 % der Daten aus dem Hauptcomputer gestohlen hat. Er bemerkt, dass Starling, wenn er ins 29. Jahrhundert springt, das Raum-Zeit-Kontinuum sprengen wird. Da die Transporter ausgefallen sind, fliegt er mit Torres in einem Shuttle zur Erde um das Zeitschiff herauszubeamen. Während des Fluges unterhält er sich mit Torres. Falls sie hier stranden würden, würde er Archäologie lehren oder Ausgrabungen in Mittelamerika durchführen. Kurz darauf wird er von Paris informiert, dass Starling mit dem Doktor eingetroffen ist. Nachdem Starling in sein Auto einsteigt, versuchen er und Torres diesen herauszubeamen. Jedoch wird das Shuttle durch einen Störsender Starlings beschädigt und muss notlanden. Am Boden werden er und Torres von Anarchisten gefangen genommen. Diese halten sie für Regierungsagenten und die beiden können sie nicht vom Gegenteil überzeugen. Jedoch können Tuvok und der Doktor die Beiden befreien und neben den Entführern auch die FBI-Agenten betäuben, sodass alle auf die Voyager zurückkehren können. Chakotay fliegt daraufhin mit Tuvok in einem Shuttle los, um Paris und Robinson zu helfen, die Dunbars LKW verfolgen und von diesem beschossen werden. Mit den Bordphasern wird der LKW zerstört und Chakotay erkundigt sich nach dem Zustand der Beiden. Anschließend meldet er Janeway, dass sich das Zeitschiff nicht im LKW befand. Bald darauf registrieren die Sensoren der Voyager das Starten des Zeitschiffs. Chakotay kehrt daraufhin mit dem Außenteam an Bord zurück. Da Starling ein instabiles temporales Feld erzeugt, befiehlt er Paris auf einen Kollisionskurs zu gehen. Janeway kann die Torpedos gerade rechtzeitig scharf machen und Starlings Schiff zerstören. Die kurz darauf eintreffende Aeon bringt die Voyager anschließend ins 24. Jahrhundert zurück. (VOY: Vor dem Ende der Zukunft, Teil II)

Als die von Tierans Geist besetzte Kes einen Botschafter der Ilari erschießt, schickt er Tuvok in den Transporterraum. Kurz darauf wird er von Kim informiert, dass ein Shuttle gestohlen wird. Er lässt dieses mit einem Traktorstrahl erfassen, jedoch kann es trotzdem entkommen. Er lässt einen Verfolgungskurs setzen, jedoch kann Paris das Shuttle nicht lokalisieren. Daraufhin wird eine Konferenz der Führungsoffiziere mit Demmas, dem ältesten Sohn des Autarchen abgehalten. Als Tieran sie ruft und ihnen offenbart, dass er ihren Plan vorhergesehen hat, fragt Chakotay, weshalb er sie warnt. Bei einer Befreiungsaktion kann er mit Demmas, Janeway und Neelix in die Regierungshalle eindringen. Kes kann von Tierans Geist befreit und seine Anhänger können überwältigt werden. (VOY: Der Kriegsherr)

Kurz darauf beobachtet man eine Supernova. Als der Stern explodiert applaudieren alle Offiziere auf der Brücke. Er wird bald darauf von Janeway informiert, dass Q in ihrem Quartier erschienen war und vermutlich wiederkommt. Er spricht nochmals mit Janeway und erfährt, dass er anfragte, ob er sich mit ihr paaren darf. Wenig später gerät das Schiff jedoch in die Schockwellen mehrerer Supernovä. Chakotay ruft den Captain daher auf die Brücke. Das Schiff gerät in die Schockwelle von drei Supernovä. Dabei wird Chakotay, wie auch andere Besatzungsmitglieder, leicht verletzt. Er befragt Q, weshalb es zu diesen Supernovas kommt. Sie berichtet, dass der Bürgerkrieg diese auslöst und auch ihre Kräfte beeinträchtigt. Chakotay schlägt vor, dass sie sich gegenseitig helfen. Sie fliegen in eine Supernova um ins Kontinuum zu gelangen. Dort befreien Chakotay, Tuvok und Paris mit den Nordstaaten-Q Q und Janeway. Nachdem ein Waffenstillstand ausgehandelt wurde, vereinigen sich Q und Q und der Bürgerkrieg endet. Die Offiziere werden wieder auf die Voyager versetzt.(VOY: Die "Q"-Krise)

Als er vorübergehend das Kommando über das Schiff hat, empfängt man den Notruf einer Minenkolonie der Garaner. Man reagiert darauf und der Doktor entwickelt eine Behandlungsmethode. Nach der Rückkehr des Doktors, lobt er die Vorgehensweise des Doktors als beispielhaft. Jedoch befallen die Makroviren das Schiff und können auch durch eine Quarantäne nicht eingedämmt werden. Auch Chakotay wird von den Makroviren im Kasino gestochen und betäubt. Er kann jedoch mit dem Rest der Mannschaft von Captain Janeway gerettet werden. Anschließend meldet er Janeway die Schäden am Schiff, ehe er sich zum Skifahren auf das Holodeck begibt. (VOY: Makrokosmos)

Nachdem die Voyager die Nekrit-Ausdehnung erreicht, arbeitet er auf der Brücke. Er lokalisiert die Versorgungsstation, sodass Paris die Voyager dorthin fliegen kann. Während Paris und Chakotay sich auf der Station befinden, werden sie von einem Händler angesprochen, welcher den beiden Drogen verkaufen will. Doch die beiden lehnen ab und gehen weiter. Zur selben Zeit versucht Neelix eine Karte von der Nekrit-Ausdehnung zu bekommen und wird dabei in illegale Geschäfte verwickelt. Der Drogenhändler kommt dabei ums Leben. Da der Händler mit einem Föderationsphaser ermordet worden ist und da Paris und Chakotay Kontakt mit diesem Händler gehabt haben, werden die beiden von Bahrat verhaftet. Darauf stellt sich Neelix Bahrat und damit dieser nicht verhaftet wird, hilft Neelix Bahrat einen großen Schmugglerring zu enttarnen. Paris und Chakotay werden darauf wieder frei gelassen, aber Neelix wird wegen seines Fehlverhaltens von Janeway bestraft. (VOY: Das Wagnis)

Als die Voyager einen Inversionsnebel entdeckt, meldet er, dass dieser bald ausbrennen wird. Diese Einschätzung stellt sich jedoch als Irrtum heraus. (VOY: Das andere Ego)

Bei einer Außenmission mit Janeway, muss ihr Shuttle auf einem Planeten notlanden. Dabei wird Janeway schwer verletzt. Gemeinsam mit Tuvok und dem Doktor kann er sie jedoch retten. Nach der Rückkehr auf die Voyager feiern sie Ihre Rettung mit einer Flasche Champagner auf dem Holodeck. (VOY: Der Wille)

Während ein Außenteam auf einem Planeten Gallizit sucht, überwacht er die Mission von der Brücke aus. Nachdem Torres ein Pon Farr durchlebt und in die Höhlen des Planeten flieht, beamt er selbst hinunter und sucht sie mit Paris und Tuvok. Kurz nachdem sie Torres gefunden haben, werden sie von den Sakari gefangen genommen. Chakotay verhandelt mit den Sakari und gibt einem Sakari seine Waffe und einen Tricorder. Bei einem Erdbeben, greift Torres einen Sikari an, der sie leicht berührt hatte. Daraufhin werden er und Tuvok von den Sakari verschleppt. Die Sakari befragen sie. Chakotay beteuert, dass sie in friedlicher Absicht gekommen sind, und erfährt, dass die Sakari versteckt unter der Erde leben, seit unbekannte Invasoren ihre Kolonie zerstörten. Schließlich entdecken er und Tuvok Paris und Torres und führen sie aus der Höhle. Dort erwartet sie Vorik, der mit Torres kämpft, um das Pon Farr aufzulösen. Anschließend kehren sie auf die Voyager zurück. Beim Entfernen der Ruinen, entdecken sie einen skeletierten Borg. Darüber informiert Chakotay Janeway und die beiden schauen sich entgeistert an. (VOY: Pon Farr)

Wenig später fliegt er mit Fähnrich Marie Kaplan zu einer Außenmission. Dabei empfangen sie ein Föderationssignal und gelangen zu einem Planeten. Das Signal stellt sich als Notruf heraus, welcher von einem Planeten stammt. Nachdem das Shuttle dort gelandet ist, treffen sie auf eine Gruppe von Männern, die sie angreifen. Kaplan wird getötet und Chakotay verletzt. Er wird jedoch von den Mitgliedern der Kooperative in ihr Versteck gebracht. Als er dort aufwacht, erwartet ihn Riley Frazier. Sie berichtet ihm, dass sie den Notruf aussandte und sein Shuttle von dem Angreifer bereits demontiert wurde. Er erfährt, dass auf dem Planeten viele verschiedene Spezies leben, die von Unbekannten hierher entführt wurden. Außerdem herrscht auf dem Planeten Anarchie und Chaos. Als er anbietet bei der Reparatur der Kommunikationsphalanx mitzuarbeiten, lehnt sie dies ab, da er dafür zu schwach sei. Einige Zeit später kommt er zu sich und es gelingt ihm die Tür zu öffnen. Draußen begegnet er einigen Außerirdischen, die an technischen Geräten arbeiten. Er erkennt, dass sie alle ehemalige Borg-Drohnen sind. Frazier offenbart ihm, dass sie Wissenschaftsoffizier an Bord der USS Roosevelt war, und beiWolf 359 assimiliert wurde. Vor fünf Jahren wurde ihre Verbindung zum Kollektiv unterbrochen. Sie begaben sich hierher, um eine neue Gesellschaft aufzubauen. Jedoch entdeckten sie ihre alten Feinde und Kämpfe begannen. Sie betont, dass alles was sie über die Kooperative sagte, wahr ist. Er wird von Orum behandelt, jedoch meint er, dass nur eine Verbindung mit dem Kollektiv ihn heilen kann. Zunächst lehnt er es rundweg ab, jedoch überzeugt ihn Riley. In der Verbindung sieht er u.a. die Erinnerungen der Mitglieder an Angriffe der Borg und Rileys Großvater. Nach dem Ende der Verbindung nähert er sich Frazier an. Sie informieren Janeway über ihr Vorhaben. Janeway lehnt das Ansinnen letztlich ab. Als er mit Torres zur Voyager zurückfliegt, bringt ihn die Kooperative dazu, Torres zu betäuben und Kurs auf den Kubus zu setzen. Er beamt sich an Bord des Kubus und reaktiviert den neuroelektrischen Generator. Anschließend trennt die Kooperative die Verbindung und schickt ihn auf die Voyager zurück. Dort wird er vom Doktor untersucht und spricht mit Janeway. Er fühlt sich nicht wohl, weil er meinte die Kooperative sei aufrichtig und nun haben sie ihre Macht genutzt, um ihren Willen durchzusetzen. (VOY: Die Kooperative)

Nachdem während eines Landurlaubs bei den Mikhal-Travelern, ein Mikhal angegriffen und schwer verletzt wird, unterstützt Chakotay mit Tuvok die Ermittlungen. Ihre Untersuchung ergibt, dass der Doktor Zahir angegriffen hat. Inzwischen ist der Doktor jedoch mit Kes als Geisel auf den Planeten geflohen. Daher sucht er mit Chakotay auf dem Planeten nach dem Doktor und Kes. Es gelingt ihnen sie aufzuspüren und zu stellen. (VOY: Charakter­elemente)

Bei der Zerstörung eines Asteroiden, welcher die Heimatwelt der Nezu bedroht, durch die Voyager arbeitet er auf der Brücke. Als der Asteroid zerbricht, anstatt vaporisiert zu werden, erkundigt er sich nach dem Grund. Kim meldet, dass er keine Erklärung dafür hat und die Sensoren lediglich eine einfache Eisen-Nickel-Verbindung angezeigt hatten. Daraufhin lässt Chakotay Torres Proben der Bruchstücke des Asteroiden an Bord beamen und diese analysieren. Als Kim den Kontakt zum Shuttle von Tuvok und Neelix verliert, lässt er Kim die anderen Teams informieren. Er hilft Torres bei der Analyse des Asteroiden. Sie finden heraus, dass die Asteroiden künstlich gesteuert werden. Wenig später nähert sich ein etanianisches Raumschiff. Chakotay stellt fest, dass sie ihre Schilde so moduliert haben, dass sie als Asteroid erscheinen. Beim erfolgreichen Kampf mit dem Schiff, bedient er mit Tuvok die Taktische Station. (VOY: Die Asteroiden)

Wenig später lässt Chakotay Harry Kim die Position eines binären Sterns im Computer vermerken, da er ein guter Bezugspunkt für die Navigation in diesem Sektor ist. Man trifft auf die Nerada, ein Raumschiff der Nasari. Nachdem Kim dieses Raumschiff beschießt, übernimmt er die Ops. Wenig später meldet er, dass der Antrieb ausgefallen ist. Nachdem der Angriff abgewehrt wird, fliegt das Schiff nach Taresia. Chakotay meldet, dass sich die Nasari-Schiffe immer weiter nähern. Jedoch werden die Nasari von einem taresianischen Schiff vertrieben. Nachdem Kim auf dem Planeten zurückbleibt, verhandelt die Voyager mit den Nasari. Diese sind bereit sie ziehen zu lassen, wenn kein Taresianer an Bord ist. Anschließend kehrt man nach Taresia zurück. Jedoch werden sämtliche Kommunikationsversuche blockiert. Chakotay und Janeway werden vom Doktor informiert, dass die taresianische DNA nicht bei Kim angeboren ist. Sie erkennen, dass Kim bei einer Außenmission mit der DNA infiziert wurde und die Taresianer versuchen, ihn dazu zu veranlassen, auf dem Planeten zu bleiben. Nachdem die Voyager das taresianische Gitter durchdrungen hat, versucht er Kim zu orten. Es gelingt ihm Kim an Bord zu beamen. Da es zu einem Kampf zwischen Taresianern und Nasari kommt, kann die Voyager entkommen. (VOY: Die neue Identität)

Als man Kontakt mit einer Raumstation der Vostigye aufnehmen will, muss man feststellen, dass diese zerstört wurde. Mit Kim analysiert er die Sensordaten. Darauf aufbauend, folgt man einer Subraumspur, die das Schiff zu einem Astralwirbel führt. Als dieser erscheint, lässt er Paris einen Blitzstart vorbereiten, um den Auswirkungen entkommen zu können. Nachdem sie einen Weg gefunden haben, um Paris an Bord zu holen, übernimmt er die Conn und der Plan kann erfolgreich realisiert werden. (VOY: Das wirkliche Leben)

Nachdem zwei getarnte Voth auf dem Schiff entdeckt werden, geht er mit einem Sicherheitsteam zu deren Standort, um sie festzunehmen. Er enttarnt die beiden Voth und wird von Tova Veer mit einer Kralle beschossen, die ihn betäubt. Daraufhin beamt sich Forra Gegen mit Chakotay weg. Gegen befragt Chakotay zu seiner Herkunft. Sie tauschen sich aus und erfahren mehr über die jeweils andere Spezies. Sie fliegen zum Stadtschiff, um sich gegen die Vorwürfe zu verteidigen. Chakotays und Gegens Argumente werden von der Vorsitzenden der Sitzung, Odala, nicht anerkannt. Stattdessen lässt sie Tova Veer hereinkommen, der den Irrtum bestätigt. Daraufhin greift Gegen Odala direkt an und lässt sich auch von einem Zwischenruf Chakotays beeinflussen. Chakotay ergreift das Wort und meint, dass Odala auch starrsinnig ist. Er betont, dass ihr Volk unglaubliche Leistungen vollbracht hat. Odala lässt sich davon jedoch nicht beeindrucken. Sie verurteilt Gegen zum Exil und ordnet die Zerstörung der Voyager und die Internierung der Mannschaft an. Daraufhin widerruft Gegen seine Lehre und wird zur metallurgischen Analyse versetzt. Chakotay darf auf sein Schiff zurückkehren und ihr Territorium verlassen. Zum Abschied schenkt er Gegen noch eine Nachbildung der Erde, die dieser freudig annimmt. (VOY: Herkunft aus der Ferne)

Als immer mehr Besatzungsmitglieder verschwinden und stattdessen Nyrianer an Bord erscheinen, bespricht er die Situation mit Janeway und Torres. Sie internieren die Nyrianer in den Frachträumen und Shuttlerampen. Anschließend teilt er weitere Crewmitglieder der Sicherheit zu. Nachdem Janeway ebenfalls verschwindet, übernimmt er das Kommando und lässt Neelix den nyrianischen Astrophysiker Rislan in den Maschinenraum bringen, damit dieser hilft eine Erklärung zu finden. Er selbst übernimmt das Steuer und lässt die Sicherheitschefin Fähnrich Lang Kraftfelder um alle kritischen Systeme errichten. Als Gennaro bewusstlos gefunden wird, geht er in den Frachtraum und gibt Sicherheitsalarm. Er lässt die restliche Besatzung die Brücke und den Hauptmaschinenraum verteidigen. Chakotay selbst erkennt, dass die Nyrianer ihren Hauptcomputer angezapft haben. Er befiehlt allen Verbliebenen alle Systeme zu sabotieren. Er liefert sich dabei ein Feuergefecht mit drei Nyrianern. Es gelingt ihm den Warpkern abzuschalten, jedoch muss er feststellen, dass er allein auf dem Schiff ist. Er transferiert das Programm des Doktors in den mobilen Emitter und ergibt sich daraufhin zwei Nyrianern. In dem Habitat, wo er gefangen gesetzt wird, arbeitet er mit den anderen Besatzungsmitgliedern an einem Fluchtplan. Gemeinsam mit Neelix und Tuvok baut er improvisierte Waffen. So gelingt es letztlich die Voyager zurückzuerobern. (VOY: Trans­lokali­sation)

Eine holografische Projektion von Chakotay ist Teil des Holoprogramms Rebellion Alpha. Darin meutert er und bringt die Voyager unter seine Kontrolle. Anschließend hält er eine Ansprache, um weitere Besatzungsmitglieder zum Überlaufen zu bewegen. Als Chakotay diesen Holoroman entdeckt, berichtet er darüber Janeway. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere meldet er, dass er Roman 47 mal gespielt wurde. Als der Autor, Tuvok, mit Paris das Programm zu Ende schreiben möchte, aktiviert sich ein Programm von Seska, in dem diese die beiden jagt. Das Hologramm von Chakotay unterstützt sie dabei. Janeway versucht das Chakotay-Hologramm umzuprogrammieren, weshalb das Seska-Hologramm ihn erschießt. Nachdem Tuvok und Paris von Janeway gerettet werden können, stößt der reale Chakotay mit den Führungsoffizieren im Kasino an. (VOY: Rebellion Alpha)

Als eine Langstreckensonde der Voyager von den Borg assimiliert wird, meldet er es Janeway. Bei der anschließenden Besprechung der FÜhrungsoffizierie, informiert Janeway die Offiziere, dass sie eine Zone entdeckt haben, die frei von Borgaktivität ist, die Nordwest-Passage. Chakotay zeigt die dazugehörigen Sternenkarte auf einem Monitor. Anschließend arbeitet er mit Kim an einer Verbesserung der Notkraftfelder für den Fall einer Enterung. Nachdem eine Borg-Aramada die Voyager ignoriert, überlässt sie Chakotay das Kommando auf der Brücke. Als die Borg-Schiffe von den Sensoren verschwinden, entdeckt man ein Trümmerfeld und ein fremdes Schiff. Chakotay soll mit einem Außenteam dieses Schiff untersuchen. Sie entdecken, dass das Schiff aus organischer Materie besteht. Wenig später wird Kim durch ein Mitglied von Spezies 8472 verletzt. Sie können jedoch zurückgebeamt werden. Die Führungsoffiziere stimmen einer Kontaktaufnahme mit den Borg weitestgehend zu schließen und machen sich an die Vorbereitungen. Nachdem die anderen gegangen sind, spricht Chakotay mit ihr. Er hält dieses Vorhaben für einen Fehler. Während Janeway auf einem Borg-Kubus verhandelt, greift plötzlich ein Schiff von Spezies 8472 an. Es zerstört mit weiteren Schiffen den Planeten. Daraufhin flieht der Kubus, der die Voyager mit dem Traktorstrahl ins Schlepp nimmt. (VOY: Skorpion, Teil I)

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Chakotay befiehlt daraufhin Janeway zurückzubeamen. Jedoch wird dies von den Borg unterbunden und Janeway berichtet über Subraumkommunikation, dass sie eine Übereinkunft mit den Borg getroffen hat. Chakotay akzeptiert diese Übereinkunft, obwohl er gewisse Zweifel hat. Der Doktor informiert ihn bald darauf, dass er die Nanosonden der Borg so modifiziert hat, dass sie das fremde Gewebe zerstören. Auf diese Weise kann Harry Kim gerettet werden. Als Spezies 8472 wenig später versucht in Kes' Gehirn einzudringen, informiert er Janeway darüber. Der Borg-Kubus opfert sich, um das fremde Schiff zu zerstören. Einige Borg, Janeway und Tuvok werden in den Frachtraum 2 gebeamt. Chakotay befiehlt daraufhin ein Sicherheitsteam dorthin. Er veranlasst Janeways Behandlung und verhandelt mit den Borg. Anschließend spricht er mit den Führungsoffizieren. Er lehnt die von Seven of Nine geforderte Kursänderung auf einen Kubus ab. Daraufhin unterbricht er die Verbindung. Als die Borg versuchen in die Navigationskontrolle eizudringen, lässt er die Athmosphöre aus der Frachtraum ablassen. Jedoch wird die Voyager in den fluiden Raum entführt. Chakotay erkennt, dass die Borg schon einmal hier waren und scheiterten. Man kommt überein, dass sie Spezies 8472 besiegen müssen. Wenig später informiert er Janeway über die neuesten Vorkommnisse. Als Seven of Nine versucht die Kontrolle über das Schiff zu übernehmen, stellt Chakotay mihilfe eines Transeivers eine Verbindung zu ihr her. Er versucht sie zu überzeugen, dass sie sich für ihre menschliche Seite entscheiden soll. Als Torres einen Energiestoß auslöst, um die Verbindung zum Kollektiv zu trennen, wird auch Chakotay leicht verletzt. Anschließend meldet er Janeway die Schäden und die beiden sprechen sich aus. (VOY: Skorpion, Teil II)

Während die Borg-Technologie aus der Voyager entfernt wird, unterrichtet Chakotay Janeway über den Stand der Reparaturen. Als sich durch Kes' neue mentale Fähigkeiten, die strukturelle Integrität auf Deck 2 verringert, lässt er das strukturelle Integritätsfeld verstärken. Als Janeway die Brückenbesatzung informiert, dass Kes sie verlassen wird, sehen sich die Brückenoffiziere vielsagend an. (VOY: Die Gabe)

Wenig später spricht er mit Seven of Nine, die ihn um eine Dienstzuweisung bittet. Daraufhin spricht er mit Torres darüber und befiehlt ihr letztlich Seven im Maschinenraum einzusetzen. Er ist auch auf der Brücke anwesend, als die Caatati um Hilfe bitten. Bei einer Besprechung mit deren Anführer Rahmin, meint er, dass ihre Vorräte begrenzt sind, und sie nicht ihr gesamtes Volk versorgen können. Nachdem Paris und Torres bei einer Bergungsaktion vermisst werden, informiert er den Captain, dass sie eine Subraumträgerwelle empfangen haben. (VOY: Tag der Ehre)

Bei einer Außenmission wird sein Shuttle über dem Planeten von den Vori abgeschossen und Chakotay gefangen genommen. Die Vori unterziehen ihn einer Gehirnwäsche in einer Simulation. In dieser wird er in ein Lager gebracht und dort vom Teamführer Brone freigelassen. Er schließt sich den Vori an, um die Voyager kontaktieren zu können. Dort erhält er auch Nahrung und erfährt von Rafin und Namon, dass die Kradin ein Gegner sind, der keine Gnade kennt. Am nächsten Tag geht er mit Namon in den Wald, wobei dieser in einem Gefecht getötet wird. Dies bringt Chakotay dazu, mit den Vori zu kämpfen. Rafin lehrt ihn eine Vori-Waffe abzufeuern und Chakotay marschiert mit den Vori durch die Wälder. Als Rafin in seinem ersten Gefecht fällt, bestärkt dies Chakotay darin, in den Reihen der Vori zu kämpfen. Leicht verletzt gelangt er in ein Dorf der Vori. Dort werden seine Wunden versorgt und er freundlich umsorgt. Kurz nachdem er wieder aufbricht, wird er Zeuge, wie das Dorf von den Kradin angegriffen wird. Er selbst wird gefangen genommen und weggebracht. Nach einem Verhör, bringen sie ihn zu den anderen Vori. Er wird von Rafin befreit und kämpft in Reihen der Vori gegen die Kradin. Als er einem kradin gegenübersteht, stellt sich dieser als Tuvok vor. Er fordert ihn auf genau hinzusehen und Chakotay erkennt Tuvok wieder. Er berichtet ihm, dass nichts von dem Erlebten real war. Chakotay glaubt Tuvok und senkt seine Waffe. Tuvok zeigt ihm den Beginn der Simulation, was ihn endgültig überzeugt. Auf der Voyager wird er vom Doktor untersucht, der ihm erklärt, dass er alles geglaubt hätte, sogar, dass seine Mutter ein Kohlrabi war. Janeway berichtet ihm, dass die Kradin den Vori dieselben Grausamkeiten vorwerfen. Als Neelix Botschafter Treen zu Chakotay bringt, bedauert dieser, dass es ihnen nicht gelang ihn früher aus den Händen ihrer Nemesis zu befreien. Daraufhin verlässt Chakotay die Krankenstation. (VOY: Nemesis)

Wenig später feiert er mit den anderen Führungsoffizieren und der Besatzung die Beförderung von Tuvok zum Lieutenant-Commander im Kasino. Später bespricht er mit Kim den DIenstplan, da dieser nicht mit Seven an einem Projekt weiterarbeiten möchte. Er verdeutlicht ihm, dass er und Seven ein gutes Team sind und an diesem Projekt weiterarbeiten werden. (VOY: Der Isomorph)

Bei den Verhandlungen über eine Passage durch den Raum der B'omar, verhandelt er mit Janeway und Paris mit Kanzler Gauman. Während der Verhandlungen greift Seven of Nine Neelix an und versucht zur Shuttlerampe zu gelangen. Chakotay übernimmt die Taktische Station, als sich Tuvok mit einem SIcherheitsteam zu ihr begibt. Wenig später versiegelt er Deck 6, was Seven jedoch nicht aufhält. Auch bei Sevens weiterem Weg verfolgt er sie mit den Sensoren. Er lässt Kim alle Energie in die Kraftfelder auf Deck 10 leiten, was Seven jedoch nicht aufhalten kann. Anschließend entscheiden die B'omar der Voyager keine Passage zu gestatten und Chakotay bringt die Delegierten in den Transporterraum. Wenig später informiert er Janeway, dass die B'omar ihre Patrouillienschiffe verdoppelt haben. Im Gespräch mit Janeway, meint er, dass sie sich möglicherweise dem Kollektiv wieder anschließen will. Janeway widerspricht dem jedoch. Wenig später informiert sie der Doktor, dass sich ein Teil der Borgtechnologie in Sevens Körper reaktiviert hat. Als Janeway erkennt, dass Sevens Verhalten durch die Nähe zu ihrem ursprünglichen Schiff, der USS Raven, verursacht wird, scannt er nach diesem. Nachdem sie es entdeckt haben und feststellen, dass es von drei B'omarschiffen angegriffen wird. Chakotay übernimmt die taktische Station und schießt die B'omarschiffe kampfunfähig. (VOY: Der schwarze Vogel)

Wenig später ruft er Captain Janeway auf die Brücke, als man binäre Pulsare entdeckt. Er soll deren Untersuchung leiten, da sich Janeway zu angespannt dafür fühlt. Während er in seinem Quartier arbeitet, beginnen seine Hände plötzlich zu zittern und er verliert seine Haare. Eine Untersuchung des Doktors ergibt, dass er an einer rapiden Beschleunigung des Alterungsprozesses leidet. Anschließend unterhält er sich mit Neelix darüber, wer von beiden mehr Einschränkungen unterliegt. (VOY: Ver­werfliche Experi­mente)

Als Captain Janeway mit den Mari verhandelt, nachdem diese B'Elanna Torres verhaftet haben, hat er das Kommando auf der Voyager. Er unterhält sich auch mit Paris. Dieser will Torres gewaltsam befreien, was Chakotay jedoch vorläufig ablehnt, um keine gewalttätige Auseinandersetzung mit den Mari hervorzurufen. (VOY: Gewalttätige Gedanken)

Als die Voyager von fremden Schiffen angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. Später stellt er fest, dass Geräte von dem Schiff gebeamt wurden. Nachdem sich die Angreifer zurückziehen, fordert er Schadensberichte von allen Decks an. Nachdem Neelix und Paris auf einem Planeten Teile ihrer gestohlenen Ausrüstung entdecken und den Händler an Bord bringen, befragt Chakotay diesen. Als er den Namen von Tau, der ihm die Waren verkaufte, preisgibt, lässt Chakotay ihn mit diesen Waren gehen. Später leitet er die Rettungsaktion für Captain Janeway, die von Tau enttarnt wurde. Janeway gelingt es den Hauptcomputer zu markieren, sodass er hochgebeamt werden kann. Anschließend leitet er eine Rettungsaktion für Janeway ein, die erfolgreich durchgeführt wird. (VOY: Apropos Fliegen)

Chakotay begibt sich mit Neelix und Tom Paris auf eine Außenmission, um Protomaterie zu sammeln. Beim Versuch diese an Bord zu beamen, wird Neelix getötet und Chakotay fliegt das Shuttle zum Schiff zurück. Anschließend ist er auf der Krankenstation anwesend, als der Doktor Neelix' Tod feststellt. Jedoch kann Seven of Nine ihn mithilfe ihres Borg-Wissens reanimieren. Gemeinsam mit Paris und Torres entwickelt er anschließend ein Verfahren um die Protomaterie sicher an Bord beamen zu können. Zur Sicherheit führt er eine Simulation auf dem Holodeck durch. Dabei erkennt er, dass der Transporterstrahl eine Feedbackschleife erzeugte, die das Plasma entzündete. Am Ende der Simulation offenbart ihm Neelix, dass er im Leben nach dem Tod nicht im wundervollen Wald war, an den er glaubte. Später will Neelix meditieren, um Antworten auf seine Fragen zu erhalten. Daher begibt er sich mit Neelix auf Visionensuche. Er möchte diese Visionen mit Neelix weiter auswerten. Dieser lehnt es jedoch ab und versucht sich zu töten, indem er sich in den Nebel beamt. Chakotay begibt sich daraufhin in den Transporterraum und versucht Neelix zu überzeugen, sich nicht umzubringen. (VOY: Leben nach dem Tod)

Als sich ein Teil der Führungsoffiziere, aufgrund von Alpträumen zu spät zum Dienst meldet, stellt sich heraus, dass sie alle einen ähnlichen Alptraum hatten. Gemeinsam erstellen sie ein Phantombild des Fremden. Chakotay schlägt vor, mithilfe einer Technik des bewussten Träumens mit dem Fremden Kontakt aufzunehmen. Janeway stimmt dem zu und er begibt sich auf die Reise. Er trifft auf einen Alien, der ihm berichtet, dass seine Spezies schläft und Jahrhunderte lang von den Wachspezies bekämpft wurde. Als Chakotay verspricht ihren Raum zu umfliegen, lassen sie ihn ziehen. Er berichtet Janeway das Erlebte. Wenig später wird die Voyager von einem fremden Raumschiff angegriffen. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen, die jedoch erfolglos bleiben. Als er mit der restlichen Crew interniert wird, unternimmt er einen Fluchtversuch. Als er den Mond sieht, kann er sich aufwecken und trifft auf den Doktor. Mit den Schiffssensoren kann er den Planeten der Fremden lokalisieren und setzt einen Kurs dorthin. Er beamt sich auf den Planeten und findet dort die schlafenden Fremden. Er entschließt sich einen der Fremden aufzuwecken und lässt den Doktor mit einem Photonentorpedo auf die Höhle, wo sich der Transmitter befindet, zielen. Er schläft ein und teilt dem Anführer mit, dass sie beide sterben werden, wenn er sie nicht freilässt. Nachdem die Fremden einlenken, versucht Chakotay erfolglos zu schlafen und verbringt daher die Nacht im Kasino. (VOY: Wache Momente)

Kurze Zeit später beschwert sich Torres bei ihm über Seven of Nines Verhalten. Er offenbart ihr, dass er genug von ihren Streitereien hat und fordert sie auf ihren Konflikt beizulegen. In diesem Moment wird er von Seven of Nine ins Astrometrische Labor gerufen und begibt sich dorthin. Dort erfährt er, dass Seven mithilfe eines fremden Sensorennetzwerks ein Raumschiff der Sternenflotte entdeckt hat. Nachdem man den Doktor in den Alpha-Quadranten geschickt hat, verfasst er einen Brief an seinen Cousin. Später empfängt er mit Captain Janeway und Tuvok den Doktor von seiner Außenmission. (VOY: Flaschenpost)

Als man eine Relaisstation untersucht, lässt er nach Lebenszeichen scannen. Wenig später erhält er über das Sensorennetzwerk einen Brief aus dem Alpha-Quadranten, in dem er darüber informiert wird, dass die Cardassianer zusammen mit einer Spezies aus dem Gamma-Quadranten den Maquis vernichtet haben. Er informiert darüber Torres. Später informiert er Janeway, dass sie die Nachrichten nun schneller erhalten. Nachdem sie in einen Kampf mit einem Raumschiff der Hirogen beschädigt werden, berichtet er Janeway über die Schäden. (VOY: Jäger)

Wenig später trifft man auf ein Raumschiff der Hirogen mit einem einzigen Besatzungsmitglied. Chakotay weist darauf hin, dass dies eine Falle sein könnte. Jedoch entschließt sich Janeway Kontakt aufzunehmen. Chakotay geht mit einem Außenteam auf das Raumschiff der Hirogen und sucht nach dem Überlebenden. Sie bringen diesen auf die Voyager und informieren Janeway. Wenig später meldet er mehrere Hüllenbrüche. Anschließend befragt er mit Janeway den Hirogen. Chakotay begibt sich anschließend mit diesem auf die Jagd nach dem Mitglied von Spezies 8472. Er selbst übernimmt die Führung der Gruppe und zwingt den Hirogen an zweiter Stelle zu gehen. Als sie das Wesen erreichen, wird er vom Hirogen angegriffen, da dieser das Wesen töten will. Zwar kann dieser überwältigt werden, allerdings gelingt es ihm wenig später sich zu befreien. (VOY: Die Beute)

Als die Voyager von Kovin Waffentechnologie erwirbt, informiert er Seven of Nine, dass sie ihm, bei der Installation des neuen Waffensystems assistieren soll. Sie wendet ein, dass der Captain ihr nur vertraut, wenn diese ihr Wissen benötigt. Er meint zu ihr, dass sie sich das Vertrauen des Captains Schritt für Schritt wieder erarbeiten muss. Später will er den Traktorstrahl aktivieren, um Kovins Schiff festzuhalten. Jedoch scheitert dieser Versuch. (VOY: Im Rückblick)

Kurze Zeit später wird die Voyager von den Hirogen angegriffen und auch von ihnen erobert. Die Hirogen führen darauf Simulationen mit der Crew auf dem Holodeck durch. Die Crew glaubt Teil der Simulation zu sein, während die Hirogen ihre Opfer auf dem Holodeck jagen. Chakotay verkörpert dabei die Rolle des Captain Miller und leitet den amerikanischen Angriff auf Sainte Claire. (VOY: Das Tötungsspiel, Teil I)

Gemeinsam mit Captain Janeway, die die Rolle der Katrine übernommen hat, begibt er sich auf die Voyager. Nachdem sie Kontakt mit Neelix und seinen Klingonen aufgenommen haben, kehren sie in die Simulation zurück. Nachdem ein Waffenstillstand vereinbart wird, spricht er mit Janeway. Jedoch brechen Turanj und der deutsche Offizier die Waffenruhe und greifen an. Mit Unterstützung der klingonischen Krieger aus einer anderen Simulation, können sie die deutschen Linien überrennen. Wenig später gelingt es Kim die Holofiguren zu deaktivieren und die Besatzung verlässt das Holodeck. (VOY: Das Tötungsspiel, Teil II)

Nachdem man auf ein Raumschiff mit Koaxialwarpantrieb trifft, lässt Janeway Sicherheitsmaßnahmen ergreifen. Da es auf dem fremden Schiff technische Probleme gibt, will er den Piloten Steth herausbeamen lassen, was jedoch nicht möglich ist. Nachdem der Pilot gerettet werden kann, bittet er Chakotay,darum Steth bei der Reparatur seines Schiffes helfen zu dürfen, was Chakotay genehmigt. Später unterhält er sich mit Paris über dessen Arbeit. Nachdem Janeway von Steth angegriffen wird, glaubt er Paris, dass er im Körper von Steth steckt. So ermöglicht er die Verhaftung des Identitätsdiebs. (VOY: Vis a vis)

Bald darauf fällt das Raumschiff plötzlich unter Warp. Auf allen Monitoren erscheint eine codierte Warnung mit dem griechischen Buchstaben Omega, die nur vom Captain gelesen werden kann. Sie beauftragt ihn anschließend, Vorbereitungen für eine Außenmission zu treffen, die sie jedoch allein durchführen will. Nachdem sich herausstellt, dass es sich um viele Omega-Moleküle handelt, wird er von Janeway informiert. Nachdem man die Quelle der Omega-Moleküle erreicht hat, ruft er den Captain auf die Brücke. Später informiert er Seven of Nine, dass sie mit der Harmonikresonanzkammer die Omega-Moleküle zerstören soll. Später meldet er Janeway, dass sich zwei Schiffe nähern. Als er sich weigert die Moleküle auszuliefern, greifen die Schiffe die Voyager an. Es gelingt ihnen jedoch die abgeworfene Harmonikkammer mit einem Torpedo zu zerstören. (VOY: Die Omega-Direktive)

Wenig später wird man Zeuge eines Kampfes zweier getarnter Raumschiffe. Nachdem eines dieser Schiffe zerstört wird, nimmt Kellin, die Pilotin des anderen Schiffs, Kontakt mit der Voyager auf und bittet Chakotay um Hilfe. Als er Kontakt abbricht, beamt er mit einem Außenteam auf das Schiff. Er kann die eingeklemmte Pilotin befreien und bringt sie auf die Krankenstation. Kellin eröffnet ihm, dass sie gemeinsam einen Ausreißer aufzuspüren und zu ihrem Volk zurückzubringen. Jedoch könne er sich nicht daran erinnern, da andere Spezies Erinnerungen an ihr Volk nur für Stunden behalten können. Sie gibt an, sie sei zurückgekehrt, da sie sich in ihn verliebt habe. Anschließend berichtet sie ihm, wie sie einen Ausreißer aufspürten und sie das Schiff verließ. Wenig später wird das Schiff von den Aufspürern angegriffen und Janeway ruft beide auf die Brücke. Dort modifiziert Kellin ihre Sensoren, sodass sie die getarnten Schiffe entdecken können. Anschleßend führt er mit Kellin die Reparaturen durch und kommt ihr in der Jeffriesröhre näher. Mit Tuvok bespricht er bereits, eine mögliche Aufgabe für Kellin in der Sicherheitsabteilung. Bald darauf wird Kellin jedoch vom Aufspürer Curneth entdeckt und ihr Kurzzeitgedächtnis ausgelöscht. Er versucht sie erneut kennenzulernen. Jedoch besteht sie darauf, in ihre Welt zurückkehren zu müssen. Daher verabschiedet er sie im Transporterraum und schreibt anschließend seine Erlebnisse auf Papier nieder, damit sie nicht vom Computervirus gelöscht werden. (VOY: Unver­gessen)

Als die Voyager von den Kyrianern angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. (VOY: Der Zeitzeuge)

Wenig später geht an Bord der Voyager das Deuterium aus und das Schiff hat somit fast keinen Treibstoff mehr. Janeway befiehlt Chakotay und Tuvok weitere Einsparmöglichkeiten zu suchen. Als er wenig später die Astrometrie betritt und Seven bei der Arbeit erblickt, weist er sie zurecht, dass sie die Astrometrie vor einer Stunde hätte schließen soll. Seven entgegnet, dass sie nach neuen Treibstoffquellen gesucht hat und gerade hochkonzentriertes Deuterium auf einem Planeten der Dämon-Klasse entdeckt hat. Nachdem ein Versuch das Deuterium an Bord zu beamen gescheitert ist, beraten die Führungsoffiziere, wie man das Deuterium abbauen kann. Als sich der Doktor darüber beschwert, dass Neelix und einige Besatzungsmitglieder auf der Krankenstation einquartieren wollen, weist er dies zurück.Nachdem er wieder auf der Brücke ist, befiehlt Janeway ihm die Voyager auf dem Planeten zu landen. Anschließend sucht er Paris und Kim mit Seven of Nine. Als Chakotay abstürzt, zieht Paris ihn hoch und heißt sie willkommen. Er berichtet, dass er das Bewusstsein verlor und wieder atmen konnte, als er aufwachte. Überrascht über seine Entdeckung, meldet er dies Janeway und empfiehlt eine Untersuchung von Kim und Paris. Es stellt sich heraus, dass sie scheinbar bioformiert wurden. Chakotay begibt sich daraufhin mit Seven auf die Suche nach der Ursache der Bioformierung. Sie entdecken Lebenszeichen und finden die echten Kim und Paris. Er lässt sie an Bord beamen. Später verlangt das Silberblut die gesamte Crew der Voyager zu duplizieren. Janeway geht darauf ein und der Crew gelingt Deuterium von der Oberfläche zu bekommen. (VOY: Dämon)

Als man auf einen Nebel der Mutara-Klasse stößt, stellt sich heraus, dass er eine tödliche Wirkung auf Humanoide hat. Die Analyse des Doktors ergibt, dass die Verletzungen durch eine subnukleonische Strahlung verursacht wurden. Da der Nebel nur sicher passiert werden kann, wenn die Besatzung in Stasiskammern geht, erhält der Doktor das Kommando und wird von Seven of Nine unterstützt. Bei der letzten Dienstbesprechung, meldet Chakotay, dass die Kammern rechtzeitig zur Verfügung stehen werden. Gegenüber Janeway äußert er seine Bedenken, über die beiden, die das Kommando übernehmen sollen. Janeway kann seine Bedenken jedoch ausräumen. (VOY: Eine)

Nachdem der Passagier Arturis die verstümmelte Nachricht der Sternenflotte entschlüsseln kann, entdeckt die Voyager die USS Dauntless, welche scheinbar zu ihnen geschickt wurde. Mit einem Außenteam, bestehend aus Tuvok und Paris, beamt er auf das Raumschiff und sichert es. Als es zu vibrieren beginnt, begeben sie sich auf die Suche nach dem Antriebskern und stellen fest, dass das Schiff keinen Warpantrieb besitzt. Das Raumschiff führt selbstständig einen Flug durch und kann nicht gestoppt werden. Nachdem es selbstständig anhält, erfahren sie, dass es einen Quantenslipstreamantrieb besitzt. Die Führungsoffiziere hören daraufhin die Nachricht von Admiral Hayes an, der sie ermutigt auf der Dauntless nach Hause zu fliegen. Nachdem sich herausstellt, dass Arturis sie getäuscht hat, entführt dieser Janeway und Seven mit der Dauntless. Daraufhin lässt Chakotay einen Verfolgungskurs setzen. Als sie die Dauntless erreichen, lässt er Janeway und Seven an Bord beamen. (VOY: In Furcht und Hoffnung)

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Während das Schiff eine Region, in der es keine Sterne gibt, durchfliegt, demoralisiert dies die Besatzung. Als das Holodeck durch eine vom Doktor und Tom Paris herbeigeführte Fehlfunktion ausfällt, erkundigt er sich über Interkom, was vorgefallen ist. Auf Paris' Versicherung, dass sie den Schaden sofort reparieren, reagiert er mit der Aufforderung die Reparatur schnell durchzuführen, da ein Ausfall der Holodecks zusätzliche Probleme bereiten würde. Nachdem man eine hohe Thetastrahlung ortet, informiert er Janeway darüber und lädt sie auf das Holodeck ein. Als kurz darauf die gesamte Energie auf dem Schiff ausfällt, hilft er dem hyperventilierenden Neelix. Gemeinsam stoßen sie auf einen Eindringling, der Chakotay angreift, aber von Janeway abgewehrt werden kann. Nachdem man mit diesem Nachtwesen Kontakt aufnimmt, spricht er mit Tuvok über Janeways Verhalten. Er kommt mit Tuvok überein, dass er keinen Alleingang Janeways tolerieren wird. Gemeinsam mit Torres erläutert er Controller Emck die Funktionsweise der Technologie, die ihre Thetastrahlenabfälle reinigt. Als Emck ihre Vorschläge ablehnt, da sie ihn das Geschäft mit dem Mülltransport kosten würden, hält er Torres zurück. Daraufhin lässt er ihn in den Transporterraum bringen. Janeways Entschluss den Wirbel allein zu zerstören, akzeptieren er und die anderen Führungsoffiziere nicht. Daraufhin beginnt man die Operation und kann sie mit Unterstützung der Nachtwesen erfolgreich abschließen. (VOY: Nacht)

Nachdem ein Shuttle mit Paris, Torres, Seven of Nine und dem Doktor in einem protostellaren Nebel in Not gerät, lässt Captain Janeway die Insassen herausbeamen. Chakotay begibt sich in den Transporterraum und empfängt die Geretteten. Als er am nächsten Morgen das Kommando auf der Brücke von Harry Kim übernimmt, meldet Seven of Nine, dass ihr Abstandstranceiver durch eine Borg-Präsenz aktiviert wurde. Nachdem im Wissenschaftslabor Energie umgeleitet wird, gibt er Roten Alarm, ruft Captain Janeway auf die Brücke und schickt Tuvok mit einem Sicherheitsteam dorthin. Man stellt fest, dass sich dort eine Borg-Drohne, Erster, entwickelt hat. Nachdem dieser unabsichtlich ein Abstandssignal an die Borg gesendet hat, schicken diese ein Schiff und Chakotay schickt die Besatzung auf die Gefechtsstationen. (VOY: Die Drohne)

Nachdem eine Sonde in der Atmosphäre eines Gasriesen stecken bleibt, besprechen die Führungsoffiziere, wie man diese bergen kann. Als Torres lapidar meint, dass man sie nicht herausbeamen kann, erkundigt er sich nach den genauen Gründen dafür. Zunächst lässt er sich davon beruhigen. Unterdessen beginnt man mit der Bergungsaktion, und er analysiert die Atmosphäre. Inzwischen ist auch ein Malon-Frachter, unter dem Kommando von Vrelk, eingetroffen, der ebenfalls die Sonde bergen soll. Später schlägt er vor die Schilde zu verstärken, falls Vrelk noch mehr Antimaterieabfall ablässt. Nachdem Torres nicht über das Kommunikationssystem antwortet, begibt er sich auf das Holodeck und veranlasst, dass sie auf die Krankenstation gebracht wird. Wenig später spricht er mit Janeway und Paris über Torres' Verletzungen. Sie wussten nichts von ihren Verletzungen. Daher stellen sie Nachforschungen in Torres' Holodeckprogrammen an. Aufgrund des Ergebnisses sucht Chakotay Torres auf und stellt sie zur Rede. Chakotay drängt sie dazu, sich mit ihm eines der Programme anzusehen. Er fragt sie, ob sie Selbstmord begehen will, was sie verneint. Sie berichtet, dass sie überhaupt keine Gefühle mehr hat. Chakotay meint, dass sie sich öffnen soll, worauf sie erwidert, dass sie jede Familie, die sie je hatte, verloren hat. Chakotay entgegnet, dass sie ihre Familie auf der Voyager nicht verlieren wird, da niemand auf der Voyager zulassen wird, dass sie sich auf dem Holodeck das Genick bricht. Nachdem sich Torres ihm öffnet, wird er auf die Brücke gerufen, da die Malon angreifen. Janeway befiehlt daher den Start des Delta-Flyers und Chakotay soll mitfliegen. Auf dem Weg zur Shuttlerampe, wird er von Torres abgefangen, die die Mission übernehmen will. Dies gestattet er. Nach dem erfolgreichen Abschluss der Mission, scannt er das Malonshuttle und stellt fest, dass sie offenbar große Probleme haben, die Atmosphäre zu verlassen. Anschließend spricht er mit Torres und lobt sie für ihre Arbeit. (VOY: Extreme Risiken)

Kurze Zeit später entdeckt man Terrasphäre 8, eine Trainingsanlage von Spezies 8472, in der die Invasion der Erde vorbereitet wird. Chakotay und Tuvok infiltrieren die Anlage, um an Informationen zu gelangen. Chakotay, der sich als "Jason Hayek" ausgibt, macht dabei viele Aufnahmen mit seiner Holobildkamera. Auch nimmt er Kontakt zu "Boothby" und "Valerie Archer" auf und gelangt so an Informationen. Als er mit Tuvok zum Schiff zurückkehren will, werden sie von "David Gentry" gestellt. Jedoch kann Tuvok ihn betäuben und sie kehren mit Gentry zur Voyager zurück. Es stellt sich heraus, dass David Gentry ein Mitglied von Spezies 8472 ist. Daraufhin bespricht Chakotay das weitere Vorgehen mit den Führungsoffizieren, und entschließt sich wieder auf die Terrasphäre zu gehen. Bei einem gemeinsamen Abendessen, sammelt er weitere Informationen von Archer. Diese schöpft dabei jedoch Verdacht und nimmt eine DNA-Probe von Chakotay, um diese zu testen. Anschließend lässt "Boothby" Chakotay verhaften. "Boothby" und "Archer" verhören ihn. Nachdem sich die Voyager nähert, versucht er Archer zu überzeugen, dass sie eine friedliche Lösung finden können. In Verhandlungen können sie einen Waffenstillstand erreichen. (VOY: In Fleisch und Blut)

Nachdem der Kontakt zum Deltaflyer verloren geht, besprechen die Führungsoffiziere die Vorbereitung einer Rettungsaktion. Nachdem man das Schiff auf einem Planeten entdeckt hat, bereitet er mit den Offizieren eine Bergung vor. Mit Kim beamt er herunter, um den Flyer näher zu untersuchen. Nachdem sie den Flyer lokalisiert haben, lässt er zwei Phaserbohrer in Stellung bringen, um den Flyer freizulegen. Auf diese Weise kann der Flyer geborgen werden und alle werden auf die Voyager zurückgebeamt. (VOY: Es war einmal)

In den nächsten Wochen wird der Quantenslipstreamantrieb auf der Voyager angepasst und wieder aktiviert. Mit Hilfe des Quantenslipstreamantriebs will die Crew endlich zurück zur Erde gelangen. Nachdem man Fehlfunktionen bei einer Simulation entdeckt, macht Kim den Vorschlag, notwendige Kurskorrekturen vom Delta-Flyer aus durchzugeben. Chakotay weist Janeway bei einem gemeinsamen Abendessen auf die Risiken dieses Vorschlags hin. Jedoch hält der Captain das Risiko für akzeptabel. Beim Slipstreamflug kommt es zu einer Phasenvarianz, welche die Voyager bedroht. Chakotay fliegt den Flyer, während Kim die Phasenkorrekturen berechnet. Jedoch scheitert der Flug. (VOY: Temporale Paradoxie)

Als Seven of Nine durch ein von Spezies 6339 manipuliertes Vinculum von den Persönlichkeiten der Personen, die sie assimilierte kontrolliert wird und Tuvok versucht sie mit einer Gedankenverschmelzung zu behandeln, übernimmt Chakotay die taktische Station. (VOY: Das Vinculum)

Kurz darauf langweilt der Doktor die Crew mit einer Präsentation seiner Holofotos. Chakotay gehört zur ersten Gruppe, der der Doktor seine Aufnahmen präsentiert und missachtet daher den Befehl von Janeway, bei der zweiten Gruppe Roten Alarm auszulösen. Kurz darauf, wird das Schiff von einer Energiewelle getroffen und empfängt eine Nachricht. Chakotay lässt Kim diese Nachricht analysieren. Nachdem man ein beschädigtes Schiff entdeckt und den Piloten an Bord beamt, fällt dieser Torres auf der Krankenstation an und verbindet sich mit ihr. Während der Doktor Torres behandelt, versucht Chakotay mit Janeway die Sprache des fremden Schiffes zu entschlüsseln. Nachdem Tabor Crell Moset als Kriegsverbrecher wiedererkennt, fordert er Chakotay auf die Forschungsergebnisse Mosets aus der Datenbank zu löschen. Als Chakotay darauf nicht eingeht, will Tabor sein Offizierspatent niederlegen, was Chakotay ebenfalls ablehnt. (VOY: Inhumane Praktiken)

Wenig später nimmt man Kontakt mit den Moneanern auf. Diese bitten um Hilfe, da sich das Eindämmungsfeld, welches den Ozean ihres Planeten erhält, schwächer wird. Ein Außenteam, dem auch Paris angehört, untersucht daraufhin das Eindämmungsfeld am Meeresgrund mit dem Delta-Flyer. Man entdeckt, dass der Ozean durch die Sauerstoffraffinerien geschädigt wird und informiert die Moneaner darüber. Als die Moneaner nicht auf die Hinweise reagieren, greift Tom Paris mit dem Delta-Flyer die Sauerstoffraffinerien an. Um ihn zu stoppen, schlägt Chakotay den Einsatz eines Torpedos als Wassermine vor. (VOY: Dreißig Tage)

Während man das Territorium des Devore-Imperiums durchquert, müssen sich die telepathischen Besatzungsmitglieder sowie einige telepathische Flüchtlinge im Transporterpuffer verstecken, da die Devore Telepathen als Bedrohung ansehen und internieren. Chakotay übernimmt aus diesem Grund die taktische Station. Nachdem die Inspektoren das Schiff verlassen haben, übernimmt er das Kommando auf der Brücke, während sich Janeway auf die Krankenstation begibt. Wenig später informiert er den Captain, dass sie die neuen Koordinaten des Treffpunkts erhalten haben. Bald darauf nähert sich erneut ein Raumschiff der Devore. Daraufhin gibt er Roten Alarm und ruft Janeway auf die Brücke. An Bord dieses Schiffes befindet sie Inspektor Kashyk, der angibt überlaufen zu wollen. Daraufhin bespricht er mit Tuvok und Janeway das weitere Vorgehen. Er möchte den Devore einsperren, was Janeway ablehnt. Kashyk hilft ihnen dabei, einen Weg zu finden, sich an den Devorekriegsschiffen vorbeizuschleichen. Jedoch werden sie von einem Aufklärungssatelliten entdeckt. Daraufhin nimmt er an einer Besprechung Teil und übernimmt das Kommando auf der Brücke, während Janeway nach Wegen sucht, die Schiffe abzulenken. Janeways Plan gelingt: Bei der nächsten Inspektion finden die Devore keine Telepathen an Bord vor. (VOY: Kontrapunkt)

Als der Doktor auf der Brücke erscheint, um Captain Janeway zur Rede zu stellen, weil sie Erinnerungsdateien seines Programms gelöscht hat, diskutiert er mit ihr und Tuvok über den Ausgang des 77. Emperor's Cups. Er unterstützt den Captain bei ihrer Entscheidung, die Erinnerungen des Doktors zu löschen und sein Programm neu zu schreiben. Jedoch ändert Janeway schließlich ihre Meinung und die Crew hilft dem Doktor seine Erinnerungen zu verarbeiten. (VOY: Verborgene Bilder)

Wenig später strandet die Voyager auf einer Subraumsandbank und Chakotay meldet dies dem Captain. Auch gelangen Angehörige einer photonischen Lebensform an Bord, die das Holodeck für die Realität hält und in Kämpfe mit dem Hologramm Chaotica gerät. Während Janeway, letztlich erfolgreich, versucht Chaoticas Geheimwaffe zu neutralisieren, hat Chakotay das Kommando über die Brücke. (VOY: Chaoticas Braut)

Nachdem ein Shuttle mit Tuvok und Paris verschwindet, leitet man auf der USS Voyager eine Suchaktion ein. Chakotay übernimmt dabei die taktische Station. Später meldet er Captain Janeway die Ergebnisse der Sensorenscans des Planeten innerhalb des Subraumabflusslochs. Nachdem man einen Weg gefunden hat, die Insassen zu bergen, bereitet er den Transport vor. In letzter Minute gelingt es das Außenteam und Nos an Bord zu beamen. (VOY: Schwere)

Bald darauf entdeckt er mit Tuvok ein Wurmloch, dass scheinbar in den Alpha-Quadranten führt und ruft Janeway auf die Brücke. Dieses Wurmloch ist jedoch nur eine Illusion, die von der telepathischen Werferpflanze erzeugt wird. Deren Telepathie unterbindet seine anfänglichen Zweifel und lässt ihn an eine Rückkehr in den Alpha-Quadranten glauben. Die Einwände von Seven of Nine ignoriert er daher. Später ruft er sie auf die Brücke, um ihr die ersten Bilder von der Erde zu zeigen. Da sich Seven of Nine nicht überzeugen lässt, bringt Chakotay sie mit zwei Sicherheitsoffizieren zu ihrem Alkoven. Dort sperrt Seven ihn jedoch mit einem Kraftfeld aus und blockiert Kims Kommandos. Nachdem das Schiff die Lebensform erreicht, fällt er mit dem Rest der Besatzung, mit Ausnahme von Seven of Nine und Naomi Wildman, in eine Bewusstlosigkeit. Nachdem Seven of Nine, der Doktor mithilfe des Nokaro Qatai das Schiff aus dem bioplasmischen Organismus befreit haben, kommt er wieder zu sich. (VOY: Euphorie)

Als man den Notruf eines Schiffes empfängt, versucht man diesem zu Hilfe zu kommen. Jedoch wird es vor Eintreffen der Voyager zerstört. Chakotay ist auf der Brücke, als man das Trümmerfeld entdeckt. (VOY: Endstation – Vergessenheit)

Wenig später greift ein Borg-Schiff die Voyager an und kann zerstört werden. Man versucht die Trümmer zu bergen, und sucht dabei nach einer Transwarpspule. Jedoch ist die Gefundene irreparabel beschädigt. Als man eine schwer beschädigte Sphäre entdeckt, fasst Janeway den Entschluss diese anzugreifen und eine Transwarpspule zu stehlen. Chakotay entwirft daraufhin einen Angriffsplan. Bei dessen Realisierung hat er das Kommando auf der Brücke und überwacht das Außenteam. Der Diebstahl gelingt, jedoch bleibt Seven of Nine scheinbar freiwillig auf dem Schiff zurück. (VOY: Das ungewisse Dunkel, Teil I)

Daraufhin untersucht er mit Captain Janeway und weiteren Besatzungsmitgliedern Frachtraum 2. Er weist Janeway daraufhin, dass sie vor zwei Jahren sagte, sie würde Janeway verraten. Jedoch entgegnet Janeway, dass sie vor zwei Tagen meinte, die Voyager sei ihr Kollektiv geworden. Aus der Analyse der Sensordaten, über die Signale, die an Sevens Alkoven gesendet wurden und der Unterlagen der Hansons, erkennt Janeway, dass die Borg-Königin Seven of Nine Befehle schickte. Anschließend beginnt man, mit der Planung einer Befreiungsaktion für Seven of Nine, die erfolgreich durchgeführt werden kann. (VOY: Das ungewisse Dunkel, Teil II)

Nachdem Captain Janeway eine Übereinkunft mit den Varro getroffen hat, lässt er den Transfer von Energie beginnen. Als Tuvok wenig später ein Signal entdeckt, versucht Chakotay dieses mit ihm zu lokalisieren. Jedoch unterbricht Paris heimlich dieses Signal, da sch Kim mit einer Varro-Ingenieurin heimlich getroffen hatte und nun mit ihr kommuniziert. Wenig später entdeckt Tuvok einen Varro, der sich an Bord der Voyager geschmuggelt hat. Chakotay verhört diesen daraufhin mit dem Sicherheitschef, um etwas über ihn und seine Motive zu erfahren. (VOY: Das Generationen­schiff)

Als das Schiff im Chaosraum strandet, wird Chakotay in einer Boxkampfsimulation auf dem Holodeck leicht verletzt. Er konsultiert daraufhin den Doktor. Dieser stellt fest, dass er eine neurale Verbindung mit fremden Wesen aufgebaut hat. Durch diese erlebt Chakotay Halluzinationen, und greift Tuvok an. Daraufhin wird er auf die Krankenstation gebracht, und vom Doktor untersucht. Später begibt er sich auf Visionensuche und begegnet seinem Großvater. Wenig später ist er jedoch wieder in der Boxsimulation, ehe er aufwacht. Jedoch bestärkt der Doktor ihn darin, Kontakt mit den Fremden aufzunehmen, um dem Chaosraum entkommen zu können. Der Kontakt überfordert Chakotay jedoch und er fleht den Doktor an, die Fremden zu entfernen. Janeway erklärt ihm, dass er es noch einmal versuchen muss und überzeugt ihn. In der Illusion versuchen ihn seine Freunde vom Kampf abzubringen, jedoch begibt er sich in den Ring. In diesem Moment wird er vom Doktor und Paris aufgeweckt, da er in seiner Visionensuche gefangen war. Er verlangt in den Ring zurückgebracht zu werden, wird jedoch vom Doktor betäubt. Als er wieder zu sich kommt, betäuert er gegenüber Janeway, dass im Chaosraum Wesen leben und ihn kontaktieren. Er will den Kampf fortsetzen. Allmählich glaubt Janeway Chakotay und lässt ihn wieder in die Simulation zurückkehren. Dort erfährt er, dass die Wesen aus dem Chaosraum stammen und dieser Humanoide vernichtet. Die Fremden informieren ihn, dass er die Sensoren neu ausrichten muss. Er begibt sich sofort auf die Brücke und gibt die Kurskorrektur ein. So kann die Voyager entkommen und Chakotay begibt sich auf das Holodeck, um den fremden Boxer zu besiegen. (VOY: Der Fight)

Wenig später entdeckt man auf einem Planeten ein Dilithiumvorkommen und untersucht es. Durch die Scanstrahlen wird der Planetoid destabilisiert und explodiert. Daraufhin kollabiert das Warpfeld, was Chakotay dem Captain meldet. Daraufhin wird die Voyager von einem Hazarischiff angegriffen, dass jedoch abgewehrt werden kann. Auch verfolgt dieses Schiff die Voyager nicht, da, wie Chakotay herausfindet, die Hazari Verstärkung im ganzen Sektor besitzen. Nachdem eine Denkfabrik ihre Hilfe, bei der Passage anbietet, fliegt die Voyager zu einem Treffpunkt. Dort eingetroffen, scannt Chakotay die Umgebung, kann jedoch zunächst nichts entdecken. Nachdem sich die Denkfabrik enttarnt, nehmen Janeway und Seven of Nine Kontakt auf. Inzwischen untersucht Chakotay die anderen Fluchtmöglichkeiten. Jedoch entpuppen sich diese als Fallen. Wenig später verhandelt Janeway mit der Denkfabrik über eine Passage durch den Raum der Hazari. Während der Verhandlung wird die Voyager erneut von den Hazari angegriffen und kann sich verteidigen. Nachdem die Verhandlungen scheitern, schießt man ein angreifendes Schiff der Hazari kampfunfähig und er untersucht es anschließend mit Janeway. Sie entdecken, dass die Hazari beauftragt wurden. Der Doktor rekonstruiert den Verhandlungspartner der Hazari und es stellt sich heraus, dass es Kurros war. Daraufhin besprechen die Führungsoffiziere und Y'Sek einen Plan, die Denkfabrik aufzuspüren. Man kommt überein, Seven of Nine an Bord der Denkfabrik zu bringen, damit diese aus dem Subraum auftauchen muss. Dieser Plan gelingt und Seven of Nine kann gerettet werden. (VOY: Die Denkfabrik)

Nachdem Torres in einem Wutanfall die Holokamera des Doktors zerstört, schickt er sie zu Tuvok, um von ihm zu lernen, ihre Emotionen zu kontrollieren. Bald darauf reagiert man auf den Notruf eines malonischen Müllfrachters und beamt zwei Überlebende an Bord. Anschließend arbeitet man einen Plan aus, wie man eine Explosion des Frachters und eine damit verbundene Verseuchung des Sektors verhindern kann. Dazu stellt Chakotay ein Außenteam zusammen, dass auf den Frachter beamt. Als Torres bei der Einsatzbesprechung die Malon wegen ihrer Abfallentsorgung beleidigt, stellt Chakotay sie zur Rede und fordert sie auf diplomatisch zu sein. Nachdem ein Deck nicht entlüftet werden kann, begibt sich der Malon Pelk auf ein kontaminiertes Deck, um den Schaden zu reparieren. Dabei wird er jedoch von einem Unbekannten angegriffen und schwer verletzt. Mit letzter Kraft kann er sich vom Deck schleppen und wird von Chakotay und Neelix entdeckt, stirbt aber Augenblicke später. Daraufhin lässt Chakotay den Leichnam auf die Voyager beamen und veranlasst eine Autopsie. Anschließend geht er mit Fesek nach oben, um die Arbeit zu erledigen. Dabei zeigen sich bei Torres Symptome einer Thetastrahlenvergiftung, weshalb Chakotay ihr befiehlt mit Fesek zur Krankenstation zu gehen und sich behandeln zu lassen. Anschließend dekontaminieren sie Deck für Deck. Als sich plötzlich die Luftschleusen auf dem falschen Deck öffnen, müssen sie rasch über eine Leiter fliehen. Dabei wird Chakotay von einem umherfliegenden Metallteil getroffen und bewusstlos. Jedoch kann ihn Harry Kim rechtzeitig herausbeamen. Nachdem Torres die Außenmission erfolgreich abgeschlossen hat, lobt Chakotay sie für ihre emotionale Kontrolle. (VOY: Verheerende Gewalt)

Als er bei einem Empfang für den Kadi-Botschafter Tomin feststellt, dass ihr Ehrengast betrunken ist, stellt er Neelix, der den Botschafter betreuen sollte, zur Rede. Neelix beteuert, dass es ihm unmöglich war ihn zu kontrollieren. (VOY: Liebe inmitten der Sterne)

Nachdem man einen Klasse-Y-Cluster entdeckt, meldet er Janeway die Kursänderung. Wenig später bringt er ihr einen Lagebericht und spricht mit ihr über die Probleme bei der Rekonstruktion ihrer Familiengeschichte. Später feiert er mit den anderen Führungsoffizieren den von Neelix geschaffenen Vorfahrentag. (VOY: 23 Uhr 59)

Als das Schiff von temporalen Paradoxien heimgesucht wird, informiert er Janeway über die Auswirkungen. (VOY: Zeitschiff "Relativity")

Weil Harry Kim, als Kommandant der Nachtschicht, einen Notruf empfängt, weckt er Chakotay. Als er sich für die nächtliche Ruhestörung entschuldigen will, beruhigt ihn Chakotay damit, dass er richtig gehandelt habe. Sogleich überträgt er Kim das Kommando über das Außenteam und überwacht selbst die Operation von der Brücke aus. Nachdem sich bei der Untersuchung der Lebensform herausstellt, dass diese eine Massenvernichtungswaffe ist, beraten die Führungsoffiziere, wie weiter zu verfahren ist. Während der Doktor nur die Explosivschaltkreise der Lebensform deaktivieren will, teilt Chakotay die Bedenken der anderen Führungsoffiziere, dass sie nicht wissen, wie die Sonde auf diesen Eingriff reagieren wird. Angesichts der Vernichtungsgefahr für das Schiff, plädieren er und Torres dafür, die Sonde zu deaktivieren. Dieser Versuch scheitert jedoch, da die KI der Waffe erkennt, dass sie eine taktische Langstreckenwaffe ist und ihre Mission vollenden will. Als diese die Voyager zwingt sie bei ihrem Plan zu unterstützen, beruft er ein Treffen der Führungsoffiziere ein. Gemeinsam mit Janeway und Neelix verhandelt er mit Onquanii über eine Bergung der Waffe, was jedoch scheitert. Anschließend arbeitet er mit Paris, Neelix und Seven of Nine einen Plan aus, um die KI zu sabotieren. Nachdem dieser scheitert, können sie die KI überzeugen, dass ihre Befehle widerrufen wurden. Da die anderen Massenvernichtungswaffen ihrem Ziel zu nah waren, reagierten sie nicht auf diesen Befehl. Daraufhin lässt sich die Waffe in den Weltraum beamen und sprengt sich mit den anderen Waffen. (VOY: Geheimnis­volle Intelligenz)

Ende des Jahres empfängt Seven of Nine überraschend einen Notruf vom Föderationsraumschiff USS Equinox. Die Equinox ist wie die Voyager ebenfalls im Delta-Quadranten verschollen und wird von einer unbekannten Spezies angegriffen. Über diese Entdeckung informiert sie unverzüglich Captain Janeway und Commander Chakotay. Nachdem man die Equinox erreicht hat, stellt man fest, dass diese angegriffen wird. Nachdem man die Schilde um das Schiff ausgedehnt und so vorerst gerettet hat, begibt sich Chakotay mit einem Außenteam an Bord. Im Maschinenraum findet er die verletzte Ingenieurin Marla Gilmore und befreit sie aus den Trümmern. Als man wenig später mit den Reparaturen an der Equinox beginnt, bittet ihn Gilmore sie einem Reparaturteam auf der Voyager zuzuteilen, da sie schlechte Erinnerungen auf ihrem Schiff bekommt. Chakotay stimmt dem zu. Die Fremden setzen unterdessen ihre Angriffe fort und Chakotay überwacht die Anpassung der Schilde von der Brücke aus. Bei einer kurz darauf stattfindenden Besprechung der Führungsoffiziere beider Schiffe, schlägt er vor die Besatzung der Equinox auf die Voyager zu transferieren, um nur ein Schiff verteidigen zu müssen. Jedoch lehnt Captain Ransom diesen Vorschlag ab, weshalb Janeway ihm befiehlt sein Schiff aufzugeben. Chakotay bespricht daraufhin mit Gilmore und Kim die Bergung der Vorräte der Equinox. Gilmore drängt dabei darauf, die Primärsysteme zu ignorieren, da sie zu schwer beschädigt seien, und stattdessen die Vorräte zu bergen. Chakotay interessiert sich dennoch für die modifizierten Plasmainjektoren. Jedoch meint die Ingenieurin, dass diese eine Fehlentwicklung waren. Ihre Besprechung endet, als sie zunächst von Naomi Wildman und wenig später von Captain Ransom unterbrochen werden, der Gilmore auf die Brücke der Equinox ruft. Anschließend lässt Chakotay Kim ein Bergungsteam zusammenstellen. Nachdem der Doktor entdeckt, dass die Crew der Equinox Experimente an fremden Wesen durchgeführt und einige Wesen dabei getötet hat, bringt er Gilmore mit einem Sicherheitsoffizier in das astrometrische Labor und fordert sie auf, Ihnen zu helfen. Sie tut dies zunächst auch und liefert Informationen. Jedoch beteiligt sie sich an Ransoms Ausbruch aus dem Arrest, schlägt auf der Equinox Seven of Nine nieder und macht das Schiff wieder warpflugfähig, sodass es entkommen kann. Anschließend brechen die Schilde zusammen und die Wesen greifen die Voyager an. (VOY: Equinox, Teil I)

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Chakotay verteidigt mit den anderen Offizieren die Brücke, wird dabei aber von einem der Wesen verletzt. Nach einer Behandlung beim Doktor nimmt er seinen Dienst wieder auf. Als Janeway Kontakt mit der nukleogenen Lebensform aufnehmen will, will er die Waffen einstecken. Jedoch befiehlt Janeway die Phaser zu ziehen. Anschließend spricht er mit Janeway in ihrem Raum und stellt klar, dass die Sicherheit des Schiffs nicht wegen einer Blutrache gefährdet werden darf. Gemeinsam mit Tuvok überwältigt er auf der Planetenoberfläche ein Außenteam der Equinox. Er ist auch anwesend als Captain Janeway einen der Gefangenen, Noah Lessing, im Frachtraum verhört. Als der Captain die Schilde um den Frachtraum deaktiviert, um Lessing zur Kooperation zu zwingen, ist Chakotay entsetzt und geht mit einem Phaser in den Raum, um die durchbrechenden Wesen zu vertreiben. Anschließend nimmt er Lessing mit und meint zu ihm, dass er seine Loyalität zu seinem Captain demonstriert hat und sie nun über die Ankari sprechen werden. Anschließend informiert er die Führungsoffiziere über diese Informationen und wird von Janeway wenig später vom Dienst entbunden. Nach der Zerstörung der Equinox, wird er von Janeway rehabilitiert. Im Gespräch mit Janeway, meint er, dass viele Nerven strapaziert wurden und Neelix ein Reseessen organisiert. Als der Captain sich mit ihm ausspricht und meint, dass Chakotay auch einen Grund für eine Meuterei gehabt hätte, antwortet dieser, dass ihm der Gedanke kam, aber er damit zu weit gegangen wäre. Als Augenblicke später Janeway die heruntergefallene Widmungsplakette der Voyager entdeckt, nimmt Chakotay diese und hängt sie wieder an ihren Platz. (VOY: Equinox, Teil II)

Wenig später dockt das Schiff an einem markonianischen Außenposten an. Chakotay erhält von der Kinbori-Delegation einen Schläger aus einem heiligen Spiel und bringt ihn mühsam in Janeways Bereitschaftsraum. Bald darauf ortet Tuvok eine Energiefluktuation im Sicherheitsgitter und meldet es Chakotay. Nachdem sich herausstellt, dass die Fluktuation von drei ehemaligen Borg-Drohnen verursacht wird, die Kontakt mit Seven of Nine aufnehmen wollen, wird dies ihnen gestattet. Nachdem sich herausstellt, dass Seven of Nine vor einigen Jahren eine permanente Verbindung zwischen den drei Angreifern verursacht hat, spricht sie mit Chakotay. Er erfährt, dass sie beim Tod der Drohne, von Angst überwältigt wurde und die Drei reassimilierte. Chakotay meint zu ihr, dass sie im Kollektiv überleben, aber nicht leben. (VOY: Überlebens­instinkt)

Nachdem Torres bei einer Außenmission schwer verletzt wird und glaubt, auf der Barke der Toten gewesen zu sein und dort auch ihre Mutter getroffen zu haben, spricht Chakotay mit Torres über ihre Erfahrungen. Er versucht ihr zu erklären, dass dies alles Bilder waren, die ihr Unterbewusstsein erzeugt hat und die sie interpretieren muss. Jedoch ist Torres überzeugt, dass ihre Mutter tot und auf dem Weg ins Gre'thor ist. (VOY: Die Barke der Toten)

Bald darauf stößt man auf einen Nebel und erkundet ihn. Gleichzeitig erhält Janeway auch einen Beschwerdebrief des Doktors, der außerdem verlangt, im Falle eines Notfalls zum Kommandierenden Notfallhologramm ernannt zu werden. Diesbezüglich besteht er außerdem auf einer förmlichen Antwort. Chakotay bietet Janeway an, dies zu übernehmen, jedoch wil sie sich persönlich darum kümmern, weshalb Chakotay das Kommando auf der Brücke übernimmt. Später gibt er Janeway einen Bericht und erfährt, dass sie überlegt, dem Doktor tatsächlich zu ermöglichen das Kommando zu übernehmen. Nachdem der Doktor von einem Fremden kontaktiert wird, der sie vor einem bevorstehenden Angriff warnt, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Gemeinsam mit Tuvok arbeitet er nach Beginn des Angriffs an einer Möglichkeit eine Schwäche in den Schilden der Hierarchieschiffe auszunutzen. Das Schiff wird beschädigt, jedoch ziehen sich die Hierarchieschiffe dank eines Bluffs des Doktors zurück. Als dieser sich anschließend auf den Stuhl des Captains setzen will, meint Chakotay, dass er es verdient habe. Daraufhin lässt sich das MHN in den Stuhl fallen. (VOY: Dame, Doktor, As, Spion)

Chakotay hat das Kommando auf der Brücke, als das Schiff versehentlich in einen Subraumtunnel der Turei einfliegt. Daraufhin informiert er Janeway darüber. Nachdem man aus dem Tunnel freikommt, wird das Schiff von den Turei angegriffen. Daher sucht man Schutz im Orbit eines verstrahlten Planeten. Als man diesen untersucht, findet man eine Vielzahl von Vaadwaur, die in Stasiskammern liegen. Man weckt einen Insassen, Gedrin auf und erfährt von ihm, dass sein Volk Krieg gegen eine von den Turei geführte Allianz führte und verlor. Um den Planeten verlassen zu können, entschließt sich Janeway das Bataillon von Gedrin aufzuwecken. Als der Captain, Gedrin und Chakotay die Höhle mit den Stasiskapseln erblicken, vergleicht Chakotay diesen Anblick mit der griechischen Sage von den "Zähnen des Drachen": Nachdem ein Drache im Krieg getötet wurde, entsprangen aus seinen Zähnen Krieger, die den Kampf fortsetzten. Wenig später stellt sich heraus, dass die Vaadwaur ihnen nicht die ganze Wahrheit berichtet haben. Daher informiert Janeway Chakotay darüber, dass sie Vorsichtsmaßnahmen einleiten werden, um die Vaadwaur unter Kontrolle zu halten. Nachdem sie diese darüber informieren, greifen sie die Voyager an und Chakotay ortet den Start weiterer 39 Schiffe. Nachdem sie Kontakt mit den Turei aufgenommen haben, überträgt Chakotay die Verbindung zum Satelliten und ermöglicht so die Flucht der Voyager. (VOY: Die Zähne des Drachen)

Während Tuvok das Kommando auf der Brücke hat, stößt man auf einen Raumschiffsfriedhof im Weltlall. Tuvok hält diesen zunächst für eine fremde Flotte, gibt Roten Alarm und ruft Janeway und Chakotay auf die Brücke. Dort stellt sich heraus, dass man einen Schrottplatz entdeckt hat und beamt den Eigentümer, Abbadon für Verhandlungen an Bord. Chakotay begrüßt ihn mit Neelix im Transporterraum. Sogleich beginnen sie mit den Verhandlungen. Von Neelix und Paris wird er überzeugt, auch ein kleines Raumschiff zu erwerben. Wenig später fordert Paris zusätzliche Ersatzteile zur Reparatur seines Schiffes an. Chakotay lehnt diese Forderung jedoch ab und weist Paris auf die Bekleidungsvorschriften an Bord hin. Außerdem solle er sich wieder rasieren. Paris zeigt sich scheinbar einsichtig und verlässt Chakotays Quartier. Jedoch fliegt er bald darauf mit Alice eigenmächtig vom Schiff weg. Chakotay informiert darüber den Captain und lässt einen Verfolgungskurs setzen. Bei der Befreiung von Paris, verstärkt Chakotay den Eindämmungsstrahl, sodass der Transport gelingt. (VOY: Alice)

Nachdem Tuvok bei einer Außenmission von den Ba'Neth angegriffen und schwer verletzt wird, nimmt man Kontakt mit den Kesat auf, die Ermittler Naroq auf die Voyager schicken. Chakotay, Neelix und Janeway sprechen mit diesem über die Angreifer. Als er erfährt, dass es vor diesem Zwischenfall 12 Kontakte mit den Ba'Neth gab, meint er, dass sie die Unglückszahl 13 erwischt hätten. Später begrüßt er den langsam genesenden Tuvok auf der Brücke. (VOY: Rätsel)

In seiner Freizeit liest er in seinem Quartier ein Buch. Als die Türklingel eine Fehlfunktion aufweist, ruft er die Brücke, wird jedoch mit Transporterraum 2 verbunden. Daraufhin verlässt er sein Quartier, muss wegen einer Fehlfunktion der Türautomatik, jedoch zwischen den Türflügeln durchspringen. Im Maschinenraum erfährt er von Seven of Nine, dass sie ohne Genehmigung die Energiesysteme des Schiffs rekonfiguriert hat. Chakotay verlangt von ihr daraufhin, die Arbeiten rückgängig zu machen. Sie werden jedoch unterbrochen, als ein schiffsweiter Energieabzug auftritt. Kim informiert sie darüber, dass sie auf eine Gravitonellipse gestoßen sind, die gravimetrische Verzerrungen der Stufe 9 verursacht. Mithilfe des Borgwissens von Seven of Nine, können sie der Anomalie entkommen. Chakotay erinnert sich in diesem Moment daran, dass eine der frühen Marsmissionen, Ares IV, in einer solchen Anomalie verschwand. Daher beginnt man eine genauere Untersuchung der Ellipse und entdeckt tatsächlich das Raumschiff Ares IV. Daraufhin informiert Chakotay mit Torres die Führungsoffiziere über die Ares-Mission. Anschließend sichtet er mit Paris die Daten der Ares-IV-Mission. Gemeinsam mit Seven of Nine begeben sie sich daraufhin mit dem Delta-Flyer auf eine Außenmission. Dort untersucht er mehrere Gesteinsproben. Als sie den Mars-Orbiter entdecken, befiehlt Chakotay ihn mit dem Traktorstrahl zu erfassen und trotz der drohenden Kollision mit der Anomalie, aus dem Asteroidenfeld zu schleppen. Als der Flyer von einer Energieentladung getroffen wird, wird Chakotay durch eine Energieentladung schwer verletzt und muss die Mission abbrechen. (VOY: Ein kleiner Schritt)

In seiner Freizeit nimmt sie gemeinsam mit Janeway ein Abendessen ein und tauscht sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Später überwacht er auf der Brücke, wie der Fremde Tash sein Subraumkatapult benutzt um in seine Heimat zurückzukehren. Anschließend wird er von Seven of Nine gerufen, die ihn ins astrometrische Labor bittet. Dort informiert sie ihn, dass sie vermutet, dass Janeway die Voyager absichtlich im Delta-Quadranten stranden ließ. Sie vermutet eine Zusammenarbeit mit dem Fürsorger und den Cardassianer. Sie vermutet, dass die Föderation versucht eine militärische Präsenz im Delta-Quadranten zu etablieren. Chakotay hält diese Vermutung jedoch für reine Spekulation. Allerdings hat er gewisse Zweifel und trifft Vorbereitungen. Daher bringt er die Sensorendaten persönlich zu Torres und verlangt die Sabotage der Schildemitter um sechs Stunden Zeit zu gewinnen. Torres glaubt jedoch Seven nicht und hält es für einen Scherz. Als er wenig später eine Energiesignatur entdeckt und Sevens Alkoven untersucht, begegnet er Captain Janeway. Sie stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. Daraufhin veranlasst Chakotay eine Untersuchung des Alkovens durch den Doktor. Es stellt sich heraus, dass Seven of Nine Fehlfunktionen hat, da sie zu viele Daten herunterlud. Captain Janeway gelingt es Seven of Nine davon zu überzeugen, dass sie sich geirrt hat. Anschließend spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. (VOY: Die Voyager-Konspiration)

Seven of Nine entdeckt wenig später ein Mikrowurmloch und empfängt eine Botschaft von der Sternenflotte. Darüber informiert sie die Brücke. Nachdem man Kontakt mit dem Sternenflottenkommando aufnehmen kann, stößt die Crew darauf im Kasino an. (VOY: Das Pfadfinder-Projekt)

Als das Schiff auf eine Neutronenwellenfront trifft, bespricht sie mit den anderen Führungsoffizieren die Situation im astrometrischen Labor. Er erkundigt sich nach den Auswirkungen der Strahlung auf die Crew. Janeway antwortet, dass dieser durch eine Schutzimpfung begegnet werden soll. Er arbeitet auf der Brücke, als das Schiff die Wellenfront durchfliegt. Nach einiger Zeit, sucht er Janeway auf dem Holodeck auf und besucht später Neelix. Nachdem er wieder im Dienst ist, holt er bei Seven of Nine die neuesten Sensordaten ab und zeigt sie Janeway. Auf der Brücke, unterhält er sich mit Janeway über ihre Holodeckaktivitäten und freut sich darüber, dass sie auf dem Holodeck Spaß hat. Als man die Wellenfront schon fast verlassen hat, verstärkt sich diese wieder. Nachdem das umgekehrte Warpfeld, welches als Anker fungierte, versagt, lässt Chakotay die Manövriertriebwerke aktivieren um das Schiff zu stabilisieren. Jedoch bleibt diese Maßnahme ergebnislos. Daher will er den Deflektor aktivieren, um sich einen Weg durch die Wellenfront zu schneiden. Janeway stimmt diesem Plan zu und die Voyager kann den Sturm verlassen. (VOY: Fair Haven)

Wenig später trifft man auf einen Planeten, auf dem die Zeit schnell vergeht und wird in dessen Orbit gefangen. Gemeinsam mit Captain Janeway und Seven of Nine analysiert er im astrometrischen Labor ihren Status. Anschließend startet er mit B'Elanna Torres im Maschinenraum eine Sonde, um Aufnahmen vom Planeten zu machen. Sie erkennen, dass der Planet die Industrialisierung durchläuft. Wenig später empfängt er mit Seven of Nine in der Astrometrie ein Funksignal von Astronomen des Planeten. Als man diese empfängt, ist der Absender allerdings bereits hundert Jahre tot. Man entschließt sich den Doktor herunterzuschicken. Dazu suchen Chakotay und Kim einen geeigneten Landungsort aus. Nachdem der Rücktransport des Doktors misslingt, scannt er mit Kim und Seven of Nine nach dem MHN und ermöglicht so den Rücktransport des Doktors. Als die Voyager wenig später mit Antimaterietorpedos angegriffen wird, informiert er den an Bord gekommenen Astronauten Gotana-Retz, dass sie sein Volk nicht rufen können. Paris' Vorschlag das Feuer zu erwidern, lehnt er ab. Retz wird zurückgeschickt und kann erreichen, dass Schiffe gebaut werden, die die Voyager aus dem Orbit ziehen. (VOY: Es geschah in einem Augenblick)

Nachdem die Voyager von dem Qomar auf ihre Heimatwelt eingeladen wird, entdeckt man, dass im Orbit eine Vielzahl von Raumschiffen und Raumstationen vorhanden sind. Chakotay wirft daher die Frage auf, ob die Qomar ihre Anwesenheit bei diesem Chaos überhaupt bemerkt haben. Jedoch wird das Schiff bereits im nächsten Augenblick von den Qomar gerufen. Sie wollen über den Verkauf des MHN verhandeln, was Janeway jedoch ablehnt. Stattdessen bietet sie den Qomar ein Konzert an, dass sich auch Chakotay anhört. (VOY: Der Virtuose)

Später ist er Mitglied eines Außenteams, dass mit dem Delta-Flyer Vorräte sammelt. Dabei besucht er auch den Planeten Tarakis und durchlebt, wie auch der Rest des Außenteams, die Erinnerungen an ein Massaker auf diesem Planeten, welches vor 300 Jahren stattfand. Chakotay sieht sich dabei als Soldat, der in ein Gefecht verwickelt wird und dabei Zivilisten tötet. Als er seinen Kommandanten Saavdra nach Befehlen fragt, lässt dieser weiterfeuern. Nachdem er diese Erinnerungen in einem Traum durchlebt, weckt ihn Tuvok über Interkom und ruft ihn ins Kasino, da es dort einen SIcherheitsbruch gibt. Im Kasino hat sich Neelix verbarrikadiert, da er denkt, er werde angegriffen. Chakotay erkennt, dass der Talaxianer das gleiche Trauma durchlebt, wie er selbst und kann ihn überzeugen, dass die Kämpfe vorbei sind und einige Soldaten nur Freudenschüsse abgeben. Daraufhin lässt Neelix Naomi frei. Bei einer Besprechung versuchen sie die Ereignisse zu rekonstruieren. Chakotay berichtet dabei von einer Besprechung mit Saavdra, wobei er darauf hinwies, dass die Einheit übermüdet ist. Jedoch bestand Saavdra darauf, dass diese Mission durchgeführt wird. Bei der Evakuierung der Kolonisten wurden sie von einigen Bewaffneten angegriffen und erwiderten das Feuer. Im Chaos der Schlacht erschossen sie auch die Zivilisten, die in Panik durcheinanderliefen. Chakotay berichtet, dass sie 82 Zivilisten in dieser Nacht töteten und niemand überlebte. Gemeinsam mit Janeway und Seven of Nine analysiert er die Sensordaten des Delta-Flyers, um eine Antwort auf ihre Fragen zu finden. Im Orbit des Planeten angekommen, beamt er mit einem Außenteam herunter und sucht nach Spuren des Massakers. Gemeinsam mit Janeway findet er einen Obelisken. Dieser sendet die Erinnerungen aus. Er plädiert dafür, den Transmitter zu deaktivieren. Jedoch entschließt sich Janeway stattdessen eine Warnboje auszusetzen. (VOY: Das Mahnmal)

Kurz darauf durchfliegt die Voyager einen J-Klasse-Nebel, um dort ihre Deuteriumvorräte aufzufüllen. Jedoch gelangt dabei eine elektromagnetische Lebensform an Bord des Schiffes. Da die Lebensform in den Nebel zurück will übernimmt sie die Kontrolle über die Systeme der Voyager. Chakotay meldet dem Captain die dadurch entstandenen Schäden. Wenig später häufen sich seltsame Vorfälle und Chakotay befiehlt, eine Diagnose der Schiffssysteme zu machen. Weil der Maschinenraum nicht antwortet, begibt sich Chakotay dorthin. Auf dem Weg, stürzt er mit dem Turbolift ab, ehe sich dieser wieder fängt. Sobald er den Maschinenraum erreicht, informiert ihn Torres, dass die Fehlfunktionen von einer Reihe von defekten Gelpacks verursacht werden. Gemeinsam untersuchen sie die Gelpacks und stellen fest, dass sie noch intakt sind. Auf dem Rückweg zum Maschinenraum, treffen sie auf Neelix und einige Verletzte, die sie zur Krankenstation eskortieren. Nachdem man erkennt, dass die Fehlfunktionen von einer Lebensform ausgelöst werden, vermutet Chakotay den Angriff einer feindlichen Spezies. Jedoch versucht Janeway mit der Lebensform zu kommunizieren. Wenig später deaktiviert die Lebensform die Lebenserhaltung und Chakotay verlässt mit der restlichen Besatzung das Schiff, während Captain Janeway an Bord bleibt. Nachdem Janeway eine Übereinkunft mit der fremden Lebensform getroffen hat, bleibt diese in einer Sektion auf Deck 12 und die Crew kann aufs Schiff zurückkehren. (VOY: Der Spuk auf Deck Zwölf)

Während eines Landurlaubs auf Norcadia Prime besucht er mit B'Elanna Torres die Tsunkatsekämpfe und ist von der Kampftechnik begeistert. Als Janeway zu einer Außenmission nach Tendari aufbricht, hat er das Kommando auf dem Schiff, reicht es jedoch an Torres weiter, um die Tsunkatsekämpfe sehen zu können. Später unterhält er sich mit Kim, Paris und Torres über diesen Sport. Anschließend teilt er Torres mit, dass er die Dienstpläne umgestellt aht und sie die Brücke hat, während Chakotay anthropologische Studien über das kulturelle Phänomen Tsunkatse durchführt. Mit Neelix, Paris und Kim besucht er einen Kampf und ist entsetzt, als sie feststellen, dass Seven of Nine gezwungen wird, in der Arena zu kämpfen. Er kontaktiert daraufhin Torres und befiehlt Seven aus der Arena zu beamen. Jedoch kann Torres kein Lebenszeichen erfassen, da der Kampf nur übertragen wird. Chakotay lässt das Außenteam daraufhin zurückbeamen und informiert Janeway. Man beginnt eine Suchoperation und Neelix versucht über diplomatische Kanäle an Informationen zu gelangen. Nach seiner Rückkehr muss er jedoch Chakotay berichten, dass von offizieller Seite keine Hilfe zu erwarten ist. Nachdem es Torres gelingt, den Ursprung der Übertragung auf einem Schiff zu lokalisieren, lässt er eine Nachricht an den Captain schicken und einen Abfangkurs setzen. Als Penk sich weigert Tuvok und Seven of Nine zu übergeben, befiehlt Chakotay den Angriff. Nachdem Tuvok, Seven of Nine und auch ein Hirogen befreit werden können, werden sie auf der Krankenstation behandelt. Dort informiert Chakotay den Hirogen, dass sie einen Jagdtrupp seines Volkes lokalisiert haben, der einem Rendezvous zugestimmt hat. Dafür bedankt sich der Hirogen. (VOY: Tsunkatse)

Auf einer weiteren Außenmission mit Paris, Kim und Neelix, verbringt das Außenteam die Zeit des Rückflugs mit einem Pokerspiel. Bevor sie dieses beenden können, entdecken sie jedoch einen Borg-Kubus, der sie angreift. Nach einem kurzen Kampf, werden sie mit einem Traktorstrahl in den Kubus gezogen. Chakotay erwacht mit Paris und Neelix einer Assimilationskammer. Als sie dort einen Mann entdecken, der durch eine misslungene Assimilation starb, ist Chakotay erleichtert, dass es niemand ist, den sie kennen. Als Seven of Nine auf den Kubus kommt, trifft er sich mit ihr und teilt ihr insgeheim mit, dass Harry Kim noch frei ist. Später kann er durch die Voyager befreit und zurückgebeamt werden. (VOY: Das Kollektiv)

Als die auf dem Holodeck in der Fair-Haven-Simulation Fehlfunktionen fortbestehen, begeben sich Kim und Paris auf das Holodeck, um dort die notwendigen Änderungen manuell vorzunehmen. Gleichzeitig spricht Janeway mit Chakotay über ihr Problem, dass sie Sullivan nicht die Wahrheit sagen kann, dass dieser ein Hologramm ist. Chakotay meint dazu, dass sie dann wohl kreativ werden muss. Beim Versuch das Programm zu deaktivieren, werden Kim und Paris von den Hologrammen gefangen genommen. Durch Gewehrfeuer in die primären Kontrollen, gibt es außerdem Fehlfunktionen, was Chakotay Janeway meldet. (VOY: Das Geistervolk)

Nachdem die Kobali Jhet'leya an Bord der Voyager kommt und berichtet, dass sie die vor drei Jahren getötete Lyndsay Ballard sei, wird dies vom Doktor überprüft und bestätigt. Anschließend wird Ballard wieder in die Crew integriert. Als sie bei einer Besprechung der Führungsoffiziere willkommen geheißen wird, erinnert Chakotay daran, dass die Kobali noch da draußen sind und sie vielleicht zurückholen wollen. Später bringt er die neuesten taktischen Berichte von Tuvok zu Seven of Nine in die Astrometrie und diese bittet ihn als Hüterin der Borgkinder abgezogen zu werden. Er lässt sich daher von ihren Erziehungsversuchen berichten und kommentiert den von Seven erstellten Tagesplan damit, dass die Kinder wenig Zeit für Spaß hätten. Wenig später trifft Q'ret, der Kobali-Vater von Jhet'leya ein und fordert die Übergabe seiner Tochter. Janeway verweigert dies, weshalb er mit drei Raumschiffen die Voyager angreift. Chakotay arbeitet an einer Konsole und meldet Janeway bei diesem Kampf die Schäden. Da sich Ballard inzwischen dazu entschlossen hat, zu den Kobali zurückzukehren, wird der Kampf beendet und Jhet'leya übergeben. (VOY: Asche zu Asche)

Als auf der Voyager die Erste jährliche Voyager-Wissenschaftsausstellung veranstaltet wird, betrachtet er mit Kathryn Janeway, B'Elanna Torres und Seven of Nine die Exponate. Wenig später nimmt man Kontakt mit den Brunali auf und übergibt Icheb seinen Eltern. Bald darauf ergeben sich allerdings Unstimmigkeiten in der Geschichte, welche diese erzählten und kehrt zum Planeten zurück. Dort angekommen, entdeckt Chakotay ein Transportschiff mit Ichebs Lebenszeichen, dass sich scheinbar mit Warp 9,8 fortbewegt. Anschließend befiehlt er Icheb an Bord zu beamen, was allerdings an einer Interferenz scheitert. (VOY: Icheb)

Nachdem Seven of Nines Effizienzanalyse ergibt, dass besonders drei Crewman Probleme haben, effizient zu arbeiten, stellt Janeway fest, dass diese Offiziere auch noch nie auf einer Außenmission waren. Chakotay meint, dass Harren nie antritt, Celes die Leistungsanforderungen nicht erfüllt und Telfer immer vom Doktor krankgeschrieben wird. Chakotay will sie daher vom Dienst befreien und ihren Interessen nachgehen lassen. Janeway begibt sich auf eine Außenmission mit den Offizieren. Dabei werden sie von einer Dunkle-Materie-Lebensform angegriffen und werden nach einem Angriff bewusstlos. Die Voyager kann sie retten und Chakotay ist bei Janeway als sie erwacht und teilt ihr mit, dass es allen gut gehe. (VOY: Der gute Hirte)

Da sich einige Betrüger als Crewmitglieder der Voyager ausgeben und ihre Handelspartner bestehlen, nimmt Orek mit ihnen Kontakt auf. Er fordert Dilithium zurück, dass Janeway angeblich gestohlen haben soll. Er präsentiert ihnen eine visuelle Aufzeichnung, die das belegen soll. Mit Orek kommen sie überein, die Fremden, die sich als Crew der Voyager ausgaben, zu verfolgen. Letztlich gelingt es die Betrüger aufzuspüren und zu verhaften. (VOY: Lebe flott und in Frieden)

Weil bei einer Außenmission der Warpantrieb des Delta Flyers beschädigt wird, informieren Torres und Kim Chakotay über Subraumfunk darüber. Man leitet eine Such- und Rettungsaktion ein. Dabei trifft man auf ein Transportschiff, dass vor zehn Tagen den Notruf des Delta Flyers auffing, aber dessen Position nicht bestimmen konnte. Chakotay informiert darüber umgehend den Captain und leitet eine Suche nach dem L-Klasse-Planeten ein, auf dem Torres notlanden wollte. Als Tuvok bei der Suchaktion das Kommando auf der Brücke hat und vorübergehend einschläft, fordert er Chakotay als Ablösung an. (VOY: Die Muse)

Als Kes zur Voyager zurückkehrt und Janeway bereits vor dem Rammmanöver der Ocampa Abwehrmaßnahmen befiehtl, ist Chakotay überrascht. Jedoch beantwortet der Captain seine Frage, woher sie das wusste nicht. (VOY: Voller Wut)

Nachdem es der Sternenflotte gelingt, einen komprimierten Datenstrom zur Voyager zu schicken, besprechen die Führungsoffiziere die neue Kommunikationsmöglichkeit. Chakotay weist dabei darauf hin, dass sie taktische Updates, Briefe aus der Heimat und Nachrichten aus dem Alphaquadranten erhielten. Unter den Nachrichten, befindet sich auch ein Befehl von Admiral Hayes, die Verluste der Sternenflotte und der Maquis zu melden. Janeway und Chakotay beschließen jedoch, einen gemeinsamen Bericht zu verfassen. (VOY: Rettungsanker)

Als das Schiff einen Klasse-J-Nebel erreicht, arbeitet er auf der Brücke. Man entschließt sich dort die einige Monate zuvor aufgenommene Lebensform freizulassen. (VOY: Der Spuk auf Deck Zwölf)

Bald darauf erscheint Tom Paris 22 Sekunden zu spät zum Dienst, weshalb ihn Chakotay zu seiner Konsole schickt und ihm folgt. Dort findet Paris ein Kästchen und Chakotay befiehlt ihm, es zu öffnen. Der Steuermann findet darin einen Rangpin vor, den Janeway ihm an den Kragen heftet und ihn so zum Lieutenant J.G. befördert. Augenblicke später piept die Konsole und Chakotay sieht die empfangenen Daten an. Er meldet dem Captain, dass sie gerade eine Trägerwelle ohne Nachricht empfangen haben. Nachdem man den Ursprungsort erreicht hat, stellt man fest, dass eine fremde Kolonie von den Borg zerstört wurde. Anschließend geht man auf den alten Kurs, jedoch hat Seven plötzlich in ihrem Regenerationszyklus Kontakt mit einer Gruppe abtrünniger Borg, die sich an einem virtuellen Ort, namens Unimatrix Zero aufhalten. Daher besprechen die Führungsoffiziere, die Situation und wie sie dieser Rebellengruppe helfen können. Captain Janeway sucht mittels einer Gedankenverschmelzung selbst Unimatrix Zero auf und spricht mix Axum. Als die Borg gerade zu diesem Zeitpunkt angreifen, tötet Janeway eine Drohne. Nach ihrer Rückkehr auf die Voyager spricht sie mit Chakotay und fragt ihn nach seiner Meinung, ob sie den abtrünnigen Borg helfen sollen. Er teilt ihre Meinung, dass sie auf diese Weise die Borg bekämpfen sollten und informiert die Crew. Man schmiedet einen Plan und Captain janeway fasst den Entschluss allein einen Borg-Kubus anzugreifen und das Virus freizusetzen. Dies wollen die anderen Offiziere aber nicht akzeptieren, weshalb Chakotay beim Captain durchsetzt, dass Tuvok und Torres sie begleiten werden. In diesem Augenblick beginnt das Licht zu flackern und Kim meldet, dass jemand versucht in ihr Komsystem einzudringen. Es ist die Borgkönigin, die versucht Kontakt aufzunehmen. Danach fragt Chakotay, was die Königin vorhat, worauf Janeway antwortet, dass sie besorgt ist. Beim Angriff auf den Kubus kommandiert Chakotay die Voyager. Er befiehlt Paris nah am Kubus zu bleiben, bis das Außenteam seine Mission erfüllt hat. Nachdem das Außenteam assimileirt wurde, gibt er den Befehl zum Rückzug. (VOY: Unimatrix Zero, Teil I)

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Nach 17 Minuten erkundigt er sich beim Doktor nach den Biozeichen des Außenteams, da das Virus noch nicht freigesetzt wurde. Dieser meldet jedoch, dass diese stabil sind. Gleichzeitig ruft ihn Seven of Nine in die Astrometrie und informiert ihn darüber, dass der Schaden am Antrieb des Kubus rasch repariert wird. Er schickt sie daher nach Unimatrix Zero, da ihre Freunde die Freisetzung des Virus als erste bemerken werden. Da Seven of Nine reserviert reagiert, meint Chakotay, dass sie ihre Differenzen beiseite schieben soll. Nachdem die Zeit abgelaufen ist, spricht Paris mit Chakotay. Dieser informiert ihn, dass sie dem Außenteam mehr Zeit geben müssen. Als das Virus freigesetzt wurde, greift die Voyager den Kubus an um das Außenteam zurückzubeamen. Jedoch können die Borg dank Tuvok die Schilde durchdringen und Chakotay befiehlt den Rückzug. Als Seven of Nine ihn darüber informiert, dass das Virus freigesetzt wurde, schickt er Seven nach Unimatrix Zero, um in Erfahrung zu bringen, ob sich an Bord des angreifenden Schiffs verbündete Drohnen befinden. Unterdessen versucht er auf der Brücke mit Kim die beschädigten Systeme zu reparieren. Er wird von Janeway kontaktiert, die ihn über das Ultimatum der Borg-Königin informiert. Gleichzeitig übermittelt sie jedoch eine verschlüsselte Botschaft. Chakotay greift daraufhin mit General Korok einen Kubus an und befreit die Drohnen aus Unimatrix Zero durch das Unterbrechen der Interlinkfrequenz. Als die Borg-Königin dies bemerkt, leitet sie die Selbstzerstörung des Kubus ein, weshalb Chakotay einen Fluchtkurs setzen lässt. (VOY: Unimatrix Zero, Teil II)

Als der Kortikalknoten von Seven of Nine versagt, will Captain Janeway in einem Borgtrümmerfeld einen neuen besorgen. Chakotay, Tuvok und Paris äußern dabei ihre Bedenken und setzen durch, dass der Pilot und der taktische Offizier den Captain begleiten. (VOY: Unvollkommenheit)

Als Tom Paris und Harry Kim wenig später vorschlagen mit dem Delta Flyer II an der antarianischen Transstellarrallye teilzunehmen, ist er zunächst skeptisch. Nachdem der Captain die Teilnahme zugesagt hat, ist er auch bei deren Gesprächen mit Botschafter O'Zaal anwesend. Später beobachtet er das Rennen mit Janeway und weiteren Crewmitgliedern in der Astrometrie. Auf der Brücke verfolgt er dann Neelix' Rennreportage. (VOY: Das Rennen)

Nachdem Tabor bewusstlos auf dem Holodeck entdeckt wird, fragt der Doktor, ob er in den letzten Wochen an Außenmissionen teilgenommen und dabei gefährlichen Substanzen ausgesetzt war. Chakotay sieht daher Tabors Dienstplan ein. Kim findet unterdessen heraus, dass Jemand die Sensorlogbücher des Holodecks manipuliert hat, was Chakotay dem Captain mitteilt. Anschließend macht er eine Diagnose der internen Sensoren des Schiffs. Wenig später finden sie Jor bewusstlos im Kasino. Chakotay erkennt, dass alle Opfer ehemalige Maquis sind und informiert Janeway darüber. Daraufhin gehen die Maquis nur noch in Zweiergruppen durch das Schiff. Wenig später entdecken er und eine Kollegin jedoch Chell allein im Flur. Dieser berichtet, dass Torres allein in Frachtraum 2 gegangen ist. Daraufhin schickt Torres seine Begleitung mit Chell mit und geht selbst dorthin. Er findet Torres bewusstlos vor und trifft Tuvok an, der meint, es sei eine heilige Zeit. Daraufhin greift dieser Chakotay an und betäubt auch diesen, ehe er die Sicherheit zu Hilfe rufen kann. Er macht eine Gedankenverschmelzung mit Chakotay, durch welche dieser ins Koma fällt. Nach 29 Stunden erwacht er wieder und erfährt von Janeway, dass sie nicht wissen, warum sie sich erholt haben. Sie zeigt ihm auch den Brief, welchen Tuvok erhielt und in dem eine Nachricht versteckt war, die Tuvoks neurale Bahnen beeinflussen sollte. Er erkennt den Mann auf der Aufzeichnung: Es ist Teero Anaydis,ein bajoranischer Vedek im Maquis, der hinausgeworfen wurde, weil er Gedankenkontrolle zur Agentengewinnung einsetzen wollte. Chakotay erwähnt auch, dass Teero drohte, sich zu rächen. Als er mit Seven of Nine in der Astrometrie arbeitet wird er von Tuvok gerufen, der ihm die bajoranische Beschwörung nennt. Daraufhin verlässt Chakotay zielstrebig die Astrometrie und aktiviert bei den anderen Maquis durch Aufsagen der Beschwörungsformel eine Konditionierung. Dadurch meutern die Maquis und versuchen das Schiff zu übernehmen. Chakotay bringt Janeway selbst in die Arrestzelle. Dort schließt sich ihm Tuvok an. Anschließend lässt er Kurs auf einen Planeten der M-Klasse setzen, um die Sternenflottencrew aussetzen zu können. Um Tuvoks Loyalität zu testen, lässt er Captain Janeway hereinbringen und gibt dem Vulkanier einen Phaser und sagt ihm, dass dieser auf "Töten" gestellt ist. Tuvok feuert den defekten Phaser ab und Janeway bleibt unverletzt. Chakotay ist nun von Tuvoks Loyalität überzeugt, jedoch betäubt ihn der Vulkanier, sobald sie allein auf der Brücke sind und initiiert eine Gedankenverschmelzung. Dadurch wird Teeros Kontrolle über Chakotay gebrochen und die Rebellion endet. Anschließend besucht er mit einem großen Teil der Crew das Holodeck und sieht dort einen Film. (VOY: Verdrängung)

Nachdem das MHN vom Schiff gestohlen wird, nimmt die Voyager die Verfolgung eines Händlers auf, der zum Zeitpunkt des Diebstahls an Bord gewesen ist. Als die Warpspur plötzlich endet, fragt Chakotay Tuvok nach der Ursache. Man findet die Warpspur jedoch wieder und folgt ihr. Als man Gars Schiff erreicht, schlägt Chakotay einen Überraschungsangriff vor, dem Janeway zustimmt. Er beamt mit Torres an Bord des Hospitalschiffs und befreit den Doktor. (VOY: Kritische Versorgung)

Chakotay nimmt an einer Besprechung der Führungsoffiziere mit dem Hologramm von Reginald Barclay teil, welches die Sternenflotte scheinbar mit dem Datenstrom zur Voyager geschickt hat und das der Crew eine Heimkehrmöglichkeit offeriert. Nachdem man Kurs auf die geodätische Falte setzt, befiehlt er der Astrometrie die verbesserten Schilde zu aktivieren. (VOY: Eingeschleust)

Als das Schiff von den Lokirrim angegriffen wird, stellt Chakotay fest, dass diese mit einer Art photonischem Disruptor auf ihre Holodecks feuern. Nachdem der Angriff abgewehrt wurde, schaltet er auf Janeways Befehl die Holodecks ab, um die Lokirrim zu einem Kompromiss zu bewegen. Als man wenig später versucht den Doktor, Kim und Seven of Nine zu befreien, deaktiviert er die Schilde des lokirrimischen Schiffes. Nachdem ein erster Befreiungsversuch scheitert, kontaktiert er Seven direkt über ihre Implantate und veranlasst sie den Doktor zu aktivieren. Dadurch kann der Kampf letztlich zugunsten der Voyager entschieden werden. (VOY: Körper und Seele)

Wenig später nimmt man Kontakt mit den Annari auf und Janeway führt mit Chakotay deren Captain Geral durch das Schiff. Nachdem die Annari die Voyager aus dem Raum eskortieren, meldet er das Abdrehen ihrer Eskorte und begibt sich mit Paris zur Shuttlerampe. (VOY: Nightingale)

Nachdem der Doktor zu einem Symposium der Ovioner eingeladen wird, lehnt Chakotay dessen Bitte um Urlaub ab, da das ovionische System zu weit hinter ihnen liegt und sie sonst auf ihn warten müssen. Während er seine Entscheidung noch dem Doktor erklärt, wird er auf die Brücke gerufen, weil man einen Notruf der Hirogen empfangen hat. Nachdem man die Quelle des Notrufs, eine Raumstation, erreicht, analysiert er die Sensordaten und stellt fest, dass es sich um eine Einrichtung der Hirogen handelt. Chakotay vermutet zunächst eine Falle, was Janeway jedoch nicht glaubt. Sie schickt Chakotay daher mit einem Außenteam auf die Station. Dort entdecken sie eine Vielzahl toter Hirogen, die mit Waffen aus dem Alphaquadranten getötet wurden. Sie orten jedoch auch ein Hirogen-Lebenszeichen in einer Höhle und nähern sich dieser. Jedoch werden sie von dem Überlebenden, Donik, beschossen, da dieser glaubt, sie wären Hologramme, die ihn töten wollen. Nachdem es Tuvok gelingt diesen, mit dem vulkanischen Nackengriff auszuschalten, wird er auf die Krankenstation gebeamt. Das Außenteam entdeckt inzwischen den Hologenerator der Anlage und deaktiviert ihn. So entdeckt man eine Vielzahl von Leichen getöteter Hirogen. Chakotay berichtet Janeway davon und äußert die Vermutung, dass dies von der Holotechnologie stammt, die sie den Hirogen vor drei Jahren überließen. Auf der Krankenstation informiert er mit Janeway Donik über seine Situation. Anschließend kommen Janeway und der Alpha überein, die Hologramme gemeinsam zu jagen. Wegen dieser Entscheidung suchen Chakotay und Tuvok bald darauf Janeway in ihrem Bereitschaftsraum auf. Sie haben Bedenken, wegen Janeways Entscheidung an dieser Jagd teilzunehmen. Janeway überzeugt sie jedoch mit dem Argument, dass sie mitverantwortlich sind und, dass sie weitere Opfer vermeiden wollen. Durch einen Hinterhalt der Hologramme, wird das Hirogenschiff schwer beschädigt und verliert seine Lebenserhaltung. Die Überlebenden werden daher an Bord der Voyager gebeamt. Gleichzeitig greift das Raumschiff der Hologramme die Voyager an. Tuvok will die Schutzschilde reaktivieren, was ihm jedoch von Chakotay untersagt wird, da der Transport der Hirogen noch nicht abgeschlossen ist. Wenig später transferieren die Hologramme das Programm des Doktors auf ihr Schiff. Chakotay kann nur noch melden, dass das Schiff auf Warp gegangen ist. Man entwickelt anschließend einen Plan, um die Hologramme zu deaktivieren. Als man das Schiff der Hologramme erreicht, meint Chakotay, dass sie ihren Plan nur ausführen können, wenn die Schilde des Schiffs ausfallen. Da der Doktor sich jedoch auf das Schiff der Hologramme beamt, scheitert der Plan. (VOY: Fleisch und Blut, Teil I)

Im darauffolgenden Kampf mit dem Raumschiff der Hologramme, bedient Chakotay die taktische Station. Es gelingt den Hologrammen jedfoch zu entkommen. Chakotay wird anschließend mit Captain Janeway von Seven of Nine über das Ausmaß der Schäden informiert. Gerade als Chakotay fragt, wie die Hologramme ihre Schilde durchdringen konnten, tritt Tuvok hinzu und beantwortet die Frage damit, dass die Hologramme ihren Deflektorstrahl entgegen ihrer Schildfrequenz modulierten. Man begibt sich anschließend auf die Jagd nach den Hologrammen. Wegen Meinungsverschiedenheiten kündigen die Hirogenjäger die Zusammenarbeit auf und machen sich allein auf die Suche. Die Voyager folgt deren Schiff und erreicht so das Schiff der Hologramme in einem Nebel. Um nicht entdeckt zu werden, reist man in dem Sog, den die Hirogenschiffe hinter sich herziehen. Nachdem man das Schiff der Hologramme aufgespürt hat, kann man die Hirogenschiffe kampfunfähig schießen. Jedoch beamen die Hologramme die Hirogen auf den Planeten, um sie dort zu jagen. Janeway befiehlt daher Chakotay ein Shuttle zu nehmen und die Hologramme zu deaktivieren. (VOY: Fleisch und Blut, Teil II)

Wenig später sucht er den Frachtraum auf und entdeckt Icheb und Naomi Wildman beim Puzzeln. Da Icheb eigentlich einen Aufsatz über Transwarpinstabilitäten schreiben soll, bittet er Chakotay dies für sich zu behalten. Chakotay willigt ein, wenn Icheb Neelix nichts von dem antarianischen Apfelwein erzählt, den er im Frachtraum vor Neelix versteckt hat. Icheb rät ihm die Kisten zwischen den Borgkomponenten zu verstecken, da Neelix diese niemals inventarisiert. Anschließend begibt er sich in das Quartier von Captain Janeway um mit ihr zu Abend zu essen. Dieses wird jedoch bald darauf unterbrochen, weil das Schiff auf eine Zeitanomalie trifft. Chakotay begibt sich in den Maschinenraum und versucht mit Torres den Warpkern auszustoßen, als sich dieser destabilisiert. Dabei wird er allerdings durch eine temporale Entladung getroffen und verletzt. Der Doktor behandelt ihn auf der Krankenstation, allerdings wird das Schiff in verschiedene Zeitrahmen zersplittert. Als Chakotay auf der Brücke nach dem Rechten sehen will, verschwindet im Turbolift sein Medizinkoffer, da er in einen anderen Zeitrahmen gewechselt ist. Auf der Brücke gelangt er in einen Zeitrahmen, in dem sich das Schiff noch im Alphaquadranten befindet und wird von Janeway gefangen genommen. Er versucht ihr die Situation zu erklären, aber sie hält es für eine Sabotage des Maquis und lässt Chakotay in die Arrestzelle bringen. Auf dem Weg dorthin, verschwinden die Sicherheitsoffiziere im Turbolift und Chakotay gelangt in den nächsten Zeitrahmen. Im Maschinenraum hat Seska mit den Kazon die Kontrolle und verhaftet Chakotay. Er berichtet ihr, dass ein Kommandotrupp an Bord ist und Sabotage durchführt. Als Chakotay einen Zeitriss auf der zweiten Ebene entdeckt, schlägt er zwei Kazon nieder und geht hindurch. So gelangt er wieder auf die Krankenstation und bespricht die Situation mit dem MHN. Da Chakotay dank eines Hyposprays der einzige ist, der die Barrieren überwinden kann, will er wieder auf die Brücke fahren und mit dem Captain reden. Er nimmt auch etwas von diesem Hypospray mit, damit sie ihm helfen kann, das Schiff wieder zusammenzufügen.

Er erzählt ihr, dass er weiß, dass sie klassische Musik liebt, aber nie ein Instrument lernte. Da er sie nicht überzeugen kann, injiziert er ihr das Hypospray gewaltsam und verlässt die Brücke mit ihr. Auf dem Weg ins astrometrische Labor informiert er sie darüber, dass Kim es konstruiert hat. In der Astrometrie treffen sie auf Naomi Wildman und Icheb, 17 Jahre in der Zukunft. Von den beiden erfahren sie mehr über die Anomalie und begeben sich anschließend in Frachtraum 2, um Seven of Nine zu finden. Dieser ist in der Zeit, als sie eine Allianz mit den Borg eingingen. Von Seven of Nine erfahren sie, wie sie das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit bringen können. Dafür müssen sie jedoch die bioneuralen Gelpacks im Schiff modifizieren. Vom Doktor erhalten sie Gürtel, welche es ihnen ermöglicht die Zeitrahmen zu wechseln. Nachdem sie vor Makroviren geflohen sind, gelangen sie auf das Holodeck in eine Simulation von Doktor Chaotica. Dieser nimmt sie gefangen, wird jedoch von Janeway animiert die Holodeckkontrollen zu entdecken. So können sie entkommen und treffen im Transporterraum auf Torres und einige Maquis, die sich im Jahr 2371 befinden. Chakotay informiert Janeway darüber, dass sie die Phalanx des Fürsorgers zerstörte und sie daher hier strandeten, um die Ocampa zu retten. Anschließend gelangen sie ins Kasino, dass sich in der Gegenwart befindet und wo, Tuvok an einer Strahlenvergiftung stirbt. Anschließend begeben sie sich in einen Turbolift und fahren auf Deck 11. Janeway will das Schiff mit ihrem Zeitrahmen synchronisieren, aber Chakotay kann sie überzeugen, dass die Crew zusammenwachsen wird und sie Völker, wie die Ocampa retten. Er informiert sie über Seska, die für die Cardassianer spionierte, mit den Kazon das Schiff übernahm und dann besiegt wurde. Chakotay begibt sich in den Maschinenraum und erhält von Seska die Erlaubnis, Vorbereitungen zu treffen, um das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit zu bringen. Diese plant jedoch das Schiff in ihrem Zeitrahmen zu synchronisieren. Gerade als sie diesen Plan umsetzen will, springen Paris und Kim aus dem anderen Zeitrahmen von der zweiten Ebene des Maschinenraums herunter und überwältigen die Kazon. Anschließend treffen sie alle Vorbereitungen, um das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit zu bringen. Chakotay verabschiedet sich von Janeway und initiiert den Impuls. Nachdem er im Maschinenraum erscheint, konfiguriert er mit Torres den Deflektor zu einem Blitzableiter, der dadurch ausbrennt, aber die temporale Integrität des Schiffs erhält. Als Janeway eine Erklärung für seine Handlungsweise verlangt, antwortet er, dass er diese Frage aufgrund der obersten temporalen Direktive nicht beantworten kann. Anschließend setzen sie ihr Abendessen fort und philosophieren über die Zukunft. (VOY: Zersplittert)

Nachdem B'Elanna Torres schwanger wird, gratuliert er ihr im Maschinenraum und schlägt ihr später auch einen Namen für das Kind vor. Außerdem bietet er sich als Pate an, jedoch entscheidet sich Torres für den Doktor, da Chakotay so gut wie nichts über Kindererziehung weiß. (VOY: Abstammung)

Als man den Notruf eines Gefangenentransporters empfängt, nimmt man die Überlebenden an Bord. Anschließend besprechen Janeway, Chakotay, Tuvok und der Gefängnisdirektor Yediq die Situation in Janeways Raum. Nachdem das Schiff von einem benkaranischen Schiff angegriffen wird, dass die Gefangenen befreien will, übernimmt er die taktische Station. Letztlich gelingt es den Befreiungsversuch zu vereiteln. (VOY: Reue)

Wenig später wird die Voyager von einem alten klingonischen Schlachtkreuzer angegriffen. Nachdem man diesen kampfunfähig geschossen hat, ist dessen Captain Kohlar zu Verhandlungen bereit und kommt an Bord. Dabei überreicht ihm Chakotay eine Kopie der Khitomer-Verträge, um ihn davon zu überzeugen, dass Frieden zwischen dem Klingonischen Reich und der Föderation herrscht. Jedoch ist der Klingone mehr an Torres' ungeborenem Kind interessiert, dass er für die Kuvah'Magh hält. Wenig später stellt sich heraus, dass die Klingonen am Nehret, einer tödlichen Krankheit leiden und auch Torres und ihr Baby infiziert sind. Dadurch bekommen viele Klingonen Zweifel, ob Torres' Kind die Kuvah'Magh ist und beschließen die Voyager zu übernehmen, um ihre Suche fortzusetzen. Chakotay wird dabei von T'Greth im Transporterraum niedergeschlagen. Der Übernahmeversuch wird vereitelt und der Doktor kann wenig später ein Gegenmittel erzeugen, weshalb die Klingonen sich auf einem Klasse-M-Planeten ansiedeln. (VOY: Die Prophezeiung)

Als die Führungsoffiziere gerade gemeiunsam ein von Seven of Nine zubereitetes Menü zu sich nehmen, trifft das Schiff auf eine Raumanomalie, durch dies in die Leere gelangt. Da ein Fluchtversuch scheitert und es in dieser Region kein Deuterium gibt, wird bei einer Besprechung klar, dass sie ihr Deuterium zurückbekommen müssen. Nachforschungen ergeben, dass General Valen diese gestohlen hat und man fordert sie daher von diesem zurück. Chakotay versucht ihrer Forderung Nachdruck zu verleihen. Als Valen nicht reagiert, kommt es zu einem kurzen Kampf und man holt sich die Vorräte wieder zurück. Trotzdem muss Chakotay Janeway bald darauf melden, dass es weniger als die Hälfte der gestohlenen Güter umfasst. Sie wollen auch opportunistischer sein, um hier überleben zu können. Janeway meint jedoch, dass ihre Prinzipien sie am Leben halten werden und will eine Allianz in der Leere bilden. Chakotay akzeptiert diesen Befehl und so bildet man eine Allianz mit mehreren Schiffen. Einige potenzielle Verbündete entpuppen sich jedoch als unzuverlässig. Daher schließt man Bosaal wieder aus der Allianz aus. Dieser bildet daraufhin mit Valen eine Allianz, worüber er mit Captain Janeway von Tuvok und Loquar informiert wird. Später arbeitet er mit dem Doktor und den Bewohnern der Leere zusammen, um ein Entkommen zu ermöglichen. Schließlich gelingt es der Flotte zu entkommen. Nachdem ihre Verbündeten wieder ihren Kurs eingeschlagen haben, meint Chakotay, dass dies fast so war, als würde man wieder in der Föderation sein. Janeway antwortet ihm, dass die echte nur 30.000 Lichtjahre entfernt ist und so setzt man die Reise fort. (VOY: Die Leere)

Bald darauf fliegt er mit Neelix und Kim im Delta Flyer II zu einer Handelsmission zu den Nar Shaddan. Als die USS Voyager auf dem Rückflug jedoch nicht bei den vereinbarten Koordinaten ist, ruft er Kim trotz einer Lebensmittelvergiftung auf die Brücke und lässt ihn nach der Voyager scannen. Bald darauf entdecken sie das Schiff in einiger Entfernung im All treiben. Sie stellen auch fest, dass die Crew das Schiff mit den Rettungskapseln verlassen hat. Aufgrund der ausgefallenen Umweltkontrollen begeben sie sich in Raumanzügen an Bord und untersuchen auf der Brücke den Status. Dort werden sie wenig später vom Doktor mit einem Phaser gestellt, der sie zunächst für Eindringlinge hält, dann aber erleichtert ist, sie zu sehen. Dann berichtet er ihnen, dass das Schiff auf eine Subraummine auflief und evakuiert wurde. Er blieb hier und reparierte das Schiff. Jedoch hatte er damit nur begrenzten Erfolg und musste sich außerdem vor verschiedenen Schiffen verstecken, die die Voyager in Besitz nehmen wollten. Er meldet auch, dass die Waffensignaturen der Schiffe zu der Subraummine gehören. Er bedankt sich für die Arbeit des Doktors. Dann machen sie sich gemeinsam an die weitern Reparaturen und beginnen mit der Suche nach ihren Crewmitgliedern. Dabei hat er auch einen kleinen Disput mit dem Doktor, der statt Plasmaleitungen zu reparieren, lieber auf der Brücke arbeiten möchte. Doch als Kim die Crew aufspürt, sind alle Konflikte vergessen. Als man Quarra erreicht, sind die Behörden bei der Suche nach der Crew jedoch nicht kooperativ. Daher lässt er das Schiff wegfliegen und entsinnt einen Plan. Neelix beschafft dazu Informationen. Man entschließt sich Nachforschungen auf dem Planeten anzustellen. Um unerkannt zu bleiben, wird Chakotay vom Doktor zum Benkaraner umoperiert und man nimmt Neelix' Raumschiff. Chakotay wird im Kraftwerk tätig und wird eingewisen. Dort entdeckt er bald einige Crewmitglieder und versucht Kontakt mit Janeway aufzunehmen. Diese erkennt ihn jedoch nicht. Er bespricht dies mit Neelix. Auf dem Weg aus der Bar entdecken sie B'Elanna Torres und es gelingt Kim Neelix und Torres hochzubeamen. Chakotay muss allerdings vor zwei Sicherheitsleuten fliehen. Schließlich wird er jedoch von einem Gitter und einem Kraftfeld eingeschlossen. (VOY: Arbeiterschaft, Teil I)

Mit einer Eisenstange gelingt es ihm das Kraftfeld kurzzuschließen, wodurch die Wachleute denken, dass er in den Abgrund gesprungen ist. Dann greift er aus seinem Versteck diesen Offizier an und überwältigt ihn. Ebenso gelingt es ihm nach einem kurzen Phaserkampf den zweiten Offizier ebenso auszuschalten. Dabei wird er allerdings am Oberarm verletzt und geht in die Bar zurück, wo ihn Janeway anspricht, die sich für Jaffens Verhalten entschuldigt. Sie lädt ihn auch ein, was Chakotay jedoch ablehnt. Wenig später sucht er allerdings Unterschlupf in Janeways Wohnung und wird dort von ihr entdeckt. Als diese kurz die Wohnung verlässt, um mit Jaffen zu sprechen, betreten Polizisten die Wohnung und verhaften Chakotay. Anschließend wird er von Yerid verhört. Nach einer Behandlung durch Kadan lockt er die Voyager zu bestimmten Koordinaten, wo die Quarren sie angreifen. Jedoch gelingt es Kim und dem Doktor diese Schiffe kampfunfähig zu machen und die Crew zurückzubeamen. Dort wird sie vom Doktor geheilt und das Schiff nimmt wieder Kurs in die Heimat. (VOY: Arbeiterschaft, Teil II)

Bald darauf gerät das Schiff in ein Waffentestgebiet und wird von den Schockwellen der Explosion mehrerer Langstreckenwaffen getroffen. Nach dem ersten Einschlag meint Chakotay, dass sie offenbar nicht das Ziel waren. Dazu meint Janeway, dass der Angreifer auch ein lausiger Schütze sein könne. Später ruft er Seven of Nine in die Astrometrie, da sie etwas herausgefunden haben. Dort teilt er ihr mit Icheb mit, dass sie eine Warnbake gefunden haben, die sie informiert, dass sie in ein Waffentestgebiet eingedrungen sind. Wenig später wird die Voyager von einer Langstreckenwaffe erfasst und Chakotay gibt Roten Alarm. Nach der Zerstörung der Waffe, trifft er Seven im Gang und ermutigt sie, ihn ins Kasino zu einer Kochstunde bei Neelix zu kommen. Seven lehnt jedoch ab. Chakotay meint noch zu ihr, dass sie häufiger mit der Crew interagieren soile, da es ihr gut tun würde, ehe er in den Turbolift steigt. (VOY: Menschliche Fehler)

Als Q seinen Sohn Q auf der Voyager lässt, damit er das menschliche Verhalten studieren kann, portiert dieser jedoch drei Borgkuben zum Schiff um zu beobachten, wie Menschen unter Stress reagieren. Chakotay meldet die Schäden in diesem Kampf. Jedoch wird der Kampf von Q unterbrochen. Später stellt er Q auf dem Holodeck vor eine diplomatische Aufgabe: Er soll einen Streit um einen Planetoiden zwischen verschiedenen Spezies schlichten. Er erwartet dass Q scheitert und will ihn so zwingen, ihn um Hilfe zu bitten. Allerdings ändert Q die Parameter der Figuren. (VOY: Q2)

Es gelingt dem Pfadfinderprojekt und Seven of Nine eine tägliche, elfminütige Kommunikationsverbindung herzustellen. Mit Captain Janeway und Tuvok ist er in der Astrometrie anwesend, als sie die erste Nachricht empfangen. Er selbst beabsichtigt als erstes seine Schwester anzurufen. Später ist er anwesend, als der Doktor seinen Freunden mitteilt, dass er seinen Holoroman Photonen brauchen Freiheit, der die Voyager-Crew in einem schlechten Licht darstellt, noch einmal überarbeiten wird. (VOY: Die Veröffentlichung)

Wenig später erhält die Voyager ihre erste offizielle Mission seit sieben Jahren zugewiesen. Da sich das Schiff in der Nähe der berechneten Position der Raumsonde Friendship One befindet, soll sie nach der Sonde suchen und sie bergen. Bei einer Besprechung informiert Janeway die Führungsoffiziere über die Mission. Man folgt dem projizierten Kurs der Sonde zu einem Planeten, der sich in einem nuklearen Winter befindet. Chakotay stellt ein Außenteam zusammen, dass vom Doktor mit Strahlenmedikamenten behandelt wird, um diesen Planeten erkunden zu können. Gemeinsam mit Kim entdeckt er Raketensilos. Als sie zum Flyer zurückkehren, entdeckt er ein fremdes technisches Gerät und kann einen Eindringling betäuben. Anschließend will er den Rest des Außenteams warnen, aber dieses antwortet nicht. So sehen sie sich gezwungen auf die Voyager zurückzukehren. Dort befragt er mit Janeway den Eindringling, Otrin, der denkt, dass sie die Sonde schickten, um den Planeten zu vernichten und ihn nun erobern wollen. Gemeinsam suchen sie einen Weg, die Katastrophe rückgängig zu machen. Da der Anführer der Geiselnehmer, Verin, Joe Carey erschießt und weiterhin eine Umsiedlung seines Volkes fordert, befreit er mit Tuvok und dem Doktor gewaltsam die Geiseln und kehrt mit Ihnen auf die Voyager zurück. Anschließend gelingt es die Atmosphäre des Planeten zu reinigen, und den Planeten wieder bewohnbar zu machen. (VOY: Friendship One)

Während sich die Voyager im Orbit von Ledos befindet, fliegen Chakotay und Seven of Nine in einem Shuttle zum Planeten, um an einer Konferenz teilzunehmen. Dabei kollidieren sie allerdings mit einer Energiebarriere und stürzen ab. Chakotay wird dabei verletzt und Seven muss sich allein auf die Suche nach der Kommunikationsbake machen. Da er verletzt wird, verliert Chakotay das Bewusstsein und wird währenddessen von drei Ventu entdeckt. Diese bringen ihn in eine Höhle und behandeln seine Wunde, wo er wenig später von Seven entdeckt wird. Die Ventu versorgen seine Wunde und Chakotay verständigt sich mit Ihnen. Seven lehnt dies ab und versucht stattdessen jeden Kontakt zu vermeiden. Wenig später macht sich Seven auf die Suche nach dem Deflektor, kehrt aber nicht zur vereinbarten Zeit zurück. Chakotay versucht dem Medizinmann zu erklären, dass er sie suchen muss. Nachdem er sie gefunden hat, kommen sie überein, die Barriere zu deaktivieren, um eine Kontaminierung der Ventu-Zivilisation zu beenden. Sie hoffen, diese anschließend reinitialisieren zu können. Nach der Rückkehr auf die Voyager wird er auf der Krankenstation behandelt. (VOY: Ein natürliches Gesetz)

2378[]

Anfang 2378 stellt die Voyager Kontakt mit einer Kolonie von Talaxianern her. Nachdem der Delta Flyer verschollen ist, wird er von Janeway beauftragt ein Rettungsteam zusammenzustellen. Nachdem Neelix gefunden wird, berichtet er von einer Kolonie der Talaxianer und zeigt Dexa und Brax die Voyager. Chakotay hat gerade das Kommando auf der Brücke, als Neelix mit seinen Gästen dort eintrifft. Als Brax Neelix nach seiner Station fragt, kommt Neelix ins Stottern und Chakotay springt ihm mit Kim zur Seite und berichtet, dass Neelix' Fähigkeiten viel zu vielseitig sind, als das er nur eine Station haben könnte. Nachdem sich Neelix dazu entschließt in der Kolonie der Talaxianer zu bleiben, verabschiedet er ihn mit den anderen Führungsoffizieren und vielen Crewmitgliedern vor dem Transporterraum. (VOY: Eine Heimstätte)

Wenig später kehrt Captain Janeway scheinbar von einer Außenmission zurück und bittet Chakotay zu einem Gespräch in ihren Raum. Sie berichtet ihm, dass sie von einer Spezies namens R'Kaal angegriffen wurden, die ein riesiges Gebiet kontrolliert und von ihnen verlangt, ihr Schiff zu übergeben und sich auf einem Planeten anzusiedeln. Die Crew will sie aber vorerst nicht darüber informieren. Wenig später wird er von Torres kontaktiert, die ihm berichtet, dass Janeway ihr befohlen habe, den Delta Flyer so zu modifizieren, dass er einen Warpkern mit dem Traktorstrahl erfassen kann. Als er den Captain darauf anspricht, reagiert sie geistesabwesend und führt scheinbar Selbstgespräche. Chakotays Nachfragen weicht sie aus, behauptet, sie habe Kopfschmerzen und begibt sich in ihr Quartier. Chakotay begibt sich auf die Krankenstation und kontaktiert den Doktor, als er ihn dort nicht antrifft, über den Kommunikator. Das MHN beamt sich daraufhin auf die Krankenstation und rechtfertigt diese Methode, da er sich ja sofort melden sollte. Chakotay befiehlt dem Doktor den Captain nochmals zu untersuchen, was dieser auch vorgibt, tun zu wollen. Inzwischen lässt er Seven of Nine nach einer Flotte getarnter Schiffe scannen, welche diese nicht entdeckt. Jedoch meint sie, dass diese Flotte starke Subraumverzerrungen erzeugen müsste, was Chakotays Misstrauen erweckt. Wenig später stellt Kim eine Subraumnachricht durch, in der der Oberste Archon der R'Kaal die Übergabe des Warpkerns innerhalb von zehn Stunden verlangt. Chakotay weist Seven und Kim an, ihre Untersuchungen fortzusetzen. Er selbst sucht inzwischen den Doktor auf, der ihm berichtet, mit dem Captain sei alles in Ordnung. Anschließend geht er zu Janeways Quartier, wo der Captain just in dem Moment um die Ecke kommt und ihn in ihr Quartier bittet. Als er ihr von einer Außenmission auf Lessek Prime vor 15 Jahren berichtet, kann er sie enttarnen, weil er diese erfunden hat. Er will Tuvok zu Hilfe rufen, doch Janeway betäubt ihn mit einem Hypospray. Nachdem der Doktor den Warpkern des Schiffs entwendet und mit dem Delta Flyer flieht, wird Chakotay von Paris und einem Crewman entdeckt und aufgeweckt. Tuvok informiert ihn über ihre Situation. Letztlich gelingt es der Crew Janeway und den Doktor, die auf einem Raumschiff der Hierarchie festgehalten werden, zu befreien und den Warpkern zurückzuholen. (VOY: Renaissance­mensch)

2378 kommen sich Seven of Nine und Chakotay näher und veranstalten ein Picknick im Frachtraum. Wenig später trifft man auf eine Subraumanomalie, aus der ein Föderationsshuttle mit einem Admiral Kathryn Janeway aus der Zukunft austritt und ihnen die Möglichkeit zur Rückkehr in den Alpha-Quadranten offeriert. (VOY: Endspiel, Teil I)

Chakotay empfängt mit dem Captain und Tuvok den Admiral im Transporterraum. Anschließend wird er mit Tuvok vom Admiral in die Bedienung der Technologie der Transphasentorpedos sowie der ablativen Panzerung informiert. Während der Vorbereitungen, sucht er auch Seven of Nine in der Astrometrie auf und bietet ihr an, sie vom Dienst zu befreien. Dies lehnt Seven jedoch ab. Außerdem besprechen sie Zukunftspläne. Genaues wissen sie nicht, aber Chakotay will immer in Transporterreichweite zu Seven sein. Nachdem der Admiral Seven berichtet, dass ihre Liebe Chakotay nach ihrem Tod Schmerzen bereiten wird, will Seven die Beziehung beenden. Doch Chakotay macht ihr klar, dass die Zukunft ungewiss ist, ihre Gefühle füreinander aber nicht. Daraufhin legen sie die Stirn aneinander und versöhnen sich. Wenig später kehren Chakotay und die Voyager mithilfe eines Transwarpzentrums der Borg zurück in den Alpha-Quadranten. Zeitgleich gebiert B'Elanna Torres ihre Tochter Miral. Daher begibt sich Tom Paris auf die Krankenstation und Chakotay übernimmt das Steuer und fliegt die Voyager zur Erde. (VOY: Endspiel, Teil II)

Alternative Leben[]

Janeways vermeintliches Leben nach dem Tod[]

Bei einer gemeinsamen Außenmission mit Janeway, muss das Shuttle der beiden 2373 notlanden. Dabei wird Janeway schwer verletzt und durchlebt verschiedene Visionen. In einer wird sie von Chakotay erstversorgt. Sie werden von Vidiianern angegriffen und betäubt. Jedoch finden sie sich im Shuttle wieder, welches nun von einem vidiianischen Raumschiff verfolgt wird. Nachdem das Shuttle bei einem Angriff zerstört wird, finden sie sich erneut im Shuttle wieder. Als sie von zwei vidiianischen Schiffen angegriffen werden, sendet Chakotay einen Notruf an die Voyager. In einer weiteren Vision stirbt Janeway auf dem Planeten. Da Kes die Anwesenheit des Captains spürt, lässt der Torres und Kim nach Möglichkeiten suchen, ob Janeway in eine andere Realität gelangt sein könnte. Nachdem dieser Versuch erfolglos verläuft, wird eine Trauerfeier abgehalten, auf der er Janeway würdigt. (VOY: Der Wille)

Jahr der Hölle[]

In einer alternativen Zeitlinie weiht er mit Janeway das Astrometrische Labor der Voyager ein. Wenig später wird die Voyager von einem Kriegsschiff der Krenim angegriffen und schwer beschädigt. In dieser Situation schlägt er Janeway vor, das Schiff zu verlassen. Die Shuttles und Rettungskapseln sollen sich am Ende des Krenimraums treffen und die Reise fortsetzen. Zunächst lehnt Janeway diesen Vorschlag ab, lenkt jedoch ein, nachdem die Voyager noch stärker beschädigt wird. Unterdessen schlagen Chakotay und Paris den Bau von Schotts vor. Bei einem weiteren Angriff der Krenim, erkundigt er sich bei Seven of Nine nach dem Zustand der temporalen Schilde und lässt Paris ein Ausweichmanöver fliegen. Kurz nach diesem Vorfall wird die Voyager von Annorax' Zeitwaffenschiff angegriffen. Chakotay und Paris werden zur weiteren Analyse entführt. (VOY: Ein Jahr Hölle, Teil I)

Nach zwei Monaten Isolationshaft, wird er zu Annorax gebracht, der ihn befragen will. Dabei offeriert er ihnen ein Mahl von Delikatessen von Spezies, welche aus der Zeit eliminiert wurden. Als Annorax ihnen die Möglichkeit eröffnet, in den Alpha-Quadranten zurückzukehren, verhandelt er entgegen Paris' Einwänden mit Annorax. Dieser erklärt ihm die Funktionsweise des Waffenschiffs. Chakotay versucht ihn dahingehend zu beeinflussen, dass sie die Geschichte verändern, ohne andere Spezies zu schädigen. Daher lehnt er Paris' Sabotagepläne zunächst ab. Nachdem Annorax jedoch eine weitere Spezies aus der Zeit eliminiert und meint, dass die Zeit ihn selbst bestraft, ändert er seine Meinung. Wenig später wird er auf ein Nihydron-Raumschiff gebeamt. (VOY: Ein Jahr Hölle, Teil II)

Kriegsschiff Voyager[]

Im 31. Jahrhundert gehört die Voyager zur Geschichte der Kyrianer und der Vaskaner. In dem Holoprogramm Kriegsschiff Voyager ist die Crew skrupellos und gewalttätig. Chakotay foltert darin kyrianische Gefangene, um den Aufenthaltsort von Tedran zu erfahren. Bei einer Lagebesprechung lässt er sich von Paris zu einer Prügelei provozieren. Dieser Kampf kann erst von Janeway mit einem Phaser beendet werden. (VOY: Der Zeitzeuge)

Quantenslipstream[]

Der Versuch, die Heimreise der Voyager mit Hilfe eines experimentellen Quantenslipstreamantriebs zu verkürzen scheitert. Die Voyager stürzt auf einem Planeten ab, die Crew überlebt diesen Absturz jedoch nicht. Harry Kim und Chakotay sind die einzigen Überlebenden, da sie mit dem Delta Flyer vor der Voyager fliegen. Sie begeben sich mit Tessa Omond auf die Suche nach dem Schiff und entdecken das Wrack auf einem Planeten im Beta-Quadranten. Sie bergen den Leichnam von Seven of Nine und das Programm des Doktors. Daraufhin treffen sie Vorbereitungen, um eine Nachricht in die Vergangenheit zu schicken, die den Absturz der Voyager verhindern soll. Sie werden jedoch von der USS Challenger unter dem Kommando von Geordi La Forge verfolgt, welche diesen Eingriff in die Zeitlinie zu verhindern versucht. Nachdem der Delta Flyer aufgrund von Kampfschäden zu explodieren droht, bietet La Forge an die Besatzung herüberzubeamen. Dies wird jedoch von Chakotay abgelehnt, da er die Rettung der Voyager sicherstellen will. Augenblicke später explodiert der Flyer. (VOY: Temporale Paradoxie)

Rückkehr von Kes[]

Als sich 2376 ein Raumschiff mit Kes an Bord nähert, die um Hilfe bittet, ist er auf der Brücke und wird Zeuge, wie Kes das Schiff rammt. Er lässt es mit einem Traktorstahl erfassen, was die Kollision aber nicht mehr verhindern kann. Kurz vor dem Aufprall beamt sich Kes an Bord und geht in den Maschinenraum. Auf ihrem Weg, lässt starke neuroelektrische Energie verschiedene Schotts kollabieren, was Chakotay auf der Brücke erkennt. Wenig später wird die Brücke von Seven of Nine darüber informiert, dass Kes den Warpkern berührt und dann verschwindet. (VOY: Voller Wut)

Alternative Identitäten[]

Chakotay als Amal Kotay[]

Amal Kotay ist der Alias, den Chakotay 2377 annimmt, um der Entdeckung durch die Quarren zu entgehen.

2377 wird Captain Janeway mit dem größten Teil ihrer Crew der USS Voyager nach Quarra entführt. Chakotay wird chirurgisch zu einem Benkaraner verändert und nimmt diesen Tarnnamen an, um unerkannt Nachforschungen auf Quarra anstellen zu können. Außerdem gibt er an, Level-3-Kenntnisse in Mikrokinetik zu besitzten. Daher wird er als Thermionikspezialist angestellt. Chakotays Mission verläuft erfolgreich, bis er nach dem Transport von B'Elanna Torres auf die Voyager von einem Kraftfeld eingeschlossen wird. Zwar kann er den Sicherheitsoffizieren der Quarren entkommen und sich in Janeways Appartement verstecken, wird letztlich aber doch entdeckt und enttarnt. (VOY: Arbeiterschaft, Teil I, Arbeiterschaft, Teil II)

Chronologie[]

Chakotay im Laufe der Jahre

Als junger Mann

2371

2372

2373

2374

2375

2376

2377

Zitate[]

zu Tuvok, als Chakotay erfährt, dass Seska eine Cardassianerin ist

Chakotay

Sie haben für die Föderation, Seska für die Cardassianer gearbeitet – hat überhaupt jemand auf diesem Schiff für mich gearbeitet?

　– VOY: Der Verrat

Chakotay

Kontakt zu neuen Kulturen herzustellen sehen wir als Priorität.

　– VOY: Nightingale

Chakotay zu Seven of Nine

Chakotay

Paläontologie war immer meine erste Liebe, deshalb bin ich in die Sternenflotte eingetreten.

Seven of Nine

Warum gaben Sie das auf?

Chakotay

Mein Verantwortungsgefühl kam mir in die Quere. Der Maquis zuerst, dann die Voyager… Was ich wollte musste immer in den Hintergrund treten.

　– VOY: Ein kleiner Schritt

Hintergrundinformationen[]

Auftritte[]

Schauspieler und Synchronsprecher[]

Datei:Chakotay folgt nicht immer der logischen Handlungsweise.ogg

Wissenswertes[]

Es gibt einige Unklarheiten bezüglich Chakotays Dienstgrad auf der Voyager. Sein provisorisches Dienstgradabzeichen ähnelt dem eines regulären Lieutenant Commanders, und tatsächlich gibt es andere Belege dafür, dass die provisorischen Abzeichen der Maquis dem regulären System nachempfunden sind. Der Dienstgrad würde auch mit seinem letzten regulären Sternenflottendienstgrad übereinstimmen. (^{[Quelle fehlt]}) Tatsächlich gibt Chakotay selbst seinen Dienstgrad in In Fleisch und Blut jedoch ausdrücklich mit Commander an, und es gibt auch keine einzige Gelegenheit während der ganzen Serie, bei der Chakotay als Lieutenant Commander angesprochen oder vorgestellt wird oder sich selbst als solcher vorstellt. Auch im Serienvorspann erscheint er in den ersten drei Staffeln als Commander Chakotay (später entfällt der Dienstgrad), allerdings werden im Vorspann auch Torres und Paris jeweils als Lieutenant bezeichnet. Es kann jedoch auch sein, dass die Rangbezeichnung bei dem Ersten Offizier des Schiffes, ähnlich wie bei einem Captain gehandhabt wird. So wird der kommandierende Offizier eines Schiffes, unabhängig des Ranges als „Captain“ bezeichnet und auch mit diesem Titel angesprochen (DS9: Hinter der Linie). So könnte der Erste Offizier standardmäßig die Rangbezeichnung „Commander“ tragen. Diese Theorie wird auch durch das Indiz gestützt, dass Lieutenant Maxwell Burke von der USS Equinox in einer Szene in der Astrometrie der USS Voyager von Captain Janeway als Commander angesprochen wird. (VOY: Equinox, Teil I)

Dem gegegenüber wird ein Lieutenant Commander allerdings üblicher Weise verkürzt mit „Commander“ angesprochen, nur bei förmlicher Vorstellung wird der ganze Rang genannt.

Apokryphes[]

Externe Links[]

• Chakotay in der Memory Beta
• Chakotay in der Wikipedia