MetaCyc
La base de dades MetaCyc és una de les bases de dades de vies metabòliques i enzims més grans disponibles actualment. Les dades de la base de dades estan seleccionades manualment a partir de la literatura científica i cobreixen tots els dominis de la vida. MetaCyc té una àmplia informació sobre compostos químics, reaccions, vies metabòliques i enzims. Les dades han estat seleccionades a partir de més de 58.000 publicacions.[1][2][3]
MetaCyc ha estat dissenyat per a diversos tipus d'usos. Sovint s'utilitza com una extensa enciclopèdia en línia del metabolisme. A més, MetaCyc s'utilitza com a conjunt de dades de referència per predir computacionalment la xarxa metabòlica dels organismes a partir dels seus genomes seqüenciats; s'ha utilitzat per realitzar prediccions de vies per a milers d'organismes, inclosos els de la BioCyc database collection (col·lecció de bases de dades BioCyc). MetaCyc també s'utilitza en investigacions sobre enginyeria metabòlica i metabolòmica.
MetaCyc inclou petites revisions de vies i enzims que proporcionen informació de fons, així com referències bibliogràfiques rellevants. També proporciona dades extenses sobre enzims individuals, que descriuen la seva estructura de subunitats, cofactors, activadors i inhibidors, l'especificitat del substrat i, quan estiguin disponibles, constants cinètiques. Les dades de MetaCyc sobre metabòlits inclouen estructures químiques, energia de formació estàndard predita i enllaços a bases de dades externes. Les reaccions de MetaCyc es presenten en una pantalla visual que inclou les estructures de tots els components. Les reaccions són equilibrades i inclouen números EC, direcció de reacció, assignacions predicades d'àtoms que descriuen la correspondència entre àtoms dels compostos reactius i els compostos del producte i energia lliure de Gibbs calculada.
Es pot fer clic a tots els objectes de MetaCyc i permeten accedir fàcilment a objectes relacionats. Per exemple, a la pàgina de L-lisina es mostren totes les reaccions en què participa la L-lisina, així com els enzims que les catalitzen i les vies en què es produeixen aquestes reaccions.
Referències
[modifica]- ↑ Caspi R, Altman T, Billington R, Dreher K, Foerster H, Fulcher CA, Holland TA, Keseler IM, Kothari A, Kubo A, Krummenacker M, Latendresse M, Mueller LA, Ong Q, Paley S, Subhraveti P, Weaver DS, Weerasinghe D, Zhang P, Karp PD «The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases» (en anglès). Nucleic Acids Res., 38, 6-2014, pàg. D473–9. DOI: 10.1093/nar/gkp875. PMC: 2808959. PMID: 19850718.
- ↑ «MetaCyc Publications» (en anglès).
- ↑ Karp, P.D; Caspi, R «A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family» (en anglès). Arch. Toxicol, 85(9), 9-2011, pàg. 1015-1033. DOI: 10.1007/s00204-011-0705-2. PMC: 3352032. PMID: 21523460.