消化酵素（しょうかこうそ、digestive enzyme）は、消化に使われる酵素のことで、消化の後に栄養の吸収につながる。分解される栄養素によって炭水化物分解酵素、タンパク質分解酵素、脂肪分解酵素などに分けられる。生物が食物を分解するために産生する。発酵によっても産生される。食品加工、洗剤として使用される。19世紀末には消化酵素製剤（消化剤、消化薬）が登場し日本では20世紀半ばに盛んに胃腸薬が開発されることになった。
