Thành phố được thành lập năm 1876 với tên Lourenço Marques do các thương nhân Bồ Đào Nha đặt để vinh danh nhà thám hiểm Âu châu đầu tiên đến khu vực này năm 1544. Với sự khánh thành đường sắt nối liền thành phố với Pretoria, Nam Phi năm 1895, Maputo phát triển mạnh. Năm 1898 thành phố được ấn định là thủ phủ xứ Mozambique. Sau khi giành độc lập, tên thành phố được đổi thành "Maputo" để vinh danh một lãnh tụ bộ tộc thuở xưa ở vùng này có tiếng là rất hiếu chiến. Maputo đã trải qua hai cơn suy thoái, một là sau năm 1975 khi kiều dân Bồ Đào Nha ồ ạt hồi hương vì không chấp nhận chính thể độc lập của Mozambique, và hai trong cuộc nội chiến Mozambique (1977-1992) dai dẳng gây nhiều xáo trộn với hậu quả là 1,7 triệu dân tỵ nạn tràn sang các nước lân bang. Maputo đã bước sang thời kỳ ổn định sau khi hòa ước ký kết giữa nhóm RENAMO (Resistência Nacional Moçambicana) và chính phủ FRELIMO (Frente de Libertação de Moçambique) để tái lập hòa bình. Tuy nhiên hạ tầng cơ sở vẫn còn nhiều điểm yếu kém vì thiếu vốn đầu tư.

Thành phố Maputo nằm ở vị trí phía bắc cửa sông Tembe và phía tây vũng Maputo, một vũng lớn rộng 30 km, dài 95 km. Sông Maputo đổ ra biển ở phía nam vũng. Thành phố được hoạch định theo kiểu Âu châu với đường phố thẳng góc và nhiều đại lộ rộng rãi. Kiến trúc nhà cửa phảng phất phong cách Bồ Đào Nha. Ở phía bắc là Universidade Eduardo Mondlane, trường đại học đầu tiên (lập 1962) và cũng là trường đại học lớn nhất Mozambique.