Gammaproteobacteria

Gammaproteobacteria
Gammaproteobacteria
	Vibrio cholerae
Biyolojik sınıflandırma
Üst âlem:	Bacteria
Şube:	Proteobacteria
Sınıf:	Gammaproteobacteria; Garrity et al. 2005
Takımlar
	Acidiferrobacterales Kojima et al. 2015; Aeromonadales Martin-Carnahan and Joseph 2005; Alteromonadales Bowman and McMeekin 2005; Arenicellales Teramoto et al. 2015; Cardiobacteriales Garrity et al. 2005; Cellvibrionales Spring et al. 2015; Chromatiales Imhoff 2005; Enterobacterales Adeolu et al. 2016; Immundisolibacterales Corteselli et al. 2017; Legionellales Garrity et al. 2005; Lysobacterales Christensen and Cook 1978 (Approved Lists 1980); Methylococcales Bowman 2005; Nevskiales Naushad et al. 2015; Oceanospirillales Garrity et al. 2005; Orbales Kwong and Moran 2013; Pasteurellales Garrity et al. 2005; Pseudomonadales Orla-Jensen 1921 (Approved Lists 1980); Thiotrichales Garrity et al. 2005; "Vibrionales" Garrity and Holt 2001; Familyaincertae sedis Thorselliaceae Kämpfer et al. 2015; ; Cins incertae sedis Arsukibacterium Schmidt et al. 2016; "Candidatus Azoamicus" Graf et al. 2021; Litorivivens Park et al. 2015; Plasticicumulans Jiang et al. 2011; ;
Sinonimler
	"Chromatiia" Cavalier-Smith 2020;

Gammaproteobacteria, Pseudomonadota (Eş anlamlısı Proteobacteria) şubesinde yer alan bir bakteri sınıfıdır. Yaklaşık 250 cins içerir ve böylece Prokaryotların cins açısından en zengin taksonunu oluşturur.^[1] Tıbbi, ekolojik ve bilimsel açıdan önemli birçok bakteri grubu bu sınıfta yer alır. Tümü Gram-negatif bakterilerden oluşur ve filogenetik ve fizyolojik olarak en çeşitli Proteobacteria sınıfıdır.^[2]

Bu mikroorganizmalar, hidrotermal menfezler gibi aşırı ortamlar da dahil olmak üzere çeşitli karasal ve deniz ortamlarında yaşayabilirler. Genellikle farklı şekillere sahiptirler. Çubuklar, kavisli çubuklar, koklar, spirilla ve filamentler ^[3] ve serbest yaşayan bakteriler, biyofilm oluşturucular, kommensaller ve simbiyotikleri içerir.^[4] Bazıları ayrıca biyolüminesan gösterme gibi ayırt edici özelliklere sahiptir.^[5] Farklı cinslerde bulunan bakterilerin metabolizmalar çok farklıdır; hem aerobik hem de anaerobik (zorunlu veya fakültatif) türler vardır. Ayrıcakemolitoototrofikler, kemoorganotrofikler, fotoototroflar ve heterotroflar türler de mevcuttur.^[6]

Etimoloji

" Gamma " (Yunan alfabesinin üçüncü harfi) öğesi, sınıfın Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (Cilt. II, sayfa 1) kitabına göre Sınıf III olduğunu belirtir. Proteus, şeklini değiştirebilen Yunan deniz tanrısını ifade eder. Bakteriler (Yunanca ��ακτήριον; "çubuk" "küçük çubuk"), etimolojik tarih açısından Basiller'e (çubuk şeklindeki bakteriler) atıfta bulunur.^[7]

Filogeni

Birçok farklı sınıflandırma farklı yaklaşımlara dayanmaktadır. Örneğin genomik temelli Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, İsimlendirmede Yer Alan Prokaryotik İsimler Listesi, ribozomal RNA'ya dayalı ARB-Silva Veritabanı ^[8] veya bir çoklu protein yaklaşımı sınıflandırmalar vardır. Bu bakteri sınıfının soyoluşunu çözmek hala sorunludur.^[4]

Aşağıda, Gammaproteobacteria sınıfı için 356 protein ailesinden oluşan bir diziye dayanan bir sınıflama rapor edilmektedir.

Gammaproteobacteria

Ruthia, Vesicomyosocius, Thiomicrospira, Dichelobacter, Francisella

Moraxellaceae, Alcanivorax

Saccharophagus

Oceanospirillaceae

	Marinobacter

	Pseudomonadaceae

Pseudoalteromonadaceae, Alteromonas, Idiomarinaceae

	Pasteurellales

	Enterobacterales

Phylogeny of Gammaproteobacteria after^[9] Not all orders are monophyletic, consequently families or genera are shown for the Pseudomonadales, Oceanospirillales, and Alteromonadales. In the case of singleton orders, the genus is shown. (In bacterial taxonomy, orders have the suffix -ales, while families have -aceae.)

Bazı bakteriler, Gammaproteobacteria'nın üyeleri olarak tanımlanmış ancak henüz bir takım veya aileye atanmamıştır. Bunlar, Alkalimonas, Gallaecimonas, Ignatzschineria, Litorivivens, Marinicella, Plasticicumulans, Pseudohongiella, Sedimenticola, Thiohalobacter, Thiohalorhabdus, Thiolapillus ve Wohlfahrtiimonas cinsi bakterileri içerir.^[10]

Patojenler

Gammaproteobacteria, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae ve Pseudomonadaceae familyaları gibi tıbbi ve bilimsel açıdan önemli birkaç bakteri grubunu içermektedir. Yersinia pestis, Vibrio cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli ve bazı Salmonella türleri dahil olmak üzere bir dizi insan patojeni bu sınıftadırlar. Deniz ortamında, bu sınıftan birkaç tür, balıkları, karidesleri, mercanları veya istiridyeleri etkileyen Vibrio cinsi ^[11] ve gri fokları (Halichoerus grypus ) etkileyen Salmonella türleri gibi farklı deniz organizmalarını enfekte etmektedir.^[12]^[13]

Kaynakça

^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005). Class III. Gammaproteobacteria class. nov. In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd edn, vol. 2 Springer: New York, p 1
^ T. Gutierrez – 2019 - Institute of Mechanical, Process and Energy Engineering, School of Engineering and Physical Sciences, Heriot-Watt University, Edinburgh, UK
^ "Dense populations of a giant sulfur bacterium in Namibian shelf sediments". Science. 284 (5413): 493-5. April 1999. doi:10.1126/science.284.5413.493. PMID 10205058.
^ ^a ^b "Phylogeny of gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9): 2305-14. May 2010. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478 $2. PMID 20207755.
^ Marine Microbiology: Ecology & Applications (İngilizce). CRC Press. 26 Kasım 2019. ISBN 978-0-429-59236-2.
^ "Proteobacteria | Microbiology". 20 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi.
^ Stackebrandt (1988). "Proteobacteria classis nov., a Name for the Phylogenetic Taxon That Includes the "Purple Bacteria and Their Relatives"". International Journal of Systematic Bacteriology. 38 (3): 321-325. doi:10.1099/00207713-38-3-321. ISSN 0020-7713.
^ "Silva". www.arb-silva.de. 10 Mart 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Kasım 2020.
^ Williams KP, Gillespie JJ, Sobral BW, Nordberg EK, Snyder EE, Shallom JM, Dickerman AW (May 2010). "Phylogeny of gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9). ss. 2305-14. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478 $2. PMID 20207755.
^ "Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) - Gammaproteobacteria". List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature. 3 Aralık 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2017.
^ "Ecology of type II secretion in marine gammaproteobacteria". Environmental Microbiology. 10 (5): 1101-7. May 2008. doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x. PMID 18218035.
^ "Salmonella infection in grey seals (Halichoerus grypus), a marine mammal sentinel species: pathogenicity and molecular typing of Salmonella strains compared with human and livestock isolates". Environmental Microbiology. 18 (3): 1078-87. March 2016. doi:10.1111/1462-2920.13219. PMID 26768299. KB1 bakım: göster-yazarlar (link)
^ "Vibrio parahaemolyticus infections in the United States, 1973-1998". The Journal of Infectious Diseases. 181 (5): 1661-6. May 2000. doi:10.1086/315459. PMID 10823766.

Dış bağlantılar

Medical Subject Headings Gammaproteobacteria

[1] Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005). Class III. Gammaproteobacteria class. nov. In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd edn, vol. 2 Springer: New York, p 1

[2] T. Gutierrez – 2019 - Institute of Mechanical, Process and Energy Engineering, School of Engineering and Physical Sciences, Heriot-Watt University, Edinburgh, UK

[3] "Dense populations of a giant sulfur bacterium in Namibian shelf sediments". Science. 284 (5413): 493-5. April 1999. doi:10.1126/science.284.5413.493. PMID 10205058.

[ReferenceA-4] "Phylogeny of gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9): 2305-14. May 2010. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478 $2. PMID 20207755.

[5] Marine Microbiology: Ecology & Applications (İngilizce). CRC Press. 26 Kasım 2019. ISBN 978-0-429-59236-2.

[6] "Proteobacteria | Microbiology". 20 Eylül 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi.

[StackebrandtMurray1988-7] Stackebrandt (1988). "Proteobacteria classis nov., a Name for the Phylogenetic Taxon That Includes the "Purple Bacteria and Their Relatives"". International Journal of Systematic Bacteriology. 38 (3): 321-325. doi:10.1099/00207713-38-3-321. ISSN 0020-7713.

[8] "Silva". www.arb-silva.de. 10 Mart 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Kasım 2020.

[9] Williams KP, Gillespie JJ, Sobral BW, Nordberg EK, Snyder EE, Shallom JM, Dickerman AW (May 2010). "Phylogeny of gammaproteobacteria". Journal of Bacteriology. 192 (9). ss. 2305-14. doi:10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478 $2. PMID 20207755.

[10] "Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) - Gammaproteobacteria". List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature. 3 Aralık 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 13 Ocak 2017.

[11] "Ecology of type II secretion in marine gammaproteobacteria". Environmental Microbiology. 10 (5): 1101-7. May 2008. doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x. PMID 18218035.

[12] "Salmonella infection in grey seals (Halichoerus grypus), a marine mammal sentinel species: pathogenicity and molecular typing of Salmonella strains compared with human and livestock isolates". Environmental Microbiology. 18 (3): 1078-87. March 2016. doi:10.1111/1462-2920.13219. PMID 26768299. KB1 bakım: göster-yazarlar (link)

[pmid10823766-13] "Vibrio parahaemolyticus infections in the United States, 1973-1998". The Journal of Infectious Diseases. 181 (5): 1661-6. May 2000. doi:10.1086/315459. PMID 10823766.

[1]