PDZ domen
| |||||||||
| Molekulska struktura PDZ domena uključujući ljudski GOPC (Goldži-vezani PDZ protein koji sadrži motiv upredene zavojnice) | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | PDZ | ||||||||
| Pfam | PF00595 | ||||||||
| InterPro | IPR001478 | ||||||||
| SMART | PDZ | ||||||||
| PROSITE | PDOC50106 | ||||||||
| SCOP | 1lcy | ||||||||
| Superfamilija | 1lcy | ||||||||
| |||||||||
PDZ domen je zajednički strukturni domen sa 80-90 aminokiselina koji je nađen kod signalnih proteina bakterija, kvasca, biljki, virusa[1] i životinja.[2] PDZ je akronim formiran kombinovanjem prvih slova imena tri proteina — PSD95 (engl. post synaptic density protein), DlgA (engl. Drosophila disc large tumor suppressor), i zo-1 (engl. zonula occludens-1 protein) — za koje su prvo otkriveno da imaju zajednički domen. PDZ domeni su se ranije nazivali DHR (Dlg homolognim regionom)[3] ili GLGF (glicin-leucin-glicin-fenilalanin) domenima. Ti domeni pomažu vezivanje transmembranskih proteina za citoskelet i drže na okupu signalne komplekse[4].
PDZ domeni imaju sposobnost vezivanja za kratki region C-terminusa drugih specifičnih proteina. Ti kratki regioni se vezuju za PDZ domen putem augmentacije beta ravni. Beta ravan PDZ domena se uvećava dodatkom dodatnog beta lanaca iz vezanog proteina.[5]
PDZ domeni su nađeni kod više hiljada poznatih proteina[6] Ti proteini su široko rasprostranjeni kod eukariota i eubakterija,[7] dok ima veoma malo primera tih proteina kod Archaebacteria. PDZ domeni su često sa drugim proteinskim domenima i te kombinacije im omogućavaju da izvršavaju njihove specifične funkcije. Na primer za PDZ domene u PSD-95 proteinima je utvrđeno da su vezani sa SH3 domenom i guanilat kinaznim domenom.
- ↑ Boxus M, Twizere JC, Legros S, Dewulf JF, Kettmann R, Willems L (2008). „The HTLV-1 Tax interactome”. Retrovirology 5: 76. DOI:10.1186/1742-4690-5-76. PMC 2533353. PMID 18702816.
- ↑ Ponting CP (February 1997). „Evidence for PDZ domains in bacteria, yeast, and plants”. Protein Sci. 6 (2): 464–8. DOI:10.1002/pro.5560060225. PMC 2143646. PMID 9041651.
- ↑ Ponting CP, Phillips C (March 1995). „DHR domains in syntrophins, neuronal NO synthases and other intracellular proteins”. Trends Biochem. Sci. 20 (3): 102–3. DOI:10.1016/S0968-0004(00)88973-2. PMID 7535955.
- ↑ Ranganathan R, Ross E (1997). „PDZ domain proteins: scaffolds for signaling complexes.”. Curr Biol 7 (12): R770–3. DOI:10.1016/S0960-9822(06)00401-5. PMID 9382826.
- ↑ Cowburn D (December 1997). „Peptide recognition by PTB and PDZ domains”. Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (6): 835–8. DOI:10.1016/S0959-440X(97)80155-8. PMID 9434904.
- ↑ Lee HJ, Zheng JJ (2010). „PDZ domains and their binding partners: structure, specificity, and modification”. Cell Commun. Signal 8: 8. DOI:10.1186/1478-811X-8-8. PMC 2891790. PMID 20509869.
- ↑ Ponting CP (February 1997). „Evidence for PDZ domains in bacteria, yeast, and plants”. Protein Sci. 6 (2): 464–8. DOI:10.1002/pro.5560060225. PMC 2143646. PMID 9041651.
- Ponting CP, Phillips C, Davies KE, Blake DJ (June 1997). „PDZ domains: targeting signalling molecules to sub-membranous sites”. Bioessays 19 (6): 469–79. DOI:10.1002/bies.950190606. PMID 9204764.
- Doyle DA, Lee A, Lewis J, Kim E, Sheng M, MacKinnon R (June 1996). „Crystal structures of a complexed and peptide-free membrane protein-binding domain: molecular basis of peptide recognition by PDZ”. Cell 85 (7): 1067–76. DOI:10.1016/S0092-8674(00)81307-0. PMID 8674113.