Farmakofor

Farmakofor je apstraktni opis molekulskih osobina koje su neophodne za molekulsko prepoznavanje liganda od strane bioloških makromolekula. IUPAC definiše farmakofor kao „ansambl sternih i elektronskih osobina koje su neophodne kako bi se osigurala optimalna supramolekulska interakcija sa specifičnim biološkim ciljem i inicirala aktivacija (ili blokada) njegovog biološkog odgovora“.^[1]

Farmakofore je uspostavio Lemont Kier, koji je prvi pomenuo ovaj koncept 1967^[2], i naknadno ga koristio u knjizi o teorijskim aspektima razvoja lekova.^[3] Razvoj ovog koncepta se često pogrešno pripisuje Polu Erlihu^[4], mada ga on u svom radu nije koristio.^[5]

U modernoj računarskoj hemiji, farmakofori se koriste za definisanje esencijalnih osobina jednog ili više molekula sa istom biološkim dejstvom. Baze podataka s velikim brojem hemijskih jedinjenja se zatim mogu pretraživati da bi se našli dodatni molekuli koji poseduju istu grupu osobina lociranih na sličnom međusobnom rastojanju, usmerenih u približno istom pravcu, i sa sličnim sveukupnim oblikom molekula.

Tipične farmakoforne osobine su hidrofobnost, aromatičnost, primalac vodonične veze, davalac vodonične veze, katjon, i anjon. Ove osobine moraju da se preklope sa različitim hemijskim grupama sličnih osobina, da bi se identifikovali novi ligandi. Interakcije receptorskih liganda su tipično „polarno pozitivne“, „polarno negativne“ ili „hidrofobne“. Dobro definisan farmakoforni model sadrži hidrofobne prostore i vektore vodoničnih veza.

Reference

↑ Wermuth, C.G.; Ganellin, C.R.; Lindberg, P.; Mitscher, L.A. (1998). „Glossary of terms used in medicinal chemistry”. Pure Appl. Chem. (International Union of Pure and Applied Chemistry).
↑ L.B. Kier (1967). „Molecular Orbital Calculation of Preferred Conformations of Acetylcholine, Muscarine, and Muscarone”. Molecular Pharmacology 3: 487–494. PMID 6052710.
↑ L.B. Kier (1971). MO Theory in Drug Research. New York: Academic Press. str. 164–169.
↑ P. Ehrlich (1909). „Über den jetzigen Stand der Chemotherapie”. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 42: 17–47.
↑ J.H. van Drie (2007). „Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept”. Internet Electronic Journal of Molecular Design 6: 271–279.

Literatura

Gner, Osman F. (2000). Pharmacophore perception, development, and use in drug design. La Jolla, Calif: International University Line.
Gerd Folkers; Thierry Langer; Remy D. Hoffmann; Raimund Mannhold; Hugo Kubinyi (2006). Pharmacophores and Pharmacophore Searches (Methods and Principles in Medicinal Chemistry). Chichester: John Wiley & Sons.
L.B. Kier (1971). MO Theory in Drug Research. New York: Academic Press. str. 164–169.

Povezano

Spoljašnje veze

Postoji više računarskih programa koji omogućavaju definisanje farmakofora koristeći niz metoda računarske hemije. Neki od njih su:

Discovery Studio Arhivirano 2010-12-12 na Wayback Machine-u
LigandScout
Phase Arhivirano 2008-12-06 na Wayback Machine-u
MOE Arhivirano 2012-03-08 na Wayback Machine-u

[IUPAC_definition-1] Wermuth, C.G.; Ganellin, C.R.; Lindberg, P.; Mitscher, L.A. (1998). „Glossary of terms used in medicinal chemistry”. Pure Appl. Chem. (International Union of Pure and Applied Chemistry).

[2] L.B. Kier (1967). „Molecular Orbital Calculation of Preferred Conformations of Acetylcholine, Muscarine, and Muscarone”. Molecular Pharmacology 3: 487–494. PMID 6052710.

[3] L.B. Kier (1971). MO Theory in Drug Research. New York: Academic Press. str. 164–169.

[4] P. Ehrlich (1909). „Über den jetzigen Stand der Chemotherapie”. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 42: 17–47.

[5] J.H. van Drie (2007). „Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept”. Internet Electronic Journal of Molecular Design 6: 271–279.

[1]