Het bisdom San Severo werd in 1062 opgericht als bisdom Civitate. Het was suffragaan aan het aartsbisdom Benevento. In 1439 werd het bisdom opgeheven en het grondgebied verviel aan het bisdom Lucera. In 1478 werd het echter weer opgericht. Op 21 februari 1580 verplaatste paus Gregorius XIII de zetel van het bisdom van San Paolo di Civitate naar San Severo. De naam van het bisdom veranderde dienovereenkomstig mee. Het gebied was een samenvoeging van de bisdommen Civitate en Dragonara (Torremaggiore). Op 30 april 1979 werd San Severo suffragaan aan het aartsbisdom Foggia-Bovino.