Wily Cápsula 2, también referida como Wily Capsule Ⅱ (ワイリーカプセルⅡ,Wairī Kapuseru Tsū?), es el mecanismo de escape de Wily Máquina 5.
Usando su experiencia previa con la Wily Cápsula original, en esta ocasión, el vehículo de escape esta equipado con una función de sigilo, y usa poderosas bolas de energía para atacar. Aunque es un mecanismo de escape, en realidad es una máquina con independiente capacidad de combate.
Estrategia: En el centro de la pantalla aparecerá el Dr. Wily operando Wily Cápsula 2, segundos después desaparecerá y volverá a aparecer en una posición al azar: solo es vulnerable cuando aparece. Disparará 1 bola de energía desde su base, dicha bola tocará el suelo y se dividirá en 2 energías que recorrerán el piso por izquierda y derecha, Wily Cápsula 2 se rodeará de 4 energías que aumentarán su radio de rotación mientras el vehículo volador desaparece, las 4 energías cubrirán 1/2 pantalla y luego reducirán su radio de alcance hasta desaparecer, en ese instante Wily Cápsula 2 aparecerá de nuevo [repite patrón]. Utiliza a Beat, el pájaro robot puede localizar el vehículo volador aún si desaparece, necesitarás de 14 golpes para destruir a Wily Cápsula 2, tras la explosión del vehículo el Dr. Wily saltará al suelo.