Kai 1995 m. Mažeikių FK ROMAR pašalintas iš aukščiausiosios lygos, buvo įkurti FK Mažeikiai, gavę teisę žaisti III lygoje. 1998 m. rudenį laikinai buvo Vakarų Žemaičiai Mažeikiai dukterinė komanda. 2009 m. į kiekvienas FK Mažeikiai rungtynes namuose susirinkdavo apie 1000 komandos sirgalių. 2010 m. sausio 25 dieną klubas pasirašė bendradarbiavimo sutartį su Lietuvos vaikų salės futbolo čempionais – Plungės vaikų futbolo klubu „Žiogelis“. 2010 m. FK Mažeikiai įvykdė LFFA lygos licencijavimo reikalavimus ir debiutavo A lygoje. Pirmas sezonas susiklostė nesėkmingai: iš dešimties dalyvių komanda liko devintoje vietoje, iškovojo vos dvi pergales ir šešis susitikimus baigė lygiosiomis. Aplenkė tik taškų neiškovojusius kauniečius. Klubas išsaugojo vietą elito divizione. 2011 m. A lygos pirmenybės buvo išplėstos iki 12 dalyvių. Šiame sezone komanda ir vėl buvo devintoje vietoje. Iškovojo devynias pergales, devynis kartus rungtynes baigė lygiosiomis. Tačiau komandos stiprinimas reiškė papildomas išlaidas ir klubas tapo nemokus. Paskelbta, kad komanda išformuojama, o klubas likviduojamas. 2012 m. Mažeikiškiai įkūrė naują klubą FK Atmosfera (2012), buvusio FK Atmosfera (1973) klubo garbei.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.