Fa il suo esordio a livello professionistico nel 2007 con il Nordsjælland Håndbold.
All'inizio della stagione 2009 viene confermato il passaggio di Markussen al Club Balonmano Ciudad Real. Il giocatore viene nell'ambito dell'accordo ceduto a titolo temporaneo al Nordsjælland Håndbold per due stagioni.[1]
Passa al termine della stagione 2010-2011 al Club Balonmano Atlético de Madrid[2] (società che aveva acquisito il titolo sportivo del Ciudad Real) con il quale vince una Supercoppa di Spagna (nel 2011), una Coppa del Re e un titolo Super Globe (nel 2012). È inoltre nel vicecampione del Campionato spagnolo di pallamano maschile (Liga ASOBAL 2011-2012) e vicecampione dell'edizione 2011-2012 dell'EHF Champions League.
Nel 2013 si trasferisce all'El Jaish Handball Team, rimanendovi un anno.[3] Ritorna nel campionato danese nel 2014, militando nelle file dello Skjern Håndbold.[4] Al termine della stagione 2014-2015 passa al Bjerringbro Forenede Håndboldklubber[5], con il quale vince immediatamente il titolo nazionale al termine dell'annata 2015-2016.
Dalla stagione 2020-2021 si trasferisce agli ungheresi del Veszprém.
Danimarca
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Holstebro
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