Nella stagione 2009-2010 la panchina bustocca viene affidata inizialmente a Giuseppe Manari, nella stagione precedente secondo di Franco Lerda ma, essendo privo del patentino, come tecnico figura il preparatore dei portiere Raffaele Di Fusco. Sono sei i confermati dal campionato precedente, Morello, Mirko Bruccini, Melara, Giambruno, Polverini e Cristiano, mentre arrivano Nicolas Caglioni, Mario Pacilli, Antonio Aquilanti, Matteo Serafini, Matteo Pivotto, Tommaso Chiecchi, Giovanni Passiglia, Mathias Urbano, Francesco Ripa e lo svizzero Sandro Lombardi. La squadra inizialmente non ingrana e resta a fondo classifica. All'ottava giornata, a seguito della sconfitta in Toscana contro il Figline, maturata all'89', Manari si dimette e al suo posto viene chiamato Vincenzo Cosco. Con i Tigrotti che restano comunque in piena zona Play-out. Così a cinque turni dal termine anche Cosco lascia, dopo la sconfitta (2-1) di Viareggio. Al suo posto viene promosso allenatore il preparatore dei portieri Raffaele Di Fusco, che aveva già coadiuvato il primo allenatore Manari. Dopo due settimane Di Fusco torna a essere il preparatore dei portieri, per le ultime tre giornate ed i Play-out l'allenatore è Gianluca Gaudenzi, il quarto tecnico stagionale. Sotto la sua guida la Pro Patria, il 30 maggio retrocede in Lega Pro Seconda Divisione, dopo il doppio confronto nel Play-out con il Pergocrema, (2-2) allo Speroni, (1-1) al Voltini, con i gialloblù cremaschi salvi in virtù del miglior piazzamento al termine della stagione regolare, 36 punti contro i 35 dei tigrotti.
Grazie ai Play-off conquistati l'anno prima, la squadra bustocca ha partecipato alla Coppa Italia nazionale, dove supera il primo turno vincendo (4-0) contro i siciliani del Gela, poi viene eliminata nel secondo turno dal Mantova (3-1); stessa sorte nella Coppa Italia di Lega Pro dove si ripete, superando nel primo turno l'Alessandria (3-2), e lasciando la competizione nel secondo turno, superata (0-1) dal Lumezzane.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2008-2009 è Macron; sulla maglia vi è come sponsor principale "Fondo Scrovegni - Vegagest Immobiliare", mentre come sponsor secondario è presente "Casta - Carpenteria metallica".
La prima maglia resta la classica biancoblu, la seconda maglia è rossa. Occasionalmente è stata utilizzata una terza maglia blu scuro.
^formalmente l'allenatore risultava Raffaele Di Fusco, in quanto Manari non aveva il patentino necessario; pertanto Manari sedeva in panchina come allenatore in seconda.
^Partita giocata ad Ivrea per l'indisponibilità del Moccagatta di Alessandria.
^Partita rinviata per neve e poi recuperata il 13 gennaio 2010.
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