Երիտասարդ տարիներին խաղացել է հունական «Պանիոնիսոմ» ֆուտբոլային ակումբում[3]։ Այդ ֆուտբոլային ակումբում Յաննիս Մանիատիսը հանդես է եկել 7 մրցաշրջան և խաղացել ընդհանուր առմամբ 164 խաղ՝ ակումբի կազմում։ 2009 թվականին նորից չորսամյա պայմանագիր է ստորագրել «Պանիոնիսոմ»-ի հետ։ 2011 թվականին խախտելով պայմանագիրը, նոր պայմանագիր է կնքում այս անգամ Օլիմպիակոս ֆուտբոլային ակումբի հետ։ Մինչ օրս Մանիատիսը հանդես է գալիս Օլիմպիակոս ֆուտբոլային ակումբում։
2006-2007 թվականներին խաղացել է Հունաստանի երիտասարդական հավաքականում և մասնակցել 14 պաշտոնական հանդիպումների։ Այդ ընթացքում Մանիատիսը խփել է մեկ գոլ։ 2010 թվականին Մանիատիսը տեղափոխվել է Հունաստանի ֆուտբոլի ազգային հավաքական։ Ներկայումս Յաննիս Մանիատիսը հավաքականի կազմում անցկացրել է 14 հանդիպում, իսկ առաջին հանդիպումը եղել է Սերբիայի դեմ (օգոստոսի 11, 2010 թվական)։
Յաննիս Մանիատիսը համանցանցում հայտնի դարձավ հատկապես այն դեպքից հետո, երբ նա 2012 թվականիմարտի 18-ին, «ՊԱՈԿ»-ի դեմ խաղում խ��խտեց կանոնները Գեորգիոս Կարագունիսի նկատմամբ[4][5]։ Մրցավարը նրան դեղին քարտ ցույց տվեց, իսկ նա էլ բացահայտ բանավեճի բռնկվեց հանդիպման մրցավարի հետ։