פרוטאום
פרוטאום (באנגלית: Proteome) הוא מונח המתאר את כלל החלבונים המתבטאים בגנום, בתא, ברקמה או באורגניזם השלם. הגדרה אחרת של המונח היא כלל החלבונים המתבטאים בנקודת זמן נתונה תחת תנאים מסוימים. השם הוא שילוב של המילים "פרוטאין" (חלבון) ו"גנום".
המונח מתייחס לכמה סוגים שונים של מערכות ביולוגיות:
- פרוטאום תאי הוא כלל החלבונים שמקודדים בסוג מסוים של תא, תחת מכלול מסוים של תנאים סביבתיים, כמו למשל חשיפה לגירוי הורמונלי.
- פרוטאום שלם של אורגניזם, כמכלול השלם של החלבונים מתוך כלל הפרוטאומים התאיים השונים. ניתן לומר כי זו המקבילה של החלבונים לגנום.
ביצורים איקריוטיים הפרוטאום עשוי להיות נרחב יותר בהשוואה לגנום, כיוון שביצורים אלה יש שחבור חלופי של גנים ותהליכים נוספים המגדילים את מספר החלבונים האפשריים.
לפרוטאום יש שתי רמות ארגון נוספות לעומת הגנום, כיוון שהגנום מוגדר על ידי סדר הנוקלאוטידים שלו, ואילו הפרוטאום מוגדר על ידי גורמים נוספים. הכרת הפרוטאום דורשת הכרה של מבנה החלבונים בפרוטאום ושל האינטראקציה התפקודית בין החלבונים.
פרוטאומיקה (חקר החלבונים) מתבצעת בעיקר על ידי הפרדת חלבונים בג'ל אלקטרופורזה דו־ממדי. בממד האחד מתקיים מיקוד איזואלקטרי, על פי גודל המטענים. בממד השני חלבונים מופרדים על פי משקל מולקולרי בשיטת SDS-PAGE. הג'ל נצבע בצבע קומסי כחול או בכסף כדי שיהיה ניתן לצפות בחלבונים, שמופיעים כנקודות במיקומים שאליהם נדדו. ספקטרומטר המסה עודד את הפרוטאומיקה. בשיטת Peptide mass fingerprinting קוטעים את החלבון לפפטידים קצרים, בודקים את המסות שלהם, מזינים אותן במאגר הנתונים ומשווים למסות ידועות לקביעת זהות החלבון.
