Sydney apprend qu'elle est mutée dans un nouveau département secret de la CIA créé tout récemment, l'Authorized Personnel Only (APO), chargé d'exécuter les missions les plus risquées de la CIA. Une sorte de SD-6, donc, mais qui appartiendrait vraiment, cette fois, à la CIA. À sa grande surprise, elle y retrouve d'anciennes connaissances comme son ancien partenaire Dixon, mais également son père, Jack Bristow, sa demi-sœur Nadia Santos, et Michael Vaughn. Tous ont la mauvaise surprise d'apprendre que cette cellule est dirigée, sur demande de la CIA, par Arvin Sloane. Le but est de profiter des contacts et de l'expérience du vieil homme pour la réussite des missions qui leur sont confiées. Bien sûr, bien des membres de la CIA sont réticents à travailler avec lui, en particulier Sydney. Mais on fait comprendre à Sydney que la direction de la CIA n'est pas dupe, et les membres de l'APO ont également à charge de surveiller Sloane. Un des accords passés avec la CIA stipule en outre que ce dernier n'a pas le droit de s'impliquer dans les missions menées dès que celles-ci concernent de près ou de loin Rambaldi.
Sydney, à la suite des découvertes faites à la fin de la Saison 3, est à nouveau en froid avec son père. Elle a en effet découvert, par le biais du dossier détenu dans un coffre d'une banque en Suisse, qu'il a ordonné l'exécution de sa mère Irina... Sydney finit par découvrir qui se cachait derrière le mystérieux Covenant - sa tante Elena Derevko, qui lutte secrètement contre Irina depuis des décennies afin de réaliser le plan ultime de Rambaldi. Finalement, Irina tue Elena. Mais à la fin de la saison, Sydney n'est pas encore au bout de ses surprises : Vaughn lui révèle que son vrai nom n'est pas Michael Vaughn quand soudain un « accident de voiture » l'empêche d'en dire davantage...
Sauf indication contraire ou complémentaire, les informations mentionnées dans cette section peuvent être confirmées par la base de données IMDb.
Sources : Annu Séries[1] et Le monde des Avengers[2]
Sydney est en mission dans un train pour récupérer un dangereux isotope radioactif auprès d'un certain Yuri Komarov. 72 heures plus tôt, elle tentait d'échapper à des criminels à Shanghai avec un autre agent. De retour à Los Angeles, l'espionne passe devant une commission menée par la directrice Hayden Chase. Cette dernière la transfère à Langley en Virginie dans un service a priori peu reluisant. Vexée et énervée, Sydney préfère donner sa démission. En réalité, Sydney intègre une nouvelle unité secrète chapeautée par Mme Chase. Initialement très motivée, Sydney déchante quand elle découvre que cette nouvelle division est dirigée par Arvin Sloane. Marcus Dixon, Jack Bristow et Michael Vaughn y sont également affectés. Cette nouvelle section, assez similaire au SD-6 est nommée APO, pour Authorized Personnel Only (« Réservé au Personnel Autorisé »).
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Cet épisode marque la première apparition d'Angela Bassett.
En Argentine, Sydney tente sans succès de convaincre sa sœur de venir à Los Angeles pour enquêter sur Roman Vadik (également responsable de la mort d'un collègue de Nadia). De retour à L.A., Sydney reçoit la visite de son père. Elle est toujours très remontée contre lui en raison des informations découvertes dans la banque à Wittenberg. Elle révèle peu après à Vaughn le contenu du coffre : des informations sur sa mère Irina Derevko notamment l'autorisation d'exécution signée par Jack Bristow en personne. Marshall Flinkman se fait recruter par la toute nouvelle section secrète APO et rejoint ainsi toute l'équipe. Ils partent rapidement en mission à Londres pour voler un sabre de samouraï. Celui-ci sert ensuite pour un échange à Bruxelles puis pour localiser Kazu Tamazaki. Sydney et son père se rendent ensuite à Rio de Janeiro pour rencontrer Tamazaki. Ce dernier révèle à Sydney qu'un contrat sur sa tête a été mis par Irina Derevko. Nadia finit par accepter l'offre de rejoindre l'APO.
Sydney, Vaughn, Dixon et Marshall sont en mission dans une banque aux Bahamas. De retour à Los Angeles, Sydney organise une petite soirée chez elle pour l'anniversaire Eric Weiss. Ce dernier tombe sous le charme de Nadia. Alors que Nadia fait ses débuts à l'APO et doit passer à une évaluation auprès de Jack Bristow. Sydney et l'équipe partent en mission en Andalousie sur les traces d'un certain Bishop et d'une arme informatique, le Valta. Alors que la CIA est sur place pour le détruire, Weiss découvre que Vaughn et Sydney sont toujours espions, au sein d'une branche secrète. Nadia sauve Sydney et tue Bishop car Jack lui a fait croire qu'il avait tué Irina Derevko.
À Damas, Sydney et l'APO ont rendez-vous avec un homme voulant vendre à la CIA une toute nouvelle arme biologique, le Cryo 5. L'homme a avalé l'échantillon et meurt cryogénisé et éparpillé en mille morceaux. De son côté, Vaughn est marqué par des visions de Lauren Reed. Sydney et son équipe partent au Monténégro pour récupérer l'arme. Elle s'infiltre dans un hôpital où elle travaille pour Kiera MacLaine.
Une bombe électromagnétique très dangereuse est volée à Kostroma. Sydney et Michael Vaughn partent en mission en Russie dans le "village de la liberté", conçu comme une réplique d'une ville américaine typique. Anciennement utilisés par le KGB, les lieux servaient à entraîner des espions devant infiltrer les États-Unis. Se faisant passer pour un couple, ils doivent y débusquer le voleur. Le village abrite maintenant des tueurs et terroristes. Sydney et Vaughn sont accueillis par Tom qui va les tester en profondeur. Pour en savoir plus sur ce groupuscule criminel, Arvin Sloane demande Jack Bristow de reprendre contact avec Alexei Vasilevich, ancien supérieur d'Irina Derevko.
À l'université d'Amsterdam, une professeure agrégée d'anglais, Nancy Cahill, se suicide après avoir eu des visions. C'était en réalité un agent du gouvernement américain. Sydney et Jack se rendent sur place pour en savoir plus ainsi que pour retrouver le mari de Nancy, Jason, lui aussi agent. Sydney se fait agresser par le mari de Nancy. Celui-ci la mord au cou avant d'être abattu par Jack. À son retour à Los Angeles, Sydney est elle-aussi assaillie de visions d'horreur. Cela serait dû à une toute nouvelle drogue de synthèse rendant très violent. Malgré son état instable, Sloane renvoie Sydney en mission à Bucarest, malgré les réticences de Marcus Dixon, pour rencontrer "le Comte".
À Irkoutsk en Sibérie, Michael Vaughn rencontre un agent russe nommé Anatoly Grodsky, qui a des informations sur un prototype révolutionnaire d'explosif appelé "Thorine noire". Il se fait tuer par des soldats russes avant que Sydney intervienne pour aider Vaughn. De retour à Los Angeles, Sydney tombe nez à nez avec Sloane, venu rendre visite à sa fille Nadia. Sydney demeure très agressive et rancunière envers son ancien chef au SD-6. Elle trouve du réconfort auprès de Dixon. L'APO doit retrouver l'ampoule contenant le produit. Sydney et ses collègues partent en mission à Monaco pour retrouver l'acheteur de l'explosif.
Conformément aux règles qu'il doit respecter, Sloane passe momentanément la main à Jack Bristow à la tête de l'APO, car une mission implique une personne particulière : Anna Espinosa. Cette dernière était une ancienne espionne russe que Sydney pensait morte. Anna découvre que l'APO est sur ses traces. Elle capture Nadia et force Sydney à récupérer à sa place un colis à Bruxelles auprès d'un homme. En échange, l'homme lui demande d'assassiner un certain Willem Karg.
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Cet épisode marque le retour d'Anna Espinosa, apparue dans les épisodes 3, 4 et 8 de la saison 1.
Nadia a été grièvement blessée lors de la traque d'Anna Espinosa, qui lui a tiré dessus en Estonie. La fille d'Arvin Sloane est plongée dans le coma, entre la vie et la mort. À l'APO, Sloane interroge Julian Sark pour en savoir plus sur le groupe terroriste FRC qui détient toujours la bombe volée par Anna. En échange, Sark exige de voir la tombe de Lauren Reed en compagnie de Michael Vaughn et même de voir son corps.
C'est La bientôt l'anniversaire de Nadia, qui rechigne à le fêter. La division doit retrouver "l'index", une arme numérique dérobée dans les locaux de la CIA à Sarajevo. Ils doivent avant cela dérober un décodeur situé dans des locaux de la police à Paris. Dixon découvre par ailleurs que Sloane a menti à propos de Sarajevo. Il découvre un lien possible avec Miles Devereaux, ancien de l'Alliance et du SD-3. Dixon fait part de son inquiétude auprès de Sydney et de leur supérieure, Hayden Chase. Mais cette dernière refuse de le prendre au sérieux. De son côté, Michael Vaughn rend visite à son oncle David qui est dans le coma. Une infirmière lui remet une enveloppe qui appartenait à son père Bill Vaughn. De retour de Paris, Dixon poursuit ses investigations sur Sloane. Sydney profite de l'anniversaire de sa demi-sœur pour fouiller le domicile de Sloane. Nadia la surprend dans le bureau.
Sydney et Vaughn rentrent d'une mission à Paris où ils devaient récupérer une arme auprès d'un certain Connelly. Mais un homme le tue avant de se suicider. Ce dernier agissait pour le compte de Sasha Korjev. De son côté, Vaughn se confie à Weiss à propos de ses doutes sur la mort de son père. Jack Bristow part en mission officieuse à Madagascar pour retrouver Korjev, qu'il a connu dans le passé. De son côté, Sydney est en mission dans une boîte de nuit de Salzbourg appartenant à Korjev. Elle y approche un civil américain nommé Sam Hauser et employé dans la discothèque, pour s'introduire dans des locaux secrets. Vaughn se rend à San Diego pour en savoir plus sur son père. Il y rencontre un homme ayant servi avec lui au sein de la CIA. Jack poursuit quant à lui ses investigations en Angola.
Nadia se remémore plusieurs moments difficiles de son passé, notamment en 1992 quand elle s'échappe en pleine nuit de son orphelinat de Buenos Aires ou sa rencontre avec Roberto Fox qui la recrutée comme espionne... Vaughn révèle à Sydney ses soupçons quant à la mort de son père. Il a analysé des notes manuscrites de son père et demande à Sydney de l'aider à étudier les archives de la CIA. La section enquête sur le criminel argentin Cesar Martinez. Nadia l'a déjà croisé dans le passé. Sydney et son équipe partent à Minsk dérober un PDA.
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Cet épisode montre des flash-backs sur la jeunesse de Nadia et introduit le personnage d'Elena Derevko.
Sydney est en mission à La Havane pour interroger un mystérieux informateur à propos d'un disque dur révélant les plans d'un projet d'attentat de la Troisième Faction. Une fois sa mission terminée, Sydney téléphone et discute avec Vaughn. Mais son chauffeur est abattu et Sydney est capturée par le terroriste Ulrich Kottor. Pendant ce temps, le disque dur a été ramené au sein de l'APO. L'examen de l'objet déclenche une explosion et la libération d'une arme chimique inconnue, plus tard identifiée comme du cyclosarin. Toute la division est alors confinée et Dixon est gravement touché. Marshall, qui n'était pas sur place, va tenter d'aider ses collègues coincés dans les locaux de l'APO. Sydney parvient à les contacter par téléphone mais révèle qu'elle est bloquée dans un cercueil enterré dans un cimetière cubain en compagnie du corps de son informateur. Marshall se rend sur place et va faire son possible pour la localiser à temps. Ils partent ensuite à Berlin sur les traces d'Ulrich Kottor.
Vaughn fait un cauchemar à propos de la mort de son père Bill, qui travaillait également pour la CIA. Il continue secrètement ses recherches avec un mystérieux mot, nightingale. Dans la République de Sakha en Sibérie, un homme meurt dans une centrale nucléaire, tué par une arme moléculaire. Pour aider Vaughn, Sydney se rapproche de son père. Grâce au niveau d'accréditation de Jack, elle parvient à découvrir que nightingale est un projet secret du scientifique russe, le Dr Josef Vlachko. Jack Bristow et Arvin Sloane cachent au reste de l'équipe qu'ils en savent en réalité bien plus sur cette affaire. Sydney et Vaughn partent en mission secrète à Munich pour en savoir plus sur un certain Hans Dietrich. Ils parviennent à lui dérober son disque dur et le rapportent à Los Angeles. Vaughn reçoit alors un mystérieux appel d'un informateur qui lui donne rendez-vous à la bibliothèque de UCLA. L'interlocuteur prétend avoir des informations sur le père de Michael. L'homme, qui dit s'appeler Roberts, lui demande de dérober une bobine liée au projet Nightingale, en échange de renseignements. Sydney et Michael révèlent ensuite ce qu'ils savent à l'APO. Ils gardent cependant certains éléments secrets. Sydney, Jack et Vaughn se rendent ensuite en Sibérie pour appréhender Vlachko et récupérer la bobine. Alors que Sydney et Vaughn recherchent l'objet, Jack interroge secrètement Vlachko pour savoir où se trouve Elena Derevko. Vaughn s'enfuit avec la bobine...
Vaughn est toujours porté disparu depuis qu'il a dérobé à l'APO la bobine du projet Nightingale. Sloane met la pression à Sydney pour le faire revenir et en savoir plus. À Paris, Vaughn retrouve Roberts, le mystérieux informateur qui doit lui faire des révélations sur son père. Il découvre des photos prouvant que son père serait bien vivant. Nadia reçoit un appel de sa tante Katya Derevko, emprisonnée sur le sol américain. Elle lui rend visite et l'interroge sur sa mère, Irina. Pour en savoir plus, Vaughn doit participer à un braquage avec Roberts et son équipe. Jack envoie Dixon en mission secrète à Darmstadt pour assurer le transport d'un manuscrit de Rambaldi. C'est ce convoi que va braquer Roberts et son équipe, avec l'aide de Vaughn. De son côté, Nadia révèle à Sydney qu'elle a vu Katya. Sa demi-sœur lui avoue en échange que leur mère a voulu la tuer. Sydney a par ailleurs récupéré une boîte à musique révélant l'existence d'un compte bancaire secret au nom d'Arvin Sloane. Vaughn finit par apprendre que tout était faux — son père est bel et bien mort — et qu'il a été manipulé depuis le départ. Roberts prétend par ailleurs travailler pour Arvin Sloane. À Santiago, un homme, ressemblant à Arvin Sloane, se fait appeler "Monsieur Sloane" par l'un de ses hommes...
Le Dr Maggie Sinclair — spécialiste de l'électrodynamique quantique — se fait arrêter à l'aéroport de Cracovie. Elle est ensuite kidnappée par Carter, le bras-droit de « l'autre M. Sloane ». À l'APO, l'équipe interroge Roberts et lui demande d'identifier Arvin Sloane, censé être son commanditaire. Mais Roberts doute : l'homme qu'il voit lui ressemble mais pas réellement. Sydney et ses collègues découvrent alors l'existence d'un homme ressemblant très fortement à leur supérieur. Ils plaisantent en le surnommant « Arvin Clone » ou encore « Marvin Sloane ». Ils apprennent par ailleurs que l'homme est sur le point de construire la machine de Milo Rambaldi en forçant le Dr Sinclair à l'aider. Pour cela, « l'autre Sloane » a besoin de la fameuse bobine. L'APO demande à Roberts de prendre contact à lui pour lui faire croire qu'il a la bobine. L'échange a lieu dans un hôtel de Los Angeles. Roberts est tué lors de l'opération, alors que Carter récupère la bobine. Sydney croise par ailleurs « l'autre M. Sloane » et est frappée par la ressemblance, aussi bien sur le physique, le look ou la gestuelle. Pour poursuivre son enquête, le « vrai » Arvin Sloane doit renoncer à son vœu de s'éloigner de tout ce qui se rapporte à Rambaldi, ce qui fait peur à Nadia, qui a vu son côté sombre quand il est lié à Rambaldi. Toute l'équipe — y compris Sloane — se rend à Santiago où « l'autre M. Sloane » doit recevoir une importante livraison de Zanthium 242, élément chimique nécessaire à la machine. Sur place, ils parviennent à sauver le Dr Sinclair. Arvin Sloane se retrouve devant la machine et est subjugué. Il assassine avec violence Carter. Nadia arrive dans la pièce et voit son père, le visage recouvert du sang de sa victime.
Un homme fait exploser l'ambassade d'Indonésie à Copenhague. Il est revendiqué par un nouveau groupe terroriste. L'APO tente de reprendre contact avec l'agent Thomas Raimes, infiltré depuis des mois au sein de l'organisation terroriste et désormais suspecté d'avoir mal tourné. Sophia Vargas reprend contact avec Nadia, qui s'occupait d'elle à l'orphelinat. Sofia apparaît très faible et est hospitalisée à Los Angeles. De son côté, Jack Bristow suit un traitement spécial aupres du Dr Atticus Liddell après avoir été soumis aux radiations. Mais le spécialiste semble pessimiste sur ses chances de survie. Il développe plusieurs effets secondaires. Vaughn et Dixon partent en mission à Amsterdam pour localiser Raines ainsi que le leader du groupe terroriste, Milos Kradic. Raines leur apprend que l'organisation est sur le point d'acquérir une arme terrible fabriquée en Indonésie. Dixon se fait passer pour un hacker et s'infiltre aux côtés de Raines. De son côté, Sloane enquête sur Sophia. Sydney le découvre. Après mûres reflexions, Jack et Arvin décident d'informer Nadia et Sydney que leur mère Irina a une autre sœur nommée Elena. Elles ignorent cependant que cette mystérieuse n'est autre que Sophia Vargas.
Sydney est en mission dans une boite de nuit à Vienne, aux côtés de Marcus Dixon. Ce dernier est toujours infiltré auprès du terroriste Milos Kradic. Celui-ci veut récupérer une arme, baptisée Hydrosek, pouvant contaminer l'eau potable. L'homme à lunettes, travaillant pour Elena Derevko, fait irruption et une fusillade s'ensuit. De retour à Los Angeles, Sydney s'inquiète pour son père qui n'a plus donné signe de vie depuis plusieurs jours. Elle se rend à son domicile avec Michael Vaughn. Ils découvrent que Jack prend un traitement pour les radiations. Ce dernier revoit le Dr Atticus Liddell qui lui indique que son taux de globules blancs est anormal. De son côté, Elena tente de récupérer par tous les moyens l'Hydrosek, en utilisant son lien avec Nadia. Marshall finit par révéler à Sydney que son père a été contaminé lors de la mission en Sibérie. Toute l'APO se lance à sa recherche.
L'autre M. Sloane se rend dans un monastère d'adeptes de Rambaldi en Italie. Il y trouve un spécimen très particulier et rare d'orchidée qu'il propose d'acheter à prix d'or. Face au refus des moines, il assassine tout le monde. À Los Angeles, Jack Bristow va beaucoup mieux grâce au traitement du Dr Liddell. L'APO enquête sur le vol de l'orchidée. Vaughn, Marshall, Nadia et Dixon partent alors pour Paris où une vente aux enchères importante a lieu. Des documents sur Rambaldi y sont volés. Les agents parviennent cependant à capturer l'homme se faisant passer pour Arvin Sloane. Il est ramené dans les locaux de la division pour interrogatoire. L'homme est réellement persuadé d'être Sloane et connaît des choses précises notamment sur son lien avec Jack. Marshall remarque que son empreinte cérébrale est exactement la même que celle d'Arvin Sloane. Cela rappelle à ce dernier un ancien projet sur SD-6, Brainstorm, mené jadis par Calvin McCullough. Dixon et Vaughn apprennent de ce dernier que l'autre M. Sloane a bien été conditionné par ce programme.
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Cet épisode marque le retour d'Amy Irving dans le rôle d'Emily, la femme d'Arvin Sloane.
Jennifer Garner, actrice principale de la série, réalise ici pour la première fois un épisode de la série.
Des hommes armés font irruption dans les locaux du Département des Recherches Spéciales de la CIA et y dérobent tous les objets liés à Rambaldi. Alors que Vaughn s'entretient avec Jack Bristow, une perquisition a lieu dans les locaux de l'APO sur ordre de Hayden Chase. Celle-ci se rend en personne chez Nadia et Sydney pour fouiller leur domicile. Tous les soupçons se portent finalement sur Sophia Vargas, qui n'est autre qu'Elena Derevko.
18 mois plus tôt, dans une ambassade à Vienne, Jack Bristow retrouve Irina. Après un tendre moment, le père de Sydney lui tire une balle dans la tête et son corps tombe dans une piscine. Dans le présent, Sydney et son père se demandent si Irina est vraiment mort car Dixon est persuadé de l'avoir vue. Alors que l'APO est en état d'alerte à la suite de la trahison de Sloane, Vaughn n'a toujours pas fait sa demande à Sydney. À Sovogda en Russie, une immense sphère rouge apparaît dans le ciel. Il s'agirait de la machine de Mueller en lien avec Rambaldi. L'APO pense qu'Arvin Sloane et Elena Derevko en sont à l'origine. Sydney et Vaughn partent à Ibiza pour appréhender Lucien Nisard, un criminel anciennement lié à Irina Derevko. Nisard révèle qu'Irina aurait été copiée grâce au projet Helix et que c'est une "copie" que Jack a tué 18 mois plus tôt. La vraie Irina est ensuite localisée à Tikal au Guatemala. Sydney s'y rend avec Nadia et Jack. Les deux jeunes femmes parviennent à la retrouver. Les retrouvailles avec Jack sont très tendues. Irina révèle l'existence du manuscrit Il Diluvio de Rambaldi. Alors qu'ils voulaient tous se rendent en Russie, Hayden Chase ordonne qu'Irina soit arrêtée.
Sydney, Vaughn, Nadia, Jack et Irina sont parachutés à Sovogda en Russie où la machine de Mueller surplombe la ville. Les agents de l'APO veulent empêcher l'attaque de la machine par des missiles traditionnels. Ils doivent retrouver sur place des agents du DSR. Ils ne trouvent qu'un survivant, l'agent Brodien. Ce dernier leur apprend que l'eau a été contaminée et que la plupart des gens ont été infectés et ne plus que semblables à des mort-vivants.
Alors que l'équipe fuit via le métro, Nadia est attaquée par des infectés. Elle est séparée du reste du groupe qui croise alors Sloane. Ce dernier explique vouloir contrecarrer les plans d'Elena Derevko. Celle-ci parvient à capturer Nadia. Durant la mission, Sydney accepte la demande en mariage de Michael.
Alors qu'elle tente de désarmer la machine, Sydney est attaquée par Nadia, désormais infectée par Elena. Les demi-sœurs s'affrontent. Irina et Jack interrogent Elena pour savoir comment arrêter la machine. Alors que Nadia tente d'étrangler Sydney, Sloane lui tire dessus. Tout le monde tente de s'échapper alors que la sphère explose. Jack laisse ensuite Irina s'enfuir, avant l'arrivée de l'équipe d'exfiltration.
De retour à Los Angeles, Sydney donne des nouvelles de Nadia à Sloane, désormais incarcéré. La jeune femme est toujours en attente d'un antidote.
À Santa Barbara, Sydney et Vaughn partent en virée romantique. Il lui fait des révélations avant qu'une voiture ne les percutent violemment...