سید علی خامنه‌ای: تفاوت میان نسخه‌ها

سید علی خامنه‌ای
دومین رهبر ایران
دوره مسئولیت ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ – تاکنون
رئیس‌جمهور	اکبر هاشمی رفسنجانی سید محمد خاتمی محمود احمدی‌نژاد حسن روحانی
پس از	سید روح‌الله خمینی
سومین رئیس جمهور ایران
دوره مسئولیت ۱۷ مهر ۱۳۶۰ – ۱۲ مرداد ۱۳۶۸
نخست‌وزیر	میرحسین موسوی
رهبر	سید روح‌الله خمینی
پس از	محمدعلی رجایی
پیش از	اکبر هاشمی رفسنجانی
نمایندهٔ دوره اول مجلس خبرگان رهبری
دوره مسئولیت ۲۴ مرداد ۱۳۶۲ – ۱ اسفند ۱۳۶۹
حوزه انتخاباتی	استان تهران[۱]
اکثریت	۲٬۸۰۰٬۳۵۳ رأی (۸۸٪)[۲]
نمایندهٔ دوره اول مجلس شورای اسلامی
دوره مسئولیت ۷ خرداد ۱۳۵۹ – ۲۱ مهر ۱۳۶۰
حوزه انتخاباتی	تهران و ری و شمیران
اکثریت	۱٬۴۰۵٬۹۷۶ رأی (۶۵٫۱٪) نفرم ۵ام[۳]
سومین امام جمعهٔ تهران
دوره مسئولیت ۲۴ دی ۱۳۵۸ – تاکنون
گمارنده	سید روح‌الله خمینی
پس از	حسینعلی منتظری[۴]
معاون امور انقلاب وزیر دفاع
دوره مسئولیت ۳۱ تیر ۱۳۵۸[۵] – ۲ اسفند ۱۳۵۸[۶]
نخست‌وزیر	مهدی بازرگان کابینه موقت شورای انقلاب
وزیر	محمدتقی ریاحی مصطفی چمران
عضو شورای انقلاب اسلامی
دوره مسئولیت ۲۲ دی ۱۳۵۷ – ۲۶ تیر ۱۳۵۹
گمارنده	سید روح‌الله خمینی[۷]
اطلاعات شخصی
زاده	سید علی حسینی خامنه ۲۴ تیر ۱۳۱۸ (شناسنامه) ۲۹ فروردین ۱۳۱۸[۸] (۸۵ سال) مشهد، خراسان
ملیت	ایران
حزب سیاسی	حزب جمهوری اسلامی جامعه روحانیت مبارز
همسر(ان)	منصوره خجسته باقرزاده[۹][۱۰]
فرزندان	مصطفی، مجتبی (۱۳۴۸)، مسعود (۱۳۵۳)، میثم (۱۳۵۷)، بشری (۱۳۵۹)، هدی (۱۳۶۰)
محل تحصیل	حوزهٔ علمیهٔ مشهد حوزهٔ علمیهٔ قم
پیشه	سیاستمدار
تخصص	روحانی
هیئت دولت	دولت سوم دولت چهارم
خویشاوندان سرشناس	پدر: سید جواد خامنه‌ای برادران: محمد (۱۳۱۴)، هادی (۱۳۲۶)، حسن خواهر: بدری (همسر شیخ علی تهرانی)
امضا	پرونده:امضای آیت‌الله خامنه‌ای.png
وبگاه	khamenei.ir
خدمات نظامی
لقب(ها)	سیدعلی
وفاداری	ایران
خدمت/شاخه	سپاه پاسداران
سال‌های خدمت	(۳ آذر ۱۳۵۸–۵ اسفند ۱۳۵۸)
درجه	سرپرست فرماندهی کل سپاه[۱۱]

سید علی حسینی خامنه^[۱۲] (زادهٔ ۲۹ فروردین ۱۳۱۸،^[۸] مشهد) معروف به آیت الله سید علی خامنه‌ای، روحانی مسلمان، مجتهد، مرجع تقلید شیعی و امام جمعهٔ تهران^[۱۳] و دومین رهبر ایران است. طبق نظریه ولایت فقیه از وی بعنوان «مقام عظمای ولایت»، «ولی امر مسلمین جهان» و «رهبر معظم انقلاب» یاد می‌شود. وی طبق اصول ۱۰۷ و ۱۱۰ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، عالی‌ترین مقام کشور و فرمانده کل نیروهای مسلح محسوب می‌شود.^[۱۴] او رئیس بنیاد دائرةالمعارف اسلامی نیز هست.^[۱۵]

خامنه‌ای از ۴ سالگی در مکتب خانه شروع به تحصیل کرد. سپس به مدرسهٔ ابتدایی رفت و بعد از پایان تحصیلات ابتدایی وارد حوزهٔ علمیه شد. تحصیلات کلاسیک را نیز تا سال دوم متوسطه ادامه داد. او تحصیلات حوزوی خود را در حوزه‌های علمیهٔ مشهد، نجف و قم فرا گرفت. حدود ۱۸ سال داشت که از سید محمدهادی میلانی اجازه روایت را کسب کرده بود.^[۱۶]

خامنه‌ای در نوجوانی با سید مجتبی نواب صفوی طلبه و بنیان‌گذار و رهبر جمعیت فدائیان اسلام آشنا شد. به گفتهٔ خودش اولین جرقه‌های انگیزش انقلابی اسلامی توسط نواب صفوی در وی به وجود آمد.^[۱۷] نخستین دیدار وی با روح‌الله خمینی در سال ۱۳۳۶ش صورت گرفت.^[۱۸] آشنایی و دیدار با روح‌الله خمینی، باعث تقویت روحیهٔ انقلابی سیدعلی خامنه‌ای شد. او در سایه نهضت خمینی، به فعالیت‌های ضد حکومت پهلوی ادامه داد و در جریان این مبارزات، شش بار توسط حکومت پهلوی بازداشت شد. در سال ۱۳۵۶ ژاندارمری، او را به مدت سه سال به ایرانشهر تبعید کرد که با اوج‌گیری اعتراضات مردمی در سال ۱۳۵۷ این حکم بی اثر شده و وی به تهران بازگشت.^[۱۹]

پس از پیروزی انقلاب ایران در بهمن ۱۳۵۷، سید علی خامنه‌ای عضوی از شورای انقلاب، امام جمعه تهران، و معاون وزیر دفاع شد. پس از آن، یک دوره نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی و دو دوره رئیس جمهور ایران شد. بعد از مرگ روح‌الله خمینی در سال ۱۳۶۸ مجلس خبرگان او را به عنوان دومین رهبر ایران انتخاب کرد. او از سال ۱۳۷۳ به عنوان یکی از مراجع تقلید شیعیان مورد قبول جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اعلام شده^{[۲۰][۲۱][۲۲][۲۳]} اما برخلاف عرف، تا کنون به جای انتشار توضیح المسائل، تنها به انتشار استفتائات اکتفا کرده‌است.^[۲۴]

مجلهٔ فوربس خامنه‌ای را هجدهمین رتبه در فهرست قدرتمندترین افراد جهان در سال ۲۰۱۵ ارزیابی کرد.^[۲۵] اکبر گنجی در مجلهٔ فارن افرز می‌نویسد که خامنه‌ای از زمان رهبر شدنش تاکنون، از راه‌های متفاوتی برای افزایش نفوذش در بخش‌های مختلف نظام ایران پس از انقلاب استفاده کرده‌است.^[۲۶]

این مقاله بخشی از ر��ته مقالات دربارهٔ سیاست در ایران است
نظام جمهوری اسلامی ایران
قانون اساسی
رهبری رهبر سید علی خامنه‌ای مجلس خبرگان رهبری رئیس: محمدعلی موحدی کرمانی مجمع تشخیص مصلحت نظام رئیس: صادق لاریجانی
قوه مجریه رئیس‌جمهور مسعود پزشکیان معاون اول محمدرضا عارف هیئت دولت (فهرست) دولت چهاردهم جمهوری اسلامی ایران
قوه مقننه مجلس شورای اسلامی رئیس: محمدباقر قالیباف دیوان محاسبات کشور رئیس: احمدرضا دستغیب شورای نگهبان دبیر: احمد جنتی
قوه قضائیه رئیس غلامحسین محسنی اژه‌ای دیوان عالی کشور دادستان کل کشور: محمد موحدی آزاد دادگاه عالی انتظامی قضات دادگاه ویژه روحانیت دادگاه انقلاب
شوراهای عالی شورای عالی امنیت ملی دبیر: علی‌اکبر احمدیان شورای عالی انقلاب فرهنگی دبیر: عبدالحسین خسروپناه شورای عالی فضای مجازی دبیر: سید محمدامین آقامیری شورای عالی هماهنگی اقتصادی سران قوا دبیر: محسن رضایی
شوراهای انتخابی شهر و روستا • استان • شورای عالی استان‌ها
انتخابات ستاد انتخابات کشور • شورای نگهبان انتخابات‌های اخیر و آتی ریاست‌جمهوری: ۱۴۰۳ مجلس شورای اسلامی: ۰۳–۱۴۰۲ مجلس خبرگان رهبری: ۱۴۰۲ شوراهای اسلامی شهر و روستا: ۱۴۰۰
حزب‌ها خانه احزاب ایران اصول‌گرایان • اعتدال‌گرایان • اصلاح‌طلبان
درگاه ایران دیگر کشورها اطلس
ن ب و

سید علی خامنه‌ای در سال ۱۳۱۸ در مشهد به دنیا آمده‌است.^[۲۷][۲۸] در شناسنامه، تاریخ تولد وی ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ ثبت شده‌است که با ۱۶ژوئیهٔ ۱۹۳۹ برابر است، اما خود وی، تاریخ صحیح زادروز را ۲۹ فروردین ماه آن سال می‌داند.^[۲۹][۳۰]

جد بزرگ وی سید محمد حسینی تفرشی از سلسله سادات افطسی است. شجره وی به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف امام سجاد پیشوای چهارم شیعیان است.^[۳۱]عموی وی سید محمد خامنه‌ای از طرفداران جنبش مشروطه در ایران بوده‌است.^[۳۲]

پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین خامنه‌ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش اهل تفرش که به آذربایجان هجرت کرده‌بود.^[۳۳][۳۴] سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته حوزه علمیه نجف به شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه علمیه طالبیه تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است.^[۳۵]پدر وی سید جواد خامنه‌ای زاده نجف است. وی در کودکی از نجف به تبریز آمده‌است. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه، راهی مشهد می‌شود وی پس از هجرت علمی به نجف، در بازگشت به ایران در مشهد اقامت می‌گزیند و در کنار تدریس، به عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد فعالیت می‌کند. وی امام جماعت مسجد گوهر شاد نیز بود.^[۳۶]

مادرش خدیجه میردامادی^[۳۷] که متولد سال ۱۲۹۱ بود در سال ۱۳۶۸، تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی دربارهٔ مادرش چنین گفته‌است: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملاً آشنا بود».^[۳۸] او دختر هاشم میردامادی بود که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود. سید هاشم نجفی میردامادی از مفسدان قرآن و امام جماعت مسجد گوهر شاد بوده‌است که در زمان رضاخان به علت اعتراض به کشتار ناجوانمردانه مردم به سمنان تبعید می‌شود.^[۳۹]به گفته دائرةالمعارف اسلامی سلسله نسب آیت‌الله سید علی خامنه‌ای از سوی مادر به امام جعفر صادق پیشوای ششم شیعیان می‌رسد.^[۴۰] بنابر گفته برخی منابع، پدر بزرگ مادری رهبر ایران، زاده و بزرگ‌شدهٔ نجف و دانش‌آموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف و نیز از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجف‌آبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد و در مسجد جامع گوهرشاد سالیان بسیار امام جماعت بود و تفسیر قرآن می‌کرد و کتاب تفسیر قرآن خلاصةالبیان را نوشت.^[۴۱] شوهر عمه‌اش شیخ محمد خیابانی بود.^[۴۲]

سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر به نام‌های علویه، بتول و فاطمه داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر (بدری، همسر شیخ علی تهرانی) شد.^[۴۳][۴۴]

سید محمد برادر بزرگتر خامنه‌ای، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بوده و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. برادر کوچکترش سیدهادی نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد که بعداً به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد.^[۴۵][۴۶] خواهر تنی او بدری همسر شیخ علی تهرانی است. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت.^[۴۷][۴۸] کوچکترین برادر او، سید حسن، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت،^[۴۹] و عضو شورای پروانه نمایش است.^[۵۰]

سید علی خامنه‌ای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی ،مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است.^[۵۱][۵۲] بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزند محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است.^[۵۳] هدی، همسر مصباح‌الهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است.^[۵۴] مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده‌است.^[۵۵] مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت ازدواج کرده‌است و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی.^[۵۳] میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.^[۳۷]

او از دوران کودکی در خانواده‌ای فقیر پرورش یافت^[۵۶] و از چهار سالگی به همراه برادر بزرگش سید محمد به مکتبخانه و پس از مدتی به دبستانی اسلامی به نام دارالتعلیم دیانتی رفت و تحصیلش را تا اخذ مدرک دیپلم ادامه داد. در دورهٔ دبیرستان، خواندن جامع المقدمات و صرف و نحو را آغاز کرد. سپس از مدرسهٔ جدید وارد حوزهٔ علمیهٔ مشهد شد و نزد پدر و دیگر استادان وقت ادبیات و مقدمات را خواند. وی توانست تحصیلات خود در علوم دینی را در مدرسه سلیمان خان ادامه دهد و پس از رفتن به مدرسه نواب، توانست در آنجا دروس سطح را به پایان برساند. وی تحصیلات دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داده‌است.^[۵۷]

وی کتب ادبی از قبیل جامع المقدمات، سیوطی، مغنی را نزد مدرّسان مدرسهٔ سلیمان خان و نوّاب خواند. پدر نیز بر درس فرزندانش نظارت می‌کرد. کتاب معالم را نزد آیت‌الله سید جلیل حسینی سیستانی در همان دوره خواند. سپس شرایع الاسلام و شرح لمعه را مشترکاً نزد پدر و آقا میرزا مدرس یزدی آموخت و رسائل و مکاسب را در حضور شیخ هاشم قزوینی. بقیهٔ دروس سطح فقه و اصول را نزد خود پدر خواند و دورهٔ مقدمات و سطح را در پنج سال و نیم به اتمام رساند. در دروس خارج فقه آیت‌الله سید محمد هادی میلانی نیز شرکت جست.^[۵۸] در زمینهٔ منطق و فلسفه، کتاب منظومهٔ سبزواری را ابتدا از میرزا جوادآقا تهرانی و بعدها نزد شیخ رضا ایسی خواند.^[۵۹]

همچنین خامنه‌ای در سال ۱۳۸۸ پیشنهاد اخذ مدرک دکترای افتخاری را که از طرف اساتید و رئیس دانشگاه تهران مطرح شد را رد کرد و گفت:

این مسئله و ابراز محبت دانشگاهیان برای بنده افتخار است اما از پذیرش آن معذورم و اگر خدای کریم کمک کند به همان میثاق طلبگی متعهد و پایبند خواهم بود.^[۶۰]

سیدعلی خامنه‌ای، از شاگردان سید محمدهادی میلانی بود.^[۶۱]وی از طرف آیت‌الله میلانی اجازه روایت نیز دریافت کرده‌است.^[۶۲]

سید علی خامنه‌ای از سن هجده‌سالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد سید محمدهادی میلانی از مراجع وقت آغاز کرد. در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم و ابوالقاسم خویی و سید محمود شاهرودی بهره برد. او با مشاهدهٔ وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت، ولی به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت.^[۶۳]از دیگر اساتیدی که وی توانست پس از رفتن به نجف از محضرشان استفاده کند می‌توان به افرادی همچون میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی اشاره کرد.^[۶۴]

پس از آن از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزهٔ علمیهٔ قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه مشغول شد. وی همچنین در قم نزد استادانی همچون علامه طباطبایی، سید روح‌الله خمینی، سید محمد محقق داماد و شیخ مرتضی حائری یزدی کسب علم کرده‌است.^[۶۵] در سال ۱۳۴۳ یک چشم پدرش براثر بیماری آب مروارید نابینا شد. پس از آن به‌رغم علاقه‌اش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت و تا سال ۱۳۴۷ همان‌جا درس‌آموزی خود را با شرکت در دروس استادانی چون میلانی ادامه داد. در کنار آن به کتاب‌های فقه و اصول و معارف دینی به طلاب و دانشجویان می‌آموخت.^[۶۳]

به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای به عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و همکارش حجت‌الاسلام علی اکبر هاشمی رفسنجانی را به عنوان آیت‌الله معرفی کردند.^[۶۶]

سیدعلی خامنه‌ای در حال حاضر یک فقیه و مجتهد محسوب می‌شودو به صورت تدریجی به این درجه رسیده‌است.^[۶۷]

اجتهاد وی در سال ۱۳۶۹ یک سال پس از درگذشت خمینی و انتصاب وی به عنوان رهبری، توسط ۷ آیت‌الله به طور رسمی و عمومی تأیید شد.^[۶۸]

سید علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در سطوح عالی یعنی رسائل، مکاسب و کفایه را انجام می‌داده‌است. وی در طول جلسات درس تفسیری که برای علاقه‌مندان و طلاب برگزار می‌کرد توانسته بود تا اولین بارقه‌های اندیشه اسلامی در قرآن را استخراج کند و بنیان‌های تفکر اسلامی برای مبارزه با رژیم محمد رضا پهلوی را ترسیم کند. وی پس از انقلاب نیز در طول دوره ریاست جمهوری اش درس تفسیر را ادامه می‌داد. از سال ۱۳۶۹ به این سو وی تدریس دروس خارج فقه را تا کنون ادامه داده‌است.^[۶۹]

سابقه کنش‌های سیاسی وی برگرفته از سابقه خاندان اوست که زمینه‌ای سیاسی و مذهبی را فراهم ساخته بوند. اولین بارقه برای ورود وی به فعالیت سیاسی با دیدن نواب صفوی در مشهد آغاز شده‌است. سیدعلی خامنه‌ای خود را «از شاگردان فقهی، اصولی، سیاسی، انقلابی سید روح‌الله خمینی» می‌داند. گرچه اولین دیدار وی با روح‌الله خمینی در ۱۳۳۶ صورت پذیرفته اما شخصیت سیاسی روح‌الله خمینی در جریان طرح انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای سید علی هویدا می‌شود.^[۷۰]

همان وقت جرقه‌های انگیزش انقلاب اسلامی به وسیله نوّاب صفوی در من به وجود آمد و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد.

در سال ۱۳۳۱ هنگامی که نوّاب صفوی با عدّه‌ای از فدائیان اسلام به مشهد رفته‌بود و در مدرسهٔ سلیمان خان، سخنرانی‌ای پرهیجان کرد در موضوع احیای اسلام و حاکمیت احکام الهی، مخالفت با شاه و انگلیس و ادعای دروغگویی آنان به ملت ایران، سید علی یکی از طلبه‌های جوان همان مدرسه بوده‌است.^[۷۱]

علی خامنه‌ای در سال ۱۳۴۱ با پیوستن به نهضت خمینی، به مبارزه با حکومت پهلوی می‌پردازد. علی اکبر ولایتی وی را از نخستین افرادی می‌داند که قبل از قیام پانزده خرداد سال ۱۳۴۲ با خمینی همراه شده‌است.^[۷۲]

خامنه‌ای اولین بار در بیرجند دستگیر شد که این دستگیری منجر به ۱۰ روز بازداشت وی در بازداشتگاهی در مشهد شد. پس از اجرای همه پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، سید علی خامنه‌ای به همراه برادرش سید محمد، گزارشی از جانب آیت‌الله سید هادی میلانی دربارهٔ واکنش مردم مشهد به همه پرسی برای خمینی می‌برد. از این پس، خمینی وظیفه رساندن پیام‌هایش به روحانیون خراسان و مردم مشهد را به خامنه‌ای محول می‌کند. وی در منابر و مجالس برخی شهرهای خراسان همچون بیرجند، دربارهٔ مسائلی همچون حادثه حمله به مدرسه فیضیه قم و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی می‌کند. به دنبال این سخنرانی‌ها وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ش توسط حکومت پهلوی بازداشت و زندانی می‌شود.^[۷۳] با پیش آمدن حوادث ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، او را از بیرجند به مشهد آورده تحویل بازداشتگاه نظامی دادند و ۱۰ روز آنجا زندانیش کردند.^[۵۶][۷۴] وی پس از آزادی از زندان، ارتباط خود را با آیت‌الله میلانی حفظ کرده و راهی قم می‌شود و در آنجا فعالیت‌های سیاسی اش را ادامه می‌دهد. وی به طرفداری از سیدمحمود طالقانی، یدالله سحابی و مهدی بازرگان، که به دلیل حمایت از آیت‌الله خمینی زندانی بودند، تلگرامی برای این افراد می‌فرستد. او طلاب خراسانی را برای اعتراض به حصر خمینی هدایت کرد و نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست وزیر وقت، نوشت.^[۷۵]

بهمن ۱۳۴۲ (رمضان ۱۳۸۳ قمری) او با عده‌ای از دوستانش آهنگ کرمان کرد و پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانی و منبر و دیدار با عالمان و طلاب شهر، عازم زاهدان شد. در آن جا نیز به دلیل سخنرانی‌ها و فعالیت سیاسی بازداشت و راهی زندان قزل قلعه می‌شود. در اسفند همان سال با قرار التزام به عدم خروج از تهران آزاد می‌شود و تا زمان انقلاب ۵۷ همواره تحت کنترل نیروهای امنیتی حکومت وقت قرار دارد.^[۷۶]

به دلیل کلاس‌های تفسیر و حدیث و اندیشهٔ اسلامی وی در مشهد و تهران مورد تعقیب ساواک قرار گرفت. در پاییز سال ۱۳۴۳ پس از بازگشت به مشهد، در کنار مراقبت از پدر فعالیت سیاسی خویش را ادامه داد. در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به تبعید آیت‌الله خمینی در ضمن نامه‌ای خطاب به امیر عباس هویدا اعتراض کرد. وی به همراه عده‌ای دیگر از حوزویان گروه یازده نفره‌ای را شکل دادند که فعالیت شان مبارزه با رژیم پهلوی بود. این تشکیلات در اواخر سال ۴۵ توسط ساواک کشف می‌شود و سید علی خامنه‌ای نیز مورد تعقیب قرار می‌گیرد. در همین دوران سید علی به ترجمه کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام می‌کند. ساواک این کتاب را توقیف می‌کند ولی سید علی را نمی‌تواند بازداشت کند. وی مدتی پس از آن امامت جماعت مسجد امیرالمؤمنین را بر عهده داشت. به دنبال دستگیری آیت‌الله سید حسین قمی و اعتراض سید علی، ساواک در چهارده فروردین ۱۳۴۶ وی را در مراسم تشییع آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی دستگیر می‌کند و در ۲۶ تیرماه آزاد می‌شود.^[۷۷]

از نگاه ولایتی شیوه مبارزاتی سید علی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی گرایانه و مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت سید علی خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت آیت‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند.^[۷۸] در نهم شهریور ۱۳۴۹ علی‌رغم مخالفت مقامات امنیتی، سید علی به عنوان سرپرست گروه امداد راهی مناطق زلزله زده جنوب خراسان یعنی فردوس می‌شود. وی در این مدت نیز به فعالیت تبلیغی و سیاسی خویش ادامه می‌دهد.^[۷۹] وی تا اواخر دوران حکومت پهلوی، به سبب ممانعتی که از خروج وی برای زیارت عتبات و دیدار با آیت‌الله خمینی صورت گرفت از خروج از کشور ممنوع شد.^[۸۰]

وی دربارهٔ پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک می‌نویسد:^[۶۳]

از سال ۴۸ زمینهٔ حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاه‌های جاری رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانی نمی‌تواند با افرادی از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال ۵۰ مجدداً و برای پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهای خشونت‌آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان می‌داد که دستگاه از پیوستن جریان‌های مبارزهٔ مسلحانه به کانون‌های تفکر اسلامی به‌شدت بیمناک است و نمی‌تواند بپذیرد که فعالیت‌های فکری و تبلیغاتی من در مشهد و تهران از آن جریان‌ها بیگانه و به‌کنار است. پس از آزادی، دایرهٔ درس‌های عمومی تفسیر و کلاس‌های مخفی ایدئولوژی و… گسترش بیشتری پیدا کرد.

وی در ادامه فعالیت‌های مبارزاتی خویش، با بسیاری از مجامع روشنفکری در عرصه مبارزه ارتباط داشت. در سال ۱۳۴۸ سخنرانی‌هایی در مسجد الجواد تهران و حسینیه ارشاد تهران به دعوت مرتضی مطهری و انجمن اسلامی مهندسین برای دانشجویان و دانش آموزان داشت. وی همچنین در بهار سال ۱۳۴۹ سلسله جلساتی را برگزار کرد که ایده مبارزاتی ان مبتنی بر تدوین جان بینی و ایدئولوژی اسلامی بوده‌است. پس از در گذشت آیت‌الله سید محسن حکیم و حساس شدن موضوع مرجعیت در خرداد ۱۳۴۹، سید علی خامنه‌ای تلاش بسیاری برای تحکیم مرجعیت آیت‌الله خمینی کرد. پس از درگذشت محمد رضا سعیدی توسط ساواک، طلاب علوم دینی تحت هدایت وی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در انتقاد از رژیم پهلوی و حمایت از آیت‌الله خمینی پرداختند. در دوم مهر ماه ۱۳۴۹، ساواک مشهد وی را در زندان لشکر خراسان بازداشت می‌کند. وی پس از آزادی در سال ۱۳۴۹ شمسی باز هم سخنرانی‌هایی در مخالفت با رژیم در هیئت انصار الحسین تهران ایراد کرد.^[۸۱]

وی در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانی‌هایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد.^[۸۲]

به دنبال تحریم جشن‌های ۲۵۰۰ سال از سوی آیت‌الله خمینی و تشدید مراقبت‌های امنیتی ساواک، سید علی خامنه‌ای ابتدا در مرداد ۱۳۵۰ بازداشت شد و در همان زندان لشکر خراسان زندانی شد. وی در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد. یکی در آبان ماه و دیگری در آذرماه که جرم وی اقدام علیه امنیت ملی عنوان شده‌است؛ و ی پس از آزادی باز فعالیت‌های سیاسی خودش را در پیش گرفت و جلساتی را در هیئت انصار الحسین و مسجد نارمک برگزار می‌کرد.^[۸۳]

در خلال سال‌های ‎۱۳۵۰-۱۳۵۳ درس‌های تفسیر و ایدئولوژی سید علی خامنه‌ای در سه مسجد کرامت و امام حسن و میرزا جعفر در مشهد تشکیل می‌شد.^[۸۴] این فعالیت‌ها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ساواک به خانه‌اش در مشهد هجوم برده، او را دستگیر و بسیاری از یادداشت‌ها و نوشته‌هایش را ضبط کند. در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ سید علی عازم نیشابور می‌شود و جلساتی را در مساجد شهر نیشابور برگزار می‌کند. در خرداد ۱۳۵۲ جلسات تفسیر وی توسط ساواک در مسجد امام حسن و منزل وی تعطیل می‌شود. در آذر ۱۳۵۲ به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت مشهد، فعالیت خود را در آن جا دنبال می‌کند ولی توسط ساواک بازداشت می‌شود. در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح به سخنرانی در مسجد جاوید تهران می‌پردازد. وی در دی ماه ۱۳۵۳ برای ششمین بار بازداشت می‌شود و به زندان کمیته مشترک ضد خراب کاری در تهران منتقل می‌شود. بنابر گفته وی، دشوارترین و سخت‌ترین دوران حبس همین دوران بوده‌است؛ ولی در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد می‌شود.^[۸۵]

وی در این باره گفت:

سختی‌هایی که در این بازداشت تحمل می���کرد، فقط برای آنان که آن شرایط را دیده‌اند، قابل فهم است.

پس از آزادی از زندان، به مشهد برگشت و بازهم همان برنامه ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاس‌های سابق را به او ندادند.^[۶۳]

در اواخر سال ۱۳۵۶، نیروهای امنیتی پهلوی وی را دستگیر و به مدت ۳ سال به ایرانشهر تبعید کرد. در اواسط سال ۱۳۵۷ با اوج‌گیری مبارزات انقلاب ایران، از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد بازگشت.^[۸۶] به سبب فعالیت‌های مبارزاتی و سیاسی در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت‌وآمد قشرها مختلف به منزل وی شدیداً نیروهای امنیتی وی را تحت نظر داشتند. به دنبال کشتار مردم در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در یزد، نامه ای در حمایت از این حرکت منتشر کرد که در سراسر کشور به صورت اعلامیه پخش شد.^[۸۷] در ۲۸ تیر ماه ۱۳۵۷ در پی اعتراض طلاب حوزه علمیه مشهد به تبعید سید علی خامنه ای، مأموران انتظامی این حرکت را سرکوب کردند.^[۸۸]

به نظر ولایتی در دائرةالمعارف، فعالیت‌های انقلابی و مردمی سید علی خامنه ای سبب آن شده بود که محل تبعید وی به جیرفت نقل مکان پیدا کند. وی در ۲۲ مرداد به جیرفت تبعید شده‌است. وی در جیرفت نیز به فعالیت خود بر ضد رژیم ادامه داد و سخنرانی‌هایی در مسجد جامع ایراد کرد از جمله سخنرانی که در پانزدهم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت. وی علاوه بر نوشتن نامه به آیت‌الله دستغیب پیرامون حوادث کشور و مبارزه با رژیم پهلوی، راهکارهایی نیز ارائه می‌داد. وی در همین دوره برای فعالیت مبارزاتی علیه رژیم مخفیانه راهی کهنوج شد.^[۸۹]

در اول مهر ۱۳۵۷ از کهنوج راهی مشهد شد و روند ساماندهی امور انقلابی و مبارزه را ادامه داد. در هنگام اقامت آیت‌الله خمینی در فرانسه، اقامت وی را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم در دل مردم دانست و در نهایت خواستار بازگشت آیت‌الله خمینی از فرانسه بود.^[۹۰]

هنگام اقامت در مشهد فعالیت مبارزاتی وی شدت بیشتری به خود گرفت و سخنران ی‌هایی افشا گرانه را ایراد می‌نمود. آیت‌الله خمینی نیز با وی در ارتباط بود و خواستار ملاقات با وی و آیت‌الله صدوقی شده بود. سید علی خامنه ای در سخنرانی که در ورزشگاه سعد آباد مشهد ایراد کرد خواستار بازگشت آیت‌الله خمینی شد. به خاطر تشدید فعالیت‌های سیاسی در مشهد، قوچان، شیروان و بجنورد بار دیگر مأموران امنیتی وی را دستگیر کردند. از وی در اسناد ساواک به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده‌است. در خطبه شب عاشورا در حرم علی ابن موسی الرضا، بر خلاف سنت قبلی که دعایی برای محمد رضا پهلوی خوانده می‌شد وی خطبه را به نام آیت‌الله خمینی خواند و تظاهرات روز عاشورا در مشهد را نیز سامان دهی کرد. وی همچنین از جمله افراد معترض و متحصن به حمله مأموران رژیم وقت به بیمارستان شاهرضای مشهد یا امام رضای کنونی بود. وی همچنین در تظاهراتی که برای همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان در جلوی جمعیت حضور داشت و سعی کرد تا از کشتار مردم در ۱۰ دی ماه ۱۳۵۷ جلوگیری به عمل آورد. در ۲۲ دی ماه ۱۳۵۷ با فرمان آیت‌الله خمینی به عنوان یکی از اعضای شورای انقلاب اسلامی انتخاب شد لذا مشهد را ترک کرد و راهی تهران شد. وی پس از استقرار در مدرسه رفاه در آغاز پیروزی انقلابی اسلامی ایران، مسئول کمیته تبلیغات برای استقبال از آیت‌الله خمینی بود. وی همچنین در تحصن‌ها و نشر اعلامیه و قطعنامه‌هایی که علیه بسته شدن فرودگاه توسط بختیار صورت گرفته بود نقشی بسیار پر رنگ داشت. محل این تحصن‌ها عمدتاً دانشگاه تهران بود. وی پس از آن عمدتاً مسئول کمیته دفتر تبلیغات آیت‌الله خمینی بود و انتشار نشریه ای به نام امام را بر عهده گرفت و در آن نیز مقالاتی نگاشت.^[۹۱]

آیت‌الله خمینی پیش از بازگشت از پاریس به تهران او را در کنار مطهری و بهشتی و هاشمی رفسنجانی در شورای انقلاب منصوب کرد. هنگامی که مطهری پیام خمینی را بدو رساند از مشهد به تهران آمد.^{[نیازمند منبع]}

ازجمله فعالیت‌های او در این دوره عبارت اند از:^[۶۳]

رخدادها	سال
پایه‌گذاری و عضویت درحزب جمهوری اسلامی با همکاری و همفکری بهشتی و باهنر و هاشمی رفسنجانی و برخی دیگر در اسفند	اسفند ۱۳۵۷
معاونت وزارت دفاع	۱۳۵۸
سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی	۱۳۵۸
امام جمعهٔ تهران	۱۳۵۸
نمایندهٔ مردم تهران در مجلس شورای اسلامی	۱۳۵۸
نمایندهٔ سید روح‌الله خمینی در شورای عالی دفاع	۱۳۵۹
حضور در جبهه‌ها با شروع جنگ ایران و عراق	۱۳۵۹
ترور نافرجام[۹۲] آسیب دائمی در ناحیه دست در پی حادثه[۹۳]	ششم تیرماه ۱۳۶۰[۹۴]

پس از انقلاب اسلامی، آیت‌الله خمینی در ۱۵ بهمن ۱۳۵۷ مهدی بازرگان را به نخست‌وزیری دولت موقت انتقالی برگزید. پس از تسخیر سفارت آمریکا در تهران در آبان ۱۳۵۸ دولت موقت استعفا کرد.^{[نیازمند منبع]}

با پذیرش این استعفا از آبان ۱۳۵۸ تا بهمن همان سال (روی‌هم‌رفته به مدت سه ماه) ادارهٔ کشور را به شورای انقلاب سپردند. در این سه ماه سید علی خامنه‌ای سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت. او سپس برای کاندیداتوری در انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.^[۹۵]

در اردیبهشت ۱۳۵۹ با کسب ۶۵٫۸۰ درصد از مجموع ۲٬۱۳۴٬۴۳۴ رای^[۹۶] بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان، علی اکبر معین فر، در حوزهٔ انتخابیهٔ تهران پنجم شد و به اولین دورهٔ مجلس شورای ملی پس از انقلاب راه یافت.^[۹۵]

در ضبط صوتی بزرگ که بر میز سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران بمب کار گذاشتند. به واسطه نوشته داخل ضبط صوت، رهروان فرقان که بازماندهٔ گروه فرقان بودند را عامل این بمب گذاری دانسته‌اند، این بمب ۶ تیر ۱۳۶۰ هنگام سخنرانی او منفجر شد. البته بمب کامل عمل نکرد. امام جمعهٔ تهران و نمایندهٔ خمینی در شورای‌عالی دفاع، از این سوءقصد که ممکن بود به مرگ وی بینجامد، جان سالم به در برد ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشره در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.^{[نیازمند منبع]}

احمد قدیریان این ترور را کار جواد قدیری و سازمان مجاهدین خلق می‌داند. البته گزارش روزنامهٔ کیهان در شماره فردای ترور در داخل ضبط صوت نوشته شده‌بود: «هدیهٔ گروه فرقان». اعضای گروه فرقان پس از ترورهای سال ۱۳۵۸ دستگیر و اعدام شده‌بودند اما برخی از پیروان آنها گروه رهروان فرقان را تأسیس کردند و قاسم اسلامی و سید علی خامنه‌ای را ترور کردند. ایرج مصداقی عاملان ترور را ایرج افشاری و اروج امیرخان‌زاده معرفی کرده‌است.^[۹۷] مرکز اسناد انقلاب اسلامی نیز این ترور را کار بازماندگان گروه فرقان می‌داند با این تفاوت که نام عامل اصلی را امیرمسعود تقی‌زاده می‌داند.^[۹۸][۹۹]

سید علی خامنه‌ای در انتخابات مهرماه ۱۳۶۰ به مقام ریاست جمهوری رسید. در این انتخابات ۴۲ نفر از ۴۶ نامزد رقیب وی در این انتخابات رد صلاحیت شدند و تا حدود زیادی مشخص بود که نامزد اول مورد حمایت نظام، حجت‌الاسلام خامنه‌ای است.^[۱۰۰] او در این انتخابات که با مشارکت ۷۵٪ی مردم برگزار شد که از دو انتخابات پیش بیشتر بود، ۹۵٪ رای‌ها را به دست آورد که تا کنون بیشترین است.^{[نیازمند منبع]}

خمینی، در مورد ریاست‌جمهوری او گفته‌است:

ما از سر ناچاری چون آدم نداشتیم به ورود یکی از روحانیون به عرصهٔ اجرایی و انتخابات آقای خامنه‌ای، رای دادیم، وگرنه هر زمانی که آدم صالح و مورد اعتمادی پیدا کنیم، ایشان باید به جایگاه اصلیش یعنی مسجد بازگردد.^{[۱۰۱][نیازمند منبع]}

در انتخابات سال ۱۳۶۴ نیز، بسیاری از رقیبان خامنه‌ای از جمله نامزدان نهضت آزادی یعنی مهدی بازرگان و ابراهیم یزدی و احمد صدر حاج‌سیدجوادی، رد صلاحیت شدند. او بار دیگر با کسب ۸۵٪ رای در سمت ریاست‌جمهوری ماند.^{[نیازمند منبع]}

مهدی بازرگان، دربارهٔ رد صلاحیت خود در این انتخابات گفته‌است:

چون حاکمیت می‌دید که ممکن است ما در انتخابات حائز اکثریت باشیم، چنین تصمیمی گرفت^[۱۰۰]

از جمله سمت‌ها در این دوران:^[۶۳]

• ریاست شورای انقلاب فرهنگ، ۱۳۶۰
• ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، ۱۳۶۶

پس از درگذشت خمینی، خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را به‌عهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» برگزیدند.^{[نیازمند منبع]}

پیش از درگذشت خمینی، حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده‌بود. در سال پایانی رهبری او و همزمان با درگیری وی با نظام، او را از این سمت برکنار کردند. البته مسئلهٔ قائم مقامی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود.^{[نیازمند منبع]}

در ابتدا، شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. سپس گلپایگانی در مجلس خبرگان به رای گذاشته شد که اجماع حاصل نگردید. سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که شامل ۷۲ درصد کل اعضا بودند، به رهبری سید علی خامنه‌ای رای دادند.^[۱۰۲]

در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای‌گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.^[۱۰۳] در زمان انتخاب وی به رهبری، در قانون اساسی پیش‌بینی شده‌بود، که رهبر باید مرجع (دارای صلاحیت افتاء و مرجعیت) باشد.^{[نیازمند منبع]}

انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت. بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت. هاشمی رفسنجانی به نقل از خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.^{[نیازمند منبع]}

خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:

معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند^{[۱۰۴][۱۰۵]}

در سال ۱۳۷۶، آیت‌الله حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن انتخاب خامنه‌ای را مطرح کرد.^[۱۰۶] وی دربارهٔ مرجعیت خامنه‌ای گفت:

اینکه آمدند در شب بعد از فوت آیت‌الله اراکی، عده‌ای بچه راه انداختند در خیابان جلوی جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‌اندازند؛ بعد هم سه چهار نفر از تهران آمدند و اصلاً (کسانی که ایشان را می‌گفتند) هفت هشت نفر بیشتر نبودند و به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزو کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. بنابر این مرجعیت شیعه را مبتذل کردند، بچه گانه کردند، با یک عده بچه اطلاعاتی که راه انداختند! اینها مصیبتهایی است که ما در این کشور می‌بینیم.^[۱۰۷]

احمد آذری قمی نیز با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد.^{[۱۰۸][۱۰۹]}

در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای با وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است.^[۱۱۰]

حسین سلیمانی از محافظان شخصی روح‌الله خمینی در کتاب خاطراتش از توجه بنیانگذار جمهوری اسلامی به خامنه‌ای گفته‌است:^[۱۱۱]

امام عنایت خاصّی به آیت‌الله خامنه‌ای داشتند. هر موقع که آقای خامنه‌ای به جبهه یا جای دیگر سفر می‌کردند، امام درصدد بودند که زنگ بزنند و از احوال ایشان جویا شوند. در بین کسانی که به دیدار امام می‌آمدند، تنها آقای خامنه‌ای بودند که اجازه داشتند با ماشین تا دم در حسینیّهٔ جماران بیایند. مابقی افراد در هر پُست و مقامی که بودند، نهایتآ تا «سه‌راه بیت» با ماشین می‌آمدند و بقیّهٔ مسیر را که حدود پنجاه متر بود، پیاده طی می‌کردند. در زمان ملاقات‌های بزرگ در حسینیّهٔ جماران که شخصیّت‌های طراز اوّل هم حضور می‌یافتند و شلوغ می‌شد، امام سفارش کرده بودند که آقای خامنه‌ای را از در مخصوصی وارد کنند؛ لذا آقای خامنه‌ای با ماشین تا نزدیکترین جای ممکن می‌آمدند و بعد پیاده می‌شدند و از داخل بیت امام و حیاط اندرونی عبور می‌کردند و در جلسهٔ ملاقات حضور می‌یافتند.

طبق بررسی‌های نشریهٔ فوربیس، سیدعلی خامنه‌ای هجدهمین فرد قدرتمند دنیا در سال ۲۰۱۵ و تنها فرد ایرانی است که جزو صد مرد قدرتمند دنیا قرار گرفته‌است.^[۱۱۲] قبل از این، او ۲۶اُمین انسان قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و ۲۱اُمین در سال ۲۰۱۲ میلادی^[۱۱۳] بوده‌است.^[۱۱۴]

در سریال معمای شاه به کارگردانی محمدرضا ورزی در بخش‌هایی از داستان، به مبارزات سیدعلی خامنه‌ای در جریان‌های مربوط به حکومت پهلوی و انقلاب اسلامی پرداخته شده‌است. در این سریال علیرضا مهران، نقش سید علی خامنه‌ای در آن دوران را بازی می‌کند. این سریال محصول شبکهٔ یک صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران است.^[۱۱۵]

موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور منتشر کرد.^[۱۱۶] مقاله اینچنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ آیت‌الله خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود مؤسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند،^[۱۱۷] در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است.^{[۱۱۸][۱۱۹]}

در مستندی از بزرگمهر شرف الدین در شبکه بی‌بی‌سی فارسی، آنچه خامنه‌ای را از اکثر رهبران و حاکمان تاریخ معاصر ایران متمایز کرده‌است، نگاه منطقی او به سیاست است.^[۱۲۰]

سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای سخنرانی خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد ۱۳۸۸^[۱۲۱] که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد. اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.^{[۱۲۲][۱۲۳]}

دیری نبایست که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.^[۱۲۴]

او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:

شما در زمان امام راحل عظیم الشان، رئیس شورای عالی قضائی بودید و من رئیس‌جمهور. در آن زمان که متولی قوهٔ قضائیه شما بودید به دستور رهبر فقید انقلاب، مخالفان نظام اعدام می‌شدند. اکنون من دستور نداده‌ام مخالفان نظام را اعدام کنند، آنها را فقط زندانی کرده‌اند، حالا شما به این هم اعتراض می‌کنید؟!^{[۱۲۵][۱۲۶]}

در پی حوادث سال ۸۸ او را در سال ۲۰۰۹ دانشگاه اسلو دیکتاتور سال شناخت.^[۱۲۷]

در سال ۱۳۹۰ پس از انتشار اسنادی که جزئیات آن پس از یک سال و نه ماه پس از دیداری با نمایندگان اصولگرای مجلس داشته‌است، به مجلس توصیه کرده‌است که قوهٔ قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آنها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.^[۱۲۸]

پس از انتخابات، چند تن از دستگیر شدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجهٔ زندانیان نیز شده‌است. پس از این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.^[۱۲۹]

در دومین حمله به کوی دانشگاه (حملهٔ نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد.^[۱۳۰] وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.^[۱۳۱]

در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، سیدعلی خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.»^[۱۳۲]

سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های سید علی خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر تئوری توطئه و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود.^[۱۳۳]

خامنه‌ای معتقد است که توهم توطئه، خود یک توطئه است.^[۱۳۴] به عقیدهٔ خامنه‌ای انکار دشمنی‌های آشکار آمریکا با نظام و ملت ایران، توطئه‌ای است برای کاهش حساسیت‌ها در مقابل شیطان بزرگ.^[۱۳۵]

به نظر سعید برزین، خامنه‌ای رابطه حکومت و مردم را اساساً غیر مذهبی و بر اساس یک «قرارداد اجتماعی» تعریف کرده‌است.^[۱۳۶] هر چند روحانیان دست راستی در ایران قائل به چنین قراردادی نیستند.^[۱۳۶]

سید علی خامنه‌ای، رهبر کنونی نظام جمهوری اسلامی ایران، معتقد است:

اختیارات ولی فقیه در صورت تعارض با اراده و اختیار مردم، بر اختیارات و تصمیمات مردم، مقدم و حاکم است.^{[۱۳۷][۱۳۸]}

او عقیده دارد در نظام تحت ولایت او ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند:^[۱۳۹]

مراد از ولایت مطلقه فقیه جامع‌الشرایط، این است که دین حنیف اسلام که خاتم ادیان آسمانی و باقی تا روز قیامت است، دین حکومت است و دین اداره شئون جامعه، پس در این حکومت چاره‌ای جز این نیست که تمام طبقات جامعه، یک ولی امر و حاکم شرع و رهبر داشته باشند، تا امت اسلام را از شر دشمنان اسلام و مسلمین حفظ کند و با جلوگیری تعدی قوی بر ضعیف، عدالت را در سیاست جامعه برپا دارند و وسایل پیشرفت فرهنگی، سیاسی و شکوفایی اجتماعی را فراهم سازد و چه بسا این کارها با خواسته‌ها، مطامع، منافع و آزادی بعضی اشخاص در تضاد باشد.^[۱۳۹]

از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست،^[۱۳۹] بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایره این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش رود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آنرا مخالف با آنچه که او «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامند، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است:^[۱۳۹]

همچنین بر حاکم مسلمین پس از عهده‌دار گردیدن وظیفه مهم رهبری واجب است، که عنداللزوم دست به اقدامات مناسب بزند و باید خواسته و صلاحدید حاکم مسلمین در مواردی که به مصالح عامه اسلام و مسلمین مربوط می‌شود، برخاسته و صلاحدید عامه مردم، مقدم گردد.

به گفته حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ در برابر گفته عده‌ای که سخنان او را «فرمایش» می‌دانند، آن‌ها را «دستور» دانست و از مسوولان حکومتی گلایه کرد که بدان‌ها عمل نمی‌کنند.^[۱۴۰]

در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد.^[۱۴۱]

در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود.^[۱۴۲] این طرح چندی پیش در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.^{[نیازمند منبع]}

تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیر شده و به زندان افتاده‌اند.^{[۱۴۳][۱۴۴][۱۴۵]} مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.^[۱۴۶]

سید علی خامنه‌ای بر این باور است، که به جای تأکید بر ایران قبل اسلام، باید بر ایران بعد از اسلام تأکید شود زیرا به عقیدهٔ او افتخارات ایران بعد از اسلام برجسته تر از افتخارات ایران قبل از اسلام است.^{[نیازمند منبع]}

او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های دیلمی، سلجوقی و صفوی با پیشرفت‌های ایران قبل اسلام، قابل مقایسه نیست.^[۱۴۷]

خامنه‌ای تعداد زیادی کتاب رمان و شعر خوانده‌است.^[۱۴۸] وی به شعر و ادبیات روسی علاقه‌مند است. میخاییل شولوخف و الکسی تولستوی از نویسندگان مورد توجه وی هستند.^[۱۴۸] وی سعی داشته همه ساله گپ و گفتی دوستانه با شاعران داشته باشد، برگزاری شب شعرهای نیمه رمضان که توسط خامنه‌ای برگزار می‌شود، تبدیل به یک آیین فرهنگی شده‌است که احتمالاً حاکی از علاقه وی به شعر و ادبیات است.^[۱۴۸] ولی برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که بموجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند.^[۱۴۸] گاهی در این جلسات شاعرانی از تاجیکستان، هند و افغانستان نیز حضور یافته‌اند.^[۱۴۸]

او از نوجوانی کتاب‌های مختلف و رمان‌های ایرانی و خارجی بسیاری مطالعه کرده‌است.^[۱۴۹] و نگاه بسیار حرفه‌ای به رمان دارد.^{[۱۵۰][۱۵۱]}

او در هنگامی که در شهر مشهد حضور داشته در انجمن‌های ادبی حاضر می‌شده و اشعاری نیز دارد. تخلص وی در اشعاراش امین است.^[۱۵۲]

او اعتقاد دارد انقلاب، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.»^[۱۵۳]

معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است.^[۱۵۴] خامنه‌ای همچون خمینی و منتظری تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. عرف عام دربارهٔ موسیقی معیاری مبهم و متغیر است. چون تأثیر یک قطعه موسیقی بر شنوندگان مختلف و حتی بر شنونده واحد همیشه ثابت و یک دست نیست.^[۱۵۴] وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائه معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده که این گونه تفکیک نیز ناممکن است چون آنچه محتوا و شکل و در نتیجه، تأثیر یک اثر موسیقیایی را تعیین می‌کند، آهنگسازان و نوازندگان هستند و نه سازها.^[۱۵۴]

خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود دربارهٔ زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او دربارهٔ زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده‌است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد.^[۱۵۵]

در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند.^[۱۵۶] به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به شمار می‌رود.^[۱۵۷] او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است.^[۱۵۸]

ارزش راستین زن با این سنجیده می‌شود که او چه میزان محیط خانواده را برای همسر و فرزندانش همانند بهشت می‌کند.^[۱۵۶]

همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و جداسازی جنسیتی می‌شود.^[۱۵۶] سرکوب زنان از راه کنترل پوشش هر سال توسط گشت‌های ارشاد اعمال می‌شود و زنان ناچار به بر سر گذاشتن حجاب می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد.^[۱۵۹] در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون مجله زنان بود.^[۱۵۶]

بنا بر ادعای ابوالحسن بنی‌صدر که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در جریان جنگ ایران و عراق و در نبرد کرخه کور در جبهه جنگ حضور یافته ولیکن فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است.^[۱۶۰] خود خامنه‌ای در جلسه مجلس شورای اسلامی می‌گوید: «شانزدهم [دی ماه] هم تا حدود ساعت سه تا سه و نیم بعد از ظهر من بودم که آقای بنی صدر هم بود و نیروهای ما به تدریج شروع کردند به ضربت خوردن. یعنی نیروهای عراقی، نیروی کمکی بزرگی به کمکشان آمد و نیروهای ما را از پهلو مورد هدف قرار دادند که این برای ما قابل محاسبه نبود، و محاسبه نشده بود برای نیروهای ما و دستگاه اطلاعاتی ما، این بود، که نیروهای ما شروع کردند به عقب‌نشینی کردن… و همه آن ساعت بینی و بین الله تلاش می‌کردند، یعنی من آن کسانی را که مسئولان سطح بالا هستند، نظامی یا غیرنظامی نیافتم که تلاش نکنند. البته در آن ساعت که من آمدم آقای بنی صدر نبود. یا غذا می‌خورد یا نماز می‌خواند یا خوابیده بود، به هر حال نبود. یکی دو ساعتی، لکن بعد که آمدیم، ایشان بوده آنجا حدود چند ساعت هم آنجا بود و نیروهای ما وقتی منهدم شدند، ایشان آنجا بود، شاهد بود و بعداً آمده بود برای ما نقل می‌کرد. علی‌أی‌حال، در هویزه که بچه‌های ما شهید شدند، من به طور قطع نفی نمی‌کنم، ولی من به هیچ وجه از کسانی یک تعلل عمدی، سستی عمدی، خیانت خدای نکرده مشاهده نکردم.»^[۱۶۱] از سوی دیگر سایت مشرق نیوز ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است. همچنین سخنان خامنه‌ای علیه بنی‌صدر در مجلس نه در پاسخ نمایندگان سؤال کننده از وی در مورد فرار از جنگ، بلکه در جریان جلسه رای عدم کفایت در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ می‌باشد.^[۱۶۲]

حسین علایی بی تجربگی و عدم برنامه‌ریزی درست برای رزمندگان سپاه پاسداران و نیز ناهماهنگی در عقب‌نشینی نیروها را عامل شکست می‌داند و می‌گوید: «عقب‌نشینی سریع واحدهای لشکر ۱۶ در این عملیات، آسیب روحی زیادی به رزمندگان وارد نمود و آنها را دچار یأس و سردرگمی کرد.»^[۱۶۳] در خاطرات علی صیاد شیرازی، فرمانده نیروی زمینی ارتش در زمان جنگ، نیز ذکر شده در سال نخست جنگ قرارگاه مشترکی برای هماهنگی نیروهای عملیاتی ارتش و سپاه وجود نداشته است.^[۱۶۴]

در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در آلمان، که به پرونده ترور میکونوس رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی کمیته امور ویژه جمهوری اسلامی را، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد.^[۱۶۵]

مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.»^[۱۶۶]

پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند. ایران نیز در پاسخ به این حرکت اتحادیه اروپا، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد.^{[نیازمند منبع]}

که تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت.^{[۱۶۷][۱۶۸]}

این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت.^[۱۶۹] صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابانهای آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.^[۱۷۰]

نشریه نیویورک تایمز، مدعی است، که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایه وزارت اطلاعات ایران که درسال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی دربارهٔ خامنه‌ای صادر نکرد^[۱۷۱] ... و نیز مقامات ایرانی مدعی هستند که، تاکنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی صهیونیستها و آمریکا تلقی می‌کنند.^[۱۷۲]

در دوران رهبری خامنه‌ای بر ایران، این کشور شاهد ورود فناوری‌های نوین ارتباطی همانند اینترنت بود. با اینکه جمعیت زیادی از جوانان ایران به اینترنت دسترسی دارند، خدمات اینترنت در این کشور با محدودیت‌هایی روبرو است که اغلب از سوی نهادهای مرتبط با رهبر اعمال می‌شوند.^[۱۷۳] به گفته احمد علم‌الهدی، خامنه‌ای مخالف بالا بردن سرعت اینترنت در ایران است و برای مقابله با آن دستور داده‌است.^[۱۷۴]

با این حال دفتر خامنه‌ای در فضای مجازی فعالیت دارد و علاوه بر اداره یک سایت اینترنتی بسیار فعال و به لحاظ فنی پیشرفته، بر روی شبکه‌های اجتماعی فیس بوک،^[۱۷۵] توییتر و اینستاگرام نیز حضور دارد.^{[۱۷۶][۱۷۷]} به باور خامنه‌ای استفاده از فیس بوک در شرایطی که موجب «مفسده، تقویت دشمنان اسلام یا خوف ارتکاب گناه» نباشد بلامانع است.^[۱۷۸]

سید علی خامنه‌ای در طی سال‌های ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۴ نامه‌هایی را برای جوانان جهان غرب و به طور خاص جوانان اروپا و آمریکای شمالی فرستاد. خطاب به جوانان اروپا و آمریکای شمالی و عموم جوانان در کشورهای غربی سر تیتر نامه‌های وی بودند که به ۵۲ زبان دنیا ترجمه شد.^{[۱۷۹][۱۸۰][۱۸۱]}

خامنه‌ای تاکنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران توسط دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌شوند.^[۱۸۲]

بعضی مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها نورالدین کیانوری، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش مریم فیروز پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به «خانه امن» منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند.^[۱۸۳]

پس از فوت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، حسینعلی منتظری که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت:

آقای خامنه‌ای شما که در شان و حد مرجعیت نیستید… آیت‌الله مؤمن (عضو شورای نگهبان) به من گفت یکی از این آقایان (نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در دفتر استفتائات) می‌رود در دفتر ایشان در قم می‌نشیند و مسائل را مطابق نظر آقای خامنه‌ای جواب می‌دهد به ایشان گفتم ایشان که رساله ندارد، شما چگونه فتوا را بر طبق نظر ایشان جواب می‌دهید؟ گفت ما روی تحریر امام [خمینی] جواب می‌دهیم! گفتم مردم آخر مسئله ایشان را می‌خواهند، گفت: می‌گویند ایشان فتوایش مثل فتوای امام است، ما روی تحریر امام جواب می‌دهیم! خوب این معنایش مبتذل کردن مرجعیت شیعه نیست؟^[۱۸۲]

این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در اواسط دوره دوم دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های رسمی ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «شیخ ساده‌لوح» و عامل غرب و ضد انقلاب می‌نامیدند. آیت‌الله منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری سید علی خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت.^[۱۸۴]

پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سؤال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نوری‌زاد و خزعلی هر دو بارها توسط نیروهای اطلاعاتی دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار گرفتند.^[۱۸۵] در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد.^[۱۸۶]

در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبسایت رسمی سید علی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند … رهبری پس از هفت روز درتاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شدند.» عمل جراحی پروستات رهبر ایران با موفقیت انجام شد.^[۱۸۷]

فلسطین از منظر آیت‌الله خامنه‌ای[۱۸۸] طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن از ژرفای نماز گفتاری در باب صبر چهار کتاب اصلی علم رجال ولایت پیشوای صادق وحدت و تحزّب هنر از دیدگاه آیت‌الله خامنه‌ای اجوبة الاستفتائات درست فهمیدن دین عنصر مبارزه در زندگی ائمه روح توحید نفی عبودیت غیر خدا ضرورت بازگشت به قرآن سیره امام سجاد امام رضا و ولایتعهدی[۱۸۹] تهاجم فرهنگی حدیث ولایت یاد و یادگار[۱۹۰] جهاد خودکفایی[۱۹۱] دشمن شناسی[۱۹۲] جلوه اهل خراسان[۱۹۳] احکام روزه[۱۹۴] مروری بر مبانی، روش و قواعد تفسیری[۱۹۵]

• صلح امام حسن، تألیف راضی آل یاسین.
• آینده در قلمرو اسلام، تألیف سید قطب.^[۱۹۶]
• مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، تألیف عبدالمنعم نمری نصری.
• ادعانامه علیه تمدّن غرب، تألیف سید قطب.

• ولی مجدد یا رهبر احیاگر

این کتاب را شیخ نعیم قاسم معاون دبیرکل حزب‌الله لبنان نوشته‌است.^[۱۹۷]

• فتوای هسته‌ای از منظر حقوق بین‌الملل^[۱۹۸]

این کتاب را جابر سیوانی زاد در مورد فتوای سید علی خامنه‌ای در مورد برنامه هسته‌ای ایران از منظر حقوق بین‌الملل نگاشته‌است.^[۱۹۹]

• ولایت فقیه
• مرجع تقلید
• حوزه علمیه خراسان
• رهبر ایران

• آبراهامیان، یرواند (۱۳۹۳). کودتا. ترجمهٔ محمدابراهیم فتاحی. تهران: نشر نی. شابک ۹۷۸-۹۶۴-۱۸۵-۳۴۲-۸.
• شیرازی، علی (۱۳۸۵)، پرتوی از خورشید، ص. صفحهٔ ۲۰۸ پارامتر |چاپ= اضافه است (کمک)
• سرژ میشل و پائولو وودز (۲۰۱۰)، «رهبر»، قدمت روی چشم، ترجمهٔ لاله پویا، پاریس: برنارد گراسهنگهداری یادکرد:تاریخ و سال (رده)
• دفتر نشر و حفظ آثار آیت‌الله خامنه‌ای (۱۸ خرداد ۱۳۸۸)، روزنامه همشهری، ش. شماره ۴۸۵۳، ص. صفحه ۱۷ پارامتر |عنوان= یا |title= ناموجود یا خالی (کمک); از |مقاله= صرف‌نظر شد (کمک)

• رهبر انقلاب در جبهه‌های جنگ tarikhirani.ir
• وبگاه رسمی دفتر رهبری
• وبگاه مرکز نشر آثار آیت‌الله خامنه‌ای
• زندگی‌نامه برگرفته از وبگاه رسمی
• همه نامه‌های باراک اوباما به آیت‌الله خامنه‌ای بی‌بی‌سی فارسی
• سید علی خامنه‌ای دائرةالمعارف بزرگ اسلامی