TMEM260

TMEM260
Identifikatori
Aliasi	TMEM260
Vanjski ID-jevi	OMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 GeneCards: TMEM260
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 14 (čovjek)[1] Bend 14q22.3 Početak 56,488,354 bp[1] Kraj 56,650,606 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 14 (miš)[2] Bend 14|14 C1 Početak 48,683,581 bp[2] Kraj 48,761,703 bp[2]
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	54916	218989
Ensembl	ENSG00000070269	ENSMUSG00000036339
UniProt	Q9NX78	Q8BMD6
RefSeq (mRNK)	NM_017799	NM_172600 NM_001310584
RefSeq (bjelančevina)	NP_060269	NP_001297513 NP_766188
Lokacija (UCSC)	Chr 14: 56.49 – 56.65 Mb	Chr 14: 48.68 – 48.76 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

TMEM260 je protein koji jr kod ljudi kodiran genom TMEM260 . TMEM260 poznat je i kao UPF0679, c14orf101 i FLJ0392, a njegova funkcija još uvijek nije dovoljno poznata.^[5][6]

TMEM260 se nalazi na traci 22.3, na kratkom (p) krku ljudskog hromoaoma 14. Genomska sekvenca započinje na 56.955.072 bp i završava na 57.117.324 bp, a veličina enoma je 162.253 bp. Veličina iRNK za TMEM260 je 4.278 bp. i sastoji se od 15 egzona.^[6]

Ta-Shma et al. (2017) klonirali su dvije glavne varijante prerade ljudskog TMEM260 koje su se razlikovale po 5-prim-egzonu. Analizom baze podataka identificirali su moguće dodatne varijante prerade TMEM260. Dva glavna transkripta kodiraju zaključene proteine od 707 i 409 aminokiselina. Obje izoforme imaju po pet predviđenih transmembranskih domena i DUF2723 domen, ali duža izoforma ima C-terminalni domen upredene zavojnice, koja nedostaje u kratkoj izoformi. RT-PCR analiza pokazala je ekspresiju dvba glavna transkripta u mozgu, srcu, bubrezima, jetri, plućima, gušterači i posteljici, ali ne i u skeletnim mišićima. U mišjim transficiranim ćelijama Neuro2a, duga izoforma bila je eksprimirana u citoplazmi, s koncentracijom blizu plazmamembrane, dok je kraća izoforma bila uglavnom perijedarna. Činilo se da je TMEM260 gotovo sveprisutan tokom evolucije kičmenjaka.

U črtero oboljele djece iz dvije nepovezane porodice srodnika sa strukturnim srčanim mahanama i sindromom bubrežnih anomalija (SHDRA), Ta-Shma et al. (2017) identificirali su homozigotnost za besmislenu mutaciju (Q465X) i 4-bp deleciju u genu TMEM260.

U susjedstvu TMEM260 postoje još četiri gena. Dva leže uzvodno od TMEM260, uključujući LINC00520, koji je dugi intergenski gen protein nekodirajuče RNK, gen 520 i PELI2 koji je gen dvije ubikvitinske proteinske ligaze pelino E3. Dolje nizvodno je jedan pseudogen, RPL36AP1 i gen OTX2, koji je ortodentni homeoboks gen 2.^[7]

TMEM260 sadrži jedan konzervirani domen, DUF2723. Domen DUF2723 je konzerviran unatrag do bakterija i njegova funkcija nije poznata.

TMEM260 je konzerviran u mnogim vrstama. Ortolozi mogu naći se u svim eukariotima, kod Viridiplantae, gljiva, protista, bakterija i eubakterija. Još nisu pronađeni paralozi.^[8]

Postoje dvije poznate izoforme za TMEM260, koje se proizvode alternativnom preradom. Njihovi uniprot ID-ovi su Q9NX78-1 i Q9NX78-2. Izoforma 1 sastoji se od svih 707 aminokiselina u cijeloj proteinskoj sekvenci, koja se sastoji od 15 egzona. Izoform 2 je spojen na aminokiselinu 286 sa 3' krajnjim, tako da u sekvenci sadrži samo prvih sedam egzona. Teška je samo 30.707 Da.^[6]

Dužina polipeptidnog lanca je 707 aminokiselina, a molekulska težina 79.536 Da.^[9]

Simboli

Protein TMEM260 sastoji se od 707 aminokiselina s predviđenom molekulskom težinom od 79.536 Da. Protein ima izoelektričnu tačku od 8,4. TMEM260 je membranski protein s više prolaza koji uključuje osam spiralnih transmembranskih domena.^[5][6]

Aminokiselinska sekvenca za TMEM260 je visoko konzervirana u sisara, sa približno 86% do 100% sličnosti sekvence. Ptice, žabe i gušteri također imaju visok stepen sličnosti sa sekvencom ljudskog TMEM260, sa sličnostima između 76% i 83%. Ribe imaju sličnosti u sekvenci između 56% i 66%. Alge imaju oko 52% sličnosti sekvenci, dok diatomeje imaju samo 39%. Iako sisari sadrže vrlo visok stupanj sličnosti sekvenci, a druge životinje pokazuju prilično visok stupanj sličnosti, druge vrste, poput algi, diatomeje i bakterije imaju praznine i krnji 3' kraj. Segment sekvence TMEM260 koji je visoko konzerviran u organizmima još u vrijeme algi, dijatomeja i bakterija je konzervirani domen DUF2723.^[10][11]

Protein TMEM260 prolazi kroz nekoliko različitih tipova posttranslacijskih modifikacija. Tu spadaju N-kraj acetilacija, N-glikozilacija i fosforilacija.^[12]

Ta-Shma et al. (2017) izvijestili su da zebricin tmem260 kodira jedan protein koji odgovara dugoj izoformi ljudskog TMEM260. Koristeći morfolinose koji blokiraju translaciju, otkrili su da je obaranje tmem260 u 3,5 dana postfertilizacije (dpf) zebrici smanjilo veličinu optičke tekte i broj intertektnih neurona, koji služe kao zamjena za veličinu glave, odnosno corpus callosum. Koinjekcija duge izoforme ljudskog TMEM260 i, u manjoj mjeri, kratke izoforme, značajno je spasila ove abnormalnosti. Primijetili su da je destrukcija tmem260 također rezultirala perikardnim edemom, defektom bubrežne filtracije i tupim prsnim perajama na dozno ovisan način, kao i smanjenom bubrežnom konvolucijom pri visokim dozama. Međutim, autori nisu uspjeli spasiti ove fenotipove pa se nisu mogli uvjeriti u njihovu specifičnost. Delecija tmem260 putem CRISPR/Cas9 rezultirala je sličnim nedostacima kod zebrice od 3,5 dpf.^[13]