LUC7L
| LUC7L | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | LUC7L | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 607782 MGI: 1914228 HomoloGene: 100558 GeneCards: LUC7L | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 16: 0.19 – 0.23 Mb | Chr 17: 26.47 – 26.5 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Navodni RK-vezujući protein Luc7-oliki 1 je protein koji je kod ljudi kodran genom LUC7L.[5]
Gen LUC7L može predstavljati heterohromatinski gen sisara, koji kodira navodni RNK-vezujući protein sličan podjedinici kvaščevog kompleksa Luc7p za spajanje U1 snRNP koji je obično potreban za izbor mjesta zapet spojeva.[5]
Mapiranje
[uredi | uredi izvor]Analizom genomske sekvence, Tufarelli et al. (2001) mapirali su gen LUC7L na centromernu stranu klastera alfa-globina, na hromosomu 16, regija p13.3. LUC7L se transkribuje prema telomerama u suprotnoj orijentaciji od gena alfa-globina. Interspecifičnom hibridnom analizom i analizom genomske sekvence mapirali su mišji Luc7l na hromosomu 17, odvojeno od klastera mišjih alfa-globina, na hromozomu 11.[6]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 371 aminokiselinu, a molekulska težina 43.728 Da.[7].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSAQAQMRAL | LDQLMGTARD | GDETRQRVKF | TDDRVCKSHL | LDCCPHDILA | ||||
| GTRMDLGECT | KIHDLALRAD | YEIASKERDL | FFELDAMDHL | ESFIAECDRR | ||||
| TELAKKRLAE | TQEEISAEVS | AKAEKVHELN | EEIGKLLAKA | EQLGAEGNVD | ||||
| ESQKILMEVE | KVRAKKKEAE | EEYRNSMPAS | SFQQQKLRVC | EVCSAYLGLH | ||||
| DNDRRLADHF | GGKLHLGFIQ | IREKLDQLRK | TVAEKQEKRN | QDRLRRREER | ||||
| EREERLSRRS | GSRTRDRRRS | RSRDRRRRRS | RSTSRERRKL | SRSRSRDRHR | ||||
| RHRSRSRSHS | RGHRRASRDR | SAKYKFSRER | ASREESWESG | RSERGPPDWR | ||||
| LESSNGKMAS | RRSEEKEAGE | I |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Koristeći nekoliko tehnika, Tufarelli et al. (2001) klonirali su LUC7L, koristeći ukupnu RNK iz ćelijske linije eritroleukemije. Identifikovali su nekoliko alternativno prerađenih varijanti. Najduži protein sadrži 371 aminokiselinu i homologan je proteinu Luc7 S. cerevisiae. LUC7L ima N-terminalnu konzerviranu regiju praćenu C3H cinkovim prstom, domenom upredene zavojnice, cinkovim prstom koji veže R2 za C2H2, dva preklapajuća bipartitna signala jedarne lokalizacije i C-terminalni RS/RE (bogat argininom-serinom) i motiv bogat argininom-glutamatom). Northern blot analiza, u svim ispitivanim tkivima otkrila je po dva prevladavajuća transkripta od oko 3,5 i 2,5 kb. Otkriveno je nekoliko dodatnih transkripata od 1,4 do 1,6 kb. Relativne ekspresija prerađenih izoformi varirals je unutar i između tkiva.
Funkcija gena
[uredi | uredi izvor]Nasljedni ljudski genetički poremećaji obično su uzrokovani mutacijama koje remete kodirajuće sekvence gena ili njegove konzervirane, lokalne cis-djelujuće sekvence, uključujući promotore ili signale za obradu iRNK. Mnogo rjeđe se ekspresija gena reguliše nasljednim delecijama udaljenih regulatornih elemenata koji se mogu nalaziti i do 100 kb uzvodno ili nizvodno od gena kojima oni kontroliraju (Kleinjan i van Heyningen, 1998). Tufarelli et al. (2003) opisali su novi mehanizam ljudske nasljedne bolesti.[8][9] U slučaju alfa-talasemije otkrili su da je jedinstvenom delecijom uklonjeni gen HBA1 i gen HBQ1 i postavljeni u susjedstvo regiji koja je obično približno 18 kb nizvodno od klastera ljudskog alfa-globina strukturno normalnog gena alfa-2-globina odraslih (HBA2). Delecija kod ovog pacijenta sa alfa (–) -talasemijom, označena kao ZF, nije uklonila nijednu pozitivnu cis-djelujuću sekvencu (Barbour et al., 2000), ali je ekspresija strukturno netaknutog gena alfa-globina stabilno utihnula tokom razvoja , a njegovo ostrvo CpG bilo je gusto metilirano i neosjetljivo na endonukleaze, u području od približno 2 kb.[10]
Ove epigenetičke promjene nisu povezane s bilo kakvim promjenama u vremenu replikacije ili nuklearnom kompartmentalizacijom abnormalnog alela. Delecija nije uticala na ostala CpG ostrva povezana sa genima koji prate bok klasteru alfa-globina. Tufarelli et al. (2003) pokazali su da je kod pogođene osobe, u transgenom modelu i u diferencijaciji embrionskih matičnih ćelija, transkripcija antisens RNK posredovana utišavanjem i metilacijom povezanog ostrva CpG. Gen LUC7L transkribira se iz suprotnog lanca u alfa-globinske gene. Transkripti antisens RNK bili su upleteni u utišavanje i metilaciju CpG ostrva povezana s nekim preko majki utisnutim genima i sa Xist (314670), koji je uključen u inaktivaciju X-hromosoma.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000007392 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000024188 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Entrez Gene: LUC7L LUC7-like (S. cerevisiae)".
- ^ Tufarelli, C., Frischauf, A.-M., Hardison, R., Flint, J., Higgs, D. R. Characterization of a widely expressed gene (LUC7-LIKE; LUC7L) defining the centromeric boundary of the human alpha-globin domain. Genomics 71: 307-314, 2001. [PubMed: 11170747
- ^ "UniProt, Q9NQ29". Pristupljeno 7. 7. 2021.
- ^ Kleinjan, D.-J., van Heyningen, V. Position effect in human genetic disease. Hum. Molec. Genet. 7: 1611-1618, 1998. [PubMed: 9735382
- ^ Tufarelli, C., Stanley, J. A. S., Garrick, D., Sharpe, J. A., Ayyub, H., Wood, W. G., Higgs, D. R. Transcription of antisense RNA leading to gene silencing and methylation as a novel cause of human genetic disease. Nature Genet. 34: 157-165, 2003. [PubMed]: 12730694
- ^ Barbour, V. M., Tufarelli, C., Sharpe, J. A., Smith, Z. E., Ayyub, H., Heinlein, C. A., Sloane-Stanley, J., Indrak, K., Wood, W. G., Higgs, D. R. Alpha-thalassemia resulting from a negative chromosomal position effect. Blood 96: 800-807, 2000. PubMed: 10910890
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Daniels RJ, Peden JF, Lloyd C, et al. (2001). "Sequence, structure and pathology of the fully annotated terminal 2 Mb of the short arm of human chromosome 16". Hum. Mol. Genet. 10 (4): 339–52. doi:10.1093/hmg/10.4.339. PMID 11157797.
- Tufarelli C, Frischauf AM, Hardison R, et al. (2001). "Characterization of a widely expressed gene (LUC7-LIKE; LUC7L) defining the centromeric boundary of the human alpha-globin domain". Genomics. 71 (3): 307–14. doi:10.1006/geno.2000.6394. PMID 11170747.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Goehler H, Lalowski M, Stelzl U, et al. (2004). "A protein interaction network links GIT1, an enhancer of huntingtin aggregation, to Huntington's disease". Mol. Cell. 15 (6): 853–65. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.016. PMID 15383276.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.