Idi na sadržaj

EF-šaka

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
EF-šaka
Struktura recombinantnog kalmodulina Paramecium tetraurelia.[1]
Identifikatori
SimbolEfhand

EF-šaka je heliks–petlja–heliksni strukturni domen ili motiv koji se nalazi u velikoj porodici kalcij-vezujućih proteina.

Motiv EF-šake sadrži topologiju heliks–petlja–heliks, slično kao rašireni palac i kažiprst ljudske šake, u kojoj su ioni Ca2+ koordinirani ligandima unutar petlje. motif je dobio ime po tradicijskoj nomenklaturi koja se koristi za opisivanje proteina parvalbumina, koji sadrži tri takva motiva i vjerovatno je uključen u opuštanje mišića putem svoje kalcij-ovisne aktivnosti.

EF-šaka sastoji se od dva alfa heliksa povezana kratkom regijom petlje (obično oko 12 aminokiselina) koja obično vezuje kalcijewve ione. EF-šake se također pojavljuju u svakom strukturnom domenu proteina za ćelijsku signalizaciju kalmodulina i u mišićnom proteinu troponin-C.

EF-šakin Ca2+ bvezujući motiv
  • Kalcijev ion koordiniran je u pentagonskoj bipiramidnoj konfiguraciji. Šest ostataka uključenih u vezivanje su na pozicijama 1, 3, 5, 7, 9 i 12; ovi ostaci su označeni sa X, Y, Z, –Y, –X i –Z. Invarijantni Glu ili Asp na poziciji 12 daju dva kisika za ligandiranje Ca (dvozubi ligand).
  • Kalcijev ion vezan je i za atome proteinske kičme i za bočni lanac aminokiselina, posebno onih kiselih aminokiselinskih ostataka aspartata i glutamata. Ovi ostaci su negativno nabijeni i jmaju interakciju naboja s pozitivno nabijenim ionom kalcija. Motiv EF-šake bio je među prvim strukturalnim motivima čiji su zahtjevi sekvence detaljno analizirani. Pet ostataka petlje vezuju kalcij i stoga imaju jaku prednost za bočne lance koji sadrže kisik, posebno aspartat i glutamat. Šesti ostatak u petlji je nužno glicin, zbog konformacijskih zahtjeva kičme. Preostali ostaci su tipski hidrofobni i formiraju hidrofobno jezgro koje vezuje i stabilizuje dvije spirale.
  • Nakon vezivanja za Ca2+, ovaj motiv može pretrpjeti konformacijske promjene koje omogućavaju Ca2+-regulirane funkcije kao što se vidi u efektorima Ca2+ kao što su kalmodulin (CaM) i troponin C (TnC) i Ca2+ puferi kao što su kalretikulin i kalbindin D9k. Dok većina poznatih proteina koji vezuju kalcij EF-šake (CaBP) sadrži uparene motive EF-šake, CaBP s EF-šakama također su otkriveni i kod bakterija i kod eukariota. Osim toga, u brojnim bakterijama pronađeni su "motivi nalik na EF-šake". Iako svojstva koordinacije ostaju slična s kanonskim motivom heliks–petlja–heliks EF-šake od 29 ostataka, motivi nalik EF-šakama razlikuju se od EF-šaka po tome što sadrže odstupanja u sekundarnoj strukturi bočnih sekvenci i/ili varijacija u dužini Ca2+-koordinacijske petlje.
  • EF-šake imaju vrlo visoku selektivnost za kalcij. Naprimjer, konstanta disocijacije alfa parvalbumina za Ca2+ je ~1000 puta niža od one za sličan ion Mg2+.[2] Ova visoka selektivnost je zbog relativno krute geometrijske koordinacije, prisutnosti višestruko nabijenih bočnih lanaca aminokiselina na mjestu vezivanja, kao i svojstava rastvorljivosti iona.[3][4][5]

Predviđanje

[uredi | uredi izvor]
Sažetak potpisa motiva korištenih za predviđanje EF-šaka.
  • Pretraga uzorka (potpisa motiva) jedan je od najjednostavnijih načina za predviđanje kontinuiranih EF-šakinih Ca2+-vezujućih mjesta u proteinima. Na osnovu rezultata poravnanja sekvenci kanonskih motiva EF-šaka, posebno konzerviranih bočnih lanaca direktno uključenih u Ca2+ vezivanje, uzorak prosite/nicedoc.pl?PS50222 PS50222 generisan je za predviđanje kanonskih EF-šaknih lokacija. Serveri za predviđanje mogu se naći u odjeljku vanjskih linkova.

Klasifikacija

[uredi | uredi izvor]
  • Od razgraničenja motiva EF-šake 1973. godine, porodica proteina EF-šaka se do sada proširila na najmanje 66 potporodica. Motivi EF-šaka podijeljeni su u dvije velike grupe::
    • Kanonske EF-šake , kao što je kod kalmodulina (CaM) i prokariotski protein kaleritrin sličan CaM. Kanonska EF-ručna petlja sa 12 ostataka vezuje Ca2+ uglavnom preko karboksilata ili karbonila bočnog lanca (pozicije sekvence petlje 1, 3, 5, 12). Ostatak na osi –X koordinira Ca2+ jon kroz premošteni molekul vode. EF-ručna petlja ima bidentatni ligand (Glu ili Asp) na osi –Z.
    • Pseudo EF-šake se nalaze isključivo u N-krajevima proteina sličnih S100 i S100. Pseudo EF-ručna petlja sa 14 ostataka helatira Ca2+ prvenstveno preko karbonila u kičmi (pozicije 1, 4, 6, 9).

Dodatne tačke:

Filogenetsko stablo porodice proteina EF-šake
  • Proteini slični EF-u sa raznovrsnim bočnim strukturnim elementima oko Ca2+-vezujuće petlje su prijavljeni u bakterijama i virusima. Ovi prokariotski proteini nalik na EF-šakama su široko uključeni u signalizaciju Ca2+ i homeostazu u bakterija. Sadrže fleksibilne dužine Ca2+-vezujućih petlji koje se razlikuju od motiva EF-šaka. Međutim, njihova koordinacijska svojstva podsjećaju na klasične motive EF-šaka.
    • Naprimjer, polukontinuirano mjesto vezivanja Ca2+ u proteinu koji vezuje D-galaktozu (GBP) sadrži petlju od devet ostataka. Ion Ca2+ koordinira sedam proteinskih atoma kisika, od kojih je pet iz petlje koja oponaša kanonsku EF-petlju, dok su druga dva iz karboksilatne grupe udaljenog Glu.
    • Drugi primjer je novi domen pod nazivom Ekscalibur (venćelijski Ca2+-vezujući region) izoliran iz Bacillus subtilis. Ovaj domen ima konzerviranu Ca2+-vezujuću petlju sa 10 ostataka, zapanjujuće sličnu kanonskoj EF-šakioj petlji od 12 ostataka.
    • Raznolikost strukture bočne regije ilustrovana je otkrićem domena sličnih EF-u u bakterijskim proteinima. Naprimjer, heliks–petlja–lanac umjesto strukture heliks–petlja–heliks nalazi se u periplazmatskom proteinu koji vezuje galaktozu (Salmonella typhimurium, PDB 1gcg) ili proteinu koji veže alginat (Sphingomonas sp., 1kwh); ulazni heliks nedostaje u zaštitnom antigenu (Bacillus anthracis, 1acc) ili dokerinu (Clostridium thermocellum, 1daq) .
  • Među svim do sada prijavljenim strukturama, većina motiva EF-šaka je uparena ili između dva kanonska ili jednog pseudo i jednog kanonskog motiva. Za proteine sa neparnim brojem EF-šaka, kao što je penta-EF-šaka kalpain, motivi EF-šaka su povezani homo– ili heterodimerizacijom. Nedavno identificirana EF-šaka koja sadrži ER Ca2+ protein senzora, stromne interakcijske molekule 1 i 2 (STIM1, STIM2), pokazalo se da sadrži Ca2+-vezujući kanonski motiv EF-šake koji se uparuje s neposrednom, nizvodno atipskom "skrivenom" ne-Ca2+-vezujućom EF-šakom. Motivi pojedinačne EF-šake mogu poslužiti kao moduli za prerade proteina: naprimjer, jedna EF-šaka u NKD1 i NKD2 proteinima veže neuređene (DVL1, DVL2, DVL3) proteine.
  • Funkcionalno, EF-šake se mogu podijeliti u dvije klase:
1) signalni proteini i
2) proteini za puferovanje/transport.
Prva grupa je najveća i uključuje najpoznatije članove porodice kao što su kalmodulin, troponin C i S100B. Ovi proteini obično prolaze kroz konformacijsku promjenu ovisna o kalciju koja otvara ciljno mjesto vezivanja. Drugu grupu predstavlja kalbindin D9k i ne prolaze kroz konformacijske promjene zavisne od kalcija.

Potporodice

[uredi | uredi izvor]

Primjeri

[uredi | uredi izvor]

Ekvorin

[uredi | uredi izvor]

Ekvorin je protein koji vezuje kalcijum (CaBP) izolovan iz Coelenterata Aequorea victoria. Ekvorin pripada porodici CaBP-ova EF-šaka, sa EF-šačnim petljama koje su blisko povezane sa CaBP-ima kod sisara. Osim toga, ekvorin se godinama koristi kao indikator Ca2+ i pokazalo se da je siguran i ćelije ga dobro podnose. Ekvorin se sastoji od dvije komponente – komponente koja vezuje kalcij apoekvorin (AQ) i hemiluminiscentne molekule koelenterazina. AQ dio ovog proteina sadrži EF-šačne domene za vezivanje kalcija.[6]

Ljudski proteini

[uredi | uredi izvor]

Ljudski proteini koji sadrže ovaj domen uključuju:

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ Ban C, Ramakrishnan B, Ling KY, Kung C, Sundaralingam M (January 1994). "Structure of the recombinant Paramecium tetraurelia calmodulin at 1.68 A resolution". Acta Crystallogr. D. 50 (Pt 1): 50–63. doi:10.1107/S0907444993007991. PMID 15299476.
  2. ^ Schwaller, B. (13 October 2010). "Cytosolic Ca2+ Buffers". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 2 (11): a004051. doi:10.1101/cshperspect.a004051. PMC 2964180. PMID 20943758.
  3. ^ Gifford, Jessica L.; Walsh, Michael P.; Vogel, Hans J. (15 July 2007). "Structures and metal-ion-binding properties of the Ca -binding helix–loop–helix EF-hand motifs". Biochemical Journal. 405 (2): 199–221. doi:10.1042/BJ20070255. PMID 17590154.
  4. ^ Dudev, Todor; Lim, Carmay (16 September 2013). "Competition among Metal Ions for Protein Binding Sites: Determinants of Metal Ion Selectivity in Proteins". Chemical Reviews. 114 (1): 538–556. doi:10.1021/cr4004665. PMID 24040963.
  5. ^ Jing, Zhifeng; Liu, Chengwen; Qi, Rui; Ren, Pengyu (23 July 2018). "Many-body effect determines the selectivity for Ca and Mg in proteins". Proceedings of the National Academy of Sciences. 115 (32): E7495–E7501. doi:10.1073/pnas.1805049115. PMC 6094099. PMID 30038003.
  6. ^ Detert JA, Adams EL, Lescher JD, Lyons JA, Moyer JR (2013). "Pretreatment with Apoaequorin Protects Hippocampal CA1 Neurons from Oxygen-Glucose Deprivation". PLOS ONE. 8 (11): e79002. doi:10.1371/journal.pone.0079002. PMC 3823939. PMID 24244400.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]

Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_EH_1

Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_IQ

Eukaryotic Linear Motif resource motif class DOC_PP2B_LxvP_1

Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_IQ

Šablon:Sekundarna struktura proteina