Idi na sadržaj

Demetilaza

S Wikipedije, slobodne enciklopedije

Demetilaze su enzimi koji uklanjaju metil grupe (CH3) iz nukleinskih kiselina, proteina (posebno histona) i drugih molekula. Demetilazni enzimi važni su u epigenetičkim mehanizmima modifikacije. Proteinske demetilaze mijenjaju transkripcijsku regulaciju genoma, kontroliranjem nivoa metilacija koji se javljaju na DNK i histonima te, zauzvrat, reguliraju stanje hromatina u specifičnom lokusu unutar organizama.

Oksidativna demetilacija

[uredi | uredi izvor]

Demetilacija histona

[uredi | uredi izvor]
Mehanizmi demetilacije lizina pomoću lizin-demetilaze 1A (KDM1A) i histonskih demetilaza koje sadrže JmjC domen (JHDM).
Oba mehanizma uključuju oksidaciju metilne grupe (sa FAD ili alfa-ketoglutaratom i molekulni kisik kao oksidacijska sredstva) nakon čega slijedi eliminacija formaldehida.
KDM1A zahtijeva atom vodika (zeleni) vezan za metilirani dušik, da bi pokazao svoju demetilaznu aktivnost i stoga može samo demetilirati mono- i dimetilirane lizine.

Dugi niz godina smatralo se da je metilacija histona ireverzibilna, zbog činjenice da je vrijeme poluraspada metilacije histona približno jednako poluživotu samih histona.[1] In 2004, Shi et al. published their discovery of the histone demethylase LSD1 (later classified as KDM1A), a nuclear amine oxidase homolog.[2] Od tada je pronađeno je još mnogo histonskih demetilaza. Definirane njihovim mehanizmima, postoje dvije glavne klase histonskih demetilaza: a flavin adenin-dinukleotid (FAD)-zavisni amin oksidaza i Fe (II) i α-ketoglutarat-zavisna hidroksilaza. Obje djeluju hidroksilacijom metilne grupe, nakon čega slijedi disocijacija formaldehida. Demetilacija ima implikacije na epigenetička svojstva.[3]

Proteini histonske demetilaze imaju različite domene koje obavljaju različite funkcije. Ove funkcije uključuju vezivanje za histon (ili ponekad DNK na nukleosomu), prepoznajući ispravnu metiliranu aminokiselinsku podlogu i kataliziranje reakcije i vezanje kofaktora. Kofaktori uključuju: alfa-keto glutarat (JmjC-domena sadrži demetilaze), CoREST (LSD), FAD, Fe (II) ili NOG (N-oksalilglicin). [4] Domeni uključuju:

SWIRM1 (domeni Swi3, Rsc i Moira): Predloženo mjesto sidrenja za molekule histona; pronađeno u nekoliko kompleksa koji modificiraju hromatin; olakšava demetilazni protein i kofaktor CoREST (vezivanje nukleosomnog supstrata) [5]
Jumonji (N/C terminalni domeni): Vezivni domen ključnih kofaktora kao što je α-keto glutarat; povezano beta-ukosnicom/mješovitim domenom[4][6]
PHD-prst: Hidrofobni kavez s ostacima, koji djeluje na vezanje metiliranih peptida; ima ključnu ulogu u prepoznavanju i selektivnosti za ostatke metiliranog histona.[4]
Cinkov prst: DNK-vezujući binding domen[4]
Amin-oksidazni domen: Katalitsko aktivno mjesto LSD-proteina; veći od srodnih bjelančevina, kako bi se prilagodio veličini histonske kiseline.[4]
Citohrom P450 aromatskaa O-demetilaza GcoA GcoB
Reakcija demetilacija sterola

Postoji nekoliko porodica histonskih demetilaza koje djeluju na različite podloge i imaju različite uloge u ćelijskoj funkciji. Razvijen je kôd koji označava supstrat za histonsku demetilazu. Supstrat je prvo specificiran histonskom podjedinicom (H1, H2A, H2B, H3, H4), a zatim oznakom od jednog slova i brojem aminokiseline koja je metilirana. Konačno, nivo metilacije ponekad se bilježi dodavanjem "me#", pri čemu su brojevi 1, 2 i 3 za monometilirane, dimetilirane i trimetilirane podloge. Naprimjer, H3K9me2 je histon H3 s dimetiliranim lizinom na devetom mjestu.

KDM1
Porodica KDM1 uključuje KDM1A i KDM1B. KDM1A (također se naziva i LSD1/AOF2/BHC110) može djelovati na mono- i dimetilirane H3K4 i H3K9, a KDM1B (također se naziva i LSD2/AOF1) djeluje samo na mono- i dimetilirani H3K4. Ovi enzimi mogu imati važnu ulogu u embriogenezi i tkivno specifičnoj diferencijaciji, kao i u rastu jajnih ćelijaj.[1] KDM1A was the first demethylase to be discovered and thus it has been studied most extensively.[2]
Delecija gena za KDM1A može imati učinke na rast i diferencijaciju embrionskih matičnih ćelija i može dovesti do smrti embriona nokaut-miševa, koji ne stvaraju proizvod gena KDM1A.[7][8] Smatra se da i KDM1A ima ulogu u kanceru, jer se lošiji ishodi mogu povezati s većom ekspresijom ovog gena.[9][10] Stoga, inhibicija KDM1A može biti mogući tretman za rak.[11][12] KDM1A ima mnogo različitih partnera za vezivanje, koji mogu biti potrebni za njegovu aktivnost demetilacije.[13]
KDM1B, međutim, uglavnom je uključen u razvoj oocita. Delecija ovog gena dovodi do majčinskog učinka letalnosti kod miševa.[14] Ortolozi KDM1 u D. melanogaster i C. elegans funkcioniraju slično KDM1B, a ne KDM1A. [15][16]
KDM2
Porodica KDM2 uključuje KDM2A i KDM2B. KDM2A (također naziva se JHDM1A/FBXL11) može djelovati na mono- i dimetilirani H3K36 i trimetilirani H3K4. KDM2B (također zvani JHDM1B/FBXL10) djeluje samo na mono- i dimetilirani H3K36. KDM2A ima ulogu u podsticanju ili inhibiranju tumorske funkcije, a KDM2B ima ulogu u onkogenezi.[1]
Kod mnogih eukariota, protein KDM2A sadrži CXXC domen cinkovog prsta sposoban za vezanje nemetiliranih CpG otoka. Smatra se da se proteini KDM2A mogu vezati za mnoge regulatorne elemente gena, bez pomoći transkripcijskih faktora specifičnih za sekvencu.[17] Iako je uloga KDM2 u diferencijaciji razvoja eukariota još uvijek u velikoj mjeri misterija, pokazalo se da i KDM2A i KDM2B imaju ulogu u rastu i supresiji tumora. Pokazalo se da je KDM2B prekomjerno eksprimiran u ljudskim limfomima i adenokarcinomima, Karcinom prostate i glioblastomi, međutim, pokazuju smanjenu ekspresiju i KDM2A i KDM2B. Osim toga, pokazalo se da KDM2B sprečava starenje u nekim ćelijama, putem ektopijske ekspresije, što dalje ukazuje na njegov potencijal kao onkogena.[18]
KDM3
Porodica KDM3 uključuje KDM3A, KDM3B i JMJD1C. KDM3A (također se naziva JHDM2A/JMJD1A/TSGA) i može djelovati na mono- i dimetilirani H3K9. Podloge za KDM3B (također zvane JHDM2B/JMJD1B) i JMJD1C (također zvane i JHDM2C/TRIP8) nisu poznate.[19] KDM3A ima ulogu u spermatogenezi i metaboličkim funkcijama; uloge KDM3B i JMJD1C su nepoznate. [1]
Studije KDM3A na nokdaun miševima, gdje miš proizvodi smanjenu razinu KDM3A, rezultirale su nalazom muške neplodnosti i gojaznosti kod odraslih. Dodatne studije pokazale su da KDM3A može imati ulogu u regulaciji gena ovisnih o androgenim receptorima, kao i gena uključenih u pluripotentnost, što ukazuje na potencijalnu ulogu KDM3A u tumorigenezi.[20]
KDM4
Porodica KDM4 uključuje KDM4A, KDM4B, KDM4C i KDM4D. Također se nazivaju i JMDM3A/JMJD2A, JMDM3B/JMJD2B, JMDM3C/JMJD2C, odnosno JMDM3D/JMJD2D. Ovi enzimi mogu djelovati na di- i trimetilirane H3K9, H3K36, H1K26. KDM4B i KDM4C, imajući uloge u tumorigenezi, a uloga KDM4D je nepoznata.[1]
Porodica proteina KDM4 povezana je sa malignom transformacijom. Konkretno, pojačanje KDM4C je dokumentirano kod pločastih karcinoma jednjaka, meduloblastoma i karcinoma dojke; pojačanje KDM4B je također nađeno u meduloblastomima.[21][22][23][24] Drugi podaci o ekspresiji gena također sugeriraju da su KDM4A, KDM4B i KDM4C prekomjerno izražene u karcinomu prostate.[25]
KDM5
Porodica KDM5 uključuje KDM5A, KDM5B, KDM5C i KDM5D. Oni se također nazivaju i JARID1A/RBP2, JARID1B/PLU-1, JARID1C/SMCX, odnosno JARID1D/SMCY. Ovi enzimi mogu djelovati na di- i trimetilirani H3K4.[1]
Porodica proteina KDM5 ima ključne razvojne funkcije. Delecija JmjC proteinskog domena, koji veže retinoblastom 2 (RBR-2) u C. elegans eksprimira nedostatke u formiranju vulve.[26] Mutacije u domenu JmjC u Drosophila uzrokuju ili smrtonosne učinke na larve ili mnoge razvojne nedostatke u onima koje prežive.[27]
KDM5A u sistemima ćelijske kulture također je pokazao veze sa regulacijom diferencijacije, mitohodrijske funkcije i napredovanjem ćelijskog ciklusa.[28][29][30][31][32][33] KDM5B i KDM5C su također pokazali interakciju s PcG proteinima, koji su uključeni u transkripcijsku represiju. Mutacije KDM5C (pronađene na X-hromosomu) također su pronađene u pacijenata s X-vezanim mentalnim zaostajanjem.[34] Osiromašenja KDM5C homologa u D. rerio pokazala su uticaj na defekte mozga i smrt neuronskih ćelija.[35]
KDM6
Porodica KDM6 uključuje KDM6A, KDM6B i UTY. KDM6A (također se naziva i UTX) i KDM6B (također se naziva i JMJD3) djeluju na di- i trimetilirani H3K27 i imaju ulogu u razvoju; supstrat i uloga UTY-a su nepoznati.[1] U cjelini, i KDM6A i KDM6B imaju svojstva supresije tumora. Nokautiranke KDM6A u fibroblastima dovodi do trenutnog povećanja njihobe brojnosti. KDM6B u fibroblastima inducira onkogene na putu RAS_RAF.[36] Delecije i tačkaste mutacije KDM6A identificirani su kao jedan od uzroka Kabukijevog sinroma, urođenog poremećaja koji rezultira intelektualnim poteškoćama.[37][38]
Za KDM6B su predložene i druge moguće uloge. Konkretno, u jednoj studiji, mutirajući homolozi KDM6B poremetili su razvoj gonada u C. elegans.[39] Druge studije pokazale su da je ekspresija KDM6B nadregulirana u aktiviranim makrofagima i dinamički eksprimirana tokom diferencijacije matičnih ćelija.[40][41]
S druge strane, iscrpljivanje homologa KDM6A u D. rerio pokazalo je smanjenu ekspresiju HOX gena, koji imaju ulogu u regulaciji oblikovanje tijela tokom razvoja.[42] U studijama sisara pokazalo se da KDM6A regulira i HOX gene.[39][43]

Demetilacija estera

[uredi | uredi izvor]
Molekulska struktura proteina registrirana sa 1A2O pdb kodom.

Drugi primjer demetilaze je protein-glutamat metilesteraza, poznata i kao CheB protein (EC 3.1.1.61), koji demetilira MCP, putem hidrolize karboksilnih estarskih veza. Povezivanje receptora hemotaksije s agonistom dovodi do fosforilacije CheB. Fosforilacija CheB proteina pojačava njegovu katalitičku aktivnost demetilacije MCP -om, što rezultira adaptacijom ćelije na podražaje iz okoline.[44] MCP -i reagiraju na vanćelijske atraktante i repelente u bakterijama poput E. coli u regulaciji hemotaksija. CheB se specifičnije naziva metilesteraza, jer uklanja metilne grupe iz ostataka metilglutamata na MCP-ima hidrolizom, proizvodeći glutamat uz oslobađanje metanola. [45]

CheB je od posebnog interesa za istraživače jer može biti terapijski cilj za ublažavanje širenja bakterijskih infekcija.[46]

Hemotaksijske signalizacija. Transmembranski receptori osjećaju hemoatraktante ili repelente. Obratiti pažnju na ulogu CheB (B) u demetilaciji MCP receptora.[44]

Također pogledajte

[uredi | uredi izvor]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c d e f g Pedersen MT, Helin K (Nov 2010). "Histone demethylases in development and disease". Trends in Cell Biology. 20 (11): 662–71. doi:10.1016/j.tcb.2010.08.011. PMID 20863703.
  2. ^ a b Shi Y, Lan F, Matson C, Mulligan P, Whetstine JR, Cole PA, Casero RA, Shi Y (Dec 2004). "Histone demethylation mediated by the nuclear amine oxidase homolog LSD1". Cell. 119 (7): 941–53. doi:10.1016/j.cell.2004.12.012. PMID 15620353.
  3. ^ Klose RJ, Zhang Y (Apr 2007). "Regulation of histone methylation by demethylimination and demethylation". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 8 (4): 307–18. doi:10.1038/nrm2143. PMID 17342184. S2CID 2616900.
  4. ^ a b c d e Mosammaparast N, Shi Y (2010). "Reversal of histone methylation: biochemical and molecular mechanisms of histone demethylases". Annual Review of Biochemistry. 79: 155–79. doi:10.1146/annurev.biochem.78.070907.103946. PMID 20373914.
  5. ^ Tochio N, Umehara T, Koshiba S, Inoue M, Yabuki T, Aoki M, Seki E, Watanabe S, Tomo Y, Hanada M, Ikari M, Sato M, Terada T, Nagase T, Ohara O, Shirouzu M, Tanaka A, Kigawa T, Yokoyama S (Mar 2006). "Solution structure of the SWIRM domain of human histone demethylase LSD1". Structure. 14 (3): 457–68. doi:10.1016/j.str.2005.12.004. PMID 16531230.
  6. ^ Aprelikova O, Chen K, El Touny LH, Brignatz-Guittard C, Han J, Qiu T, Yang HH, Lee MP, Zhu M, Green JE (Apr 2016). "The epigenetic modifier JMJD6 is amplified in mammary tumors and cooperates with c-Myc to enhance cellular transformation, tumor progression, and metastasis". Clin Epigenetics. 8 (38): 38. doi:10.1186/s13148-016-0205-6. PMC 4831179. PMID 27081402.
  7. ^ Wang J, Hevi S, Kurash JK, Lei H, Gay F, Bajko J, Su H, Sun W, Chang H, Xu G, Gaudet F, Li E, Chen T (Jan 2009). "The lysine demethylase LSD1 (KDM1) is required for maintenance of global DNA methylation". Nature Genetics. 41 (1): 125–9. doi:10.1038/ng.268. PMID 19098913. S2CID 2010695.
  8. ^ Wang J, Scully K, Zhu X, Cai L, Zhang J, Prefontaine GG, Krones A, Ohgi KA, Zhu P, Garcia-Bassets I, Liu F, Taylor H, Lozach J, Jayes FL, Korach KS, Glass CK, Fu XD, Rosenfeld MG (Apr 2007). "Opposing LSD1 complexes function in developmental gene activation and repression programmes". Nature. 446 (7138): 882–7. Bibcode:2007Natur.446..882W. doi:10.1038/nature05671. PMID 17392792. S2CID 4387240.
  9. ^ Kahl P, Gullotti L, Heukamp LC, Wolf S, Friedrichs N, Vorreuther R, Solleder G, Bastian PJ, Ellinger J, Metzger E, Schüle R, Buettner R (Dec 2006). "Androgen receptor coactivators lysine-specific histone demethylase 1 and four and a half LIM domain protein 2 predict risk of prostate cancer recurrence". Cancer Research. 66 (23): 11341–7. doi:10.1158/0008-5472.CAN-06-1570. PMID 17145880.
  10. ^ Lim S, Janzer A, Becker A, Zimmer A, Schüle R, Buettner R, Kirfel J (Mar 2010). "Lysine-specific demethylase 1 (LSD1) is highly expressed in ER-negative breast cancers and a biomarker predicting aggressive biology". Carcinogenesis. 31 (3): 512–20. doi:10.1093/carcin/bgp324. PMID 20042638.
  11. ^ Metzger E, Wissmann M, Yin N, Müller JM, Schneider R, Peters AH, Günther T, Buettner R, Schüle R (Sep 2005). "LSD1 demethylates repressive histone marks to promote androgen-receptor-dependent transcription". Nature. 437 (7057): 436–9. Bibcode:2005Natur.437..436M. doi:10.1038/nature04020. PMID 16079795. S2CID 4308627.
  12. ^ Schulte JH, Lim S, Schramm A, Friedrichs N, Koster J, Versteeg R, Ora I, Pajtler K, Klein-Hitpass L, Kuhfittig-Kulle S, Metzger E, Schüle R, Eggert A, Buettner R, Kirfel J (Mar 2009). "Lysine-specific demethylase 1 is strongly expressed in poorly differentiated neuroblastoma: implications for therapy". Cancer Research. 69 (5): 2065–71. doi:10.1158/0008-5472.CAN-08-1735. PMID 19223552.
  13. ^ Wang Y, Zhang H, Chen Y, Sun Y, Yang F, Yu W, Liang J, Sun L, Yang X, Shi L, Li R, Li Y, Zhang Y, Li Q, Yi X, Shang Y (Aug 2009). "LSD1 is a subunit of the NuRD complex and targets the metastasis programs in breast cancer". Cell. 138 (4): 660–72. doi:10.1016/j.cell.2009.05.050. PMID 19703393.
  14. ^ Ciccone DN, Su H, Hevi S, Gay F, Lei H, Bajko J, Xu G, Li E, Chen T (Sep 2009). "KDM1B is a histone H3K4 demethylase required to establish maternal genomic imprints". Nature. 461 (7262): 415–8. Bibcode:2009Natur.461..415C. doi:10.1038/nature08315. PMID 19727073. S2CID 1143128.
  15. ^ Rudolph T, Yonezawa M, Lein S, Heidrich K, Kubicek S, Schäfer C, Phalke S, Walther M, Schmidt A, Jenuwein T, Reuter G (Apr 2007). "Heterochromatin formation in Drosophila is initiated through active removal of H3K4 methylation by the LSD1 homolog SU(VAR)3-3". Molecular Cell. 26 (1): 103–15. doi:10.1016/j.molcel.2007.02.025. PMID 17434130.
  16. ^ Di Stefano L, Ji JY, Moon NS, Herr A, Dyson N (May 2007). "Mutation of Drosophila Lsd1 disrupts H3-K4 methylation, resulting in tissue-specific defects during development". Current Biology. 17 (9): 808–12. doi:10.1016/j.cub.2007.03.068. PMC 1909692. PMID 17462898.
  17. ^ Blackledge NP, Zhou JC, Tolstorukov MY, Farcas AM, Park PJ, Klose RJ (Apr 2010). "CpG islands recruit a histone H3 lysine 36 demethylase". Molecular Cell. 38 (2): 179–90. doi:10.1016/j.molcel.2010.04.009. PMC 3098377. PMID 20417597.
  18. ^ He J, Kallin EM, Tsukada Y, Zhang Y (Nov 2008). "The H3K36 demethylase Jhdm1b/Kdm2b regulates cell proliferation and senescence through p15(Ink4b)". Nature Structural & Molecular Biology. 15 (11): 1169–75. doi:10.1038/nsmb.1499. PMC 2612995. PMID 18836456.
  19. ^ Yamane K, Toumazou C, Tsukada Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Wong J, Zhang Y (May 2006). "JHDM2A, a JmjC-containing H3K9 demethylase, facilitates transcription activation by androgen receptor". Cell. 125 (3): 483–95. doi:10.1016/j.cell.2006.03.027. PMID 16603237. S2CID 6643329.
  20. ^ Loh YH, Zhang W, Chen X, George J, Ng HH (Oct 2007). "Jmjd1a and Jmjd2c histone H3 Lys 9 demethylases regulate self-renewal in embryonic stem cells". Genes & Development. 21 (20): 2545–57. doi:10.1101/gad.1588207. PMC 2000320. PMID 17938240.
  21. ^ Ehrbrecht A, Müller U, Wolter M, Hoischen A, Koch A, Radlwimmer B, Actor B, Mincheva A, Pietsch T, Lichter P, Reifenberger G, Weber RG (Mar 2006). "Comprehensive genomic analysis of desmoplastic medulloblastomas: identification of novel amplified genes and separate evaluation of the different histological components". The Journal of Pathology. 208 (4): 554–63. doi:10.1002/path.1925. PMID 16400626. S2CID 1463027.
  22. ^ Liu G, Bollig-Fischer A, Kreike B, van de Vijver MJ, Abrams J, Ethier SP, Yang ZQ (Dec 2009). "Genomic amplification and oncogenic properties of the GASC1 histone demethylase gene in breast cancer". Oncogene. 28 (50): 4491–500. doi:10.1038/onc.2009.297. PMC 2795798. PMID 19784073.
  23. ^ Northcott PA, Nakahara Y, Wu X, Feuk L, Ellison DW, Croul S, Mack S, Kongkham PN, Peacock J, Dubuc A, Ra YS, Zilberberg K, McLeod J, Scherer SW, Sunil Rao J, Eberhart CG, Grajkowska W, Gillespie Y, Lach B, Grundy R, Pollack IF, Hamilton RL, Van Meter T, Carlotti CG, Boop F, Bigner D, Gilbertson RJ, Rutka JT, Taylor MD (Apr 2009). "Multiple recurrent genetic events converge on control of histone lysine methylation in medulloblastoma". Nature Genetics. 41 (4): 465–72. doi:10.1038/ng.336. PMC 4454371. PMID 19270706.
  24. ^ Yang ZQ, Imoto I, Fukuda Y, Pimkhaokham A, Shimada Y, Imamura M, Sugano S, Nakamura Y, Inazawa J (Sep 2000). "Identification of a novel gene, GASC1, within an amplicon at 9p23-24 frequently detected in esophageal cancer cell lines". Cancer Research. 60 (17): 4735–9. PMID 10987278.
  25. ^ Cloos PA, Christensen J, Agger K, Maiolica A, Rappsilber J, Antal T, Hansen KH, Helin K (Jul 2006). "The putative oncogene GASC1 demethylates tri- and dimethylated lysine 9 on histone H3". Nature. 442 (7100): 307–11. Bibcode:2006Natur.442..307C. doi:10.1038/nature04837. PMID 16732293. S2CID 2874903.
  26. ^ Christensen J, Agger K, Cloos PA, Pasini D, Rose S, Sennels L, Rappsilber J, Hansen KH, Salcini AE, Helin K (Mar 2007). "RBP2 belongs to a family of demethylases, specific for tri-and dimethylated lysine 4 on histone 3". Cell. 128 (6): 1063–76. doi:10.1016/j.cell.2007.02.003. PMID 17320161.
  27. ^ Gildea JJ, Lopez R, Shearn A (Oct 2000). "A screen for new trithorax group genes identified little imaginal discs, the Drosophila melanogaster homologue of human retinoblastoma binding protein 2". Genetics. 156 (2): 645–63. doi:10.1093/genetics/156.2.645. PMC 1461290. PMID 11014813.
  28. ^ Lee N, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Jones RS, Zhang Y (Mar 2009). "The H3K4 demethylase lid associates with and inhibits histone deacetylase Rpd3". Molecular and Cellular Biology. 29 (6): 1401–10. doi:10.1128/MCB.01643-08. PMC 2648242. PMID 19114561.
  29. ^ Benevolenskaya EV, Murray HL, Branton P, Young RA, Kaelin WG (Jun 2005). "Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation". Molecular Cell. 18 (6): 623–35. doi:10.1016/j.molcel.2005.05.012. PMID 15949438.
  30. ^ Lopez-Bigas N, Kisiel TA, Dewaal DC, Holmes KB, Volkert TL, Gupta S, Love J, Murray HL, Young RA, Benevolenskaya EV (Aug 2008). "Genome-wide analysis of the H3K4 histone demethylase RBP2 reveals a transcriptional program controlling differentiation". Molecular Cell. 31 (4): 520–30. doi:10.1016/j.molcel.2008.08.004. PMC 3003864. PMID 18722178.
  31. ^ Pasini D, Hansen KH, Christensen J, Agger K, Cloos PA, Helin K (May 2008). "Coordinated regulation of transcriptional repression by the RBP2 H3K4 demethylase and Polycomb-Repressive Complex 2". Genes & Development. 22 (10): 1345–55. doi:10.1101/gad.470008. PMC 2377189. PMID 18483221.
  32. ^ van Oevelen C, Wang J, Asp P, Yan Q, Kaelin WG, Kluger Y, Dynlacht BD (Nov 2008). "A role for mammalian Sin3 in permanent gene silencing". Molecular Cell. 32 (3): 359–70. doi:10.1016/j.molcel.2008.10.015. PMC 3100182. PMID 18995834.
  33. ^ Zeng J, Ge Z, Wang L, Li Q, Wang N, Björkholm M, Jia J, Xu D (Mar 2010). "The histone demethylase RBP2 Is overexpressed in gastric cancer and its inhibition triggers senescence of cancer cells". Gastroenterology. 138 (3): 981–92. doi:10.1053/j.gastro.2009.10.004. PMID 19850045.
  34. ^ Jensen LR, Amende M, Gurok U, Moser B, Gimmel V, Tzschach A, Janecke AR, Tariverdian G, Chelly J, Fryns JP, Van Esch H, Kleefstra T, Hamel B, Moraine C, Gecz J, Turner G, Reinhardt R, Kalscheuer VM, Ropers HH, Lenzner S (Feb 2005). "Mutations in the JARID1C gene, which is involved in transcriptional regulation and chromatin remodeling, cause X-linked mental retardation". American Journal of Human Genetics. 76 (2): 227–36. doi:10.1086/427563. PMC 1196368. PMID 15586325.
  35. ^ Iwase S, Lan F, Bayliss P, de la Torre-Ubieta L, Huarte M, Qi HH, Whetstine JR, Bonni A, Roberts TM, Shi Y (Mar 2007). "The X-linked mental retardation gene SMCX/JARID1C defines a family of histone H3 lysine 4 demethylases". Cell. 128 (6): 1077–88. doi:10.1016/j.cell.2007.02.017. PMID 17320160.
  36. ^ Agger K, Cloos PA, Rudkjaer L, Williams K, Andersen G, Christensen J, Helin K (May 2009). "The H3K27me3 demethylase JMJD3 contributes to the activation of the INK4A-ARF locus in response to oncogene- and stress-induced senescence". Genes & Development. 23 (10): 1171–6. doi:10.1101/gad.510809. PMC 2685535. PMID 19451217.
  37. ^ Lederer D, Grisart B, Digilio MC, Benoit V, Crespin M, Ghariani SC, Maystadt I, Dallapiccola B, Verellen-Dumoulin C (Jan 2012). "Deletion of KDM6A, a histone demethylase interacting with MLL2, in three patients with Kabuki syndrome". American Journal of Human Genetics. 90 (1): 119–24. doi:10.1016/j.ajhg.2011.11.021. PMC 3257878. PMID 22197486.
  38. ^ Miyake N, Mizuno S, Okamoto N, Ohashi H, Shiina M, Ogata K, Tsurusaki Y, Nakashima M, Saitsu H, Niikawa N, Matsumoto N (Jan 2013). "KDM6A point mutations cause Kabuki syndrome". Human Mutation. 34 (1): 108–10. doi:10.1002/humu.22229. PMID 23076834. S2CID 1745473.
  39. ^ a b Agger K, Cloos PA, Christensen J, Pasini D, Rose S, Rappsilber J, Issaeva I, Canaani E, Salcini AE, Helin K (Oct 2007). "UTX and JMJD3 are histone H3K27 demethylases involved in HOX gene regulation and development". Nature. 449 (7163): 731–4. Bibcode:2007Natur.449..731A. doi:10.1038/nature06145. PMID 17713478. S2CID 4413812.
  40. ^ De Santa F, Totaro MG, Prosperini E, Notarbartolo S, Testa G, Natoli G (Sep 2007). "The histone H3 lysine-27 demethylase Jmjd3 links inflammation to inhibition of polycomb-mediated gene silencing". Cell. 130 (6): 1083–94. doi:10.1016/j.cell.2007.08.019. PMID 17825402.
  41. ^ Burgold T, Spreafico F, De Santa F, Totaro MG, Prosperini E, Natoli G, Testa G (2008). "The histone H3 lysine 27-specific demethylase Jmjd3 is required for neural commitment". PLOS ONE. 3 (8): e3034. Bibcode:2008PLoSO...3.3034B. doi:10.1371/journal.pone.0003034. PMC 2515638. PMID 18716661.
  42. ^ Lan F, Bayliss PE, Rinn JL, Whetstine JR, Wang JK, Chen S, Iwase S, Alpatov R, Issaeva I, Canaani E, Roberts TM, Chang HY, Shi Y (Oct 2007). "A histone H3 lysine 27 demethylase regulates animal posterior development". Nature. 449 (7163): 689–94. Bibcode:2007Natur.449..689L. doi:10.1038/nature06192. PMID 17851529. S2CID 612144.
  43. ^ Wang JK, Tsai MC, Poulin G, Adler AS, Chen S, Liu H, Shi Y, Chang HY (Feb 2010). "The histone demethylase UTX enables RB-dependent cell fate control". Genes & Development. 24 (4): 327–32. doi:10.1101/gad.1882610. PMC 2816731. PMID 20123895. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
  44. ^ a b Vladimirov N, Løvdok L, Lebiedz D, Sourjik V (Dec 2008). "Dependence of bacterial chemotaxis on gradient shape and adaptation rate". PLOS Computational Biology. 4 (12): e1000242. Bibcode:2008PLSCB...4E0242V. doi:10.1371/journal.pcbi.1000242. PMC 2588534. PMID 19096502.
  45. ^ Park SY, Borbat PP, Gonzalez-Bonet G, Bhatnagar J, Pollard AM, Freed JH, Bilwes AM, Crane BR (May 2006). "Reconstruction of the chemotaxis receptor-kinase assembly". Nature Structural & Molecular Biology. 13 (5): 400–7. doi:10.1038/nsmb1085. PMID 16622408. S2CID 859928.
  46. ^ West AH, Martinez-Hackert E, Stock AM (Jul 1995). "Crystal structure of the catalytic domain of the chemotaxis receptor methylesterase, CheB". Journal of Molecular Biology. 250 (2): 276–90. doi:10.1006/jmbi.1995.0376. PMID 7608974.

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]
Portal iconPortal Biologija
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=Demetilaza&oldid=3545478"