شرع ببناء الدير خلال القرن السابع الميلادي وأنتهى من بنائه في القرن العاشر الميلادي. لكنه دُمر جزئياً خلال الحروب بين الدولة السلجوقيةوالإمبراطورية البيزنطية في القرنيين الحادي عشر والثاني عشر.
بعد الاحتلال المغولي لإيران في منتصف القرن الثالث عشر، أستفاد المسيحيون من الأسرة الإليخانية وأبرمت معاهدة سلام بين الكنيسة الأرمنية الأرثوذكسية والإليخانيين. أعُيد تأهيل الدير منتصف القرن الثالث عشر. وأعُيد ترميم الدير بصورة كلية عام 1330. لعب الدير دوراً ثقافياً ودينياً هاماً خلال القرنين الرابع عشر والخامس عشر حيث كُتبت فيه عدة لوحات ومخطوطات مصورة.
هُجر الدير عام 1604م، حينما أمر الشاه عباس الصفوي بتهجير الأرمن من المنطقة وأعيد ترميم الدير عام 1650 م. وأعاد الحكام القاجاريون تعمير الدير عام 1819 وأنتهت عملية التعمير عام 1825. وخضع الدير لعدة عمليات ترميم خلال القرنين العشرين والحادي والعشرين أهمها عملية الترميم عام 1974.