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Das Pokémon-Dorf erscheint erstmals während Scherox nimmt das Duell an, wohin sich Team Flare nach der ersten fehlgeschlagenen Aktivierung der Ultimativen Waffe zurückgezogen hat. Das Dorf besteht aus einer großen Blumenwiese mit Bäumen und Unterständen für die dort lebenden Pokémon. Außerdem gibt es ein Höhlensystem, den Geheimdungeon, wo sich Flordelis nach seinem Training mit Garados aufhält. Vor den Höhlen hat Xeros eine kleine Kommandozentrale aufbauen lassen, in der Team Flare Rüpel die Lage mit den Außenposten des Teams sondieren und wo er ein Auge auf Esprit und ihren Power Suit haben kann. Im Pokémon-Dorf leben fast ausschließlich Pokémon, die von ihren früheren Trainern misshandelt wurden und eine Zuflucht gesucht haben. Eine Art Schutzpatron für diese Pokémon stellt Mewtu dar, das ebenfalls im Geheimdungeon lebt.
Als Blau und X das Pokémon-Dorf während Yveltal nimmt erreichen, entdecken sie das Kommendozentrum von Team Flare, wo jede Menge besiegte Team Flare Rüpel zu finden sind. Dafür verantwortlich ist Mewtu, das auch die beiden Jungen angreift. Als auch Flordelis hinzukommt, vollführt Mewtu zur Überraschung aller eine Mega-Entwicklung, weshalb Flordelis Zygarde zur Hilfe ruft. Nachdem auch Pyro, der Trainer von Mewtu, sowie Esprit hinzugekommen sind, wird während des Kampfes ein großer Teil des Dorfes zerstört. Im Endeffekt gelingt es X mit fünf Schlüssel-Steinen, fünf Mega-Entwicklungen durchzuführen und Zygarde sowie Flordelis zu besiegen, wodurch Team Flare endgültig ausgeschaltet wird.