Eines Morgens stellt das Heldenteam voller Entsetzen fest, dass Manaphy verschwunden ist. Sie können es am Strand finden, wo es allerdings einfach umfällt. Es stellt sich heraus, dass Manaphy hohes Fieber hat, welches nur mit einem Phione-Tau aus dem tiefen Teil des Mirakelmeeres heilbar ist.
Das Team begibt sich umgehend dahin und trifft dort am Meeresboden auf einige Phione. Spontan erscheint Garados und greift die Phione an. Garados verkündet, die Phione stehen nun in seiner Macht und sämtlicher Phione-Tau gehöre nun ihm. Doch das Heldenteam kann Garados letzten Endes besiegen und rettet die Phione. Als Dank übergeben diese dem Team ein Phione-Tau, mit welchem Manaphy schließlich geheilt werden kann.