遺伝子座（いでんしざ、英: locus、複数形: loci）とは、遺伝学において、特定の遺伝子または遺伝子マーカーが存在する染色体上の特定の固定位置である。各染色体は多くの遺伝子を持ち、それぞれの遺伝子は異なる位置または遺伝子座を占めている。ヒトの場合、23本の染色体からなる完全な一倍体セットに含まれるの総数は、19,000～20,000個と推定される。また、遺伝子に該当しないような塩基配列・遺伝子マーカーの位置は座位（ざい）という。 遺伝子には対立遺伝子と呼ばれる複数の変異体が存在している場合があり、対立遺伝子は特定の遺伝子座に存在するとも言われている。二倍体やの細胞で、染色体の特定の遺伝子座に同じ対立遺伝子を持つものをその遺伝子座に関してホモ接合体と呼び、一方、異なる対立遺伝子を持つものをヘテロ接合体と呼ぶ。特定のゲノムについて知られている遺伝子座の順番付き一覧を遺伝子地図（gene map）と呼ぶ。とは、特定の表現型または生物学的形質の生成に関与する特定の遺伝子座（1つまたは複数）を決定するプロセスである。
