Pemodelan homologi

Pemodelan homologi digunakan untuk mengetahui struktur sekunder dari sekuen asam amino dengan cara membandingkan dengan sekuen yang telah diketahui strukturnya.^[1] Pemodelan homologi disebut juga dengan pemodelan komparatif yang dapat membentuk secara detail hingga struktur tiga dimensi.^[2] Proses yang dilakukan pertama adalah pensejajaran antara sekuen protein yang belum diketahui dengan semua protein yang ada dalam bank data protein.^[2] Setelah dilakukan proses persejajaran dari sekuen asam amino, maka didapatkan beberapa kandidat protein yang dari dapat dijadikan acuan.^[2] Beberapa acuan tersebut dipilih yang memiliki resolusi terbaik yang nantinya akan dijadikan cetakan.^[2] Algoritme pemodelan homologi telah dikembangkan untuk dua hal yaitu:

Mengkonstruksi struktur yang sangat akurat untuk pengujian protein yang kuat antara sekuen dengan cetakan ( > 60%).^[2]
Mengkonstruksi struktur yang masuk akal untuk pengujian protein yang lemah antara sekuen dengan cetakan ( < 40%).^[2]

Referensi

^ (Inggris) Srinivas VR. 2005. Bioinformatics A Modern Approach. New Delhi: Prentice-Hall.
^ ^a ^b ^c ^d ^e ^f (Inggris) Reid RE. 2000. Peptide and Protein Drug Analysis. New York: Marcel Dekker.

[a-1] (Inggris) Srinivas VR. 2005. Bioinformatics A Modern Approach. New Delhi: Prentice-Hall.

[b-2] ^ ^a ^b ^c ^d ^e ^f (Inggris) Reid RE. 2000. Peptide and Protein Drug Analysis. New York: Marcel Dekker.

[1]