Ֆերմենտների միջազգային դասակարգում
ՖՀ համար (ֆերմենտների դասակարգում) կամ ֆերմենտի կոդ, ֆերմենտի դասակարգման համար ըստ ընդունված միջազգային ձևաչափի։ Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնվում և անընդհատ թարմացվում է Ֆերմենտների հանձնաժողովի կողմից (անգլ.՝ Enzyme commission, այստեղից էլ «EC number» անվանումը անգլերեն գրականության մեջ, ռուս.՝ Комиссия по ферментам), որը բացվել է Կենսաքիմիայի և մոլեկուլային կենսաբանության միջազգային միությունում։ Դասակարգված են ավելի քան 3500 ֆերմենտեր։
Պատմություն
[խմբագրել | խմբագրել կոդը]Ֆերմենտների անվանակարգը առաջին անգամ մշակվել է 1955 թվականին, երբ Կենսաքիմիկոսների միջազգային հանձնաժողովը Բրյուսելում սահմանել է Ֆերմենտների հանձնաժողով (Enzyme Commission)։ Անվանակարգի առաջին տարբերակը սահմանվել է 1961 թվականին և իր մեջ է ներառել 900 ֆերմենտներ, 1978 թվականի դասակարգման մեջ արդեն ներառված էին 2000, իսկ 1995 թվականին՝ 3500 ֆերմենտներ։
Դասակարգման սկզբունք
[խմբագրել | խմբագրել կոդը]Ֆերմենտների դասակարգումը հիմնված է նրանց ռեակցիունակության և սուբստրատային սպեցիֆիկության վրա, այլ ոչ թե իրենց սպիտակուցային կառուցվածքի վրա։ ՖՀ համարը ցույց է տալիս ֆերմենտի կատալիզած քիմիական ռեակցիայի տեսակը։ Այդ իսկ պատճառով տարբեր ֆերմենտներ կարող են ունենալ միևնույն ՖՀ-ն՝ չնայած իրենց կառուցվածքային տարբերությունների։ Օրինակ՝ պանկրեատիկ լիպազը և փայծախի լիպազը պատկանում են ՖՀ 3.1.1.3 համարին՝ շնորհիվ իրենց կատալիզած միևնույն քիմիական ռեակցիայի (ճարպերում էսթերային կապերի հիդրոլիզ)։ Բայց առաջին ֆերմենտը մարսողական համակարգի ֆերմենտ է և գործում է աղիներում, իսկ մյուսը պատկանում է այն ֆերմենտների շարքին, որոնք ապահովում են լիպոպրոտեինների փոխանակությունը արյան մեջ։
Գոյություն ունի «UniProt» տեղեկությունների բազան[1], որտեղ նույնականացնում են սպիտակուցը ըստ իր առաջնային կառուցվածքի։ Այս երկու դասակարգումները լրացնում են միմյանց։
Համարի ձևաչափ
[խմբագրել | խմբագրել կոդը]Յուրաքանչյուր դասակարգման համար պարունակում է ՖՀ կրճատումը և չորս թվեր, որոնք իրարից բաժանված են կետերով։ Յուրաքանչյուր հաջորդ թիվ ցույց է տալիս ֆերմենտի ավելի մասնակի ֆունկցիաները։ Քանի որ ֆերմենտների թիվն անընդհատ աճում է և տեղեկությունների բազան անընդհատ թարմացման է ենթարկվում, հնարավոր է ֆերմենտի համարի փոփոխություն կամ նույնիսկ հնարավոր է լինեն համարներ, որոնք զբաղեցված չեն։
- Առաջին մակարդակի կոդ (առաջին թիվ, լինում է 1-6), ցույց է տալիս ֆերմենտների վեց գլխավոր դասերից մեկը։
| Դաս | Կատալիզվող ռեակցիա | Ռեակցիայի տեսակ | Օրինակներ |
|---|---|---|---|
| ՖՀ 1 Օքսիդառեդուկտազներ |
Օքսիդավերականգնիչ ռեակցիաներ | AH + B → A + BH A + O → AO |
դեհիդրոգենազ, օքսիդազ, պերօքսիդազ, ռեդուկտազ, մոնոօքսիդազ, դիօքսիգենազ |
| ՖՀ 2 Տրանսֆերազներ |
Ֆունկցիոնալ խմբի տեղափոխում մեկ սուբստրատից մյուսին | AB + C → A + BC | ամինոտրանսֆերազ, ֆոսֆոտրանսֆերազ, C1-տրանսֆերազ, գլիկոզիլտրանսֆերազ |
| ՖՀ 3 Հիդրոլազներ |
Հիդրոլիզի արդյունքում մեկ սուբստրատից երկու պրոդուկտների առաջացում | AB + H2O → AOH + BH | էսթերազ, գլիկոզիլ-հիդրոլազ, պեպտիդազ, ամիդազ |
| ՖՀ 4 Լիազներ (սինթազներ) |
Խմբի ոչ հիդրոլիտիկ միացում կամ անջատում սուբստրատի մոլեկուլից | RCOCOOH → RCOH + CO2 [X-A-B-Y] → [A=B + X-Y] |
C-O-լիազ, C-S-լիազ, C-N-լիազ, C-C-լիազ |
| ՖՀ 5 Իզոմերազներ |
Ներմոլեկուլային վերախմբավորում՝ սուբստրատի մոլեկուլի իզոմերացում | AB → BA | էպիմերազ, ցիս-տրանս-իզոմերազ, ներմոլեկուլային օքսիդառեդուկտազ |
| ՖՀ 6 Լիգազներ (սինթետազներ) |
ԱԵՖ-ի միաժամանակյա հիդրոլիզով ուղեկցվող երկու մոլեկուլների միացում | X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi | C-O-լիգազ, C-S-լիգազ, C-N-լիգազ, C-C-լիգազ |
- Երկրորդ մակարդակի կոդ (երկրորդ թիվ), ցույց է տալիս ենթադասը, որը բնութագրում է այն սուբստրատին, որը մասնակցում է տվյալ տիպի քիմիական ռեակցիային։ Օրինակ՝ տրասֆերազների մոտ երկրորդ թիվը ցույց է տալիս այն խումբը, որը ենթարկվում է տեղափոխմանը։
- Երրորդ մակարդակի կոդ (երրորդ թիվ), ցույց է տալիս ավելի մասնավոր ենթադասեր (ենթաենթադասեր), որոնք տարբերվում են տվյալ ռեակցիաների տիպին մասնակցող դոնորների կամ ակցեպտորների քիմիական բնույթով։ Օրինակ՝ հիդրոլազների մոտ այս թիվը ցույց է տալիս հիդրոլիզվող կապի բնույթը, իսկ լիազների մոտ՝ անջատվող խմբի բնույթը։ Առաջին երեք թվերը լիովին որոշում են ֆերմենտի տեսակը։
- Տվյալ ենթաենթադասին պատկանող ֆերմենտները ստանում են իրենց հերթական համարը (չորրորդ թիվ)։
Օրինակ՝ գլյուկոզօքսիդազ ֆերմենտի համարն է ՖՀ 1.1.3.4 Արխիվացված 2006-09-28 Wayback Machine, որը նշանակում է
- ՖՀ 1 — Օքսիդառեդուկտազներ,
- ՖՀ 1.1 — Ալկոհոլօքսիդառեդուկտազներ,
- ՖՀ 1.1.3 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք օքսիդացնում են CH-OH խումբը և վերականգնում թթվածինը,
- ՖՀ 1.1.3.4 — Օքսիդառեդուկտազներ, որոնք թթվածնի ներկայությամբ օքսիդացնում են գլյուկոզը։
Ընդհանուր առմամբ հայտնի են երեք տիպի գլյուկոզօքսիդազներ ստացված տարբեր տիպի օրգանիզմներից։
Տես նաև
[խմբագրել | խմբագրել կոդը]Ծանոթագրություններ
[խմբագրել | խմբագրել կոդը]- ↑ «ENZYME (Enzyme nomenclature database)». ExPASy. Արխիվացված է օրիգինալից 2012 թ․ փետրվարի 22-ին. Վերցված է 2006 թ․ մարտի 14-ին.
Արտաքին հղումներ
[խմբագրել | խմբագրել կոդը]- Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB)
- Ֆերմենտների ցանկ
- Enzyme nomenclature database by ExPASy
- List of all EC numbers by BRENDA
- Browse PDB structures by EC number
- Browse SCOP domains by EC number by dcGO
- Compare EC numbers using EC-Blast Արխիվացված 2019-05-30 Wayback Machine