La derrota de Khan y la creación del planeta Génesis son victorias vacías para el Almirante Kirk. Spock está muerto y McCoy inexplicablemente ha enloquecido. Una visita sorpresa de Sarek, padre de Spock, ofrece una sorprendente revelación: McCoy está albergando la esencia vital de Spock.

Con un amigo vivo y otro no, pero ambos sufriendo en dolor, Kirk intenta ayudarlos robando el USS Enterprise y desafiando la cuarentena en el planeta Génesis impuesta por la flota. Pero los Klingon también se han enterado de Génesis y van al encuentro de Kirk, quien ahora se reúne en una cita mortal contra el Destino.