Star Trek: Deep Space 9 (DS9) se centra en las aventuras del capitán Benjamin Sisko en la estación espacial Deep Space 9, una estación fronteriza situada cerca de la puerta a un "wormhole" estable, en lo más lejano del espacio explorado.

A pesar de que Sisko es el comandante de la DS9, la estación en realidad pertenece a los habitantes del planeta cercano Bajor, quienes pidieron la presencia protectora de la Federación después de que los rebeldes bajoranos pusieran fin a la brutal ocupación del planeta por parte de los Cardasianos.

Aproximadamente un sexto de los 300 residentes permanentes de la estación son personal de la Flota, y también hay una considerable presencia militar Bajorana. El resto de los habitantes de la Deep Space 9 son civiles, la mayoría trabajan en el Promenade, una especie de gran mercado con distintas clases de negocios.

Inicialmente, el mandato de la Federación hacia Sisko fue el de proteger a Bajor y a la estación de cualquier fuerza hostil que se acercase al área. Pero con el descubrimiento del Wormhole cercano (un pasadizo a través del espacio que lleva directamente al desconocido Cuadrante Gamma), la misión de Sisko ha crecido exponencialmente, ya que la región se ha vuelto la puerta de entrada a toda clase de visitantes, tanto amistosos como extremadamente hostiles...