Alfa-helix

Alfa-helix („alfa-šroubovice“) je jeden ze dvou základních typů prostorového uspořádání bílkovin (konkrétně jejich sekundární struktury).^[1] Druhým je beta-skládaný list. Alfa-helix má tvar pravotočivé šroubovice, při pohledu shora tvoří šroubovici bílkovinná kostra, zatímco aminokyselinové zbytky směřují ven. Mezi jednotlivými patry šroubovice vznikají vodíkové můstky (konkrétně mezi C=O skupinou a N–H skupinou o čtyři aminokyseliny dále).^[1] Typickými aminokyselinami vyskytujícími se v alfa-helixu je zejména alanin, glutamát, leucin, lysin a methionin. Pokud se někde vyskytne prolin, zpravidla způsobí ohyb celé šroubovice.^[2]

Všechny donory vodíkových můstků jsou orientovány jedním směrem a akceptory směrem opačným, alfa-helix by tedy ve vakuu byl relativně silný elektrický dipól. Ve vodném rozpouštědle je ovšem většina náboje odstíněna a dipólový moment alfa-helixů zřejmě nepřispívá ke stabilizaci proteinové struktury. Výjimkou mohou být některé alfa-helixy, jejichž aspoň jeden konec je uvnitř proteinové struktury, například řada DNA vazebných proteinů.^[3]

Parametry

Pro alfa-helix platí tyto parametry:^[2]

počet aminokyselin na jeden závit (otáčku) alfa-helixu: 3,6
výška jednoho závitu (měřeno podél osy šroubovice): 0,54 nanometru.
vzdálenost ekvivalentních (odpovídajících si) atomů v kostře šroubovice: 0,15 nanometru.

Reference

↑ ^a ^b ROBERT C. KING; WILLIAM D. STANSFIELD; PAMELA K. MULLIGAN. A Dictionary of Genetics, Seventh Edition. [s.l.]: Oxford University Press, 2006.
↑ ^a ^b Murray Robert K. et al., Harperova biochemie (2002); dvacáté třetí vydání (čtvrté české vydání)
↑ SENGUPTA, Durba, Behera, Raghu Nath; Smith, Jeremy C.; Ullmann, G. Matthias. The α Helix Dipole: Screened Out?. Structure. 2005, roč. 13, čís. 6, s. 849–855. DOI 10.1016/j.str.2005.03.010.

Externí odkazy

Obrázky, zvuky či videa k tématu alfa-helix na Wikimedia Commons

Související články

Pahýl

Tento článek je příliš stručný nebo postrádá důležité informace.
Pomozte Wikipedii tím, že jej vhodně rozšíříte. Nevkládejte však bez oprávnění cizí texty.

[dictionary-1] ROBERT C. KING; WILLIAM D. STANSFIELD; PAMELA K. MULLIGAN. A Dictionary of Genetics, Seventh Edition. [s.l.]: Oxford University Press, 2006.

[harper-2] Murray Robert K. et al., Harperova biochemie (2002); dvacáté třetí vydání (čtvrté české vydání)

[3] SENGUPTA, Durba, Behera, Raghu Nath; Smith, Jeremy C.; Ullmann, G. Matthias. The α Helix Dipole: Screened Out?. Structure. 2005, roč. 13, čís. 6, s. 849–855. DOI 10.1016/j.str.2005.03.010.

[1]