Yo solo quiero proteger a esos dos

Sinopsis[]

Aviso: Esta sección del artículo revela parte de la trama de la serie que tal vez no quieras saber.

Nagato llora por la muerte de Chibi, a lo cual Yahiko le dice que deje de llorar y que él cambiará este mundo, que para conseguirlo, necesitan fuerzas, a lo cual partieron a buscar a los Sannin. Nagato dijo que no podía aceptar a ningún ninja de Konoha porque sus padres fueron asesinados por esos. Jiraiya decide hacerse cargo de Konan, Nagato y Yahiko hasta que puedan cuidar de sí mismos. Luego, Nagato y Yahiko fueron atacados por un ninja de Iwagakure, pero Nagato activó el Rinnegan y contraatacó. Debido a eso, Jiraiya comenzó a enseñarles ninjutsu, aunque Nagato tenía miedo de su poder, pero Jiraiya lo ayudó diciéndole que gracias a él, Yahiko aún sigue vivo, a partir de eso, Nagato comenzó a respetar a Jiraiya, también Jiraiya le dijo que siente el dolor, recapacita y encuentra la respuesta, Nagato dijo que quería proteger a sus amigos, y que estaba dispuesto a aceptar el dolor. Tres años después, cuando Jiraiya partía, les habló sobre el Sabio de los Seis Caminos y de su ideología Ninshuu, llamada luego Ninjutsu, hecho para guiar a la gente hacia la paz, y que creía que Nagato era la reencarnación de ese sabio. Años después, ya existía la organización que buscaba la paz, y Yahiko era el líder, Hanzō decidió negociar con ellos para llegar a la paz, pero era una trampa, Hanzō había negociado con Danzō para que le enviara a varios ANBU de la Raíz para matarlos, con la condición de que ayudara a Danzō a conseguir el puesto de Hokage. Hanzō tomó a Konan como rehén, y amenazó con matarla si Yahiko no moría, Hanzō arrojó un kunai y le ordenó a Nagato que matara a Yahiko, Nagato no quería hacerlo, pero Yahiko tomó el kunai y se apuñaló el estómago. Ése fue el segundo dolor de Nagato.