Kapitein Kathryn Janeway krijgt een rondleiding van admiraal Patterson tijdens haar eerste dag aan boord van de USS Voyager. Ondertussen moet Seven of Nine, vermomd als een vaandrig, een wapen onderzoeken dat aan boord van het sterrenschip is geplaatst. Ze rapporteert haar bevindingen aan kapitein Braxton, die meer informatie over de locatie van het wapen en de tijdsindex waarin het geplaatst is wil weten.

Janeway krijgt een waarschuwing over een chroniton flux, waardoor ze Seven bijna ontdekt. Braxton straalt Seven echter net op tijd weg, maar aangekomen op het tijdschip USS Relativity blijkt ze dood te zijn.

Braxton beveelt zijn mannen om terug in de tijd te gaan en Seven nogmaals naar de Relativity te halen. Dit zou al de derde keer worden dat Seven de taak krijgt om de bemanning te redden. Aan boord van de Voyager ontstaan namelijk tijdgerelateerde verstoringen en het ruimte-tijd continuüm rond het schip begint scheuren te vertonen. Hierdoor ontstaan bizarre paradoxen en de bemanning krijgt last van ruimteziekte.

Seven en B'Elanna Torres onderzoeken de verstoringen en Seven's oculair implantaat registreert het apparaat dat deze veroorzaakt. Voordat ze de kans krijgen om het apparaat verder te onderzoeken beveelt Janeway haar bemanning om Voyager te verlaten.

Seven wordt wederom verwelkomd door de bemanning van de Relativity. Het is 500 jaar in de toekomt en Braxton wil het mysterie betreft het tijdelijke apparaat opgelost hebben. Zijn bemanning heeft Seven uitgekozen, omdat ze door haar oculaire implantaat in staat is om storingen in ruimte/tijd waar te nemen.

Nadat ze haar overtuigd hebben keert ze terug naar Voyager. Ze komt twee jaar voordat ze zich oorspronkelijk bij de bemanning zou voegen aan boord. Het schip wordt aangevallen door de Kazon en Braxton is van mening dat de saboteur in deze tijdsindex het wapen geïnstalleerd heeft. Seven moet hem opsporen en tegenhouden.

Seven onderzoekt het schip, maar vindt geen sporen van het apparaat of de saboteur. Janeway ontdekt een chroniton flux en herinnert zich dat ze die twee jaar eerder ook al eens gezien heeft. Ze gaat samen met Tuvok op onderzoek uit en ze betrappen Seven. Ze herkent Seven nog van haar eerste dag aan boord van Voyager en eist een verklaring. Ondanks de protesten van Braxton en de mogelijke schade aan de tijdlijn legt Seven haar missie uit. Janeway laat zich moeilijk overtuigen door het bijna ongelofelijke verhaal dat ze te horen krijgt. Zodra ze echter instemt om Seven te helpen duurt het niet lang voordat ze de saboteur gevonden hebben, kapitein Braxton.

Deze versie van Braxton lijdt zwaar onder tijdelijke psychose en beweert dat Janeway de schuld is van zijn ballingschap eeuwen terug op Aarde. Hij springt plots terug in de tijd en Seven achtervolgt hem. Zodra hij in een krachtveld wordt vastgezet springt hij weer vijf jaar vooruit in de tijd. Seven lijdt ondertussen zwaar onder het feit dat ze al zoveel tijdsprongen heeft gemaakt. Ze vertelt de versie van zichzelf in dat jaar dat ze verder moet gaan met de achtervolging op Braxton. Met hulp van Janeway weet ze Braxton te pakken te krijgen.

De tijdlijn is door alle mislukte pogingen behoorlijk verstoord geraakt en luitenant Ducane verzoekt Janeway om de tijdlijn te herstellen. Ze moet terug in de tijd gaan om de oorspronkelijke plaatsing van het apparaat tegen te gaan. Ducane heeft eerder al de hedendaagse versie van Braxton opgepakt en in de gevangenis gegooid voor "daden die hij zou gaan plegen".

Janeway weet Braxton tegen te houden en daarmee komt er een einde aan haar taak. De tijdlijn is hersteld, de drie versies van Braxton zullen worden samengevoegd en Janeway en Seven mogen terugkeren naar hun eigen tijdindex.

Riker, Picard en Yar op de brug van de alternatieve USS Enterprise-D

De Federatie-Klingon oorlog was een groot conflict tussen het Klingon rijk en de Federatie in een alternatieve tijdlijn.

De oorlog vond plaats in het midden van de 24e eeuw na de verslechtering van de relatie tussen de twee grootmachten. De nieuwe tijdlijn werd gecreëerd door het verschijnen van de USS Enterprise-C vanuit een tijdelijke scheur. De Enterprise-C was betrokken bij de verdediging van een Klingon buitenpost op Narendra III tijdens een aanval van de Romulans.

In 2366 werden de kansen voor de Federatie op een overwinning steeds kleiner. Er waren al veertig miljard doden en Starfleet commando voorspelde dat ze zich binnen zes maanden over moesten geven. De Federatie had echter ook verschillende slagen gewonnen, zoals bij Archer IV, maar Starfleet was de helft van haar vloot kwijt. Ongeacht de leeftijd werden alle schepen in dienst genomen.

In dat jaar stuitte de USS Enterprise-D, een Galaxy-klasse oorlogsschip, op een anomalie bij Sterrenbasis 105. De Enterprise-C kwam tevoorschijn uit de anomalie, wat later een tijdelijke scheur bleek te zijn. Kapitein Jean-Luc Picard van de Enterprise-D had veel vertrouwen in zijn raadgeefster, de El-Aurian Guinan en geloofde haar dan ook toen ze zei dat zich er een verandering in de tijdlijn had voorgedaan. Guinan was ervan overtuigd dat het verdedigen van de buitenpost een ommekeer in de vijandige relaties tussen de twee machten had moeten zijn. Het had zelfs de oorlog kunnen voorkomen. Picard overtuigde kapitein Rachel Garrett om haar Ambassador-klasse schip terug te nemen door de scheur. Ondanks de naderende ondergang van de Enterprise-C zou dit goede gevolgen hebben voor het uiteindelijke verloop van de tijdlijn.

De alternatieve tijdlijn (en de oorlog) bestonden niet meer na de terugkeer van de Enterprise-C naar haar eigen tijd. Niemand kon zich de alternatieve tijdlijn herinneren, maar er zou één overlevende overblijven. De alternatieve Natasha Yar, die als een tactische officier aan boord van de Enterprise-D diende, keerde met de Enterprise-C terug naar de normale tijdlijn. (TNG: "Yesterday's Enterprise" • "Redemption, Deel II")

Het is nooit bekend gemaakt hoe een Romulan aanval op een Klingon buitenpost oorlog met de Federatie kon veroorzaken, maar de plotselinge verdwijning van de Enterprise-C zou een rol kunnen hebben gespeeld. Een andere mogelijkheid is dat de oorlog van te voren al vaststond en de opoffering van de Enterprise-C ervoor zorgde dat de Klingons de vrede wilden bewaren.

• De USS Excelsior keert terug van een driejarige missie om gasachtige anomalieën in het Beta kwadrant in kaart te brengen. Daarbij worden ze getroffen door een schokgolf die veroorzaakt wordt door de explosie van een maan van de Klingons, Praxis. Ze willen de Klingons helpen, maar het aanbod wordt afgeslagen. Zonder de maan is het Klingon rijk ten dode opgeschreven. De Federatie ziet hierdoor mogelijkheden tot een historische vredesovereenkomst, maar dit blijkt makkelijker gezegd dan gedaan. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country"; VOY: "Flashback")
• Tijdens een ontmoeting tussen de USS Enterprise-A en het vlaggenschip van de Klingons, de IKS Kronos One wordt Klingon kanselier Gorkon om het leven gebracht. kapitein James T. Kirk en Dr. McCoy worden van de misdaad beschuldigd en worden gevangen gezet op Rura Penthe. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country")
• Azetbur volgt haar vader op als kanselier van het Klingon rijk. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country")
• Tegen de Starfleet bevelen in gaat Sulu aan boord van de Excelsior op weg om Kirk en McCoy te redden. Sulu neemt zijn schip door de Azurenevel, waar hij oog in oog zal komen te staan met de gevechtskruiser van kapitein Kang. Tijdens de hierop volgende strijd raakt Dmitri Valtane dodelijk gewond. Om aan de Klingons te ontkomen steekt de Excelsior het sirillium gas van de nevel aan. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country"; VOY: "Flashback")

• Op de Khitomer conferentie worden de eerste vredesonderhandelingen tussen de Federatie en het Klingon rijk gevoerd. Ze werden gehouden op Kamp Khitomer, een Klingon kolonie op de planeet Khitomer, nabij de grens met de Federatie. Kapitein Sulu zou een belangrijke rol spelen bij het succes van de conferentie. Hij verleende assistentie aan de Enterprise-A tijdens haar strijd met generaal Chang's roofvogel. Uiteindelijk wisten de Starfleet officieren de moord op kanselier Azetbur te voorkomen. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country")
• De Khitomer conferentie leidde uiteindelijk tot het tekenen van de Khitomer akkoorden en het begin van bijna een eeuw vrede tussen de Federatie en het Klingon rijk. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country")
• Kapitein Spock en ambassadeur Pardek ontmoeten elkaar voor het eerst tijdens de Khitomer conferentie en beginnen hier met hun missie om de regeringen van Vulcan en Romulus te herenigen. (TNG: "Unification, Deel I")
• Curzon Dax is de vertegenwoordiger van de Federatie tijdens de Conferentie. (DS9: "You Are Cordially Invited...")

• De USS Enterprise-B start haar dienstperiode onder het commando van kapitein John Harriman. Tijdens haar eerste reis reageert het schip op een noodoproep van El-Aurian vluchtelingen. De reddingsmissie wordt gehinderd door een energiesliert, die later bekend zou worden als de Nexus. Tijdens de missie wordt de Enterprise getroffen door een sliert, waardoor het schip een rompbreuk op zou lopen. James T. Kirk was op dat moment in dit gedeelte van het schip en er werd dan ook vanuit gegaan dat hij het niet overleefd zou hebben. ("Star Trek: Generations")

• De USS Enterprise-A wordt uit actieve dienst gehaald. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country")
• Pavel Chekov wordt gepromoveerd tot de rang van kapitein. ("Star Trek VI: The Undiscovered Country")
• Vaandrig Tuvok slaagt van de Starfleet academie en gaat dienen aan boord van de USS Excelsior. (VOY: "Flashback")

• Demora Sulu slaagt van de Starfleet academie en gaat dienen aan boord van de USS Enterprise-B. ("Star Trek: Generations")
• Starfleet ontwikkelt een geheime database van de Borg, waarschijnlijk door contact met een ras bekend als de El-Aurians. Dit ras is bijna volledig uitgeroeid door de Borg. Tevens vindt er een mysterieus incident plaats in 2153 dat nooit helemaal verklaard zal worden. (VOY: "Scorpion, Deel I"; ENT: "Regeneration")