Biogenische wapens, of "biowapens" zijn wapens die weinig tot geen schade aanrichten aan sterrenschepen of infrastructuur, maar zijn ontworpen om op biogenetisch niveau levensvormen aan te vallen. Hieronder vallen genetische verbeterdevirussen, giftige chemische stoffen en andere vergelijkbare materialen. Voorbeelden van deze wapens zijn kobalt diselenide, dat dodelijk is voor Cardassians en trilithium hars, dat dodelijk is voor mensen. (DS9: "For the Uniform")
Één van de opties die door de Xindi werden gebruikt om de mensheid te verwoesten was een dodelijk biowapen, dat ze van plan waren in 2004 op de Aarde los te laten. (ENT: "Rajiin" • "Carpenter Street")
In 2373, terwijl hij in dienst was van Hagath en Gaila, regelde Quark de productie van Varaxian LM-7, een experimenteel biogenisch wapen dat binnen een week tijd in de ruimte miljoenen kon doden. (DS9: "Business as Usual")
Thalaron straling had biogenische eigenschappen die het bruikbaar maakten als een wapen. De RemanoorlogsvogelScimitar was ontworpen om thalaron straling als een biogenisch wapen uit te zenden zodat het al het leven op een klasse Mplaneet kon verwoesten. ("Star Trek: Nemesis")
De Federatie keurt het gebruikt van dit soort wapens over het algemeen af. (DS9: "For the Uniform")
In het "The Voyager Encounter" holoprogramma ontwierp de Dokter biogenische wapens voor het oorlogsschip Voyager in de strijd tegen de Kyrians. Zijn biowapens resulteerden in acht miljoen slachtoffers tijdens de Grote Oorlog. (VOY: "Living Witness")
