Os Vingadores Secretos foram fundados pelo Capitão América em resposta ao Ato de Registro Superhumano, criado precisamente para aqueles que queriam lutar contra a iniciativa de Homem de Ferro para o registro sobre-humano.
Eles lutaram contra o ato de registro ajudando outros heróis e vilões a escapar do país ou se esconderem. A equipe passou por várias mudanças na lista durante o conflito, com sua maior mudança acontecendo após a morte de Bill Foster, já que vários heróis deixaram o grupo (vendo isso como um erro) e muitos mais se juntaram ao grupo e ver a morte de Foster como prova do mal da força de registro.
A batalha final dos Vingadores Secretos foi um assalto à super-prisão 42, onde eles se libertaram e foram acompanhados por muitos dos heróis presos lá antes de viajar para a Cidade de Nova York para uma batalha final que terminou com o Capitão América percebendo que as pessoas normais na rua queria que os heróis se registassem. O Capitão América pediu aos Vingadores Secretos que se retirassem, e a equipe se dissolveu, com muitos dos antigos membros obtendo amnistia por suas ações juntando-se à Iniciativa de 50 Estados. Alguns membros ainda sentiram a necessidade de se rebelar contra a ordem e atacarem por conta própria, embora vários membros-chave dos Vingadores Secretos tenham ficado juntos e tenham tomado o nome simples dos Vingadores (eles se viram como o verdadeiro portador do nome, ao contrário A equipe de Vingadores apoiada pelo governo).