Prienų sporto mokykla Lietuvos futbolo varžybose ėmė dalyvauti nuo 1992 m. Iš pradžių ji rungtyniavo III lygoje, o 1997 m. dalyvavo II lygos pirmenybėse. 2002 m. lapkričio 13 d. įkurtas dabartinis klubas (asociacija futbolo klubas „Prienai“). Aukščiausia komandos vieta – 6-oji 2006 m. 2015 m. sezone buvo tapę FC Stumbras dubleriais.[2] Prie klubo veikia vaikų ir jaunimo futbolo mokykla (VšĮ Prienų futbolo mokykla), 2021 m. treniruojamos grupės buvo U17, U14, U11, U8, WU14, WU10.[3]
2022 m. tapo LFF III lyga nugalėtojais Kauno zonoje.[4] 2023 m. bandė licencijuotis į LFF II lygą, tačiau nesėkmingai. Toliau žaidė III lygoje, Kauno zonoje. 2024 m. po apeliacijos gavo II lygos licenciją, ir dalyvavo naujai sukurtame II lygos B divizione. 2024 m. LFF taurės aštuntfinalyje burtai suvedė rungtynes su A lygos FK Žalgiriu.
FK Prienai 2018 metais debiutavo LSPFA taurės pirmenybėse.
2020 m. klubas žaidė KAFF organizuotame Kauno 'Let's Go Futsal' I lygos čempionate. Po pirmojo etapo užėmė šeštąją vietą. Antrasis etapas buvo sutrukdytas COVID-19 pandemijos protrūkiu.