Alla fase a eliminazione diretta partecipano 32 squadre, di cui 22 squadre qualificate direttamente ai sedicesimi e le 10 squadre qualificatesi dal turno preliminare[1]. Le fasce per il sorteggio vengono composte in base al coefficiente UEFA dei club[2] Nei sedicesimi e negli ottavi di finale non possono essere accoppiate squadre dello stesso Paese. In questa fase le squadre si affrontano in partite di andata e ritorno, eccetto che nella finale.
La UEFA ha fissato il calendario della competizione e gli abbinamenti che saranno necessari nello svolgersi del torneo nella sua sede di Nyon, Svizzera[3][4].
Il sorteggio degli accoppiamenti per i sedicesimi di finale si è tenuto a Nyon il 24 novembre 2020[5]. L'andata si è disputata il 9 e 10 dicembre 2020, mentre il ritorno si disputa il 15, 16 e 17 dicembre 2020.
Le 32 squadre partecipanti sono state suddivise in quattro minitornei da otto squadre ciascuno[5]. La suddivisione delle squadre nei minitornei è stata fatta sulla base di criteri legati alle restrizioni per arginare la pandemia di COVID-19, geografici e politici (squadre da Russia e Kosovo, Serbia e Kosovo, Bosnia-Erzegovina e Kosovo non sono state inserite nello stesso minitorneo)[5]. Inoltre in ciascun minitorneo è stato inserito un egual numero di squadre teste di serie e squadre non teste di serie, e gli accoppiamenti sono tra queste due categorie[5].
Le partite tra Vålerenga e Brøndby sono state, inizialmente, rinviate al 7 e 14 febbraio 2021 dopo che la squadra danese era stata messa in quarantena dalle autorità norvegesi prima della disputa della gara di andata, prevista per il 9 dicembre[6]. Il 1º febbraio 2021, viste le restrizioni imposte dalle autorità norvegesi per contrastare la pandemia di COVID-19, l'UEFA, in accordo con le due società, ha disposto la disputa della sfida in gara unica da disputare in casa del Brøndby l'11 febbraio successivo[7].
Il sorteggio degli accoppiamenti per gli ottavi di finale si è tenuto a Nyon il 16 febbraio 2021[11]. L'andata si è disputata il 3, 4 e 9 marzo 2021, mentre il ritorno si è disputata il 10 e 11 marzo 2021.
Il sorteggio degli accoppiamenti per i quarti di finale si è tenuto a Nyon il 12 marzo 2021[16]. L'andata si è disputata il 24 marzo 2021, mentre il ritorno si è disputato il 31 marzo e 1º aprile 2021.
Il sorteggio degli accoppiamenti per le semifinali si è tenuto a Nyon il 12 marzo 2021[16]. L'andata si è disputata il 25 aprile 2021, mentre il ritorno si disputa il 2 maggio 2021.
^Partita inizialmente prevista per le 13:00, ma posticipata alle 16:00 causa neve.
^Partita inizialmente prevista per il 10 dicembre 2020, per poi essere rinviata al 7 febbraio 2021 per la decisione delle autorità norvegesi di mettere in quarantena la delegazione del Brøndby. Successivamente cancellata per essere disputata in partita unica. Cfr. (NO) Kveldens kamp mot Brøndby utgår[collegamento interrotto], su vif-damefotball.no, 10 dicembre 2020. URL consultato il 10 dicembre 2020.
^Su richiesta di entrambe le squadre, anche la partita di ritorno (inizialmente prevista per il 16 dicembre 2020) è stata rinviata al 14 febbraio 2021, affinché avesse luogo a distanza di una settimana dalla partita di andata (prevista per il 7 febbraio 2021). La partita è stata, successivamente, anticipata all'11 febbraio 2021, dopo la decisione di disputare la sfida in gara unica in terra danese. Cfr. (NO) Jens August Dalsegg, Sesongen er over - begge kampene mot Brøndby utsettes[collegamento interrotto], su vif-damefotball.no, 14 dicembre 2020. URL consultato il 15 dicembre 2020.
^La partita di andata si sarebbe dovuta disputare il 3 marzo in casa dello Sparta Praga, ma poiché gran parte della squadra dello Sparta Praga era stata messa in quarantena per contagio da COVID-19, la partita è stata rinviata al 9 marzo e l'ordine di andata e ritorno invertito, con l'andata da disputarsi in casa del PSG. Cfr. (FR) Les matches face au Sparta Prague reportés et inversés, su psg.fr, 26 febbraio 2021. URL consultato il 19 marzo 2021.
^Partita disputata allo stadio Brianteo di Monza invece che al Centro Deportivo Wanda Alcalá de Henares di Madrid, a causa delle restrizioni imposte dalle autorità spagnole nel contrasto alla pandemia di COVID-19.
^Partita disputata allo stadio Gyirmóti di Győr invece che all'Åråsen Stadion di Lillestrøm, a causa delle restrizioni imposte dalle autorità norvegesi nel contrasto alla pandemia di COVID-19. Cfr. (EN) Away leg in Hungary, su vfl-wolfsburg.de, 22 febbraio 2021. URL consultato il 27 febbraio 2021.
^La partita di ritorno è stata assegnata a tavolino dall'UEFA a favore dello Sparta Praga perché il PSG ha dato forfait, poiché tutta la squadra era stata messa in quarantena per contagio da COVID-19. Cfr. (EN) UEFA Appeals Body renders decision on UWCL match AC Sparta Praha v Paris Saint-Germain, su disciplinary.uefa.com, 19 marzo 2021. URL consultato il 19 marzo 2021.
^Partita da disputare allo stadio Brianteo di Monza invece che allo stadio Johan Cruijff di Sant Joan Despí, a causa delle restrizioni imposte dalle autorità spagnole nel contrasto alla pandemia di COVID-19.
^abPartita da disputare allo stadio Ferenc Szusza di Budapest a causa delle restrizioni imposte dalle autorità inglesi e tedesche nel contrasto alla pandemia di COVID-19.