Der große Rassilon in der Matrix
Die Matrix ist ein gigantischer Computer der Time Lords, der eine Virtuelle Realität generiert, die man unter bestimmten Umständen auch betreten kann.
Es handelt sich um eine gigantische Informationsdatenbank, die das gesamte Wissen der Time Lords speichert und als Dokumentations- und Überwachungsapparat dient.
Die Matrix wird ständig mit den Erfahrungen der reisenden Time Lords gespeist, wo immer sie sich auch befinden. Dies ist durch eine Verbindung mit den TARDIS-Schiffen möglich.
In der Matrix[]
Der Vierte Doctor[]
Der Vierte Doctor begibt sich in die Matrix
Erstmals betritt der Doctor die Matrix in seiner vierten Inkarnation. Zu diesem Zeitpunkt ist Engin der Koordinator der Matrix und unterstützt den Doctor darin, den wahren Mörder des Lord Präsidenten zu finden. Die Verbindung mit der Matrix ist für ihn an der von ihm genutzten Schnittstelle sehr schmerzhaft und gefährlich. So setzt, während er in der Matrix ist, kurzzeitig seine Gehirnaktivität aus. In der Matrix muss er sich Kanzler Goth stellen, welcher ihn aus den Weg räumen will. Es kommt zu einem virtuellen Kampf um Leben und Tod, der sich auch außerhalb der Matrix bemerkbar macht. Der Doctor kann Goth praktisch im letzten Moment außer Gefecht setzen und aus der Matrix entkommen, bevor seine Körperfunktionen erlöschen und er in der Matrix festsitzt. (The Deadly Assassin)
Einige Zeit später erhält er, nun als Lord Präsident, Zugriff auf die Matrix, die ihn aber aus unbekannten Gründen zurückweist, was zu einem Schwächeanfall bei ihm führt. (The Invasion of Time)
Der Fünfte Doctor[]
Während der Exekution des Fünften Doctors lädt Omega dessen Bewusstsein in die Matrix hoch, um mit ihm sprechen zu können. Nachdem sich der Doctor gegen ihn wehrt, lässt er diesen zur Strafe in der Matrix treiben, um seinen Geist weiter zu schwächen. Später zeigt er dem Doctor über diese Verbindung, dass sich Tegan Jovanka in seiner Gewalt befindet. Er lässt den Doctor danach aus der Matrix raus. Dieser betritt sie jedoch einige Zeit später für einen kurzen Moment wieder, als er von Tegan den genauen Standort von Omega erfahren möchte, um ihn zu stoppen. (Arc of Infinity)
Der Doctor begibt sich in die Matrix
Einige Zeit später begibt er sich in die Matrix, in dem eine Verbindung zu seinem Gehirn hergestellt wird. Er trifft dort einige Mitglieder der Höheren Evolutionäre, unter ihnen Rassilon und Merlin, um zu beraten, wie man gegen Melanicus vorgehen könne (The Tides of Time).
Der Sechste Doctor[]
Der Master meldet sich aus der Matrix
Während einer Gerichtsverhandlung auf der Raumstation Zenobia kommt die Matrix erneut zum Einsatz. Der Ankläger Valeyard zeigt Übertragungen aus der Matrix, die die Verfehlungen des Sechsten Doctors beweisen sollen (The Mysterious Planet). Im Verlauf der Verhandlung stellt sich heraus, dass die Übertragungen tatsächlich vom Hohen Rat manipuliert wurden, um ein großes Geheimnis zu bewahren. Außerdem ist es dem Master gelungen, eine Kopie des Schlüssels von Rassilon in seinen Besitz zu bringen und so die Matrix-Realität zu betreten.
Der Doctor folgt ihm und wird in der Matrix sowohl vom Master, wie auch vom Valeyard mehrmals in Fallen und lebensbedrohliche Situationen gelockt, darunter auch einer angebliche Verurteilung samt Schuldspruch. Zuletzt kann er einen Plan des Valeyards vereiteln, der sich als der heimliche Herrscher der Matrix entpuppt und diese sprengen will, womit er die an sie angeschlossene Raumstation samt sämtlicher Würdenträger darauf zerstören möchte. Dies kann der Doctor ebenfalls verhindern und schließlich (anders als der Master) rechtzeitig entkommen. (The Ultimate Foe)
Der Achte Doctor[]
Nach dem Ewigen Krieg[]
Am letzten Tag des Ewigen Krieges wird das Bewusstsein von Tausenden Time Lords gleichzeitig in die Matrix hochgeladen. Dies führt dazu, dass sie selbst ein Bewusstsein erlangt. Das daraus resultierende Wesen erkennt, dass es auf einem Planeten gefangen ist, der kurz vor seiner Auslöschung steht. Da die Matrix mit jeder TARDIS verbunden ist, gelingt es dem Wesen, seinem Schicksal zu entgehen, indem es sich in das einzige überlebende gallifreyanische Zeitschiff in ihrer Reichweite transferiert – die TARDIS des Doctors. Da sie aus unzähligen Todesfällen hervorgegangen ist, ist die Matrix nach der späteren Analyse des Doctors verrückt und wünscht aus Trotz den Tod und die Zerstörung für den Rest des Universums. Die Matrix will die von Rassilon geplante ultimative Sanktion vollenden: das Netz der Zeit entwirren und die Schöpfung selbst beenden. Die TARDIS spürt diese Absichten durch ihre Verbindung und arbeitet daran, den blinden Passagier in Schach zu halten. Verbunden mit den Gedanken des Doctors und seiner TARDIS bleibt die Matrix ein Gefangener und schmiedet über mehrere Inkarnationen des Doctors hinweg Pläne, in das weite Universum auszubrechen (Sky Jacks).
Unter Ausnutzung der telepathischen Schaltkreise der TARDIS projizierte die Matrix Bilder eines Quantenresonators in den geist von Emily Fairfax. Diese glaubt, Botschaften von einem Engel zu erhalten und folgt den Anweisungen. Nachdem sie und ihr Mann den Resonator gebaut haben, verbindet die Matrix diesen mit der TARDIS, um sie anzutreiben. Die Matrix, jetzt in humanoider Form als Hypothetischer Gentleman, taucht aus der Maschine auf und findet einen Polizisten, dem er die Zeit raubt und ihn in der Zeit stehen lässt. Der Elfte Doctor ist Zeuge davon und beschließt, die Energiequelle der Maschine zu untersuchen. Der hypothetische Gentleman findet weitere Opfer, die der Doctor untersucht. Er stellt fest, dass das Wesen Hoch-Gallifreyisch beherrscht. Der Gentleman gibt darauf keine Antwort und verspottet stattdessen den Doctor. Dann beginnt er, dem Doctor die Zeit zu stehlen, aber Amy Pond zerstört den Quantenresonator. Es sieht so aus, als würde das Wesen in seine als Hypothetisches Universum bezeichnete Welt gesaugt werden. All seine Opfer sind wieder befreit. Als der Doctor, Amy und Rory versuchen, die TARDIS zu verlassen, löst das Bedienfeld einen Funken aus, was den Doctor überrascht. Er meint jedoch, die TARDIS habe nur eine "Magenverstimmung" und dass dies kein Grund zur Sorge sei (The Hypothetical Gentleman).
Wie sich später herausstellt, ist die Matrix in die TARDIS zurückgekehrt und wartet weiter, seine Pläne zu vollenden.
Die Matrix kämpft mit der TARDIS um die Kontrolle über ihre Systeme. Es gelingt ihr, die Kontrolle über einen der alten Konsolenräume der TARDIS zu übernehmen. Von dort aus programmiert die Matrix die Schaffung eines großen und unauffälligen Raums mit einer Kopie der äußeren Polizeinotrufbox und manipuliert so den Doctor, dass er glaubt, er würde die TARDIS verlassen. Die Matrix übernimmt dann die Kontrolle über die Energiequelle der TARDIS, das Auge der Harmonie. Mit der Kraft des Auges erschafft sie ein Wurmloch, um ins Universum zu entkommen. Die TARDIS verhindert dies jedoch, indem sie den von der Matrix kontrollierten Konsolenraum enorm vergrößert, sodass er das Ausmaß einer ganzen "Welt" bekommt. Dieser Prozess, den die Matrix nicht stoppen kann, entzieht dem Auge so viel Energie, dass die Matrix diese nicht mehr für ihre eigenen Zwecke nutzen kann.
Das Wurmloch, das in die entgegengesetzte Richtung zu der von der Matrix gewünschten Richtung funktioniert, zieht Flugzeuge und Raumschiffe von verschiedenen Punkten in Raum und Zeit an und hält sie in der inneren TARDIS-Welt fest, zusammen mit der Matrix selbst sowie dem Doctor. Während sie sich in dieser Welt aufhält, baut sich die Matrix aus dem Metallschrott, den die verschiedenen abgestürzten Raumschiffe liefern, mehrere spinnenartige Roboterkörper sowie eine Armee pterodaktylusartiger Roboter. Fast gelingt es der Matrix, mit einer Atombombe, die mit dem amerikanischen Flugzeug Sky Jack in die TARDIS gebracht wurde, zu entkommen. Doch dem Doctor gelingt es, sie zu stoppen, indem er beide Enden des Wurmlochs zu einer Ouroboros-Form miteinander verbindet, was die Matrix für immer gefangen hält (Sky Jacks).