La historia se centra en Tetsuya Tsurugi, un chico huérfano que creció sin nadie más que Kenzo Kabuto, quien es el padre del piloto de Mazinger Z, Koji Kabuto. Kenzo Kabuto es el creador de una nueva y mejorada versión de Mazinger, creada a partir de la versión de Mazinger Z de su padre, de estructura fuerte y diseñada para pelear en contra de los nuevo enemigos de la humanidad, el Imperio de Mikenes, liderado por el Emperador de la Oscuridad y su ejército de robots . Kenzo le dio el Gran Mazinger a Tetsuya para que lo piloteara, quien es acompañado por una chica, Jun Hono, en su robot femenino Venus A. Con el Mazinger original destruido, Koji viajó a América para estudiar exploración espacial y dejó la defensa de Japón en manos de Tetsuya y la Fortaleza de la Ciencia. El entrenamiento de Tetsuya y Gran Mazinger se completa justo en el momento en que Koji requería su ayuda en la Batalla contra las Bestias de Mikenes. Tetsuya lucha contra las Bestias e incluso con sus poderosos generales, enfrentándose finalmente en una ardua batalla contra el líder militar de Mikene, El General Negro (Ankoku Daishogun). Luego de ser vencido por el Gran Mazinger, las fuerzas de Mikene son lideradas por el Dr. Hell, el villano de Mazinger Z quien fue revivido y ahora es el Gran Mariscal de la oscuridad.