La agente especial del FBI, Olivia Dunham es asignada a la División Suplementaria de la oficina, en la cual se investigan crímenes y sucesos inusuales. Asistiendo a Olivia en sus investigaciones se encuentra el científico, Dr. Walter Brishop, que alguna vez estuvo internado en una institución mental y su hijo alejado, Peter. Las pistas descubiertas durante las pesquisas, llevan al equipo a creer que los crímenes son realmente parte de un patrón más amplio y que una corporación importante está involucrada.