Desulfovibrio

Desulfovibrio
	TEM-Aufnahmen von „Ca. D. trichonymphae“ Rs-N31, einem Ektosymbionten von Trichonympha collaris (Parabasalia) im Verdauungstrakt der Termite Zootermopsis nevadensis.
Systematik
Domäne:	Bakterien (Bacteria)
Abteilung:	Pseudomonadota
Klasse:	Deltaproteobacteria
Ordnung:	Desulfovibrionales
Familie:	Desulfovibrionaceae
Gattung:	Desulfovibrio
Wissenschaftlicher Name
	Desulfovibrio
	(Beijerinck 1895) Kluyver & van Niel 1936

Desulfovibrio ist eine Gattung Gram-negativer Sulfat-reduzierender Bakterien. Desulfovibrio-Arten sind häufig in Gewässern mit hohem Anteil an organischem Material sowie in wassergesättigten Böden anzutreffen. Sie sind wichtige Mitglieder von Gemeinschaften in extrem oligotrophen Lebensräumen, wie z. B. in zerklüfteten tiefen granitischen Grundwasserleitern. In der Pathologie wurden hohe Mengen an Desulfovibrio-Bakterien mit (chronisch-)entzündlichen Darmerkrankungen, Bakteriämien (bakteriellen Infektionen) und der Parkinson-Krankheit in Verbindung gebracht.^[1]^[2]

Von einige Desulfovibrio-Arten ab ca. 1992 gezeigt, dass sie ein Potential für die Bioremediation toxischer Radionuklide wie Uran haben. Dies wird ermöglicht durch einen reduktiven Bioakkumulationsprozess, d. h. durch die biologische Umwandlung (Präzipitation oder Ausfällung) von gut wasserlöslichem Uran(VI) in relativ unlösliches Uran(IV), worauf das toxische Uran aus dem kontaminierten Wasser entfernt werden kann.^[3]

Systematik

Die gegenwärtig akzeptierte Taxonomie basiert auf der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)^[4] und dem National Center for Biotechnology Information (NCBI).^[5]

Synonyme

Die LPSN betrachtet die folgenden Gattungsnamen als Synonyme von Desulfovibrio:

Desulfomonas Moore et al. 1976 alias Moore, Johnson & Holdeman 1976
„Aminidesulfovibrio“ Waite et al. 2020
„Psychrodesulfovibrio“ Galushko & Kuever 2020
„Alteridesulfovibrio“ Galushko & Kuever 2019

„Frigididesulfovibrio“ Waite et al. 2020
„Alteridesulfovibrio“ Waite et al. 2020
„Frigididesulfovibrio“ Galushko & Kuever 2019
„Aminidesulfovibrio“ Galushko & Kuever 2019

Artenliste

TEM-Aufnahmen von „Ca. D. kirbyi“ ZnDsv-02, einem weiteren Ektosymbionten von T. collaris im Verdauungstrakt der Termite Z. nevadensis.

Artenliste nach der LPSN (Stand 17. Dezember 2023):^[4]

Desulfovibrio aminophilus Baenaet al. 1999
„Desulfovibrio biadhensis“ Fadhlaoui et al. 2015
„Desulfovibrio caledoniensis“ Wu et al. 2002
„Desulfovibrio cavernae“ Sass & Cypionka 2004
Desulfovibrio cuneatus Sass et al. 1998
Desulfovibrio desulfuricans (Beijerinck 1895) Kluyver & van Niel 1936
„Desulfovibrio diazotrophicus“ corrig. Sayavedra et al. 2021
„Candidatus Desulfovibrio faecigallinarum“ Gilroy et al. 2021
„Desulfovibrio fairfieldensis“ McDougall et al. 1997
„Desulfovibrio ferrophilus“ Emerson et al. 2007
Desulfovibrio furfuralis Folkerts et al. 1989
„Candidatus Desulfovibrio gallistercoris“ Gilroy et al. 2021
Desulfovibrio giganteus corrig. Esnault et al. 1988
Desulfovibrio gilichinskyi Ryzhmanova et al. 2019
„Desulfovibrio hontreensis“ Tarasov et al. 2015
Desulfovibrio indonesiensis corrig. Feio et al. 2000
Desulfovibrio inopinatus Reichenbecher & Schink 1999
Desulfovibrio intestinalis Fröhlich et al. 1999
„Candidatus Desulfovibrio intestinavium“ Gilroy et al. 2021
„Candidatus Desulfovibrio intestinigallinarum“ Gilroy et al. 2021
„Candidatus Desulfovibrio intestinipullorum“ Gilroy et al. 2021
„Candidatus Desulfovibrio kirbyi“ Takeuchi et al. 2020
Desulfovibrio legallii corrig. Thabet et al. 2013
Desulfovibrio litoralis Sass et al. 1998
Desulfovibrio longreachensis corrig. Redburn & Patel 1995
„Desulfovibrio mangrovi“ Zhou et al. 2023
„Desulfovibrio multispirans“ Czechowski et al. 1984
„Desulfovibrio oryzae“ Bacmaga et al. 2020
Desulfovibrio oxyclinae Krekeler et al. 2000
Desulfovibrio piger (Moore et al. 1976) Loubinoux et al. 2002
Desulfovibrio porci Wylensek et al. 2021
Desulfovibrio psychrotolerans Sasi Jyothsna et al. 2008
Desulfovibrio simplex Zellner et al. 1990
„Desulfovibrio singaporenus“ Sheng et al. 2008
Desulfovibrio subterraneus Ueno et al. 2021
„Candidatus Desulfovibrio trichonymphae“ Sato et al. 2009
Desulfovibrio zosterae Nielsen et al. 1999

Verschiebungen

Die folgenden Arten sind nach der LPSN nicht (mehr) Mitglieder der Gattung Desulfovibrio, sondern anderen (neuen) Gattungen innerhalb der Familie Desulfovibrionaceae zugeordnet:^[4]

Desulfovibrio vulgaris → Nitratidesulfovibrio vulgaris (Postgate & Campbell 1966) Waite et al. 2020
Desulfovibrio alaskensis → Oleidesulfovibrio alaskensis (Feio et al. 2004) Waite et al. 2020
Desulfovibrio lacusfryxellense → Maridesulfovibrio lacusfryxellense (Sattley & Madigan 2010) Galushko & Kuever 2021
…

Zur Familie Pseudomonadaceae (Gammaproteobacteria) wird in der LPSN zugeordnet:^[4]

Desulfovibrio desulfuricans, ursprünglich Vibrio desulfuricans (NCBI) -> Sporovibrio Starkey 1938

Phylogenie

Zur Phylogenie der Gattung Desulfovibrio wurden u. a. folgende Vorschläge gemacht:

16S-rRNA-basiert LTP_01_2022^[6]

Auf 120 Markerproteinen basierend GTDB 07-RS207^[7]

D. piger

	D. legallii

	D. porci

D. desulfuricans

	D. intestinalis

	D. simplex Zellner et al. 1990

	"Ca. D. faecigallinarum" Gilroy et al. 2021

	"Ca. D. intestinipullorum" Gilroy et al. 2021

D. piger (Moore et al. 1976) Loubinoux et al. 2002

"Ca. D. intestinigallinarum" Gilroy et al. 2021

	"Ca. D. gallistercoris" Gilroy et al. 2021

	"Ca. D. intestinavium" Gilroy et al. 2021

	"D. fairfieldensis" McDougall et al. 1997

	D. porci Wylensek et al. 2021

	"Ca. D. kirbyi" Takeuchi et al. 2020

	"Ca. D. trichonymphae" Sato et al. 2009

D. legallii corrig. Thabet et al. 2013

	D. desulfuricans (Beijerinck 1895) Kluyver & van Niel 1936

	D. intestinalis Frohlich et al. 1999

Weblinks

Amira Amrani, Aurelie Bergon, Helene Holota, Christian Tamburini, Marc Garel, Bernard Ollivier, Jean Imbert, Alain Dolla: Transcriptomics Reveal Several Gene Expression Patterns in the Piezophile Desulfovibrio hydrothermalis in Response to Hydrostatic Pressure. In: PLOS ONE. 9. Jahrgang, Nr. 9, 12. September 2014, S. e106831, doi:10.1371/journal.pone.0106831, PMID 25215865, PMC 4162548 (freier Volltext), bibcode:2014PLoSO...9j6831A (englisch).
H. Melvin Czechowski, H(arold). W. Rossmore: The Effect of Selected Industrial Biocides on Lactate Metabolism in Desulfovibrio desulfuricans. In: Developments in Industrial Microbiology, Kapitel 76, Society for Industrial Micobiology, 1981 (englisch).
Mohor Chatterjee, Yu Fan, Fang Cao, Aaron A. Jones, Giovanni Pilloni, Xiaozhou Zhang: Proteomic study of Desulfovibrio ferrophilus IS5 reveals overexpressed extracellular multi-heme cytochrome associated with severe microbiologically influenced corrosion. In: Nature: Scientific Reports, Band 11, 29. Juli 2021, S. 15458; doi:10.1038/s41598-021-95060-0, PMID 34326431, PMC 8322314 (freier Volltext) (englisch).

Literatur

M. Madigan, J. Martinko (Hrsg.): Brock Biology of Microorganisms. 11. Auflage. Prentice Hall, 2005, ISBN 0-13-144329-1 (englisch). 16. Auflage, 1. Juli 2021, 1128 Seiten, ISBN 978-1-292-40479-0.

Einzelnachweise

↑ Hong-Xia Fan, Shuo Sheng, Feng Zhang: New hope for Parkinson's disease treatment: Targeting gut microbiota. In: CNS Neuroscience & Therapeutics. 28. Jahrgang, Nr. 11, 13. Juli 2022, S. 1675–1688, doi:10.1111/cns.13916, PMID 35822696, PMC 9532916 (freier Volltext) – (englisch).
↑ Li, Zhe; Liang, Hongfeng; Hu, Yingyu: Gut bacterial profiles in Parkinson's disease: A systematic review. In: CNS Neuroscience & Therapeutics. 29. Jahrgang, Nr. 1, 25. Oktober 2023, S. 140–157, doi:10.1111/cns.13990, PMID 36284437, PMC 9804059 (freier Volltext) – (englisch).
↑ Derek R. Lovley, Elizabeth J. P. Phillips: Bioremediation of uranium contamination with enzymatic uranium reduction. In: Environmental Science & Technology. 26. Jahrgang, Nr. 11, November 1992, S. 2228–2234, doi:10.1021/es00035a023, bibcode:1992EnST...26.2228L (englisch).
↑ ^a ^b ^c ^d LPSN: Genus Desulfovibrio Kluyver and van Niel 1936 (Approved Lists 1980).
↑ NCBI: Desulfovibrio, Details: [Desulfovibrio Kluyver and van Niel 1936 (Approved Lists 1980) emend. Loubinoux et al. 2002, …] (genus), heterotypic synonym: "Sporovibrio" Starkey 1938, Desulfomonas Moore et al. 1976.
↑
The LTP. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch). Dazu:
- LTP_all tree in newick format. Archiviert vom Original am 4. September 2022; abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch). Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2
- LTP_01_2022 Release Notes. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).
↑
GTDB: Desulfovibrionaceae (fam.). Mit:
- Desulfovibrio (gen.)
- Desulfovibrio_Q (gen.)
- Alteridesulfovibrio (gen.)
- Aminidesulfovibrio (gen.)
- g__Frigididesulfovibrio (gen.)
Dazu:
- GTDB release 07-RS207. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).
- bac120_r207.sp_labels. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).
- Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

[Fan2022-1] Hong-Xia Fan, Shuo Sheng, Feng Zhang: New hope for Parkinson's disease treatment: Targeting gut microbiota. In: CNS Neuroscience & Therapeutics. 28. Jahrgang, Nr. 11, 13. Juli 2022, S. 1675–1688, doi:10.1111/cns.13916, PMID 35822696, PMC 9532916 (freier Volltext) – (englisch).

[Li2023-2] Li, Zhe; Liang, Hongfeng; Hu, Yingyu: Gut bacterial profiles in Parkinson's disease: A systematic review. In: CNS Neuroscience & Therapeutics. 29. Jahrgang, Nr. 1, 25. Oktober 2023, S. 140–157, doi:10.1111/cns.13990, PMID 36284437, PMC 9804059 (freier Volltext) – (englisch).

[Lovley1992-3] Derek R. Lovley, Elizabeth J. P. Phillips: Bioremediation of uranium contamination with enzymatic uranium reduction. In: Environmental Science & Technology. 26. Jahrgang, Nr. 11, November 1992, S. 2228–2234, doi:10.1021/es00035a023, bibcode:1992EnST...26.2228L (englisch).

[LPSN-4] LPSN: Genus Desulfovibrio Kluyver and van Niel 1936 (Approved Lists 1980).

[NCBI-5] NCBI: Desulfovibrio, Details: [Desulfovibrio Kluyver and van Niel 1936 (Approved Lists 1980) emend. Loubinoux et al. 2002, …] (genus), heterotypic synonym: "Sporovibrio" Starkey 1938, Desulfomonas Moore et al. 1976.

[LTP-6] The LTP. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch). Dazu:
LTP_all tree in newick format. Archiviert vom Original am 4. September 2022; abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch). Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2

LTP_01_2022 Release Notes. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).

[7] LTP_all tree in newick format. Archiviert vom Original am 4. September 2022; abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch). Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2

[8] LTP_01_2022 Release Notes. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).

[GTDB-7] GTDB: Desulfovibrionaceae (fam.). Mit:
Desulfovibrio (gen.)

Desulfovibrio_Q (gen.)

Alteridesulfovibrio (gen.)

Aminidesulfovibrio (gen.)

g__Frigididesulfovibrio (gen.)
Dazu:
GTDB release 07-RS207. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

bac120_r207.sp_labels. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

[10] Desulfovibrio (gen.)

[11] Desulfovibrio_Q (gen.)

[12] Alteridesulfovibrio (gen.)

[13] Aminidesulfovibrio (gen.)

[14] __Frigididesulfovibrio (gen.)

[15] GTDB release 07-RS207. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

[16] bac120_r207.sp_labels. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

[17] Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).

[1]