Ян разам са сваімі двума братамі пачаў займацца футболам у дзіцячай камандзе ў вёсачцы Тылродэ, недалёка ад Сінт-Нікласа. Затым ва ўзросце 12 гадоў патрапіў у юнацкую каманду антверпенскага клуба «Жэрміналь Беерсхот»[4]. Менавіта адтуль, 15-гадовы Вертонген у 2003 годзе перайшоў у амстэрдамскі «Аякс»[4]. Улетку 2006 года Ян быў пераведзены галоўным трэнерам Хенкам тэн Катэ ў асноўны склад каманды. Афіцыйны дэбют Яна адбыўся 23 жніўня 2006 года ў матчы Лігі чэмпіёнаў 2006/07 супраць дацкага «Капенгагена». Вертонген у матчы выйшаў на замену на 61-й хвіліне, замяніўшы абаронцу Хедвігеса Мадура. Матч скончыўся гасцявой перамогай «Капенгагена» з лікам 0:2, і нягледзячы на тое, што ў першым матчы «Аякс» перамог у гасцях 1:2[5], датчане выйшлі ў групавы этап Лігі чэмпіёнаў дзякуючы розніцы забітых і прапушчаных мячоў. 3 снежня 2006 года Вертонген дэбютаваў у Эрэдывізіі ў хатнім матчы супраць «Вілема II». 31 студзеня 2007 года Ян быў аддадзены ў арэнду ў клуб «РКК Валвейк»[6], за які дэбютаваў 3 лютага ў гасцявым матчы супраць клуба НАК, дзе яго каманда саступіла з лікам 2:1.
12 ліпеня 2012 года сайт лонданскага «Тотэнхэма» паведаміў аб падпісанні кантракта з Вертонгенам[7][8]. 29 верасня 2012 года Ян, у шостым туры чэмпіянату Англіі, забіў свой першы гол за «шпораў» у браму «Манчэстэр Юнайтэд»[9].
Пасля васьмі гадоў у клубе, пакінуў «Тотэнхэм Хотспур» у якасці свабоднага агента ў ліпені 2020 года[10].
У сярэдзіне мая 2007 года Ян атрымаў выклік у асноўную зборную Бельгіі, разам з ім з моладзевай зборнай быў выкліканы Фарыс Аруна. У матчы супраць зборнай Партугаліі, які адбыўся 2 чэрвеня 2007 года ў Бруселі, Ян дэбютаваў у складзе зборнай, але бельгійцы дома саступілі з лікам 1:2.
Бельгія.svg){kind=small}
Андэрлехт
Медыяфайлы на Вікісховішчы
На Вікісховішчы ёсць медыяфайлы па тэме Ян Вертонген
