原蛇小目

依照基因分子学的研究结果，本小目被归类为非洲真蛇类（Afrophidia），与新蛇小目（Caenophidia）是姐妹群，分类如下：^[1][2][3][4]

• 蚺总科 Booidea
  • 蚺科 Boidae（有时会将其下的亚科拆分出来成为几个独立的科）
• 蟒总科 Pythonoidea
  • 闪鳞蛇科 Xenopeltidae（闪鳞蛇、海南闪鳞蛇）
  • 美洲闪鳞蛇科 Loxocemidae（美洲闪鳞蛇）
  • 蟒科 Pythonidae（绿水蟒、红尾蚺、普通蚺、网紋蟒、球蟒、印度蟒、非洲岩蟒、地毯蟒、绿树蟒、葱绿树蚺、红沙蟒等）
• 盾尾蛇总科 Uropeltoidea
  • 倭管蛇科 Anomochilidae（倭管蛇）
  • 管蛇科 Cylindrophiidae（斑管蛇等）
  • 针尾蛇科 Uropeltidae（大鳞针尾蛇等）

此外，岛蚺科（Bolyeriidae）被归类于新蛇小目，筒蛇科（Aniliidae）及林蚺科（Tropidophiidae）则被归类为美洲真蛇类（Amerophidia），不再属于本类群。