Riboşalter

Moleküler biyolojide, bir riboşalter, küçük bir moleküle bağlanarak parçası olduğu mRNAnın protein üretimininde değişime sebep olan mRNA düzenleyici bölümüdür.^[1]^[2]^[3]^[4] Bundan dolayı riboşalter içeren mRNAlar kendi kendilerinin translasyonunu düzenlerler. Bu düzenleme etkiyen molekülün miktarına bağlıdır. mRNA ile etkiyen molekül arasındaki etkileşim oldukça spesifktir yani RNA molekülü etkiyen molekülü analoglarından ayırabilir.

Kavramın orijinal tanımı, riboşalterlerin direkt olarak küçük molekül metabolitlerinin miktarlarını sezebildiğini özellikle belirtmiştir.

Çoğu bilinen riboşalter bakeride bulunur fakat bir çeşitin (TPP riboşalterleri) işlevsel riboşalterleri arkealar,^[5] bitkiler ve mantarlarda keşfedilmiştir. TPP riboşalterlerinin arkealardaki varlığı deneysel olarak test edilmemiştir.

Çeşitleri

Bacillus subtilis' ten bir pürin riboşalterinin ikincil yapısı

Ligandları ile beraber yazılmış ve varlıkları deneysel olarak onaylanmış bazı riboşalterlerin listesi aşağıdaki gibidir.

Kobalamin riboşalter (B₁₂-element): adenosylcobalamin (vitamin B₁₂ 'nin koenzim formu ) veya aquokobalamine bağlanır. Kobalamin ile benzeri metabolitlerin ve diğer genlerin anlatımını düzenler.
Siklik AMP-GMP riboşalterleri: Siklik AMP-GMP sinyal moleküllerine bağlanır.
Siklik di-AMP riboşalterleri (aynı zamanda ydaO/yuaA): siklik di-AMP' ye bağlanırlar.
Siklik di-GMP riboşalterleri: Siklik di-GMP' ye bağlanırlar. Böylece bu ikinci mesajcının kontrol ettiği birimleride kontrol etmiş olurlar.

Kaynakça

^ Nudler E, Mironov AS (2004). "The riboswitch control of bacterial metabolism". Trends Biochem Sci. 29 (1). ss. 11-7. doi:10.1016/j.tibs.2003.11.004. PMID 14729327.
^ Tucker BJ, Breaker RR (2005). "Riboswitches as versatile gene control elements". Curr Opin Struct Biol. 15 (3). ss. 342-8. doi:10.1016/j.sbi.2005.05.003. PMID 15919195.
^ Vitreschak AG, Rodionov DA, Mironov AA, Gelfand MS (2004). "Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression?". Trends Genet. 20 (1). ss. 44-50. doi:10.1016/j.tig.2003.11.008. PMID 14698618.
^ Batey RT (2006). "Structures of regulatory elements in mRNAs". Curr Opin Struct Biol. 16 (3). ss. 299-306. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. PMID 16707260.
^ Swati, D. (2017). Riboswitches: Regulatory ncRNAs in Archaea. In: Witzany, G. (ed). Biocommunication of Archaea. Springer, Switzerland, pp. 277-304.

[pmid14729327-1] Nudler E, Mironov AS (2004). "The riboswitch control of bacterial metabolism". Trends Biochem Sci. 29 (1). ss. 11-7. doi:10.1016/j.tibs.2003.11.004. PMID 14729327.

[pmid15919195-2] Tucker BJ, Breaker RR (2005). "Riboswitches as versatile gene control elements". Curr Opin Struct Biol. 15 (3). ss. 342-8. doi:10.1016/j.sbi.2005.05.003. PMID 15919195.

[pmid14698618-3] Vitreschak AG, Rodionov DA, Mironov AA, Gelfand MS (2004). "Riboswitches: the oldest mechanism for the regulation of gene expression?". Trends Genet. 20 (1). ss. 44-50. doi:10.1016/j.tig.2003.11.008. PMID 14698618.

[pmid16707260-4] Batey RT (2006). "Structures of regulatory elements in mRNAs". Curr Opin Struct Biol. 16 (3). ss. 299-306. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. PMID 16707260.

[5] Swati, D. (2017). Riboswitches: Regulatory ncRNAs in Archaea. In: Witzany, G. (ed). Biocommunication of Archaea. Springer, Switzerland, pp. 277-304.

[1]