NXF1

利用可能な蛋白質構造:
Pfam	structures
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

TAP_C
	complex between tap uba domain and fxfg nucleoporin peptide
識別子
略号	TAP_C
Pfam	PF03943
Pfam clan	CL0214
InterPro	IPR005637
SCOP	1go5
SUPERFAMILY	1go5
利用可能な蛋白質構造:
Pfam	structures
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
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NXF1
PDBに登録されている構造
PDB	オルソログ検索: RCSB PDBe PDBj
PDBのIDコード一覧
	4WYK, 1FO1, 1FT8, 1GO5, 1JKG, 1JN5, 1KOH, 1KOO, 1OAI, 2Z5K, 2Z5M, 3RW6, 3RW7
識別子
記号	NXF1, MEX67, TAP, nuclear RNA export factor 1
外部ID	OMIM: 602647 MGI: 1858330 HomoloGene: 38176 GeneCards: NXF1
遺伝子の位置 (ヒト)
染色体	11番染色体 (ヒト)
終点	62,806,302 bp
遺伝子の位置 (マウス)
染色体	19番染色体 (マウス)
終点	8,748,286 bp
RNA発現パターン
	; ;
	さらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能	• 血漿タンパク結合; • single-stranded RNA binding; • mRNA結合; • structural constituent of nuclear pore; • 核酸結合; • RNA結合;
細胞の構成要素	• 細胞質; • 細胞質基質; • nuclear speck; • transcription export complex; • 核膜孔; • 細胞内; • nuclear inclusion body; • 細胞核; • 核質; • nuclear envelope;
生物学的プロセス	• mRNA transport; • mRNA export from nucleus; • poly(A)+ mRNA export from nucleus; • viral process; • RNA export from nucleus; • 輸送; • タンパク質輸送;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	10482
	53319
	ENSG00000162231
	ENSMUSG00000010097
	Q9UBU9
	Q99JX7
	NM_006362; NM_001081491
	NM_001276704; NM_016813
	NP_001074960; NP_006353
	NP_001263633; NP_058093
	ウィキデータ
閲覧/編集ヒト	閲覧/編集マウス

NXF1（nuclear RNA export factor 1）は、ヒトではNXF1遺伝子によってコードされるタンパク質で、TAP（tip associating protein）という名称でも知られる^[5]^[6]。

機能

NXF1は核と細胞質を往復し、ポリアデニル化されたRNAにin vivoで結合して核外搬出を媒介する。NXF1は酵母のMex67pのホモログである^[6]^[7]。NXF1はNXF（nuclear RNA export factor）ファミリーに属する。このファミリーに共通するドメイン構造は、非典型的RNP型RNA結合ドメイン（RBD）、4つのロイシンリッチリピート（LRR）、NTF2様ドメイン、UBA（ubiquitin-associated）ドメインである。NTF2様ドメインはNXT1（英語版）とのヘテロ二量体化を可能にし、UBAドメインはヌクレオポリンとの相互作用を媒介する。C末端のUBAドメインを含む領域は、FGリピートを含む核膜孔タンパク質（FGヌクレオポリン）との結合に重要であり、核との往復の媒介に十分である^[8]^[9]。このC末端領域は互いにパッキングした4本のαヘリックスから構成され、ヘリックス1、2、3の配置はUBAフォールドと類似している。隣接するモジュールとはプロリンに富む柔軟な12残基のリンカーで連結されている^[8]^[9]。LRRとNTF2様ドメインは核外搬出活性に必要である。NXF1には選択的スプライシングによるバリアントが存在する。NXF1は飽和量のD型レトロウイルスCTE（constitutive transport element）RNAの存在によって引き起こされるmRNA核外輸送阻害に打ち勝つことができる^[10]。マウスのNxf1遺伝子の特定のアレルは、内在性レトロウイルス（intracisternal A particle）のイントロンへの組み込みによって引き起こされる変異を抑制する^[11]^[12]。

相互作用

NXF1は、TNPO2（英語版）^[13]、MAGOH（英語版）^[14]、U2AF1（英語版）^[15]、DHX9（英語版）^[16]、HuD（英語版）^[17]、NUP214（英語版）^[18]^[19]と相互作用することが示されている。

出典

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162231 - Ensembl, May 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000010097 - Ensembl, May 2017
^ Human PubMed Reference:
^ Mouse PubMed Reference:
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外部リンク

PDBe-KB - ヒトNXF1に関してPDBで利用可能な全構造の概要

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162231 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000010097 - Ensembl, May 2017

[3] Human PubMed Reference:

[4] Mouse PubMed Reference:

[pmid9175835-5] “Tap: a novel cellular protein that interacts with tip of herpesvirus saimiri and induces lymphocyte aggregation”. Immunity 6 (5): 571–82. (May 1997). doi:10.1016/S1074-7613(00)80345-3. PMID 9175835.

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[pmid10228171-7] “The Mex67p-mediated nuclear mRNA export pathway is conserved from yeast to human”. The EMBO Journal 18 (9): 2593–609. (May 1999). doi:10.1093/emboj/18.9.2593. PMC 1171339. PMID 10228171.

[pmid11875519-8] “Structure of the C-terminal FG-nucleoporin binding domain of Tap/NXF1”. Nature Structural Biology 9 (4): 247–51. (April 2002). doi:10.1038/nsb773. PMID 11875519.

[pmid11256625-9] “Prediction of structural domains of TAP reveals details of its interaction with p15 and nucleoporins”. EMBO Reports 1 (1): 53–8. (July 2000). doi:10.1093/embo-reports/kvd009. PMC 1083685. PMID 11256625.

[:0-10] “Entrez Gene: NXF1 nuclear RNA export factor 1”. 2020年12月20日閲覧。

[pmid14517553-11] “A natural allele of Nxf1 suppresses retrovirus insertional mutations”. Nature Genetics 35 (3): 221–8. (November 2003). doi:10.1038/ng1247. PMC 2756099. PMID 14517553.

[pmid19436707-12] “Multipotent genetic suppression of retrotransposon-induced mutations by Nxf1 through fine-tuning of alternative splicing”. PLOS Genetics 5 (5): e1000484. (May 2009). doi:10.1371/journal.pgen.1000484. PMC 2674570. PMID 19436707.

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[pmid11707413-14] “Magoh, a human homolog of Drosophila mago nashi protein, is a component of the splicing-dependent exon-exon junction complex”. The EMBO Journal 20 (22): 6424–33. (November 2001). doi:10.1093/emboj/20.22.6424. PMC 125744. PMID 11707413.

[pmid11724776-15] “U2AF participates in the binding of TAP (NXF1) to mRNA”. The Journal of Biological Chemistry 277 (6): 3935–42. (February 2002). doi:10.1074/jbc.M107598200. PMID 11724776.

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[pmid15358174-17] “TAP/NXF1, the primary mRNA export receptor, specifically interacts with a neuronal RNA-binding protein HuD”. Biochemical and Biophysical Research Communications 321 (2): 291–7. (August 2004). doi:10.1016/j.bbrc.2004.06.140. PMID 15358174.

[pmid11073998-18] “TAP (NXF1) belongs to a multigene family of putative RNA export factors with a conserved modular architecture”. Molecular and Cellular Biology 20 (23): 8996–9008. (December 2000). doi:10.1128/MCB.20.23.8996-9008.2000. PMC 86553. PMID 11073998.

[pmid11551912-19] “In vitro analysis of nuclear transport mediated by the C-terminal shuttle domain of Tap”. The Journal of Biological Chemistry 276 (45): 42355–63. (November 2001). doi:10.1074/jbc.M103916200. PMID 11551912.

[1]