Mohéli si trova nell'Oceano Indiano al largo della costa dell'Africa.

Fino al 1830 Mohéli era parte del sultanato di Ndzuwenie che controllava anche Anjouan. Nel 1830 immigrati dal Madagascar capeggiati da Ramanetaka, che più tardi cambiò il suo nome in Abderemane, presero il controllo dell'isola e fondarono il sultanato di Mwali. Nel 1886 la Francia fece dell'isola un protettorato e il sultanato fu schiacciato nel 1909 quando la Francia decise l'annessione dell'isola.

Nel 1975 Mohéli si unì con la Grande Comore e Anjouan a formare lo Stato delle Comore. L'11 agosto 1997, Mohéli uscì dalle Comore, seguita da Anjouan dopo una sola settimana. Mohéli si riunì, poi, tranquillamente alle Comore nel 1998.