1965 urtean sortu zen eta 1977-78an egin zuen debuta Espainiako Ohorezko mailan. Orduan ezagutu zituen garai onenak lau urtetan ligako txapeldunordea izan baitzen. 1987 artean mantendu zen maila gorenean eta ondoren azpiko kategoriatan aritzea tokatu zitzaion.
Harrobiarekin lan handia egiten zuen ordea eta 2000-01 eta 2001-02 denboraldietan gazte mailako taldeak Estatuko txapelketak eskuratu zituen. 2000 eta 2006 arteko final guztiak jokatu zituen gainera. Harrobiko lan honi esker 2005 urtean Ohorezko B mailara igo zen eta 2012an Ohorezko mailara itzuli zen. Ordutik bertan ari da.
2018-19 urtean Errege Kopako finalerdiak jokatu zituen baina Bartzelonak garaitu zuen. 2019-20 denboraldia gaizki hasi zuen eta 17. jardunaldian COVID-19 pandemiak Liga eten zuenean azken postuan zegoenez Ohorezko B mailara jeitsi zen.
Gizonezkoen B taldea ere badu, Euskal Ligan ari dena. Euskal Ligako A multzoak 1. maila izena hartu du 2015-16an. 2018an Atlético San Sebastiánekin batera osatu du taldea Atlético SS/Hernani bihurtuz.
Hernani Rugby Elkartearen emakumezkoen taldea Euskal Lehen Mailan ari da jokatzen. 2019an Landarbaso Rugby Taldea proiektua eratu zuen Atlético San Sebastian, Ordizia eta Txingudiko taldeekin batera.